美國和英國表態不干涉中國對日本的行動後，總統李經述派馮國璋領新軍十萬駐紮東京，剿滅黑龍會等恐怖組織。馮國璋到了東京一周後，馬上帶五千兵包圍了「江戶城」，進皇宮去見日本明治天皇。
在日本皇宮的正殿，明治天皇正襟危坐，見到了一身戎裝的馮國璋，還有四名全副武裝的中國親兵，趕忙從御座上站起身來迎接。按日本傳統禮儀，馮國璋等人進日本皇宮是不能帶武器的，明治天皇惶恐望著馮國璋那雙烏黑澤亮的小眼睛，馮國璋的眼神不怒而威，充滿殺氣，見過大場面的明治也有點心虛發毛。
明治天皇除了皇后一條美子，還有柳原愛子、千種任子、葉室光子、橋本夏子等妃子，最近有點操勞過度，患有糖尿病和尿毒症，此時一頭冷汗，問馮國璋：「不知馮大將軍前來所為何事？」
馮國璋面不改色，手扶腰間的黑色毛瑟槍，漫不經意地對明治天皇說：「本將軍聽前任中國駐日本聯軍司令曹錕說，日本南北朝時期里，出現了南、北兩個天皇，剛被黑龍會刺殺的『熊澤天皇』，就是南朝天皇的後裔，你應該下詔書，告知日本四千萬臣民這一事實，南朝也為日本皇室正統！」
馮國璋這個人，辦事一向粗中有細，他這一招看似普通，其實很有謀略，他打算一步步來，要先逼明治天皇承認南朝為正統，這樣一來，前不久黑龍會刺殺「熊澤天皇」，就等於謀殺日本天皇，對日本皇室大不敬，這罪名在日本憲法中是重罪，足以宣布黑龍會為非法，頭山滿、內田良平等黑龍會頭領就犯了「弒君」死罪，接下來就好辦了。
在日本南北朝時代，日本皇室的確開始了長達四五十年的對立，1392年，室町幕府第3代將軍足利義滿致函南朝後龜山天皇，要求南北朝統一，條件是將象徵皇權的鏡、玉、劍三神器和皇位讓給北朝，今後皇位由皇室兩派交替繼承。同年，後龜山天皇答應了足利義滿的條件，返回京都將神器交給了北朝的後小松天皇，至此，半個多世紀的日本南北朝對峙基本結束，所以馮國璋的這一要求是合理的。
「這沒有問題。」明治天皇點點頭，他不知道馮國璋接下來要幹什麼，剛開始還以為是黑龍會觸怒了中國，馮國璋帶兵來要廢了他，見馮國璋此時只提出了這一「合理」的要求，緊張的心情頓時放鬆了一些，便答應下旨奉南朝為正統，但要馮國璋保證自己的天皇地位及待遇不變。馮國璋點頭答應了。明治天皇還帶著後怕地補充問了一句：「將軍沒有別的要求了吧？」
馮國璋冷冷地說：「暫時沒有了，請你馬上下旨吧！」
於是，作為北朝天皇后代的明治天皇，馬上下旨，作了裁決，認定日本南朝天皇也為日本皇室正統，北朝各天皇不列入天皇傳承系列，但北朝天皇地位及待遇不變。明治天皇發詔書承認「南朝天皇為正統」後的第三天，馮國璋再度帶兵入宮面見明治，要求日本政府以「弒君」罪，宣布黑龍會為非法組織，解散黑龍會，並在日本警察廳在全國通緝黑龍會的頭子，要求明治下聖旨，宣布「黑龍會」為非法組織，讓日本警察逮捕頭山滿、內田良平等黑龍會頭領。
明治天皇這才察覺到馮國璋的陰謀，但為時已晚，只好下了聖旨。頭山滿、內田良平等人接到消息，大為吃驚，倉皇出逃。馮國璋在東京等地展開大搜捕行動，鐵血手段鎮壓黑龍會，屠殺黑龍會成員三萬多人，從此馮國璋在日本也有了「冷血屠夫」的外號，日本人嚇唬哭鬧的小孩子，都用上「馮國璋」的大名。
解決了日本黑龍會的後顧之憂，李經述開始在國內大力推進第一個五年計畫，加速工業化。從李經述當總統開始，中國就開始了工業化。第一個總統任期內，繼承了晚清近三十年「洋務運動」留下來的槍炮、船舶等重工業基礎，李經述一直強調發展中國的重工業，建立工業和軍事後勤體系。發展的資本除了日本政府每年的三千三百萬兩白銀戰爭賠款，還有慈禧留在皇宮裡的一億兩白銀。另外，席家棟發行了大概八億銀元的國債。為了發展工業，李經述還拍賣了滿清皇宮和貴族家裡的珍寶。從1896年到1901年，這五年多時間，民間的一些紡紗、瓷器、茶葉、製糖公司迅猛發展，不過因為戰爭刺激了軍火需求，中國的重工業，特別是軍工業的發展，速度大大高於輕工業和農業。
李經述將安慶內軍械所、江南製造總局、金陵製造局、蘇州洋炮局、西安機器局等近代機器軍火工廠整合成了中國國防工業集團，使用進口自英國、荷蘭、德國和瑞士的機器生產火炮、子彈、火藥等，不過坦克的發動機，潛艇用的電動機等還只能從國外購買。
1899年中國成為日本保護國後，為了防止日本軍國主義的幽靈死灰復燃，中國還將日本的軍工廠都拆卸了，把能搬動的機器都搬到了東北，還限制日本鋼鐵廠的規模。大的鋼鐵鍋爐都拆遷到了中國。1901年佔領遠東後，中國加快了對尼布楚等地區銀礦的開採。另外，中國對朝鮮、菲律賓、越南等殖民地也加大了掠奪，積累發展的資本。
中國初期資本主義的大發展，當然也是帶著汗血的。因為要大力發展工業，中國對菲律賓、朝鮮、越南等殖民地的廉價勞動力還是壓榨型的，比如菲律賓的女人，基本上都是被賣到世界各地當傭人，用「菲佣」給中國賺取大量外匯，有一些越南女人，被免費送給中國廣西山區的農民做老婆，延續後代，這個需求還是比較旺盛的。而菲律賓、越南和朝鮮的男人，則是遠東地區礦工的主要來源，他們的生活還是比較悲苦的。長期在井下，每天工作16個小時那是常態。美國有時會因這個拿人權來抨擊中國的一些政策。中國政府則以華工和黑人在美國的悲慘遭遇，來揭露美國人權的黑暗。
工業化需要大批人才，李經述1882年就在天津推動成立了北洋大學，1889年在山東就成立了山東大學堂，這兩所大學成為中國真正意義上的現代大學。技術實力超過了後來創辦的北京大學和清華大學。劉銘傳1885年就在台灣成立了銘傳大學。這些大學當年就派出了大批的留學生學習國外先進技術，1895年之後，學新學的大學生日漸增多，到1900年。將近二十年後，本國技術人員的逐漸培養成材，留學生也大量歸國，越來越多的科技骨幹進入近代產業部門，在技術引進和技術改造活動中，中國已經擁有兩萬多名技術人才。
而且，李經述還通過成立了國家科學院，提出技術決定一切的口號，在全球網路高端技術人才，包括現代潛艇之父霍蘭等一大批技術專家受到中國的禮遇，到1902年，在中國工作的約有五千名各國的專家和技工，其中不少是擔任過總工程師等職務的第一流技術專家。這對於改變技術落後的面貌，加快工業化進程起了重要的作用。
李經述任命嚴復為教育總長後，他和蔡元培等人在中國重新建立系統而科學的教育體系。1897年，科學教育部頒布了中國近代教育史上的第一個重要改革法《學制》，《學制》把全國分為七個大學區，確立了學區的細分原則和每個學區所需設立的大學、中學和小學的數目，還規定了大中小學的學制年限，規定小學實行五年制，中學四年制，大學採取分科制，先普及初等教育，發展師範教育，初等教育中部分實行義務教育，課程也仿效美國，著重灌輸近代文化思想和傳播初步的科技知識，開設數學、地理、物理、化學等科學課程，還改革中等教育和發展實業教育，中國還興辦起各種類型的實業學校，如實業補習學校、實業學校和實業專門學校等，為社會培養了大批的初級和高級技術人才，建立中國人自己的工業人才隊伍。
中國當時也聘請了大量的外教，除了海關總長赫德，這些外籍人員廣泛分布在工部省、文部省、內務省等各個部門，從事傳授先進技術、講授語言和技術學科等工作，有的甚至還參與國事管理，成為政府的「智囊」，被聘請為中國政府的顧問，如《泰晤士報》駐華首席記者莫理循等，李經述的憲法顧問古德諾等，不過中國政府對他們一直採取「只藉助而不依賴」，「只備諮詢而無權決策」的方針。
另外，隨著產業革命的發展，中等職業學校和高等專科學校也得到相當迅速的發展。在政府的倡導下，各大、中型公司紛紛辦起職工學校、近代徒弟學校或制訂廠內技術訓練計畫。1900年，全國共有高等學校184所，徒弟學校323所。
私人鐵路業在政府鼓勵下得到大發展。從鐵道建設開工到竣工營業10年內，政府給予股東不低於8分的年利。所佔用土地免收土地稅，可無償使用。
中國政府扶植民間資本最大的成果在紡織業、瓷器業，1895年，盛宣懷的內閣政府從英國購進1000台2000錠紡紗機，以無利息10年償付的優惠轉賣給民間，創建了上海紡織廠等十餘家紡織廠，中國私人開辦大機器紡紗廠的高潮。
中國缺乏工程技術人員和科研人員，勞動者的素質也不高。為使中國成為先進的工業化強國，內閣總理盛宣懷等人通過了李經述關於制訂發展