俄軍丟了赤塔，遠東岌岌可危。尼古拉二世在冬宮指著一眾大臣的鼻子罵了半個小時，發泄了心中的怒火，才努力剋制自己的情緒，勉強平靜了下來，他黑著臉對俄國國防大臣、皇叔尼古拉·尼古拉耶維奇大公說：「傳朕的命令，馬上發電報給遠東總督阿列克塞耶夫，要不惜一切代價，保住涅爾琴斯克！要是保不住，你也自殺殉國吧！」
涅爾琴斯克，就是中國的尼布楚，在赤塔以東305公里處。這裡的野生動物特別豐富，尼布楚人並不愁吃喝，從前那裡的50個村民一天能捉4000頭野羊，捕魚更是容易事。而且，尼布楚很早就是中國和西伯利亞重要的貿易通道，中國商隊的茶葉從陸路通往歐洲，不少也要途徑尼布楚。1689年清朝和沙俄在這裡簽訂《尼布楚條約》，把同意兩國以額爾古納河、格爾必齊河為界，清政府放棄貝加爾以東至尼布楚一帶領土，尼布楚地區割入俄國版圖，此後這裡成為中俄貿易中心之一，成為外貝加爾的主要城鎮。
尼布楚還有一大特點，那就是白銀儲量驚人，是俄羅斯最大的白銀產地。自1704年開始，尼布楚礦場作為沙俄唯一的礦場，開始生產白銀。最早產出的銀子，被用在獻給彼得大帝的銀帆船杯上，這種銀制的帆船模型，在當時是最受俄羅斯人喜愛的禮品。繼建成銀礦之後，尼布楚附近陸續又建起了很多工廠，每個工廠都配有流放監獄，住滿了從各地來的苦役犯，著名的俄羅斯革命作家車爾尼雪夫斯基，也曾被流放到當地。
當時銀子是世界的硬通貨，沙皇尼古拉二世極力想保住尼布楚的銀礦，這是沙俄的主要經濟來源之一，所以才對皇叔尼古拉耶維奇大公放了狠話，保不住尼布楚，就讓他去死。
財政大臣謝爾蓋·維特對沙皇要繼續和中國戰爭表示很擔憂，他猶豫了半天，大膽向前一步，提出了異議：「皇帝陛下！彼得堡工人罷工運動以來，帝國今年稅收總收入大概只有5億多盧布，算上各國的貸款，財政資金也才10億盧布。您知道，現在基本上已經花光了！」
國防大臣、皇叔尼古拉·尼古拉耶維奇大公也知道再打下去，俄國只會繼續慘敗，他為了保住自己的性命，接過話頭：「尊敬的皇帝陛下，中國人的飛艇、水塔戰車（坦克）、機槍都太厲害了，我陸軍在一個月內，傷亡總數已經超過15萬人了，帝國在遠東的軍隊，已經沒有能力再和中國人進行戰鬥。而國內的叛亂也越來越多，到處都是那些下賤的工人、農奴鬧事！再打下去，國內的叛亂分子，都沒有軍隊鎮壓了！」
尼古拉二世陰沉著臉，道：「陸軍沒辦法打，那海軍呢？我們世界無敵的黑海艦隊和波羅的海艦隊呢？」
海軍大臣茲爾亞諾夫嚇得兩腿發抖，自從俄羅斯帝國的太平洋分艦隊和遠東艦隊幾乎被全殲後，尼古拉二世就沒有給過海軍大臣茲爾亞諾夫上將好臉色，此時見到沙皇尼古拉二世問起，連忙回話道：「黑海艦隊和波羅的海艦隊中的戰列艦。在蒸汽輪機設計使用壽命、動力、航速、排水量和裝甲防護能力比中國的戰列艦稍遜一籌。而且離遠東地區太遠。英國、法國、德國，都有意向我國出售最新式戰列艦。望陛下定奪！」
尼古拉二世一聽，更加生氣，這分明是推卸責任，明知道沙俄帝國現在最缺的就是錢，還買什麼新式軍艦，就算此時花重金買軍艦，估計等開回來，中國的軍隊早打到聖彼得堡了，他氣急敗壞回到御座上，「你們今天來，是要打算要做什麼？你們想要說服你們的君主向中國人投降嗎？我們偉大的俄羅斯帝國要向中國人低頭？？拿破崙都沒征服過我們，李經述那黃毛小子有這麼厲害？？」
沉默了大約一刻鐘，國防大臣、皇叔尼古拉·尼古拉耶維奇大公突然跪到地上，道：「陛下，不是我們不願意打仗，中國實在不能惹！」
尼古拉耶維奇大公聲淚俱下跟沙皇尼古拉二世算算這幾個月跟中國開戰的損失：符拉迪沃斯托克、庫頁島和赤塔失守，軍隊和當地居民死傷預計在50萬左右，斯拉夫人數百年來殺了多少當地原著居民，庫頁島的原居民幾乎殺絕了，才在這些地區站穩腳跟，如今這些地區全部被中國佔領。經濟損失更是難以估量，光是赤塔至符拉迪沃斯托克數千公里的鐵路線，經濟價值已經超過8億盧布，鐵路沿線的礦產資源就不提了。他建議沙皇放棄遠東，不要再投入戰爭，「一旦戰爭繼續，國內工人的革命恐怕會風起雲湧！」
尼古拉二世問外交大臣拉姆斯·道夫道：「你們的意思，是讓朕放棄遠東？拉姆斯·道夫，你有什麼看法？別在那一句話都不說，像什麼話？？」
戰場失利，外交大臣的腰杆子就直不起來，外交大臣拉姆斯·道夫也不清楚沙皇會有什麼樣的決定，所以他剛一直沒說話，此時尼古拉二世問起，他不得不開口回答道：「皇帝陛下！根據我們的情報顯示，中國的軍隊佔據赤塔後，依靠其東北至滿洲里鐵路線，在藉助博爾賈至赤塔鐵路支線的運輸能力，已經再次向滿洲里、博爾賈增兵十萬。看來中國人想在嚴冬來臨之際，沿著西伯利亞大鐵路，東、西方向全面進攻，進一步撕大帝國兩大戰區的缺口。帝國這時主動放棄這些地區，回防西伯利亞，是最佳的戰爭策略。」
聽外交大臣這麼一說，好像有幾分道理，但放棄這麼大一塊肥肉，年輕的沙皇尼古拉二世徹底鬱悶了，問陸軍大臣比斯特洛夫陸軍上將，「還有別的辦法嗎？」
比斯特洛夫搖頭道：「現在帝國內憂外患，民不聊生，中俄戰爭實在打不下去了。臣建議，在烏蘭烏德不保時，炸毀鐵路關鍵橋樑地段，在運輸距離越來越遠的時候，加中國運輸戰爭物資的難度，緩解帝國在東線的戰爭壓力。另外，以中國如今如此強勢崛起的態勢，下一個會威脅到歐洲哪些國家呢？法國人在安南和中國人有矛盾，英國人在緬甸、印度和中國人接壤，我們可以先放棄半個遠東，宣揚白種人和黃種人天然的存在敵意和隔閡，我們可以聯合歐洲國家對付中國。」
尼古拉二世問外交大臣拉姆斯·道夫：「現在哪個國家有能力調停中國和俄國的戰爭？」
拉姆斯·道夫道：「美國和中國都是共和國，兩國現在的關係很不錯，我們可以請美國總統來調停。」
國防大臣、皇叔尼古拉·尼古拉耶維奇大公等人也覺得請美國出面調停可行，眾口一詞請沙皇放棄尼布楚，尼古拉二世聽後知道俄國在遠東大勢已去，心灰意冷，面無表情，下令道：「去準備和中國人談判吧。不過遠東地區的帝國的軍人，拚死一搏，不許撤退！」
李經述聽說了沙皇的命令，感覺很好笑，發電報給遠東戰區總司令段祺瑞，說：「俄國人既然要死，就成全他們，拿下尼布楚！兩個月內光復遠東，將中國的國旗在遠東高高飄揚！」
段祺瑞接到總統的命令，加緊了軍事部署。在尼布楚，蔣百里的飛艇部隊在空中轟炸依舊延續，始終不讓沙俄軍隊集中起來發動反擊。段祺瑞下令炮兵抓緊了攻勢，畢竟，尼布楚的銀礦，是一筆巨大的財富，僅此一項，可以為中國增加幾十億兩白銀的收入。在段祺瑞的指揮下，上百門105毫米加農炮和七十二門75毫米口徑的速射炮齊射，赤塔俄軍高地籠罩在濃厚的煙塵中。
沒有援軍的俄軍，苦苦堅守了三天，就被中國的軍隊徹底擊潰，開始倉皇逃竄潰逃。馮國璋帶兵入赤塔城時，沿途儘是殘垣斷壁，死傷的俄國佬橫七扭八的到處都是，他們抓了三千多名鼻青臉腫的俘虜，一看就是好多天沒吃東西了，他們雙手被反捆，由兩排中國士兵們看押著，進了戰俘營，赤塔城裡在戰火中倖存下來的老弱婦孺，都在隱隱哭泣，卻又不敢大聲喧嘩。
五天後，沙俄的烏蘭烏德陷落。烏蘭烏德是東西伯利亞第三大城市，地處貝加爾湖東南，距貝加爾湖75公里，主要民族有布里亞特人和蒙古人，布里亞特人的歷史與蒙古族密切相關，是蒙古帝國「不里牙賜」的後裔。
與此同時，徐世昌指揮的五萬東北新軍和劉銘傳指揮的三萬新軍，從江東六十四屯、庫頁島出發，在黑龍江流域對俄軍發動了全面地大反攻。
江東六十四屯，面積3600平方公里，清朝與沙俄簽訂了不平等條約以來，黑龍江北岸劃歸俄國，但由於江東六十四屯居住大量中國居民，又在結雅河與黑龍江的交匯處，在劃界時特別將此地歸屬於中國管理。
作為烏蘇里江兩岸的軍事要地，沙俄軍事要塞哈巴羅夫斯克也成了中國的軍隊進攻的重點所在，駐守哈巴羅夫斯克要塞區域的俄遠東第二軍，開戰前大約有六萬人，在前三周的作戰中，陣亡28500多人，負傷的軍民超過了50000人次，中國的軍隊基本上是海陸空協同作戰，炮火猛擊俄軍，一開始俄軍還頑強反擊，但128毫米加農炮集中定點打擊，很快就完全壓制了俄軍的炮火。劉銘傳指揮工程兵部隊裝載著木板，從穿越中俄兩軍邊疆兩岸的烏蘇里江上游開始搭橋，組成寬十米、長十五米的組合橋面，串聯起來，沿著沙灘鋪向烏蘇里河，半個月拿下哈巴羅夫斯克、