下懿旨讓翁同龢告老還鄉的同時，慈禧就已下定決心要廢除不聽話的光緒皇帝。新君的人選，慈禧還是想要一個兒皇帝，她想立端郡王載漪次子溥儁為新君，溥儁1885年出生，此時不到九歲，立個娃娃當皇帝，慈禧還可以一個人說了算，而且，溥儁的母親是慈禧的弟弟葉赫那拉·桂祥之女，和慈禧也是親戚。
榮祿接到慈禧太后的密旨，趕到頤和園面見慈禧。慈禧跟榮祿透露了自己心中的想法：「哀家的兒子，都長大了，不聽哀家的話，這可怎麼辦？現在恭親王和醇親王都去了，哀家還能活幾年？這朝中能和哀家說得上話的老臣，也就你和李鴻章了。哀家想過幾年耳根清凈的日子，立溥儁為帝，汝看如何？」
榮祿突然聽到慈禧打算另立新君，嚇了一大跳，這意味著慈禧要廢黜光緒皇帝了，他看了一眼慈禧，慈禧的臉色很不好，手裡數著核桃木的佛珠，她說話的語氣，不像是和自己商量，而是早就決定好了。
榮祿額頭直冒冷汗，他知道此時自己必須站隊了，只能在光緒皇帝和慈禧太后之間選一個。榮祿知道，即使帝後的矛盾已經發展到了不可調和的程度，孱懦的光緒皇帝，也絲毫沒有與當政幾十年的太后分庭抗禮的膽略和力量，於是回答道：「臣只知天下有太后，至於誰當皇帝，臣不敢妄言。還有，太后真就打算放棄皇上了嗎？」
「你以為哀家不心痛嗎？畢竟皇上四歲就入宮，在哀家身邊呆了快二十年。哀家是看著他長大，哀家苦心教導了他二十年，如今他卻只相信一個外人，這怎麼能不讓哀家失望？怎麼不叫哀家寒心呀！哀家不會讓他再胡來了。」慈禧說到動情處，語氣哽咽，像是忍不住要抽泣了。
在榮祿印象中，慈禧從來都不曾示弱，他跪下大聲道：「臣知罪，不該提起太后的傷心事，臣一定支持太后的決定，萬死不辭。」
榮祿這一番話，算是表態支持慈禧太后了，慈禧點點頭，道：「你去好生準備吧，不要讓哀家失望。」
榮祿問道：「臣這裡不會有問題。不知道李中堂那裡，太后可告知他？天津可是有大批新軍。」
慈禧說：「另立新君的事，越少人知道越好。哀家還沒跟李鴻章說。但想必他不會有太大意見。」
「臣明白了。」於是，榮祿告退，馬上接管了九門提督的三萬兵馬，還有六萬禁軍，然後宣布京師戒嚴，封鎖正陽門、崇文門、宣武門、安定門、德勝門、東直門、西直門、朝陽門、阜成門，北京城內此時已殺氣騰騰，到處是背著洋槍巡邏的兵勇。榮祿還在天津到通州的鐵路沿線布下三萬重兵，以防直隸有變。
榮祿秘密安排好這一切後，變法已經進行了一段時間。慈禧又給恭親王舉行了隆重的葬禮，之後時機差不多了，慈禧太后便開始動手反擊，她命李蓮英帶太監去把光緒皇帝叫到頤和園來訓斥。
那日，京城裡冷風漸起，慈禧太后先把慶親王奕劻以及一幫「帝黨」骨幹大臣請到便政殿，並在自己的座前，設置了執行家法的竹杖。
光緒皇帝那陣日子，正在意氣風發搞改革，幹得最大的事，就是廢科舉，成立了京師大學堂。
沒有了翁同龢，光緒皇帝倚重的是孫家鼐。孫家鼐也是狀元出身的帝師，咸豐九年就中了一甲一名進士，也就是狀元。他在光緒四年被慈禧太后命在毓慶宮行走，與翁同龢一起授讀光緒皇帝，後累遣內閣學士，提升工部侍郎。維新變法後，他認為要振興中華，必須要注重科學，興辦實業，「國家欲富強、民族要興旺首先要開辦學堂」。
光緒皇帝下詔推行變法，廢科舉，興學堂，便命孫家鼐主辦最重要的京師大學堂，研究歐美國家辦學體制。孫家鼐提出「以中學為主，西學為輔；中學為體，西學為用」的主張，在京師大學堂設10門主科、10門附科。
當時的京師大學堂在景山腳下，馬神廟中，沒有鼓樂齊鳴，沒有紅毯鋪地，也沒有貴賓致辭、「領導」剪綵、代表發言，當時的管學大臣孫家鼐默默地率領中西教習和160名仕學生、中學生和小學生，對著萬世師表孔子的靈位頂禮膜拜，就算開學了。
光緒皇帝倚重的另一個維新派重臣是張蔭桓。張蔭桓也是廣東省南海縣人，和康有為是老鄉。但張蔭桓是一個傳奇人物，早年考秀才不第，二十一歲納資買了知縣官銜，入山東巡撫幕府做文書，後來升遷至道員；光緒八年，任安徽按察使；光緒十年，被朝廷授三品卿銜，命入總理各國事務衙門行走；次年，出任特使，奔赴美國、秘魯、西班牙三國，出使時成績顯赫，設領事保護僑民，建立華人中西學堂，教育華人自尊自愛、團結互助，維護華工的合法權益，為屈死的二百多名華工討得14.7萬多墨西哥銀元的賠償，並訂立協議使外國人再也不敢隨意殺害華人。同時，他還對西方社會進行全面考察，回國後，即向朝廷呈獻他出使過程的《三洲日記》。張蔭桓歸國不久，即被任命為總理衙門大臣，兼戶部侍郎，賞加尚書銜，進入從一品大員的行列，這在不是科舉出身，又無特別軍功的漢族大臣中是非常罕見的。
張蔭桓長年從事外交，見識超拔，決意變法的光緒帝對張蔭桓非常器重，經常召見他，在變法頭一個月連續7次召見，他幫助光緒皇帝推行了開放言路的維新舉措。光緒皇帝下詔，允許報紙「指陳利弊」，「中外時事，均許據實昌言，不必意存忌諱」。又下詔，凡院、部司員欲條陳意見，可以上書，通過本衙門的「堂官」（首長）代傳。普通百姓可以到都察院呈遞，實際上肯定了言論自由。保守派大臣彈劾張蔭桓蠱惑聖上，要求將其囚禁，光緒帝不予理睬。
也就是說，光緒皇帝維新變法，真正做成重大影響的事情，就是廢科舉，開言路，朝廷內，則是撤銷了詹事府、通政司等六個衙門，任用維新派楊銳、劉光第等。
至於開辦制度局奪權，或仿效康熙、乾隆時的舊制，在紫禁城內開「懋勤殿」，使之實際上成為皇帝與維新派討論制度改革的機構，因為慈禧太后和榮祿等人不同意，也沒能成。
但因為光緒皇帝大量裁減冗官，僅京師一地，涉及閑散衙門十多處，失去職務者近萬人，但又沒有安排出路，去頤和園找慈禧哭訴的大臣夜以繼日，而且光緒皇帝太心急，一下子罷免了禮部尚書懷塔布、許應騤等六名部長級高官，觸犯了慈禧的逆鱗。慈禧起了廢黜光緒之心，讓榮祿安排好一切，就叫來光緒皇帝攤牌。
光緒皇帝那天趕到頤和園，遲到了半個時辰，慈禧黑著臉不說話，光緒皇帝連忙給慈禧太后跪著請安。慈禧太后沒有叫他起來，而是突然開口問光緒皇帝：「皇上知何為天下？」
光緒皇帝一愣，正揣度慈禧太后問這個幹什麼，難道想考考自己對於新政的理解，於是回答道：「天下者，百姓之天下也……」
「大錯！」還沒等光緒皇帝說完，慈禧太后厲聲打斷了光緒皇帝的講話，呵斥光緒道：「天下者，祖宗之天下也，汝何敢任意妄為！諸臣者，皆哀家多年曆選，汝何敢說不用就不用？康有為之法，能勝祖宗之法？康有為之才，能勝哀家所選之人？汝何至昏聵愚蠢至此！」
光緒皇帝本想爭辯幾句，突然抬頭看到慈禧太后坐前設置的執行家法的竹杖，想起小時候爭辯被痛打的慘狀，心有餘悸，戰慄不已，不知道怎麼回答，小聲回答：「兒臣知錯，兒臣知錯了，親爸爸！」
罵完光緒皇帝，慈禧太后把犀利的目光投向諸位大臣，厲聲喝道：「汝等還不跪下？皇帝年少無知，汝等也吃了幾十年的白飯嗎？汝等真以為哀家會坐視不管，聽任皇上亡國敗家嗎？皇上乃是哀家所立，他若亡國，汝等拿朝廷俸祿不力諍，哀家養你們這群尸位素餐的人幹嘛？」
群臣戰戰兢兢，抬頭見頤和園內的守衛已經全部換成拿洋槍的兵勇，自然不敢反駁，趕緊跪下請罪，大半帝黨的大臣，知道慈禧或許要大開殺戒了，很多人當場辭職自保，慈禧太后也不含糊，全部恩准。
當天，慈禧狠狠訓斥了光緒皇帝，解除了一些帝黨大臣的職務，並沒有廢除光緒皇帝。不過去了翁同龢，光緒皇帝等於斷了兩條腿，新法寸步難行，這次又失去了大半支持維新變法的大臣，光緒皇帝身邊只剩下工部主事康有為、刑部主事楊深秀、內閣中書楊銳、刑部主事劉光第等人，他那天也感覺大事不妙，誠惶誠恐。
心急之餘，光緒皇帝咬破手指，給內閣中書楊銳下了一道帶血的密詔：「朕惟時局艱難，非變法不能救中國，非換舊臣不足以變法，然今日觀之，太后深不以為然，觸怒太后，今朕位不保，汝楊銳、康有為、楊深秀、劉光第等，可妥速密籌，設法救朕，特諭！」
康有為等幾人接到密詔，看到光緒皇帝說「朕位不保」，十分震驚，看來老太后還沒打算退休，這幾個書生亂了分寸，不知道怎麼辦才好。這時康有為想起了袁世凱，一廂情願地說：「事出危急，如今我等須拿血詔，引兵入京勤王，環視域內，只有天津的新兵近在眼前，而且可用，可找袁世凱借兵。」