劉銘傳按照李經述提供的「黑材料」，親筆寫了一封「舉報信」。李經述看了信的內容，很滿意，謝過劉銘傳。
劉銘傳拍了拍李經述的肩膀，道：「不用謝我，好小子，你一定要好好乾！將來台灣有什麼事，還指望著北洋艦隊呢！」
李經述心想丁汝昌畢竟是李鴻章的老將，撕破臉不太好，如果丁汝昌能主動辭職，自己執掌北洋水師的事就妥當了。於是，等丁汝昌帶著兩艘鐵甲戰艦從德國回國，李經述把劉銘傳的「舉報信」交給丁汝昌。
丁汝昌一看，心虛了，頭上直冒冷汗，道：「這劉六麻子，太陰險了，還跟當年一樣，背後捅我刀子，還好老弟告知。我是冤枉的，絕對不敢欺瞞中堂大人！」
李經述說：「這封舉報信里，白紙黑字，連家父哪一天到北洋水師檢閱，什麼時辰到了哪裡都寫得一清二楚，肯定是水師內部有人不滿提督大人，才把你的情況告知劉銘傳。你也知道，他在台灣打敗了法國人，聲望日隆，他要是把這信轉給哪位御史，在朝堂上參提督大人一本，家父也保不住你。」
丁汝昌趕忙問：「中堂大人看過這封信了？這下我該如何是好？」
李經述說：「這事我還沒有告知家父，我奉命先要處理撤旗事件。」
丁汝昌本來就在水師不得人心，劉步蟾、林泰曾、鄧世昌等管帶艦長都不服他，他年紀也大了，在北洋水師幹得也不爽，知道這件事背後肯定有水師內部的人搗鬼，於是問李經述：「撤旗之事暫時不提。只是劉六麻子的舉報信，來勢兇猛，依老弟之見，我當如何？」
李經述見時機差不多了，便說出自己一石二鳥的建議，道：「提督大人可借這次降旗事件，主動要求調離崗位，兄長是陸軍出身，我們陸軍軍官學堂正需要兄長這樣的淮軍名將坐鎮，你去當總辦應該沒問題。北洋水師那邊，你可讓中堂大人把美國人馬吉芬聘為高級顧問，和琅威理一樣，同賞提督銜，以後再找機會回水師，兄長意下如何？」
李經述讓劉步蟾收集丁汝昌「罪證」的同時，還讓他們看看北洋水師里有沒有懂海軍的洋顧問。劉步蟾給李經述推薦了一位洋顧問，美國人馬吉芬，此人的夢想，是當海軍，1884年畢業於美國安納波利斯海軍學院，那年美國海軍只招十二個人，他沒考上，不遠萬里漂洋過海轉投北洋水師，想曲線就業，他找到美國副領事派曲克幫忙，推薦到李鴻章那裡工作。李經述早已經了解到，此人比較擅長船舶駕駛，槍炮使用，領航和蒸汽輪機維護。最重要的是，馬吉芬跟丁汝昌私交甚好！
丁汝昌也是身經百戰的淮軍大將，陸軍經驗豐富，去北洋陸軍軍官軍校也算人盡其才，他已年近五十，當初李鴻章將他安排到水師，也是為了避開劉銘傳的無奈之舉，李經述這麼一說，丁汝昌懷疑這就是李鴻章的意思，當時北洋水師也沒多少油水，一出海就好幾個月見不到家人，年過半百的他早想回北洋陸軍發展，此時陸軍軍官學堂的秋操，已「一炮打響」，軍官學堂在朝廷內外也小有名氣，加上連劉銘傳都出手了，丁汝昌知道這次淮軍內部想搞垮他的勢力非同小可，於是順水推舟，對李經述道：「多謝老弟為我著想，北洋水師想我走人的，無非就是劉步蟾、林泰曾兩個總兵，我絕不會讓他們占我的位置。這樣，我向中堂大人舉薦你出任北洋水師提督，如何？不過我也不瞞老弟，水師那邊賬目上，有一些虧空，老弟你得幫我擔著。」
現在錢對李經述來說，絕對不是問題，丁汝昌的提議正中李經述的下懷，他內心竊喜，但表面上不便表現興奮，面色平靜道：「多謝兄長提攜，我如能出任北洋水師提督，自然替兄長抹平所有賬務，既往不咎。只是我的資歷尚淺，恐怕會有人不服。」
丁汝昌說：「在朝鮮戰敗日本人、在越南戰敗法國人，你的能力，淮軍上下有目共睹，不必推辭。我這就去見中堂大人，稟明此事。」
第二天，丁汝昌面見李鴻章，去跟李鴻章彙報軍艦回國之事，然後他主動請辭，說自己年紀大了，長期在海上，舊傷複發，辭去北洋水師提督一職為宜，他還同時奏請馬吉芬當水師副提督，掛提督銜，建議李經述任北洋水師提督，說自己願意去陸軍學堂發展。
李鴻章詢問李經述的意見。李經述回答說，馬吉芬這個人，我聽劉步蟾提起過，忠誠可靠，沒有琅威理那麼大的野心，聘請他們當顧問，授予副提督之職，掛提督銜，可以形成有效制衡，也可以趁機跟英美兩國海軍搞好關係，這樣我們就可以拉攏他們對付日本國，至少使他們保持中立，甚好！不然，琅威理在英國海軍就是少校，只給他一個提督的虛銜，他必然難以接受。丁汝昌來軍官學堂，可以當總辦，軍校正缺他這樣的淮軍高級將領。
李鴻章聽了連連點頭，李經述說出了自己心中的疑慮，道：「孩兒現在已經任朝鮮通商大臣，兼管陸軍學堂和水師學堂，再任北洋水師提督一職，會不會任職太多，引起淮軍其他將領或朝中清流大臣的不滿？」
李鴻章笑道：「當初讓丁汝昌去水師，也是為了避開劉六麻子，現在他年紀大了，說舊病複發，其實老夫知道，他是惦記著他那嬌媳婦呢，現在回陸軍學堂也好！你去兼任北洋水師提督，家父也放心！如果聘用琅威理和馬吉芬為副提督，那北洋水師一下子有了兩個洋副提督，你懂外交和英語，很合適。至於清流的非議，你不用擔心，自古以來都是能者多勞，想當年文正公（曾國藩）一身兼了五部侍郎，你這幾個小職務算得了什麼？」
有了李鴻章的支持，李經述很快被光緒皇帝任命為北洋水師提督。他一上任，馬上宣布了北洋水師的人事調整：聘用英國海軍少校琅威理和美國顧問馬吉芬為實職副提督，琅威理的薪水為3600美元，約合四百兩白銀，馬吉芬的年薪為2400美元，約合三百餘兩，以示對琅威理更加重視，但兩人權力一樣。另外，將北洋水師右翼總兵劉步蟾指定為北洋水師提督的接班人，這對劉步蟾來說，也相當於「陞官」，因為按照北洋水師的章程，左翼總兵的地位應該比右翼總兵要高。丁汝昌從德國帶回了兩艘遠洋鐵甲艦，李經述增加了北洋水師中翼，把左翼副總兵鄧世昌提拔為北洋水師中翼總兵。至於左翼總兵林泰曾，李經述見他果然英勇驍戰，給他的左翼艦隊多劃撥了一艘鐵甲軍艦，還把北洋水師僅有的兩艘七千噸級別的鐵甲巨艦中的「鎮遠」號交給他管帶，這樣一來，五人對李經述都比較滿意。
李經述到了北洋水師，清點了一下北洋水師的家底，加上丁汝昌剛帶回的兩艘鐵甲巡洋艦，北洋水師到1886年，已有排水量在千噸以上的遠洋軍艦十艘，分別是排水量7335噸的「定遠」、「鎮遠」號鐵甲艦，排水量2900噸的「經遠」號裝甲巡洋艦，排水量2300噸的「致遠」、「靖遠」號巡洋艦，排水量2100噸的「平遠」號巡洋艦，排水量1350噸的「超勇」、「揚威」號巡洋艦，排水量1296噸的「廣甲」號巡洋艦和排水量1030噸的「廣丙」號巡洋艦。
北洋水師最牛的「定遠」、「鎮遠」號兩艘鐵甲艦，是在德國伏爾鏗造船廠訂製的，綜合了英國「英偉勒息白」號和德國「薩克森」號鐵甲艦的長處設計而成，裝備12英寸重炮八門、德國克虜伯305mm口徑後膛炮8門、克虜伯150mm口徑後膛副炮2門、75mm口徑克虜伯炮4門、37mm口徑五管哈乞開斯機關炮8門、57mm、47mm口徑哈乞開斯速射炮各2門，14吋魚雷發射管3具，備21枚魚雷，李經述親自擔任管帶，也就是艦長，英國海軍少校琅威理當幫帶，相當於副艦長；另一艘同級別的「鎮遠」艦，左翼總兵林泰曾任管帶，美國顧問馬吉芬任幫帶。這兩艘鐵甲軍艦，當時在世界也處於領先水平。此時北洋水師的實力，不管是裝備，還是水師素質，名副其實的世界第六、亞洲第一。
清朝平定太平天國後二十年洋務運動，真不是白搞的，與大部分歷史磚家的想像相反，當時的晚清財政相當健康，同治中興時期中國每年財政收入7000萬兩白銀，不過財政支出每年6000多萬兩，其中一半供皇室和滿清貴族的開銷，另一半就當軍費，北洋海軍每年能拿到手的經費，起初在一百萬兩白銀左右，但這不包括購軍艦的費用。每次購買幾十萬兩、百萬兩白銀的軍艦都是李鴻章單獨奏請朝廷，專款購買。作為直隸總督兼北洋通商大臣，李鴻章一直不差錢，直到卸任手上的經費還有1000萬兩白銀。李經述了解到，當時世界海軍裝備日新月異，軍艦的主機、鍋爐、火炮、裝甲等技術都在迅速更新，「速度重於裝甲度」、「射速重於火炮口徑」的觀念已逐漸佔主流地位，於是找李鴻章要錢，花費十萬兩銀子，為北洋水師的十五艘軍艦更換了蒸汽鍋爐，另花八十萬兩銀子為軍艦添購了四十門克虜伯快炮，另外，特別注重檢查炮彈質量，全部選購威力最大的開花彈。
經過這一番人事調整和裝備彈藥升級，加上李經述有海戰經驗，他很快樹立自己在北洋水師中的威信，李經述下令北