事情的經過很簡單，山東問題，在崇禎皇帝朱由檢對白蓮教實行了征剿的同時，也對當地老百姓殺戮過多，這殺戮過多的後遺症就一直沒有終結過。
崇禎皇帝朱由檢也知道遲早會出事，但他沒有辦法，歷史該怎麼發生，他是阻擋不住的。這一點，他早就反覆的印證過，尤其是對於像毛文龍手下這種，不在他調動範圍之內的人，他只能希望這這些人不要反，卻由不得他。
早在崇禎三年（1630年）一月，孫元化隨孫承宗鎮守山海關，三月加山東按察副使，五月升登、萊二州巡撫。後來袁崇煥殺毛文龍，於皮島的毛文龍舊將嘩變，孫元化接收了皮島的叛將孔有德、耿仲明、李九成、李應元諸將。孔有德被任命為騎兵參將，耿仲明則被派往登州要塞。
當時崇禎皇帝朱由檢就預料過這幫毛文龍的這幫手下，日後會成大禍患，但是知道歷史的進程，並不代表著就有能力能夠解決，軍隊不是老百姓，崇禎皇帝朱由檢殺不動！他一直給這幫人優渥的待遇，卻沒有想到歷史該怎麼發生，換個狀態，卻仍然還是要發生的。
崇禎四年（1631年）八月，皇太極率清兵攻大淩河城（今遼寧錦縣），祖大壽受困城內。孫元化急令孔有德以八百騎趕赴前線增援，然登州遼東兵與山東兵素不和，孔有德抵達吳橋時，因遇大雨春雪，部隊給養不足。又部隊行抵吳橋時。與山東人屢有摩擦。縣人皆閉門罷市。有一士兵強取山東望族王象春家僕一雞，該丁被「穿箭游營」。於是士兵擊殺該家僕，事後象春之子不肯罷休，要求查明真相，李九成把孫元化給的市馬錢花盡，恐遭非議，於是搶劫嘩變。
孔有德受李九成、李應元父子的煽動，在吳橋發動叛變。在山東境內連陷數城，黃龍遭叛兵割去耳鼻，史稱「吳橋兵變」。廣東道御史宋賢上疏抨擊山東巡撫孫元化：「登萊撫臣孫元化侵餉縱兵，貪穢已極。其所轄士卒，數月間一逞於江東，則劓截主將；再逞於濟南，則攻陷城池，皆法之所不赦者。」，廣西道試御史蕭奕輔指責孫元化放任孔有德，又說張燾「卸罪於波濤。借詞於風汛」。
後來，孔有德倒戈殺回山東半島。連陷臨邑、陵縣、商河、青城諸城，率兵直趨登州。孫元化急令張燾率遼兵守登州城外，遺總兵官張可大發兵抗擊，以兩路成合擊之勢。但張燾部與孔有德舊職，張燾的兵卒隨即投入孔有德行列，而張可大部自是大敗。與孔有德是舊交的登州中軍耿仲明、陳光福等人，立即舉火開門，雙方戰事膠著，東江兵志不在攻城陷陣，而在於劫掠物資，要不然，整個登州都早已經失守。
崇禎皇帝朱由檢聽完了前因後果，一陣憤怒，卻並沒有像過去一般，又是摔茶杯又是罵娘的。
崇禎皇帝朱由檢早就知道，山東的問題，遲早還是會走上前世的老路，他想將大明的南北連接到一起， 最大的問題便是這山東的問題，這地方人多且貧窮，自己根本無力鎮撫，上一次又因為白蓮教的事情，十里連坐，殺死上百萬人，可以說，自己在山東是很不得人心的，崇禎皇帝朱由檢雖然意識到了自己的問題，但是讓他再來一次的話，對待這樣的民風彪悍的貧寒之地，他還是會照樣來一次！
崇禎皇帝朱由檢的心裏面，從來都沒有地域偏差，在現代，即便是全國都在罵河南人，他也沒有認為所有的河南人都有問題，哪裡的人都有好有壞，只能說那地方的愛小偷小摸的比較出名一點，僅此而已。北京上海這些地方的人就沒有不小偷小摸的人了？就沒有愛貪小便宜的人了？就沒有喜歡在背後害人的人了？
崇禎皇帝朱由檢是對事不對人，他想著的是怎麼解決問題，整個大明的天下都是他的天下，一個皇帝又怎麼可以有地域性的偏差？你的心有多大，你的天下就有多大！
要說不喜歡，崇禎皇帝朱由檢根本就不喜歡京城的人！很多時候，反而認為苦寒之地的人最為淳樸，只是他沒有太多的時間去慢慢的教化，如果在太平盛世的話，崇禎皇帝朱由檢絕對沒有勇氣也沒有那個魄力去執行自己的一套改革方針，是個人都會產生得過且過的思想，皇帝也不例外，只是，他這一世是重生的，他不想走老路，才會越發的狠辣了些！
「孔有德，耿仲明，李九成，李應元，一個都不能放過，連同所有叛軍，一個都不能放過！」崇禎皇帝朱由檢深沉而又冷靜，他沒有發火，不但是大臣們已經多年沒有看到過崇禎皇帝朱由檢再次發火，即便是在深宮之中，即便是在單獨跟王承恩在一起的時候，崇禎皇帝朱由檢也沒有再發過火，不是說他的心態老了，他現在的心態已經恢複到了一個四十歲左右的心態，雖然比他現在這個二十三四歲的身體年紀要明顯的成熟許多，卻也符合一個做帝王的人，應該有的質素。
王承恩點點頭，「遵旨，老奴明白皇上的意思了，但是山東兵馬都是原來毛文龍那邊退下來的，估計其戰力，比大凌河的兵馬都要精幹些，且有上萬之眾。」
崇禎皇帝朱由檢知道王承恩的意思，是讓自己低頭，讓朕招降這些反叛之徒？那大明帝王的威儀何在？朕的朝廷中如果在放縱這樣的軍隊，在安插進來豬狗不如的這些官員的話！朕和大明的臉面何存？「你不要說了，不管這些人的戰力有多強，朕都不懼！大明亦不懼！迅速集結御林軍在天津大營待命，火速聯絡曹文詔，孫傳庭的人馬，往京畿地區赴援！同時給朕密切監視關外皇太極的動向！」
崇禎皇帝朱由檢不怕皇太極再鬧什麼幺蛾子，換位思考一下，如果自己被人當著面跟自己的周皇后那啥的話，而自己卻沒有能力阻止的話，活個有什麼意思是？不管皇太極是瘋狂，還是頹廢，都是崇禎皇帝朱由檢需要的效果，他不信在那事之後，皇太極會不氣的失去原本的冷靜和睿智！
王承恩點頭答應了皇帝的聖旨，急忙下去辦事，崇禎皇帝朱由檢則接著處理自己的政務，依然是該幹嘛幹嘛，他的這一世比上一世，除了繼續勤政，繼續擁有鋼鐵般的意志之外，他的城府也更深了，真的是能夠做到泰山崩於眼前，而面不改色！如果再換做是原先那個百萬農民軍攻入北京城的時候，他也決計是不會在上吊自盡了，只要有一線生機，只要還有一線能夠往人生高處追尋的機會，崇禎皇帝朱由檢都不會輕言放棄，已經沒有任何東西能夠動搖崇禎皇帝朱由檢的心志！
崇禎皇帝朱由檢估計到了皇太極的情緒受影響，卻忘了皇太極也同樣不是一個人，皇太極的手下，有一個崇禎皇帝朱由檢沒有的優勢，那就是多爾袞，多爾袞的能力不但是不遜色於皇太極，甚至已經在很多地方超出了皇太極，至少有一點，多爾袞比皇太極的心智更為堅強些，為人也更為陰冷一些，多爾袞想到的方法，主要都是從明軍的內部找尋機會，多爾袞已經不再是崇禎二年的那個多爾袞了，隨著這幾年跟明軍征戰取得的經驗，他越發的強大起來！