祖大壽一回到錦州城就組織防禦，抗擊建奴。孫承宗一概不參與祖大壽的布置，而祖大壽在擔心皇太極會繼續進犯的同時，不敢再落入皇太極的手中，同時也想在皇太極和大明朝廷之間，兩方面都展示一下自己的實力！因此，在接下來的半個月當中，皇太極除了得到了一座空城大凌河城堡之外，一無所獲。
遼東巡撫丘禾嘉向朝廷參奏祖大壽率隊獻城投降，崇禎皇帝朱由檢不僅沒有降罪，反而通過無線電，讓京師的王承恩以他的名義下詔，提升祖大壽為左都督，領錦州。
同時，崇禎皇帝朱由檢通過無線電，讓京師的王承恩三次下詔，命祖大壽進京覲見，祖大壽都借故推辭，始終堅守在錦州城裡。
後金方面，皇太極三番五次派密使前來，提醒祖大壽不要忘記以前的約定，即刻動手奪下錦州城。祖大壽以各種理由搪塞，並且多次與後金軍隊激戰。皇太極對留在後金軍營中的祖大壽之子祖可法等人，一直以禮相待，並且頻繁給祖大壽寫信。
崇禎皇帝朱由檢讓祖大壽進京覲見，絕不是要殺他，祖大壽不是袁崇煥，崇禎皇帝朱由檢也沒有像是孫承宗以為的那般魯莽，崇禎皇帝朱由檢還是很有政治城府的，他想的是，能夠跟祖大壽在京師見上一面，以皇帝的身份，對祖大壽好言相勸，通過明升暗降，將遼東將門分化瓦解，將祖大壽等人慢慢的從遼東調離。再逐步換上自己在御林軍當中的親信將領。
從祖大壽借故推辭中。崇禎皇帝朱由檢看見了要和平解決遼東問題。基本上是不可能的，也就打消了這個念頭，他相信，這次祖大壽在大凌河城吃了大虧，一定會對建奴加緊防備！崇禎皇帝朱由檢調將不成，又起了調兵的念頭，他想將何可綱和那一萬二千多名，他當初許諾過。突圍就全部編入御林軍的大凌河駐軍調走！
皇太極想拉攏祖大壽和他的軍隊，崇禎皇帝朱由檢並不想拉攏祖大壽，但是想要祖大壽的這支遼東最精銳的軍隊，一場圍繞祖大壽的爭奪，在悄悄的展開。
崇禎皇帝朱由檢的御林軍已經打過幾次大仗了，但是他們的經驗跟遼東這幫跟建奴浴血奮戰多年的邊軍還是無法比擬的，對於一支軍隊來說，戰鬥經驗是非常重要的，不管是在古代還是在現代，這一點都至關重要。
崇禎皇帝朱由檢雖然對孫承宗有些氣。並不是他這個人的氣量太小，對於孫承宗說了自己幾句便懷恨在心。只是因為孫承宗小看了他，他又一時半會沒有辦法證明自己的能力這才是最讓崇禎皇帝朱由檢不開心的地方！硬是要說，自己馬上會怎麼怎麼樣？誰能夠相信？
崇禎皇帝朱由檢這段時間都還是跟孫承宗住在一個城樓當中，孫承宗在哪個地方，都是要住城樓的，只是來回住，並不固定，但是皇帝在他身邊養傷，也就讓孫承宗放棄了以前幾個城樓輪流住的習慣，都守在皇帝的跟前，準備等著皇上的再次召喚，孫承宗很奇怪，皇帝出來也有半個月了，為什麼不急著回京？
「聖上，遼東現在暫時又太平了，在祖大壽的堅決抵抗之下，老臣估計，半年內都應該能夠保證太平，建奴發兵雖然容易，但要是論起持久消耗，是比不過我大明的。」孫承宗拐彎抹角，現在也算是學乖了一些，並不直接說讓皇帝馬上回去的話，其實孫承宗也並不是少腦子，或者說是不會說話，只是有些驕傲，尤其是在二十齣頭的皇帝面前，加上現在是朝中的領袖級的老臣，有些倚老賣老，才會屢次惹得崇禎皇帝朱由檢不開心。
到了七十多歲，在古代早已經是隨時等死的年紀，這樣的年紀的人，也是最麻煩的人，什麼都不怕，老狂。老頭和小孩，都很難用正常思維去理解，尤其是向孫承宗這種，不將察言觀色放在心上的人，他就只管對皇帝來說，到底好不好？
崇禎皇帝朱由檢沒有走的一個主要原因是想將何可綱的人馬拉走，這段時間，一直在想這個問題，而且，他有無線電和京師練習，大部分的事情都可以遙控指揮，加上政務方面，現在他的體系已經形成，即便是皇帝不在，整個京畿地區的運轉也不會出什麼問題的。
崇禎皇帝朱由檢知道孫承宗一定不同意他要將何可綱的人馬都拉走的主意，一定以為他在戰場上面的那一番鼓動就是隨口提升士氣之用，而且自己也不可能將人馬拉走，所以，崇禎皇帝朱由檢壓根就沒有打算跟孫承宗談這件事情。
崇禎皇帝朱由檢望著自己的鞋子，這雙鞋是他這次出來的時候帶著的，已經有些髒了，崇禎皇帝朱由檢是一個有潔癖的人，他不允許自己的身上，有任何的東西不幹凈，尤其是衣服和鞋子，他開始懷念在京師的日子了，懷念在京師的生活，但他卻並沒有後悔這次來遼東，即便是傷重的差點沒有救過來，他也不後悔！任何苦難都阻止不了崇禎皇帝朱由檢那狂熱而執著的信念，那希望大明富強的信念！
一個店，一個公司，成不成功，還是要看老闆，拜神拜菩薩，說穿了都是在拜自己，因為信佛之人，其實心中有佛！求來求去，到頭來，求的還是自己的心。
「怎麼？朕在這裡，礙著老師的事情了嗎？」崇禎皇帝朱由檢不咸不淡的道。
孫承宗不是傻子，當然立刻就能夠聽的出來皇帝的不滿，至於皇帝是哪裡不滿，他卻理解的不是很清楚，在他看來，他教訓皇帝，給皇帝忠告的每一句話，都是很有道理的，是他這個忠勇老臣的經驗之談，是為了皇帝好。
「老臣怎麼敢有這個意思？皇帝莫要多心，老臣是覺得，京師的條件，要比這錦州城好的多。」孫承宗並不是很將皇帝的冷淡放在心上，他到底是一個耿直之臣，並不是王承恩和曹化淳那幫大太監，成天就在察言觀色，將皇帝的一言一行，皇帝的喜好都悉心揣摩。
「老師，你今天能不能安排朕跟那個祖大壽見一面？」崇禎皇帝朱由檢不再跟老頭東拉西扯，皇帝本來就不是一個喜歡胡扯的人，他忽然問道。
孫承宗一驚，不知道皇帝忽然要見祖大壽是什麼意思？起了殺心了嗎？否則見祖大壽做什麼？有事跟老臣說不就可以了嗎？「皇上，老臣僭越的問一聲，您找祖大壽做什麼？」
崇禎皇帝朱由檢更加的不高興了，倚老賣老，得有個界限，朕的事情，是你能夠過問的？遂決定敲打老頭一下，「怎麼？孫愛卿要給朕當家？」
孫承宗大驚，急忙跪倒，雙掌伏地，一頭載的很深，「老臣豈敢？老臣只是請皇上以大明的大局為重，此時，萬萬動不得祖大壽啊。」
崇禎皇帝朱由檢強忍著想罵人的衝動，淡淡道，「孫愛卿，一個臣子，胡亂猜測朕的意思，這是哪家的君臣之道？」
孫承宗見皇帝說的這麼直接，等於是指著自己的鼻子大罵了，急忙磕頭，「老臣荒憊，老臣荒憊，老臣絕無此意，老臣只是想提醒皇上，在建奴沒有解決之前，對遼東的這幫人，還是以懷柔為主的為好，萬萬不可激化了矛盾啊。」