崇禎皇帝朱由檢比較推崇的是張居正的改制！
明神宗繼位時，年紀還小，國家大事完全由大學士張居正決定，張居正實際上行使了皇帝的職責，他可以指揮東廠和錦衣衛對貪官污吏進行調查；隨時可以用以前只屬於皇帝的權力進行懲罰。還對以往獨立的都察院進行控制，以避免以前彈劾奏章滿天飛的情況。
他不但起用水利專家潘季馴、名將戚繼光、李成梁等人，還派人清量全國土地、創立『一條鞭法』，而且利用科道以加強行政紀律。他要求科道官員們運用他們的彈劾權力支持他的計畫，而不要在瑣碎而膚淺的問題上互相攻擊。張居正要求政府報告中提及的任何問題都必須在按時解決。他要求富人的欠稅必須全部徵收，盜匪必須全部捕獲。還要求中央政府每月和每半年要總結任何沒有完成的公務，不然長官就要受罰。
總之，張居正就象鳳姐掌管寧國府一樣，在不對行政機構進行改革的前提下，通過施加壓力，使明朝的國家機構以驚人的高效進行運轉。同樣，他也受到過慣了好日子的官僚們的憎恨。
就在張居正勵精圖治時，萬曆皇帝由孩子變成了青年，這個在宮中的皇帝，有一次去慈寧宮，遇見一個宮女，宮女連忙向皇上請安，神宗叫她起來，見她面目端好，舉止幽嫻，問她姓名，宮女說她姓王。神宗仔細端詳了一會，向她要水洗手。宮女端水過來。神宗見她雙手苗條潔白。就叫周圍人都下去。然後就有了一次歡愉。
萬曆皇帝和其他任何人沒有想到，這件事在將來會深刻地影響整個明王朝！
幾個月後的一天，神宗的生母李太后突然命令宮中設宴，連陳太后（穆宗皇后）也一塊前來入座，和神宗一起吃飯。席間突然說：「宮女王氏蒙皇上臨幸，已經懷孕。神宗聽了鬧了個大紅臉，口中還要抵賴，說是沒有此事。李太后卻把內起居簿錄扔給神宗說：「你去看明。曾否妄載？」神宗無可抵賴，只好冊封王氏為恭妃。王氏的孩子就是皇長子朱常洛。
不久張居正死了，官員們象拉車的馬一樣被他拿鞭子驅趕著累死累活工作了十年，早就怨氣衝天，紛紛上奏摺彈劾張居正作威作福、虛偽狡猾、霸道專橫。這些大多不是事實，但正所謂「慌言重複一千遍就是真理」，加上萬曆想起自己的老師張居正曾經強迫自己嚴格的個人品行準則，過著儉樸生活。而老師自己卻過著奢侈浪費的生活時，再也忍不住了，神宗下令籍沒張居正的財產。並把他的幾個兒子發戍邊疆，張居正的長子也被逼自殺。同時。下詔公開指責張居正的罪惡。張居正的『罪惡行為『於死後被揭發對萬曆皇帝有深遠影響。他不再相信任何人，除了他寵愛的鄭貴妃。
萬曆十四年正月，鄭妃生下一子，取名朱常洵。
開始，萬曆皇帝曾經想像張居正一樣親自掌管天下大事，但神宗很快發現，二十歲的自己缺乏政治經驗，根本控制不了局面。御史們在奉旨清算張居正追隨者時，胡言亂語地給任何自己看不慣的大臣扣一頂『張黨』的帽子，最後連萬曆皇帝也看不下去了。他憤怒地質問御史們：「如果皇帝任命的人都不中他們的意，都是貪官污吏，那他們推薦幾個清官和忠臣呀？」這些以忠誠勇敢聞名的御史們啞口無言。的確，除了指責別人外不做任何事的人永遠不會出錯。
萬曆皇帝很快對國務感到厭倦，但真正導致明朝統治集團四分五裂的是『爭國本』（立誰為太子）事件。 萬曆皇帝最寵愛的無疑是鄭貴妃。傳說鄭貴妃父親因為家裡貧苦，曾將女兒許給一位秀才做妾，臨別時父女相對抱頭痛哭。秀才好心，看這情形大為不忍，情願不要人，也不索還聘禮。鄭貴妃感激萬分。入宮得了寵幸，就告訴神宗說：「妾非某孝廉，哪得服侍陛下？」神宗就把秀才提拔為縣令，幾年後又當上了鹽運使。
鄭貴妃活潑大膽，敢於挑逗和嘲笑皇帝，同時又傾聽皇帝的訴苦，鼓勵皇帝增加信心。曾對皇上撒嬌說：「陛下，您真是一位老太太！」
的確，神宗總的來說是個寬厚的人。在他統治時期，很少讓廠衛特務騷擾官吏和百姓。
鄭貴妃生子後，萬曆皇帝立刻冊封鄭氏為皇貴妃，位於皇后之下而在其他妃嬪之上。子以母貴，常詢超越常格而立為皇儲，就可以順理成章。然而在絕大部分文官看來，這是以幼苗長，自然不合於倫常之道。大學士申時行等人因為皇長子常洛已經五歲，生母王恭妃尚未加封，而鄭貴妃甫生皇子，即晉封冊，明顯見得鄭貴妃專寵，將來定有廢長立幼的事情，遂上疏請冊立東宮，以尊宗廟，重社稷。
萬曆皇帝軟弱無能，不敢公開說明他的意圖，找出種種借口。第一個借口是常洛年紀太小，經不起各種典禮的折磨，第二個借口是立儲大計屬於皇帝的權力，不容許別人插手。但文官們不肯罷手。神宗在和大臣們往來爭辯之際，又突然別作心裁地同日冊封三個兒子為王而不冊封太子。臣僚們不接受這個辦法，萬曆皇帝又找出了第三個借口，即皇后年紀尚輕，仍有生育的可能；如果皇后生下兒子，那就是當然的太子而用不著任何爭議了。這種種借口全都無效，言官愈加激烈，你上一疏，我奏一本，統是指斥宮闈，攻擊執政。被觸怒了的皇帝下令責打進諫的官員們和泄漏消息的宮廷人員以進行報復。但這無濟於事。這時鄭貴妃父親鄭承憲為去世的父親請封，神宗準備封他個伯爵。禮部以歷代貴妃向無祖父封伯爵的故事駁回，神宗只好自己拿五百兩白銀給愛妃父親了事。
文官們捲入了國本的爭論，因為他們必須選擇兩個皇子中的一個作為他們未來的主人；他們從過去的經驗中知道，錯誤的一步，即使這時無聲無息，當繼位問題最終確定以後，也可能斷送他們自己的生命乃至親友九族。
如果神宗是永樂那樣的梟雄，他可以用屠殺讓文官們閉嘴；是弘治那樣的君子，他可以巧妙地將文官們的意見轉向；是正德那樣的嘻皮士，他可以根本不考慮文官們的意見；是嘉靖那樣的自大狂，他可以提拔新人來支持自己，但他都做不到。
立誰為太子已經引起了如此重大的爭論，可是萬曆皇帝卻缺乏實現他的計畫的決心。他已經提升了幼子，卻又承認長子繼承權不可違背。優柔寡斷的神宗採取了逃避問題，不敢面對矛盾，終於，他想了一個自以為聰明的方法。
要是像這樣，整個國家的發展，全靠出一個能臣，出一個能幹又賢明的帝王，就像是在賭博一般，張居正即便是再有能力，再能夠看穿整個大明發展的主要方面，找到癥結所在，他也畢竟僅僅只是一個人！
崇禎皇帝朱由檢的改制就是皇帝主導的，這從本質上就跟張居正的改制有區別，更何況，崇禎皇帝朱由檢的眼光是建立在發展資本主義社會的上面！這在高度上面也會不一樣！
最關鍵的是崇禎皇帝朱由檢發展了皇黨！