萬曆皇帝和崇禎皇帝也基本上是開明皇帝，能接受新思想和推崇新科技。
這些客觀條件決定了，明朝再弱，區區滿清，綜合實力與大明不可同日而語。寒原冰域，百萬韃虜，幾十萬強悍匪騎，充其量無賴強鄰而已。而李自成的百萬暴民，本就是打家劫舍的烏合之眾，根本沒有相提並論的資格。
明朝的滅亡原因，太多人們相信了被滿清王朝壟斷300年的史冊所吹噓的的八旗「實力」，太多的人們誤會了李闖王的賊兵兇悍。卻忽略了事情的根本。戰勝大明王朝的不是造反農民軍，更不是滿清，而是天災，是-----瘟疫！
瘟疫，使，大明王朝，無力回天，再也無法承受。於是，一切是這樣開始的———
歷朝歷代最倒霉的事情，莫過於天災人禍。我們這個盤古王朝最後的皇帝崇禎爺卻都攤上了。上蒼不開眼，偏偏在明王朝最危急的時刻里，雪上加霜般再施天威。瘟疫，可怕的瘟疫，無情的降臨到大明王朝，降臨到當時中國北方百姓的頭上。
瘟疫，今天的人們可能不是很熟悉。這是一種急烈性人群傳染病，2004年北京「非典」的恐慌程度，如果跟瘟疫相比，「非典」真的九牛一毛，小巫見大巫了。瘟疫是長期與人類相伴的最可怕一種的極烈性傳染病。而瘟疫禍國，也絕非個例。
最早文獻記載的瘟疫爆發是在2400年前。公元前431年伯羅奔尼撒戰爭後。死亡極其慘重，就連聞名於世雅典的領袖伯里克利和他的兩個兒子也被瘟疫奪取了生命。
公元164。古羅馬帝國敘利亞凱旋時。也將瘟疫和戰利品一起帶回了羅馬城；大軍所經之處。瘟疫擴散到全國。史稱安東尼瘟疫。皇帝馬可？奧里略本人感染死去。公元250年再次降臨羅馬帝國，史稱西普里安瘟疫。大約2500萬人死於這場恐怖的惡性傳染病，是歷史上死亡人數最多的之一。
瘟疫是世界性的，當時中國處於東漢時期，據史料記載，瘟疫施虐，民不聊生。黃巾大起義的一個根本因素之一就是當時社會對瘟疫的恐懼。
公元541年，東羅馬帝國全境爆發瘟疫。傳播極快。先後約有50%以上的居民死去，小山般的屍體堆滿了海灘，或者被扔進海里。即使皇帝查士丁尼也沒能逃脫瘟疫的侵襲。
十四世紀，全球爆發了瘟疫。黑死病歐洲持續300年，死亡人口30%。在中國，明朝的覆滅，就是這次瘟疫打擊的一個結果。
史料記載，明崇禎年間有關鼠類異常活動的記載驟然增加，如《古今圖書集成？職方典》卷三八九《開封府部》記載：「夏大疫，人相食。有鼠千百成群渡河而南去。」。
順治《郾城縣誌》卷八也有類似的記載：「崇禎十六年有鼠無數，群行田間。幾至成公徑，甚至與貓共處。」光緒《順天府志》卷六九的記載稱：「崇禎十六年，先是內殿奏章房多鼠盜食，與人相觸而不畏。旦後鼠忽屏跡。」
嘉慶《廬州府志》卷四九《祥異》有更明確的記載：「崇禎十四年大疫，郡屬旱蝗，群鼠銜尾渡江而北，至無為，數日斃。」
明末鼠類異常活動的現象，結合近代鼠間瘟疫流行過程中鼠類異常活動來看，說明著瘟疫的發生。文獻中「毒瘤殺人」、「大頭瘟」、「疙瘩瘟」等記載，更加清楚瘟疫的臨床癥狀。起初患者突然發起高燒，有的胡言亂語、行為失控，或者從睡夢中驚醒；然後在腹股溝、腋窩、雙腿出現腫脹，一些人長期昏迷或精神錯亂。他們的結局多數都是死亡，更為可怕的是，有時候人們正在街上或家中交談著，一個人突然就開始搖晃，猛然倒在地上死去。人們毫無徵兆地成群倒下，無人再去理會……街頭、鬧市、民居里到處都是倒斃後無人掩埋的屍體，屍體腹部腫脹，眼睛通紅，張大的嘴裡不斷流出膿水。在當時的醫療條件下，全世界醫生們回天乏術。
今天的醫學研究證實。瘟疫是嚙齒科動物或身上的跳蚤攜帶的病菌引起的，主要是鼠類。一般先在鼠類傳播，人畜接觸後感染，死亡率高達十之六七，發病到死亡可一天內。瘟疫一般分兩種：接觸傳染的腺瘟疫和呼吸傳染的肺瘟疫。
1644年發生能在北京的這場瘟疫，判斷為先是腺瘟疫後是肺瘟疫的混合肆虐。1644年是近一萬年來最冷的幾十年的末期（1580-1644）。回歸線南移，我國華北地區地處北緯40。地區，平均氣溫下降4到6攝氏度，氣候寒冷。於是草原植被南移，大量的嚙齒動物跟隨南下，與原來的農耕大明子民爭奪生存空間。對中國人明朝人而言，這是一場慘厲結局的爭奪。嚙齒動物帶來的瘟疫病菌，最終消滅了明朝幾百萬人口。
更加悲壯的是，這次瘟疫主要發生在中國北方，而這裡是中國軍事政治文化的中心地域。瘟疫的發生，直接造成了中國北方人口銳減，軍隊的巨大非戰人員損失。預備役兵源的嚴重不足。
史料記載：北京淪陷前夕，明軍守城部隊嚴重匱乏。僅有的一些能上城牆的守軍士兵，也是被疾病折磨虛弱不堪。軍官，「鞭一人起，一人復卧如故」。儘管北京城是當時世界上最為堅固的軍事堡壘，城堅而溝深，但卻無奈於可禦敵之兵。
這次瘟疫對北京的影響是空前絕後，慘絕人寰的。死鼠屍體污染了戰備糧食倉庫，也污染了水源，軍隊和百姓食用後造成瘟疫更大範圍擴散；疾病造成的勞動力損失，使緊急戰備生產計畫化為烏有。瘟疫籠罩下的北京城人人自危，無暇顧它，人心惶惶的京城官民對步步逼近的起義軍只能是聽之任之。