隨後，後金鐵騎乘冬季冰堅，進攻與鐵山僅三里之隔的雲從島。毛文龍率部英勇反擊，派部將毛有見、尤景和等逆襲後金軍。雙方在冰面上展開激烈戰鬥。東江健兒面對武器、裝備和人數都佔優勢的後金軍，毫無懼色，浴血奮戰，雙方互有殺傷，後金軍強攻多日，始終不能前進一步。後金主帥阿敏見部隊傷亡太大，占不到半點便宜，遂遷怒於朝鮮人，轉而進攻朝鮮義州和安州，攻破城池，大開殺戒。得手後，又率大軍移向朝鮮首都王京，準備滅掉朝鮮稱王，朝鮮國王李倧一面倉皇出逃，一面遣使向明朝和毛文龍請罪，說導敵不是自己的主意，而是臣子所為，請求援救。
天啟皇帝認為朝鮮雖然協助後金，但不應該計較屬國的過錯，才是天朝氣量。於是下詔給毛文龍，要求毛文龍不計前嫌，出兵援朝。他說：「奴兵東襲毛帥，銳氣未傷，深慰朕懷。麗人導奴入境，固自作孽，但屬國不支，折而入奴，奴勢益張，亦非吾利。還速諭毛帥相機應援，無懷宿嫌，致誤大計。」
毛文龍接到詔書以後，不顧自身糧餉短缺，毅然率部進入朝鮮，反擊後金大軍。在天寒地凍的環境中，東江軍衣不蔽體，食不果腹，每日「拉死屍為食」，仍在毛文龍的激勵下，頑強作戰。雙方在宣州、晏庭、車輦、義州等地反覆拉鋸，而隨著天氣逐漸轉暖，戰事逐漸向有利東江軍的方面轉變。隨著河水、海水的解凍，東江軍逐漸依靠朝鮮境內的大小河流。把以騎兵為主的後金困住。多次重創敵軍。「三戰三捷，困奴於銀杏江」，隨於千家莊、瓶山一帶與後金主力展開決戰，「文龍自率兵出，大戰，殺固山三、牛鹿八人，斬六千餘級。」阿敏不得不放棄在朝鮮稱王的打算，「殺出一條血路回到本土」。東江軍取得了戰役的最後勝利。
「丁卯之役」之始，後金判斷明軍主帥毛文龍極有可能在鐵山，遂於朝鮮方面勾結，冒充朝鮮人突襲鐵山，若成功便能成為一次出色的「斬首行動」，體現了其首領皇太極一慣大膽、果斷的作風。但是，由於非常偶然的原因，毛文龍不在鐵山，後金突襲失敗，使得戰事變為持久戰。一拖再拖，最終讓明軍反敗為勝。這種出乎意料的情況。體現了戰爭的偶然性。
後金主帥阿敏在突襲鐵山失敗，強攻雲從不下的情況下，遷怒朝鮮，又想「東邊損失西邊補」，在朝鮮撈一票，甚至打算在朝鮮稱王，不但沒有成功，反而將朝鮮推向明朝方面。這反映了阿敏魯莽急躁，毫無謀略的性格。戰役後期，隨著天氣轉暖，騎兵為主的後金軍十分被動，甚至有可能被困死於鴨綠江以南，阿敏卻一再拒絕撤軍，終於令後金軍在瓶山決戰中蒙受重大損失。
「丁卯之役」使得皇太極用軍事手段解決東江鎮明軍的戰略失敗了，不得不轉而尋求外交和政治手段解決的途徑，「通款崇煥，求殺文龍」。但是，他至少利用明軍削弱了牛錄比自己還多的兩個旗：阿敏的鑲藍旗、阿濟格的鑲白旗的實力，解除了此二人對其汗位的威脅。可以說，無論後金「丁卯之役」在軍事上成功與否，對皇太極個人來講，都是勝利的。
現在問題的關鍵是，毛文龍已經死了，而且確實是被袁崇煥給殺死的，至於袁崇煥是不是被遼東將門脅迫，對於崇禎皇帝朱由檢來說，已經無關緊要了，問題是毛文龍已經死了，東江軍現在的情況不明！而且，再也沒有強有力的軍事人物來震懾後金和朝鮮人，這也正是崇禎皇帝朱由檢急著要滿桂組建大明第二軍，並讓第二軍儘快的開赴朝鮮的一個原因！
「你對李倧的問題，有什麼看法？」崇禎皇帝朱由檢看著劉鴻訓，想看看這個老頭能夠說出點什麼來嗎？
這麼重大的政治問題，劉鴻訓哪裡敢說什麼？事實上他也沒有什麼主張，怯懦道，「皇上，微臣以為，李倧雖然是通過政變上台的，並沒有得到我大明的認可，但他實際對大明有些幫助，這都是事實，所以，不太好說。」
崇禎皇帝朱由檢嘆口氣，等於沒有說，他身邊是一個能夠出主意的人都沒有，對於這些有經驗的外事大臣，尚且如此，這些事情問王承恩或者曹化淳，就更是等於胡扯淡了。
顏繼祖事實上和劉鴻訓的私交不錯，看見皇帝似乎很不滿意劉鴻訓的話，大著膽子插嘴道，「皇上，微臣覺得應該對朝鮮用兵！一方面朝鮮人太過無用，如果讓後金徹底的解除了來自朝鮮的隱患後，對我大明是很不利的，另外一方面，不經過我大明承認就可以當上朝鮮國王，這本身便是不合大明律法的，這種風氣不能助漲，不管李倧有沒有幫助過大明，或者是不是向著大明，都需要將朝鮮的實際控制權拿到手裡，這樣的話，我大明在朝鮮就有了一個穩固的後勤基地，後金要對大明用兵，就會顧忌重重。」
崇禎皇帝朱由檢很欣賞顏繼祖，甚至超過了對傅永淳和孫傳庭的欣賞，這也是那兩個人回京之後，他一直都沒有安排見那兩個人的原因。
崇禎皇帝朱由檢的性格就是這樣，必須經常在一起，否則隔了一段時間沒有什麼接觸，他就會淡忘了，除了女人，女人是越久不見，越思念的緊，男人則不能隔得太久。
崇禎皇帝朱由檢並沒有給與顏繼祖的話一個答覆，他不打算給什麼答案，事實上，直到此刻，他心裡也沒有一個非常明確的計畫，但有一點他是肯定的！大明不能放棄朝鮮！即使沒有了毛文龍，也必須要保留對朝鮮的控制能力，這跟對察哈爾部林丹汗的支持，在戰略意義上是一樣的！