8.江戶城大火
就在圖坎騎兵屠戮千年聖地奈良城之際，幕府次席老中酒井直政和水戶藩主德川長樂，也都已經悄悄投靠了朝廷，並且在謀劃著一場驚天動地的大陰謀——他們這些幕府內的舊武士門閥，尤其是德川將軍家的旁支，原本就迫切地希望打倒如今竊取大權的大阪商團，奪回幕府名下的土地、產業等等。
如果能夠借朝廷之手，摧毀大阪商團的勢力，為武士的復權鋪平道路，在這些幕府內的舊武士門閥看來，似乎是一件互利互惠的大好事——只是這些人似乎忘了，一旦幕府倒台，他們也就什麼都不是了……
DR1993年10月5日，就在奈良之戰爆發的同一天深夜，幕府的舊武士門閥在江戶發動叛亂。
由於當時的情況極度混亂，而叛亂的主謀又在戰爭之中盡數死去，因此整場叛亂的籌備過程和實施計畫已經不得而知。但可以確認的是，幕府此時的主要武裝力量——江戶町城管隊和巨熊軍團的許多上層人士都遭遇了刺殺，而將軍的城堡則遭遇了圍攻，「白痴殿下」德川家鳴被擄走。
叛黨還在江戶城內大肆放火，計畫將這座百萬人口的巨型都市付之一炬。就連剛剛在馬茲卡大陸遭受重創的龍巫教，也派遣吸血鬼殺手在這場大亂之中摻了一腳，但似乎並未取得多少戰果。
待到黎明時分，舊武士門閥的叛亂終於以失敗而告終，但叛黨首腦卻乘上早已備好的船隻逃出江戶港，裹挾著幕府將軍渡海西行，前去京都投奔朝廷了。
在這場規模空前的大火之中，江戶整個城下町大約被燒掉了五分之四，港口和碼頭基本全毀，軍政機關無一倖免。在貴戚雲集的山之手台地，由於戰鬥更加激烈，簡直是幾乎片瓦無存。至於作為城市地標的十二層征夷大將軍城堡……由於烈火引燃了地下彈藥庫，導致數十尺高的巨石地基一下子崩潰解體，上面的整座城堡都嘩啦啦地垮了下來，變成了一堆無法分辨的廢棄建材垃圾山……
至少三十萬人死於這場空前浩劫，還有超過五十萬市民流離失所——幕府的根基已經動搖了。
9.朝廷的三路東征
10月上旬，被叛黨裹挾著逃到京都的本代江戶幕府征夷大將軍德川家鳴，在朝廷公卿的逼迫之下，以德川家家督的名義，向仁孝天皇辭官納地，宣布解散幕府，交出一切幕府天領和德川家親藩轄地，就此大政奉還……至此，江戶幕府已經失去了法理上的存在依據。
而那些為了保住家族的領地和富貴，不惜毀家罹難背負罵名也要「投奔光明」的舊幕府武家門閥權貴，在被朝廷榨乾了利用價值之後，就被一腳踢開，跌落成了仰人鼻息的高級囚犯。
接下來，仁孝天皇發出明旨，詔告天下，宣稱朝廷即將要發動40萬大軍，沿著東海道、東山道和北陸道，分兵三路東征，務必使海內列島盡歸王化。
至此，倒幕戰爭進入到了最高潮的階段。
但被朝廷花大代價請來的圖坎騎兵，卻在一番大搶大燒大殺之後，完全不理睬天皇詔令，徑自離去，為接下來的戰局蒙上了一層陰霾。
10.日光之災
在江戶之戰結束後，一部分殘餘的「倒幕義士」，逃到了北方的歷代將軍的陵寢——日光東照宮，得到當地旗本武士的收留。
但這些叛軍看到此地金銀甚多，卻立即起了貪念，翻臉恩將仇報。不僅殺死了收留他們的德川家旗本武士，搶掠了陳設的金銀珠寶，盜掘了歷代將軍的陵墓，最後還放火焚燒了東照宮……讓守將德川京介在悔恨不已之餘，毅然引咎切腹自盡。
菲里率領的巨熊軍團隨後追擊而至，但這些「倒幕義士」已經裹著金銀珠寶卷堂大散，無法追蹤了。
11.橫濱事變
在江戶城被火災毀滅之後不久，距離江戶不過咫尺之遙的橫濱租界，也在各種因素之下發生了大暴亂——首先是菲里·泰勒將軍根據法定軍銜次序，和帝國駐東瀛公使澤娜女士聯手合作，試圖接管佩里提督遺留下來的耐色瑞爾帝國遠東軍殘部，卻遭到了遠東軍各級將校的極力抵制，雙方一度鬧到了火併的邊緣。
然後，一支跟龍巫教和倒幕派勾結的耐色瑞爾帝國南軍小部隊，悄悄潛入了租界，並且試圖偷竊佩里提督閣下遺留的浮空城——但由於這座浮空城尚未完工，而且竊賊之中也沒有能夠靈活操縱密瑟能核的大奧術師，結果就是讓浮空城彷彿皮球一般在橫濱市區里蹦來蹦去，把整座城市都碾壓了一遍。
那些被浮空城直接壓垮的房屋，自然是成了一堆渣子，而剩下的房屋，基本上也都在大地震之中成了廢墟，當場死傷一萬餘人，全城一片狼藉……而竊賊們也在浮空城內被顛成了肉醬。
既江戶城之後，這個島國的又一座重要城市墮入了毀滅之路。
12.甲斐之戰
在經歷了日光和橫濱兩場慘禍之後，朝廷的三路東征軍已經從西面逼近。焦頭爛額的江戶當局，在三井龍姬這位臨時主事人的拍板之下，調動巨熊軍團北上甲斐，首先對付從傳送門裡過來的中路軍。
經過翻山越嶺的艱苦跋涉，巨熊軍團抵達甲斐盆地最東端的勝沼町，在此地擊潰並招降了另一支被丟到這個國度添亂的耐色瑞爾帝國南方軍。緊接著，在甲府城下，巨熊軍團與城內守軍裡應外合，徹底擊潰了正在圍攻城堡的野武士浪人，基本消滅了朝廷最薄弱的中路軍，贏得了在這個國度第一場真正的戰役。
13.東軍反擊
DR1993年10月末，為了在幕府崩潰之後，取得繼續與京都對抗的大義名分，江戶地區的財閥勢力領袖，三井龍姬大小姐決定改換名號，在鎌倉扶立原本蝸居於江戶城下町的舊南朝熊野天皇登基複位，從此形成東西兩個朝廷對抗的局面。菲里的巨熊軍團，也趁機吞併遠東軍殘部，擴充到15000人的規模。
而關東地區的舊幕府軍，也順勢改編為東朝廷官軍，簡稱東軍，掛上了十六瓣菊花的皇室徽章軍旗。然後，數萬東軍便開始沿著東海道向西挺進，預備迎擊西朝廷的東征軍（簡稱西軍）。
14.岡崎之戰
此時，擔任朝廷南路軍先鋒的「赤報組」總長相樂總三，自從離京以來一直勢如破竹，眼下已經率部攻克了三河國的首府岡崎城，並且開始向附近地區拓展勢力。
但是，在京都朝廷出爾反爾，強迫整個幕府上下臣僚官吏一律辭官納地之後，那些原本作戰不甚積極，甚至偶爾暗中幫助倒幕軍的舊幕府旗本武士，也全都轉變了態度。為了保全自家的領地和房屋，拼了性命跟朝廷的東征軍死戰不休——在自我感覺過好的仁孝天皇的無差別高壓暴政之下，原本已經分崩離析、離心離德的關東武士和大阪財閥，反倒是又一次被逼迫得團結起來了。
而赤報組畢竟只有數百兵馬，一時間無力繼續挺進，只得向後方求援。
然而，作為使者被派來巡視前線的公卿，卻對「赤報組」的浴血奮戰視而不見，張口就是羅織了一堆罪名，然後大肆勒索賄賂，一時間激起全軍義憤，把這個傢伙給打了出去。
之後，「赤報組」總長相樂總三離開岡崎城，向駐蹕名古屋的朝廷東征軍主帥，東海道總督藤原梅竹述職。誰知腦子缺根弦的藤原梅竹，聽信了先前那位使者的讒言，不由分說就把這位功臣推出去斬首處決。
然後，這位依靠跟仁孝天皇上床搞基才得以晉級的總督大人，又派了幾個衣著光鮮的使者，拿竹竿挑著相樂總三那顆死不瞑目的腦袋，一路敲鑼打鼓地走到岡崎城下示威恐嚇，唯恐旁人不曉得己方爆發內訌。最後，這些使者還很白痴地口出狂言，命令岡崎城裡面那些『偽稱義軍的逆賊』自覺解除武裝，出來投案自首、引頸就戮，卻連一張只究首惡、不究餘黨的赦免令都沒想過要準備……從而硬生生毀掉了大好局面。
於是，駐守城中的赤報組立即叛亂，射死了使者之後便開始據城死守，藤原梅竹聞訊大怒，揮師七萬猛攻岡崎城內的自家先鋒——東軍尚未抵達戰場，西軍就在前線展開了自相殘殺。而且先是極不光彩的誘殺，接著還是無比腦殘的強行逼反，更撲街的是一直到最後也沒能把岡崎城給打下來……
在七萬大軍的猛攻下堅守數日，赤報組漸漸無力支撐，只得命人潛出城堡，向東軍投誠求援。
15.富士見合戰
在收到岡崎城赤報組的求援之後，由於祥瑞號尚在維修，所以菲里只得臨時收集了十艘商船和四艘快速巡航艦，運載了約1000軍隊，倉促向東進發。在濱松港上岸登陸之後，菲里便率軍直撲岡崎戰場。
依靠當地在鄉武士提供的情報，朝廷的官軍主力正在岡崎城下連日猛攻，而朝廷東征軍主帥，東海道總督藤原梅竹大人貪圖享受，卻在距離大軍甚遠的溫泉小鎮「富士見」住宿，據說防禦巡邏搞得甚是懈怠。
於是，菲里便讓還在暈船的大部隊就地休息，自己帶了一隊卓爾精靈女戰士，連夜趕路數十里，悄悄摸到那座「富士見」小鎮