「制治之本，必始乎於官。設官之方，其亦有擇……東海提封即廣，吏職尤繁，政成受代，理有規程……昔成周以事建官，以爵制祿，大小詳要，莫不有敘……」
陳正匯念著用一串典故堆砌起的文章，趙瑜雖是早已看過多遍，但現在聽了依然有些茫茫然，不過下面的聽眾們卻一個個擺出瞭然於胸的表情，就連馬林溪那老骨頭，都眯著眼捏著鬍鬚不斷點頭，一副聽得心領神會的樣子。
趙瑜暗自搖頭：『識得幾個字，就想充文人了……』大宋揚文抑武百年，在宋人心目中讀書人的地位向來高人一等，而目不識丁的武夫則常受人鄙視，海寇們也不例外。當他們聽到高深莫測的文章，寧可不懂裝懂，也不會表露出自己的無知。
但趙瑜卻並不喜歡陳正匯寫得這種拗口艱澀的東西，文章寫出來沒人看得懂，可就沒意義了。不過趙瑜明白，陳正匯之所以費盡心力寫出這篇文字來，卻只是給趙文一人看的。
雖然東海此次改制，主要原因在於脫胎自舊時海寇時代的東海軍制，已經跟不上內部發展的需要。但陳正匯和趙文都把這次改制看成是打壓對方的機會。雖然一開始，趙瑜沒能即刻醒悟，但隨著兩人在官制的安排和官職的職權劃分上的愈演愈烈的紛爭，他早明白了過來。
東海軍中，趙瑜以下。名義上以二當家趙琦為首，但實際上卻是由趙文秉政。不論軍事政事，多經趙文過目後，再送至趙瑜手中。東海上下的一應事務，趙文都可代理，在陳正匯看來，這已經逾越了臣子地本分。必須加以限制。而在趙文的眼中，陳正匯這個外人。其在東海軍中的地位已經開始威脅到他的存在。前時，趙瑜率軍征伐交趾，趙文隨軍出征。按常理說，應該招趙琦回來，暫掌權柄。但趙瑜卻把台灣島上的大小事務，交由陳正匯處置，這就不免讓他心裡升起一種危機感。擔心自己的地位被取代。
「……故立長史府以統政事，升參謀室為參謀部以佐軍事……」
趙瑜瞥眼看了看面無表情的趙文，進士寫出來地文章畢竟不同。趙文前日看後，便灰心喪氣的放棄與陳正匯爭那東海長史之位。宋時百姓多有一個毛病，常常把文章水平與行政能力等同起來，連趙文也不例外。其實要說起處理政務，趙文比陳正匯還稍強一些。
不過陳正匯這麼做，也正合趙瑜地心意。雖然趙瑜把趙文當親兄弟看待。但他也不願意東海軍中有哪個人擁有與他相當的權力。當年東海新興乍起，人才匱乏，讓趙文這個心腹署理軍政，也是趙瑜無可奈何下做出的選擇。不過現在東海隨算不上人才濟濟，但各個職位也不再缺乏人手，再讓趙文得掌全權。趙瑜怎能安心。
所以當兩人相爭的時候，趙瑜便看似公允的做出調解。陳正匯出掌長史府，統管政務，而趙文則出任參軍一職，署理軍務，從此軍政分立，政不幹軍，軍不幹政。長史府與政事堂相對，而參謀部名稱雖來自於後世，但職權卻遠高於總參。實質上就是東海的樞密院。按照趙瑜的說法。由於東海以軍事立國，參謀部地地位要在長史府之上。也就是說，儘管不能再兼管政事，但趙文依然是一人之下萬人之上的地位，雖說這種說辭有些可笑，但至少保全了趙文的自尊心，讓他不至於心生怨懟。
不過，陳正匯雖升任長史，但其權力也未增長多少。長史府下設戶、工、兵、刑等六曹，對應六部；台灣島上分置三縣——桃園、新竹、苗栗——，連同衢山、湄嶼、琉球、昌化等外島政務也統歸長史府管轄。同時趙瑜還另設商貿司來管理東海商稅，在沒有徵收田賦和人頭稅的情況下，長史府下的商貿司其實便掌管著東海財政大權。
但依照趙瑜的命令，這些財稅收取後必須直接存入他名下的東海錢莊，需要取用時，再從錢莊支取。雖然這種做法不像大宋早期的三司使制那樣，直接剝奪政事堂宰相地財權，但長史府的一切收入支出，卻都將在東海錢莊的監督下進行。這麼做，雖無收權之名，卻有收權之實。財務活動受到監視，長史府想做些什麼事，也很難瞞過趙瑜的耳目，除此之外，鑄幣之權也歸屬東海錢莊，其賺取的利潤划進內庫，長史府無權置喙。東海發行的面值不同地五種錢幣，其中面值最小的夾錫鐵錢和青銅錢，都是由宋錢改鑄，錢息微薄，屬於平價發行，只在島內流通，發行量不算大。而當十貫的如意金錢和價值一貫的銀葉錢，雖然都可算是逾價發行，但東海所有的金銀，大部分都留作封樁之用，所以也沒有出產多少。
唯有用三七黃銅鍛造，面值標為二十文的金花錢，由於製作精美，難以仿製，已經在東海沿海一帶開始流通——這主要還是蔡京的功勞，若非他鑄造大錢、鐵錢，幣制三年一改，毀了宋錢的信譽，東海的錢幣也不至於擴散得如此之快——而這金花錢的製造成本就只有三文，對東海來說有著百分之六百地利潤。鑄幣局地水利鍛床因此開足馬力，日夜趕工。按趙瑜預計，單單鑄幣一項，每年至少也有三十萬貫的收入，相當於東海商貿收入地三分之一強。這筆錢，趙瑜打算投入到東海的各級學校之中，由於用處光明正大，陳正匯也無法說三道四。
「那軍器監怎麼辦？」前日，在趙瑜書房中，趙文這麼問道。
軍器監是東海人數最多的機構，船坊、甲具營、弓弩院、兵器坊、火器坊都在軍器監名下。也是東海最重要地幾根支柱之一，早前由參謀室管理。但長史府一立，有了工曹，按常理軍器監便該轉交過去——在大宋，御前軍器所便屬於工部——同時，出產的軍器由兵曹點驗入庫，這也是陳正匯的意見。
不過趙瑜卻是搖頭。原因很簡單。這些軍器作坊的股份有很大一部分屬於各個頭領所有。比如船坊，單單馬林溪一家就佔了兩成股份。其餘工匠分享三成。而火器坊，鄧肯也有兩成乾股。其餘如弓弩院、幾個大匠作也都有股份。一直以來，東海軍的軍械戰船，也都是用真金白銀向軍器坊平價購買，而軍器監的工作，僅僅是檢驗質量。而陳正匯的意見，一旦軍器監改屬工曹。下屬地軍器作坊就要收歸長史府，工匠們的股份不可能再保留——國之重器留在工匠們地手上，陳正匯總覺得不放心——但以趙瑜對國營企業的認識，還有這些年聽過一些關於大宋官營作坊的傳言，他還是覺得這些工坊還是暫時維持公私合營比較好——日後改為私營其實也可以——而且軍器監這些年的工作也做得不錯，根本沒必要加以變動。
「還是保持原狀好了！」趙瑜這麼對陳正匯和趙文說道，「東海兵甲精良甲於天下，這裡面多是馬大工、鄧大工他們的功勞。如果把他們股份都奪了，哪個還會為我東海賣命？」
「那兵曹的工作呢？」陳正匯急問道：「參謀部有職方房，兵曹也不需再多建一個職方司；掌軍情遞送的駕部司，參謀部也有相應職司；軍器監既然也留在參謀部，那再設個庫部司掌管武庫也屬多餘；難道就只剩本部地職司了？（注1）」
「掌軍籍，理鄉兵。同時核對軍功封賞，工作也不算少了。啊……對了，還有那個蹴鞠聯賽也可以歸屬兵曹管轄。蹴鞠也算是軍訓的一種嘛！」趙瑜笑道。這就是他的意見。在大宋，地方官兼任武職，都是常理，絕大部分情況下，各地帥司都是文臣，武將只能任副職。但趙瑜卻不喜文臣插足軍事，大部分軍中事務，他都準備留給武臣。關於這一點。他並不打算給陳正匯面子。
所以到最後。陳正匯得到的就是縮水後的政事堂，他所能掌管的就只有地方民政。軍中之事卻很難再插嘴。雖然他有著與趙文平起平坐的權力，與其對掌大政。若有對外戰事，他也可以以長史的身份進行建言。不過一旦決定出戰，剩下地就沒他的事了。具體的作戰計畫有參謀部作戰房，軍事情報有職方房，軍械整備有軍器監，這些工作都是在參謀部的內部完成，長史府無權干預，最多也只是在戰鬥後，核對報上來的軍功，並下發封賞。至於掌管軍籍，也只是監察有無吃空餉喝兵血的情況，但以東海兵制地嚴格，到現在為止，沒有一個軍頭能夠在軍籍上玩出花樣。這種工作，在現階段，其實是可有可無的。
不過陳正匯也不用再擔心趙文會侵佔他的權力，地方政事，軍方也一樣無權再插手。再也不會出現鄉村裡的官司，由當地駐軍斷案。若是再有軍頭敢對地方指手畫腳，官司打到趙瑜面前，陳正匯照樣有權利把他按律處罰。相對早前軍政不分的情況，已經好了許多。而且陳正匯有信心，只要東海繼續發展下去，他手上的權柄遲早會擴張，人口越多，治理地方的文臣的權力就會越大。所有國家，一開始總是武將佔優，但隨著時光變遷，文臣總歸會一步步取得大權。
這也是趙文與陳正匯博弈的結果，雖然對於手上的權力變動都不是很滿意，但在兩人看來，對手地權力卻縮減得更多，自己地權柄看似縮小，卻更加穩固，說起來也過得去了。對這個結果，趙瑜也很滿意，陳、趙二人相爭，得利最多的就是他這個漁翁。不過東海現在只有軍、政兩個機構，其實還不算完備，在大宋，作為與政事堂、樞密院鼎足而三地權力機關，