三邊總督魏學曾此時駐軍花馬池，聞變大驚，他一邊上疏稟報朝廷，一邊急命部將張雲，郜龐帶五千兵馬，前往寧夏鎮城勸降。
不過叛軍只是緊閉城門，對勸降的人不於理睬。到二月二十三日，叛軍又將不願跟隨劉東暘等人的游擊梁琦、守備馬承先殺死。接著劉東暘來到城牆，對張雲、郜寵二人口出狂言，要朝廷許可他世守寧夏，否則他將聯合河套的蒙古人，一起發兵潼關。
張雲，郜龐二人大怒，揮兵攻城。哱拜義子哱雲，土文秀率兩路大軍從官軍後面殺了過來，鎮城內軍馬又順勢衝殺，官軍死傷兩千有餘，余者潰散。
叛軍更是聲勢大振，除留一部分兵馬據守寧夏鎮城外，余者分為數路，四面出擊。
一路由哱承恩率領，南下攻打玉泉營，游擊傅垣帶兵堅守，千戶陳繼武乘傅垣不備，將他打昏，獻了玉泉營，加入了叛軍。接著哱承恩又率軍攻打寧夏中衛、廣武堡，守軍參將熊國臣棄城逃跑，一時間哱承恩領的叛軍氣焰十分囂張，很快橫掃了河西四十七堡。
一路由土文秀率領，攻打平虜堡，不過在這裡，叛軍遇到了釘子。
在這裡鎮守的，是參將蕭如薰，面對土文秀率領叛軍的攻擊，蕭如薰率軍堅守城池。
蕭如薰的夫人楊氏是尚書楊兆的女兒，賢而有智，她激勵夫君精忠報國，所以蕭如薰更是安心。為幫助丈夫守城，楊氏變賣自己的首飾，準備大量的酒和肉，親自上城犒勞將士，又動員城裡的男女老少都參與守城，拆房取磚，上城作戰。她更親自領了一隻娘子軍，助兵守城。
在平虜堡軍民一心下，土文秀攻圍數月，竟不能下。哱拜見平虜堡攻打不下，就轉而攻打靈州城，同時派人送給蒙古順義王撦力克不少金銀財物，請他出兵助戰，願割花馬池一帶，聽他駐牧。
撦力克是俺答汗之孫，被大明襲封為順義王，但他卻管不住自己的部下，包括他的孫兒卜失兔。撦力克有部屬幾十部，僅在河套，就有屬下部落大小四十二支，他實際掌握的兵馬不過兩萬人。
萬曆十九年時，他在河套的部下庄禿賴，卜失兔等部騷擾大明的甘涼洮岷等地，萬曆帝大怒，在十九年秋停止了對撦力克的賞賜與互市。二十年初時，河套的著力兔部，庄禿賴部等部又騷擾大明的山西鎮，被黃來福所敗，作為名義上的首領，撦力克應該承擔責任，這開市更是遙遙無期。
撦力克早己窮苦多時，在聽了哱拜的請求後，不由動心，他與各部商議是否與大明決裂。
三娘子所轄十二部反對與大明決裂，但撦力克之孫卜失兔力主進軍中原，掠奪財富，他言此時大明邊軍內亂，草原部落正好趁虛而入，何樂而不為？還有火落赤，真相等部，早在去年時，便與大明開戰，聽聞卜失兔這樣一說，更是同意援助哱拜，並極力慫恿各部，領兵助亂。
於是卜失兔先帶一千部下，願作前鋒，進軍韶剛堡，策應哱拜叛軍。他領軍來到韶剛堡，守將汪汝漢單騎出堡，連發三箭，射死了卜失兔三員探路的斥候，卜失兔大驚，連忙止住大軍，退回草原，不敢再進攻韶剛堡。
三月四日，三邊總督魏學曾進駐下馬關，他根據叛軍動向，分兵兩路。首先飛檄命寧夏副總兵李昫權署總兵，統師進剿。自己親率部分兵力進駐花馬池，切斷蒙古河套各部與叛軍的聯繫。
李昫命游擊吳顯、趙武、張奇等人，領兵三千，援救靈州。自己率軍沿黃河堵截，阻其叛軍南渡。蕭如薰也帶著平虜守軍從堡內殺出。不到十五日，官軍逐漸收復了河西四十七堡，將叛軍壓逼至寧夏城一隅。這讓叛軍士氣直線般地衰落下去。
二十五日，撦力克率領三千蒙古騎兵前來增援哱拜，叛軍大喜，哱拜更是急令土文秀，許朝二人帶兵接應，並將撦力克一行人請到了鎮河演武場駐紮。
哱拜和劉東暘等人出了寧夏鎮城來，更以部屬之禮拜見撦力克，又搜羅鎮城內的女子，犒勞撦力克領來的三千蒙古兵，一時間，寧夏鎮城內外有如地獄般，到處是女子的哭泣。見哱拜和劉東暘如此，撦力克自然是非常歡喜，揚言己與哱拜等人成為一家。
有了蒙古人的援助，哱拜等人精神大振，當下與蒙古人合兵，分為兩路。一路由義子哱雲引撦力克等蒙古兵攻打平虜堡，一路由哱拜自己與土文秀攻打玉泉堡。
平虜堡參將蕭如薰與夫人楊氏合議用計破之，由夫人楊氏帶領全城百姓負責城守，又將三千兵馬設伏於南關，自己帶五百老弱前來迎戰，又假裝兵敗，引誘蒙古人和叛軍進入南關，然後伏兵四齣，各類弩箭，火器四射。
伏擊圈內還有各種的車輛，上面堆滿了燃火物，火光衝天，地上又有不計其數的馬刺，蒙古騎兵們自相踩踏，只能被動挨打。哱拜最勇猛的義子哱雲，更是被當場射死。這時著力克還在後隊，聽了前面的情況，哪還敢戰，也不和哱拜等人招呼，竟帶著餘下的蒙古兵遠遠的逃出塞外去了。
平虜堡的攻擊失敗。
而另一路，哱拜與土文秀攻打玉泉堡時，由於遭李昫率領的援軍夾擊，也是無功而返。正垂頭喪氣中，又聽說著力克連招呼都不打，就帶著自己的蒙古兵逃出塞外去了。
哱拜等人不由破口大罵，罵這些蒙古人陰險怯弱，不講道德，不講誠信，真真是靠不住。罵了半天沒辦法，眾人只得垂頭喪氣地回到寧夏鎮城。
形勢不妙，哱拜招集叛軍將領們商議，哱拜假意將責任都推到自己身上，眾叛將感動。劉東暘言城內糧草眾多，又有幾萬叛軍，只要堅守城池，就會有奇蹟出現，同時可以搜羅城內的金銀珠寶，再請求河套的蒙古部落出兵。
許朝也是拔刀砍下桌角，言道有欲降者，便如此桌。當下眾叛將歃血盟誓，同生共死。哱拜又派人帶著大批的金銀財物，鼓動蒙古各部落出兵。
由於平虜堡參將蕭如薰孤城抗賊，名揚西北，萬曆皇帝得知後十分歡喜，特別給予豐厚的獎賞，擢升他為寧夏鎮副總兵官。
到這時候，寧夏叛軍外圍盡去，三月三十日，李眗率六路大軍完成對寧夏城的包圍。
四月五日，叛軍急開東、北二門，各出精騎2000出城搏戰，另派步卒列火車為營，實施防禦。官軍發起攻擊，奪叛軍火車百餘輛，叛軍淹死於城壕內無數。
此時弔橋未及拉起，延綏副總兵王通帶著一個親兵，名叫高丁的好漢，趁機殺入北門，不過余者的榆林鎮官兵不敢跟入，只有王通二人殺入城門。土文秀一箭射中王通額頭，那親兵高丁忙將王通救了出來，叛軍也趕快拉起了弔橋。
眼見朝廷重兵雲集，哱拜夫人施氏責備哱拜有福不享，非要弄險。哱承恩大怒將繼母施氏一把推跌在地，恨恨而去。哱拜此時也是憂心忡忡，與許朝等人商議招安一事。
魏學曾正愁糧草不繼，想要退軍就食，又擔心叛軍突圍出去，投奔蒙古人，那時就遺患無窮。遂將計就計，下令停止攻擊。並經常以上司對下屬的口氣，行文斥責哱拜等人，哱拜見朝廷還以屬部相待，更是放心。
幾日後，土文秀，許朝二人出城商量受降條件。哱承恩、劉東暘見官軍乏糧催餉，遂率精騎潛至漢延渠，奪得官軍糧餉二百餘車，阻斷官軍補給，叛軍士氣又燃燒起來。
四月二十一日，官軍再次組織攻城。不過因哱拜挾持慶王及隨府穆來輔等官員，堅守寧夏鎮城，連著攻城一月有餘，毫無建樹。此時哱拜又請求於著力克，著力克又組織蒙古各部，襲擾寧夏鎮邊境，大大增加了平叛的難度，明軍難以應付，魏學曾在往靈州途中被賊圍剿，幸救而得免。
魏學曾久攻不下，於是向萬曆帝請求以招安為主，平息戰亂。萬曆帝大怒，特旨擢升蕭如薰為寧夏鎮總兵官，統一指揮延綏、甘肅、固原諸路征剿大軍。又調猛將麻貴為副總兵，帶兵前往助戰。並賜魏學曾尚方寶劍，有畏敵避戰者先斬後奏，並授旨他：「殺知府以下將官不用命者，不必上請」。
猛將兄麻貴到了寧夏，與蕭如薰幾番組織大軍攻城，都未能得手。五月二十九日夜，蕭如薰、麻貴乘風縱火，架雲梯攻城。叛軍以滾木壘石還擊，官軍死傷千數。魏學曾見強攻不克，遂採用離間計，企圖從內部突破，未果。
此時萬曆帝已對魏學曾不滿：「堂堂天朝因么麼小丑遣兵累月而未奏蕩平，豈不辱國？」
朝中也多有紛議，認為魏學曾乏應變之才，無力剿平禍亂。浙江道御史梅國楨上奏萬曆帝道：「麻貴雖勇卻不敵李如松，懇請起用如松，定可收到奇功。」
顧秉謙密奏道：「李成梁父子久鎮邊關，飛揚拔扈，不受方鎮節制。切勿前門拒狼，後門迎虎。」
萬曆帝有些猶豫不決，朝議有人認為李成梁父子兵權過重，李成梁不宜再握兵權。科臣王德完認為梅國楨舉薦失當，存有私心。
梅國楨為表心跡，自薦願同李如松前往寧夏平叛，並上疏道：「李氏父子當防之於遼東握兵之時，而不當防之於廢棄離任之後。」
又表明自己的心跡，