七耀歷1202年9月。
利貝爾王國各地區，開始出現不明人士的襲擊與滋擾，各種魔獸事件、幽靈事件、霧魔事件鬧得不可開交！
所幸在王國軍、游擊士協會以及最近活躍異常的諸天門協助下，損失被降低到了最低，但人心亦是不免惶惶，整個利貝爾王國陷入到又一場動亂之中，規模之大，更甚於不久前的王都政變！
實際上，熟悉主線劇情的都知道，這是噬身之蛇的執行者在各地執行福音計畫的第二階段，而對於劇情主角艾絲蒂爾那條線，除了玲外，劇情並沒有什麼太大變化，依舊是以尋找離去的約修亞為主，僅僅是時間上變得緊湊了許多。
對於輪迴者來說，則是相當忙碌的時間段了，主要的難點在於，如何在空之軌跡和碧之軌跡兩者間尋找一個平衡點，使得空之至寶和零之至寶同時出世，才最符合高旭調整後的布局！
期間，貂蟬、拓跋玉兒和林月如達成了心愿，成為了三位最年輕的A級游擊士，分別授予了稱號「迅疾烈風」、「火鳳」和「百兵武者」！
從外號轉變為稱號後，便有了相對應的能力加成，貂蟬的迅疾烈風脫自狩魔之風，顧名思義，主要就在獵殺惡魔、魔獸類敵人方面擁有極為顯著的傷害加成，並且極大幅度地提升速度。
說實話。貂蟬的定位固然是肉盾，但由於無雙武將的身份。她的發展其實是相當均衡的，獲得了無雙凌天錘後，蓄力技權威性不足的破綻又幾乎被彌補上，所以無論稱號提升的是什麼，諸如力量、速度、攻擊範圍，對於貂蟬都有提升作用，絕不「挑食」哦～～
拓跋玉兒自不必說，火鳳是可有可無的。林月如的百兵武者則讓她的武器基礎技能有了一個奇異般的融合，正常情況下，輪迴者至少都有一個對應慣用武器的基礎技能，比如高旭的劍法，拓跋玉兒的刀法，貂蟬的錘法，蒂法的拳法。就連一直空手遙遙御使食妖蟲小金所化的玄法天球，都走上了宿玉（即修真體系法球）的道路，可林月如卻大大地不同，她精通的武器路數太多了，想要樣樣晉陞，那得花費多大的功夫？別說宗師了。恐怕連大師級別都指望不上！
這也是林月如一直煩惱的問題，所幸她的裝備較為特殊，並不需要太強的基礎技能，能提升固然好，提升不了亦不是什麼大事。但總歸是一種遺憾，萬萬沒想到無心插柳柳成蔭。倒是在稱號的幫助下解決了缺陷！
百兵武者的稱號單論品階，估計連紫色都算不上，頂多是暗金巔峰，畢竟林月如攀升游擊士的等級雖快，難度卻沒有到達獲取紫色稱號的地步，不過有時候世事就是如此奇妙，紫色級別的稱號強歸強，不見得適合林月如，暗金巔峰的百兵武者卻有著將所有武器對應的基礎能力融為一體，形成一種獨特的「百兵掌控」！
講白了，百兵掌控就是一個萬金油式的基礎技能，也許它單獨的威力不如刀劍斧槍等等來得專一，但是對於林月如而言，這便是貨真價實的神技！
幾乎是百兵掌控一誕生的一剎那，林月如的紋章就傳來提示，基礎技能升為S級大師，她在各種武器方面的造詣絕對配得上大師之稱，晉陞亦是順理成章！
游擊士的經歷讓貂蟬和林月如的實力更上一層樓的同時，克洛斯貝爾自治州，碧之軌跡的主線劇情也在如火如荼地進行著，瑪麗亞貝爾終於在殘酷的現實面前低下了她高傲的頭顱，同意了諸天門與克洛伊斯家族的「結盟」，實際上就是被高旭控制，干涉碧零計畫的種種細節！
在過於強大的高旭面前，克洛伊斯家族連魚死網破的資格都沒有，噬身之蛇的一眾高層在鋼之聖女的回覆後，也對高旭表露出了和平的意向，故而他們只能寄希望於零之至寶完整體出來後，能夠依靠至寶的神力，擺脫束縛！
在高旭的調控和赤天隊的參與下，西塞姆利亞通商會議沒有了跑龍套的利貝爾王國參與，克洛斯貝爾獨立比起原劇情少了許多血腥與欺詐，實際上迪塔總裁會眾叛親離，正是因為他玩弄了太多的陰謀詭計，聰明反被聰明誤，以為依靠三架神機的力量能夠擺平一切，最後連本來站在他那邊的人物都紛紛倒戈了……
細細研究一下，利用赤色星座栽贓帝國和後來肆無忌憚布下結界隔絕整個克洛斯貝爾，很有些前後矛盾，既然有了三台神機和武力降服一切的強硬措施，自導自演的種種戲碼簡直就是脫了褲子放屁，多此一舉，思及迪塔總裁的正義言論，也怪不得瑪麗亞貝爾看不上她的天真老爹。
當然，豬一樣的隊友，己方最痛恨，敵方最喜歡，高旭就覺得迪塔總裁很是「可愛」，這位駕駛著神機奧昂α式，便能使出愛國者領域的搞笑人物，稍稍忽悠一下，頓時高舉旗幟，乖乖地站到了「正義」的大軍中，讓瑪麗亞貝爾十分無奈。
一切，在按部就班地進行著，效果比起原本預計的還要順利很多，可見實力決定一切，高旭四難度的威儀實在影響了很多很多！
很快，四輪之塔的第二層封印被執行者們齊齊攻破了，艾絲蒂爾等人儘力阻攔，終究是慢了一步，她們不慢也不可能，否則的話劇情就發展不下去了……
略微有些改變的是，約修亞在四輪之塔的劇情結束後，才回到了艾絲蒂爾的身邊，這位童年悲苦的漆黑之牙，怕給自己喜愛的人帶來災難而偽裝成對一切冷漠無情的悲傷少年，終於被艾絲蒂爾的陽光所感化，徹底下定了反抗懷斯曼，保護珍愛事物的決意。
實際上在王國政變後，被懷斯曼揭穿了殘酷真相的約修亞之所以選擇了離開，離開溫暖的家，離開和平的國家，離開熟悉的風景，最主要的，便是為了深愛的艾絲蒂爾，哪怕走得再遠，他和艾絲蒂爾都是生活在同一片藍天下，呼吸著相同的空氣，延續著守護的信念！
「輕柔的風兒啊，將思念傳遞；
飄搖的雨滴，哭訴著無法相見的悲傷；
厚重的大地，把保護的心情傳播；
告知整個世界……
生命會給予重見的機會；
只要活著，總有一天，他們會相會！
繽紛的舞台上，她永遠是他的舞伴；
也永遠是他自轉的中心！」
便如流傳於共和國唐人街的愛情歌謠，約修亞和艾絲蒂爾守得雲開見月明，當兩人攜手歸來，與五年前那不似人形的瘦弱刺客相比，約修亞儼然是一副清秀少年模樣，與高旭遙遙相對。
恢複了對懷斯曼、萊維等人的記憶，約修亞當然也記起了教團殲滅戰不打不相識的高旭，命運多舛的他極為聰慧，對於高旭一手引導他進入布萊特一家，驅除黑暗的過程，竟也如卡西烏斯般洞若觀火，知曉了真相。
在約修亞的請求下，高旭代替了凱文的位置，將其肩膀上的噬身之蛇標記，亦是懷斯曼種下的聖痕術式清除，並為約修亞種下了暗示之楔。
做完這些工作，劇情到了萬事俱備的臨界點，隨著利貝爾王國全部的導力器停止，整個地域陷入一片黑暗與慌亂，一向平靜的瓦雷利亞湖面則霍然升起了一座超越所有利貝爾人想像的龐然大物……
浮游都市——利貝爾·方舟，出現了！！！
利貝爾·方舟是古代利貝爾人的都市，擁有超級高科技的文明，所有的需求都可以得到無限的滿足，依靠的正是女神的七至寶之一輝之環的無盡能源。
被封印的原因前面說過，不再重複，而今噬身之蛇解開了位於王城下方地下空間的第一重封印和四輪之塔的第二重封印，被封印在瓦雷利亞湖底異世界空間內的利貝爾·方舟頓時來到了空之軌跡世界的主位面中！
「哈哈，哈哈哈哈哈哈，成功了，我終於成功了！」
癲狂的笑聲，自利貝爾·方舟中樞塔的根源區域傳至，不用說，這正是我們千辛萬苦實現了福音計畫的蓋魯格·懷斯曼童鞋，而這個時候的白面才是真正位於了守關BOSS狀態，等待著勇士去討伐，利貝爾·方舟的開放也使得赤天隊終於得以進入利貝爾王國，大展拳腳！
輪迴者一方隨著約修亞等劇情主角一同乘坐埃爾賽尤號突入浮游都市，然後和原劇情類似，開始與除了玲外執行者的一一對決，「幻惑之鈴」露茜奧拉VS「銀閃」雪拉扎德，「瘦狼」瓦魯特VS「不動」金，「怪盜紳士」布盧布蘭VS「浪蕩王子」奧利維爾（這一對勉強算美的交鋒吧），各自解決了羈絆後，「漆黑之牙」約修亞與「劍帝」萊維上演了最後的意念對決！
與此同時，於輝之環的所在地，一股空間波動陡然間生出，在懷斯曼先是愕然，旋即狂喜的注視下，掛著似笑非笑神情的高旭自其中一步邁出，悠然道：
「教授，好久不見～～我此來是履行承諾，治療你脊椎傷勢的，很快，你就可以站起來了……」