權力框架已定，剩餘的事情都好談。
朱由檢要求將禁衛軍團作為他的衛兵，保衛京師皇城的安全，其餘軍隊任由林純鴻進行整編和處理。
朱由檢還要求，皇城不得作為各大機構的辦公場所，林純鴻不僅同意，而且還許諾，各大機構將在北京城之西北、香山之東的區域（海淀）建立新城，作為各大機構的辦公場所。
……
陳奇瑜、黃宗羲既作為談判方，又作為中間人，忙碌了整整半年，直到崇禎十五年九月，方才完成所有的談判工作。
緊接著，北京新城開始建設，原有的荊州中樞機構開始搬遷，大明銀行、光祿院，也開始籌劃搬遷。
崇禎十六年正月初一，在走過了一系列程序之後，林純鴻正式就任大明內閣總理，一眾原中樞官員，皆在大明中樞找到了自己的位置。朱由檢任命魏國公徐文爵為大理寺卿。
張道涵、朱之瑜、郭銘彥、李崇德、周望、張兆、陸世明依然擔任閣幕使，魏國公徐文爵作為大理寺卿，自動成為閣幕使。與此同時，林純鴻將彭新調回大理寺就任寺丞，擔任徐文爵的副手，並被任命為閣幕使。
大明一眾官僚，尤其是楊一仁、包哲東、馬世奇、熊文燦、黃渤、田楚雲、狄威等人，他們考慮到張道涵、李崇德、周望的年事已高，數年之內就要卸任，無不卯足了勁，力圖開拓，為自己今後的政治前途添磚加瓦。
新政府當然要有新氣象。
內閣總理林純鴻宣布，按照前期工程院研究的成果，自今年始，投入巨資對黃河、淮河流域進行綜合治理，徹底改變河南、山東、河北及兩淮地區一次次清零的窘境。
內閣總理宣布，鑒於大明境內鋼鐵產量大增，鋼鐵價格回歸至正常，修築從武昌至京師的鋼軌路，修築洛陽至徐州的鋼軌路，修築京師至宣府的鋼軌路，修築京師至山海關的鋼軌路。
內閣總理宣布，大規模擴建天津、登州、萊州海港，整治境內內河航道，修築一系列高標準官道……
……
荊州那幫土蠻子，果然個個都是工程狂。新政府的新氣象，非得用一系列超大型工程來展現。不過，舉國歡慶，超大型工程，帶來的必然是新的掙錢機會。
當然，荊州土蠻子還是軍事狂。
樞密院下令，虎嘯軍團、驃騎軍團北上至山海關，接替山海關防務，調遼東總兵吳三桂至保定，進行整編。
吳三桂和祖大壽商議一番，雖極不情願，但在虎嘯軍團及天武軍團的強大壓力之下，吳三桂不得不率兵前往保定，在雄威、天武兩軍團的監視下，進行整編。
沒過多久，樞密院又派龍虎軍團在錦州附近登陸，接替祖大壽，承擔起錦州的防務。樞密院令祖大壽率兵至山海關，在虎嘯、驃騎軍團的監視下，進行整編。
在剔除了大量兵痞，對各級軍官進行大換血後，將關遼兵編為虎衛、神策兩軍團。虎衛軍團由周世亮、陳奎分別擔任正副統帥，神策軍團則由竇石溫、周遇吉分別擔任正副統帥。周遇吉、陳奎兩人，到底無法忍受皇帝衛兵的寂寞，辭職後來到樞密院，得到了林純鴻和周望的重用。
至於吳三桂、祖大壽等一幫遼東高級軍官，則在樞密院找到了自己的位置，從事一些軍政、軍務管理工作。
與此同時，樞密院又對靖國軍團及薊遼軍團進行了整編，補充了大量軍官，完善了各級指揮機構及武器裝備後，依然由黃得功和曹變姣擔任統帥。
北方的軍隊整編進行得如火如荼時，鄭芝龍順應大勢，提出將福建艦隊與東洋艦隊合編，並交出棉蘭老島及香料諸島之統治權。
林純鴻、周望大喜，對東洋艦隊進行了整編，並任命鄭芝龍為東洋艦隊提督，原提督宋書陶則成為海軍副提督，上升了一級。
本來，樞密院對關遼兵進行整編時，是滿清韃子挑事的最好機會，林純鴻還嚴加戒備，以防韃子鬧事。
哪知，皇太極生了重病，不停地嘔血，根本就沒有精力挑事。
待關遼兵及其他軍隊整編完成後，樞密院對軍隊重新調整了部署：宣武軍團返回河南開封駐防、靖國軍團南下至保定駐防。
雄威、天武軍團駐紮薊州及通州，驃騎、虎嘯兩軍團調至錦州，薊遼、神策、龍虎軍團駐防山海關、永平，虎衛軍團調至宣府。
如此軍力部署，只要稍稍有點軍事常識，就能一眼看出，大明試圖對遼東用兵。
而且，三路攻遼的作戰思路也清晰可見：寧錦一線為主攻方向，以驃騎、虎嘯、神策、薊遼四軍團作為主力；遼東半島為輔攻方向，金吾軍團擔負輔攻及牽制的任務；遼西為輔攻方向，以武衛軍團、虎衛軍團為主力。
龍虎軍團則駐紮在永平（今秦皇島），隨時可作為奇兵登陸遼東。
雄威、天武軍團則作為預備隊，隨時準備對前線進行支援。
正當大明二十餘萬軍隊厲兵秣馬，準備進入遼東之際，忽然傳來消息，皇太極嘔血而死。
林純鴻趁著這次征伐遼東，正式組建了參軍聯席署，並且放任參軍聯席署對征伐遼東進行軍事部署。
圍繞著林純鴻提出的攻佔瀋陽，將戰線穩固在白山黑水之間的目標，參軍聯席署經過一番爭論，最終決定組建復遼行營，由田楚雲擔任行營最高統帥、狄威擔任行營參軍總管、馬守應擔任行營後勤總管。
崇禎十六年七月初十，復遼行營祭旗出兵。
皇太極已死，豪格和多爾袞為了爭奪大權，鬥爭異常激烈，雙方各不相讓，最終在明軍強大的壓力之下，決定由皇太極幼子福臨接續大統。
爭權奪利對軍事行動影響不大，滿清韃子充分利用重騎兵衝擊力強、機動靈活的特點，四處遊動，試圖先行消滅遼西、遼東半島兩路軍隊，複製當年薩爾滸之戰。
然而，田楚雲非楊鎬，林純鴻非萬曆爺，三路明軍非當年的六路大軍。
二十萬大軍在田楚雲的統帥下，步步為營，層層推進，不給韃子騎兵絲毫可趁之機。
三路大軍中，以鄭福林的金吾軍團最為薄弱，成為多爾袞、濟爾哈朗、豪格、多鐸消滅的首要目標。
鄭福林穩紮穩打，將兵鋒一直推進至耀州，沒讓韃子重騎兵找到機會。
韃子內部，顯然有高人指點，待鄭福林抵達耀州後，不戰而退，將燒成一片白地的耀州城留給了金吾軍團。
待到金吾軍團進入耀州城，又呼嘯而至，給予金吾軍團突然打擊。
金吾軍團猝不及防下，吃了大虧。不過，鄭福林到底是戰場宿將，不懼軍團損失，死死咬住了多鐸萬餘重騎兵。
戰機業已出現，稍縱即逝，田楚雲立即令龍虎軍團從耀州登陸，共同夾擊多鐸。
多鐸進退不得，面臨著絕境。
此時，韃子內部產生了巨大的紛爭，豪格、濟爾哈朗認為不必援救多鐸，力主多鐸迅速撤退，能退出多少算多少。
而多爾袞、阿濟格則強烈反對。多鐸是他們的兄弟，歷來歸屬於多爾袞陣營，他們懷疑，豪格、濟爾哈朗出於私利而不救多鐸。
所以，多爾袞和阿濟格不聽豪格和濟爾哈朗之勸告，毅然率兵至海州（今海城，在東營以北），準備援救多鐸。
田楚雲正愁抓不住韃子的騎兵，現在見多爾袞和阿濟格主動現身，立即令驃騎軍團、虎嘯軍團重騎兵出兵，迅速插入海州與遼陽之間。
與此同時，田楚雲又令神策、薊遼軍團及驃騎、虎嘯軍團剩餘兵力日夜趕路，前往海州參與會戰。張鳳儀和周世亮一改往日步步為營的態勢，瘋狂進兵，緊咬住濟爾哈朗及豪格的屁股，使其不能向海州增援。
多爾袞及阿濟格這才明白局勢的兇險之處，立即命令多鐸逃跑，能跑出多少是多少，而兩人則回頭攻擊驃騎、虎嘯軍團的兩個重騎兵軍。
兩個重騎兵軍，正兵超過一萬三千多人，擁有戰馬三萬多匹，與多爾袞和阿濟格的重騎兵在平原上展開了激烈廝殺。
山河失色，日月無光。
多爾袞和阿濟格的兵力雖然遠遠超過兩個重騎兵軍，但要在短時間內想衝垮兩個重騎兵軍，顯然不可能。
眼見得寧錦主力越來越近，多爾袞和阿濟格毅然向東撤退。田楚雲得勢不饒人，命令所有部隊日夜追襲，一直將多爾袞和阿濟格大軍驅趕至長白山系中。
多爾袞和阿濟格損失雖然有點慘重，但遠未至傷筋動骨的境地，無論跨過長白山還是進入朝鮮，都可以儘快休整，接濟糧草，最終恢複戰鬥力。
然而，下雨偏逢屋漏，南芬傳來消息，數萬礦工趁機發動暴亂，目前正好堵塞了長白山山口，望著遼陽、瀋陽蔓延。
在礦工的鼓動下，無數的包衣拿起了武器、跨上了戰馬，加入了暴亂的行列。
更讓多爾袞大驚失色的是，朝鮮清西派宋世烈發動政變，將功西派一網打盡。