最高級光祿院在揚州成立，經推舉，黃宗羲成為理事長，下面還設有十二名理事。
既然機構已經成立，光祿大夫迫不及待地投入到工作中去。相比較顧問權，光祿大夫們更為看重質詢權。畢竟，按照皇帝陛下已經批紅的相關律法，一旦光祿大夫提出質詢，相對應的政府、司法、監察機關必須做出回應。
不過，科舉出身的光祿大夫們還是覺得非常尷尬。他們最想質詢的，當然是安卧荊州的林純鴻，可是，一旦他們向荊州發出質詢，豈不是變相地承認了荊州才是大明的中樞？
不得已之下，他們為了發揮自己的價值，向朝廷發出了一系列質詢。
光祿院的成立雖然得到了皇帝陛下的背書，但包括皇帝陛下在內，幾乎所有官員都未意識到需要對光祿院發出的質詢需要回應，有的甚至對光祿院這幫傢伙指手畫腳頗為不滿，滿口抱怨之聲。
因此，這些質詢石沉大海，無人理會。
至於其他一些光祿大夫則沒有任何顧忌，接連向荊州發出了數道質詢。
比如，歸安茅元儀質詢荊州都督府，長江南北諸多重鎮城牆皆已殘破，為何都督府從未組織修繕城牆。
茅元儀可不是一般人，曾是遼東經略使楊鎬之幕僚，後來為孫承宗所重用，崇禎二年時任副總兵，率領舟師守護覺華島。覺華島失陷後，獲罪戍邊，後來返回故里。這次被推舉為光祿大夫。
都督府認真答覆道：戰爭形式已經發生了變化，火炮成了當前軍隊的標配。按照以前城牆的修築方法，無法抵禦火炮的轟擊。若要抵禦火炮，非得如襄陽一般修築棱堡。
然而，修築棱堡需要耗費巨資，鑒於當前長江南北並無實質威脅，不修也罷。
……
黃宗羲、黃道周等人覺得向荊州發出質詢不妥，向茅元儀等人發出嚴正警告。如茅元儀、鄭夢帆等輩則大不服氣，辯解道，朝廷不尊法度，不能履行中央的職責，不向荊州質詢向哪裡質詢？
雙方吵成一團，各不相讓。
黃宗羲、黃道周等人見這樣不是辦法，想來想去，提議就禁止向荊州發出質詢議題進行投票。
茅元儀、鄭夢帆雖然堅決發對投票，但也想不出更好的解決辦法，只好捏著鼻子認可了這一提議。
投票結果沒有任何意外，三百多票贊成，一百多票反對，禁止向荊州發出質詢的議案得以通過。
林純鴻知道投票結果後，對此一笑置之，並未放在心上。倒是黃宗羲覺得一人一票的辦法非常公平，又能避免無休止的爭吵，遂將投票制度固定化，但凡有爭議的議題，都採用這個辦法。
王大俊這次亦被推舉為光祿大夫，有了這個身份，王大俊當然要充分利用。於是，王大俊向朝廷質詢：天津的商人，本為大明之子民，因地方官橫徵暴斂，遂採用了激烈的手段。既然商人們已經答應按照規矩納稅，為何朝廷直欲剿之而後快？
同時，天下人都認為地方改制能增加朝廷的收入，為何朝廷執意不從，非要以增設門卡關稅的方式盤剝子民？
王大俊的質詢，同樣石沉大海，沒有人理會。
……
朝廷一再藐視光祿院的質詢，讓最高級光祿院形同虛設，急壞了黃宗羲一幫人。
最高級光祿院的處境越來越尷尬，向荊州發質詢，不許；向朝廷發質詢，不理，最高級光祿院成立有何用？
正當黃宗羲一籌莫展時，光祿大夫黃道周、倪鴻寶、楊廷麟三人卻離開了揚州，乘船往北，最終抵達京師。
這三人被稱為「三翰林」，文章、風骨皆享譽天下。
只見三人昂首挺胸、目不斜視，徑直來到長安右門外，拿起大大的鼓槌，敲響了登聞鼓！
登聞鼓已有數十年未響，隆隆的鼓聲震動了整個京師，就連宮內朱由檢的心臟，也隨著鼓聲撲通撲通亂跳。
按照規矩，登聞鼓響，所涉案子由都察院審理。
當都察院接過三人的訴狀一看，不由得倒吸一口涼氣，三人狀告大明皇帝及大明朝廷！
這還了得！
都察院將三人扣留，立即報至朱由檢處。
朱由檢看了訴狀，一時大怒，正準備將三人下詔獄，卻被曹化淳阻止。
曹化淳只說了一句話：皇上忘了嘉靖朝囚禁海瑞一事？
朱由檢猛然醒悟，心道：差點被這幫沽名釣譽之徒算計了！朱由檢強壓住內心的火氣，吩咐都察院放人，不用理會這幫狂徒。
朱由檢自認為放了黃道周三人一碼，三人卻絲毫不領情，聲稱：都察院不審理完結此案，他們絕不離開都察院一步。
左都御史王道直對三人嗤之以鼻，厲聲喝問道：「汝等三人，既然狀告大明皇帝和大明朝廷不尊法度，就應該知曉大義在何處，卻又為何委身於民賊，至光祿院任職？」
黃道周冷笑回應道：「皇上批紅成立光祿院，我等至光祿院任職，如何就是委身於民賊？」
王道直瞠目結舌，哼哧半晌，繼續說道：「既然未委身於民賊，就不應該在朝廷處境艱難的時候來添亂！」
楊廷麟駁道：「天子、朝廷理應遵守法度，既然設立了光祿院，就應該按照法度辦事，對質詢進行解釋、回應。我等為大明江山而來，如何成了添亂？」
……
王道直根本說不過「三翰林」，又無法將三人轟走，只好上報朱由檢。
朱由檢本就憤恨難平，接報後，直欲狠下心來，不顧後世之聲譽，將三人直接下詔獄。
正在這時，陳奇瑜求見。
朱由檢頗為倚重陳奇瑜，只得強壓著怒火，將三翰林一事先放一邊。
陳奇瑜進來後，委婉向朱由檢點明：前段時間最高級光祿院通過禁止向荊州發出質詢議案，此事足以說明，光祿院心向朝廷，朝廷可以信之，甚至可以倚之。
而且，光祿院左右不過是發出質詢而已，朝廷及各級地方官府費點事回應一番，也礙不了什麼事。
現在，「三翰林」不懼刑罰，敲響了登聞鼓，無非想樹立律法的權威，想用律法套住林純鴻這匹野馬。
「三翰林」為朝廷的長遠做打算，非但無藐視君上之罪，反而是大明的大忠臣！
陳奇瑜的眼光非常毒辣，一下子看出了黃道周等人的終極目的，說得朱由檢心服口服。
朱由檢雖然急躁，但並不笨，待陳奇瑜說完，他嘆了口氣，道：「恐怕律法也套不住籠頭，最終還得靠拳頭說話。」
陳奇瑜回道：「終究是一條路，姑且一試吧，沒準關鍵時候就起了作用。」
……
第二日，朱由檢令朝廷各部門認真答覆光祿院的質詢，並且規定，以後凡是光祿院的質詢，都必須認真答覆，若有推諉者，嚴懲不貸。
「三翰林」達到了他們想要的結果，欣然走出都察院，返回揚州。
至於各部門答覆質詢，倒沒什麼問題，大明官府，辦實事的能力不強，推諉的本事倒是一流，三下兩下就把責任推到了別人身上，甚至推到了老天爺身上。
質詢又沒有要求官員必須怎麼做，只要有答覆，便可以交差，光祿大夫們再不滿，又能如何？
別的質詢好答覆，唯有王大俊的質詢最為特殊，無法歸到任何部門，最終送到了周延儒手中。
堂堂大明首輔，陰差陽錯之下，居然要答覆反賊的質詢，這算什麼事？
這王大俊身為朝廷認可的光祿大夫，卻位於反賊窩中，到底是光祿院的制度出了問題？還是朝廷認定天津商人為反賊出了錯誤？
周延儒當然認為光祿院的制度出了問題。於是，他並未答覆王大俊的質詢，而是發函至揚州，令光祿院取消王大俊的光祿大夫資格，並責成光祿院修改制度，保證不再出現此類笑話。
最高級光祿院理事會寸步不讓，認為內閣無權對光祿院命令、責成，並且頑固堅持，光祿院相關律法得到了皇帝陛下的批紅，若要修改，則需要三分之二以上的光祿大夫同意，然後報請皇帝陛下批紅。
這已經涉及到立法權的問題，非周延儒所能解決，答覆王大俊一事不了了之。
不過，此事引起了黃宗羲、顧炎武等一幫有識之士的深思。
自秦漢以來，立法權就一直沒有明確的說法，表面上歸屬於皇帝陛下，實際操作中卻把持在行政機構手中。而且，關於國家基本層面的律法，一般由太祖、高祖、太宗之類的說了算，後世很難更改。
比如，現行的《明大誥》就由朱元璋親自編撰，通行於世的《大明律》也由朱元璋主持編撰。
事易時移，大明的情況已經與朱元璋時代截然不同，很多律法不合時宜，卻仍然被頑固地堅持著。
而且，黃宗羲還敏銳地發現，自從林純鴻崛起之後，大明幾乎一日三變，除了一些基本層面的律法，其餘律法都面臨著無法跟上時代的問題。
林純鴻頒布了無數的