明末時，菲律賓群島並不直屬西班牙本土政府，而是作為新西班牙（即墨西哥）的一個行省來管理的。崇禎八年五月，科奎拉抵達馬尼拉，正式就任菲律賓總督。
科奎拉經歷比較複雜，曾經在佛蘭德斯、秘魯與當地的「猴子」作過戰，後來升至巴拿馬總督，現在，又跑到菲律賓，周旋於摩洛海盜、荷蘭人、葡萄牙人及英吉利人之間。
南洋的形勢較為複雜，多方勢力糾纏在一起，斬不斷、理不清，比一堆亂麻還亂。首先是大明與葡萄牙、荷蘭、西班牙之間的矛盾。自萬曆三十年後，大明幾乎與葡萄牙、西班牙、荷蘭、英吉利都打過仗，而且毫無例外地都獲得了勝利，這還是日薄西山的明末么？
最近，與大明爆發衝突的葡萄牙人最為悲情。葡萄牙人在多年的經營之後，形成了兩條黃金商路，一條就是廣州——澳門——長崎，另外一條就是廣州——澳門——馬六甲——果阿（里斯本），可是，在林純鴻強行佔據澳門後，葡萄牙的優勢地位受到了嚴重挑釁，頗有集結艦隊奪回澳門之勢。
其次乃葡萄牙和荷蘭之間的矛盾，葡萄牙衰弱的速度非常快，自然引起海上馬車夫的覬覦，為了得到馬六甲和果阿，荷蘭東印度公司一度派遣艦隊封鎖馬六甲和果阿，雙方對決層出不窮，衝突呈擴大之勢。
此外，就是西班牙與荷蘭之間的矛盾。荷蘭在南洋的氣勢頗有點咄咄逼人，自然不會放過呂宋島。雙方一度兵戎相見，荷蘭曾經派出十多艘戰艦封鎖馬尼拉，西班牙僅僅派兩艘戰艦迎戰，結果讓人大吃一驚，西班牙戰勝了荷蘭！由此可見，西班牙艦隊的實力頗強！
至於英吉利人，至今還處於敲邊鼓的階段，只是偶爾派一支艦隊來南洋晃一晃。
科奎拉還在巴拿馬總督任上時，就對南洋的形勢有所耳聞。抵達馬尼拉後，又下了一番苦功夫了解形勢，有信心為國王陛下守住這塊海外殖民地。
按照《托爾德西里雅斯協議》，西班牙不可能穿越馬六甲海峽返回歐洲，只好建立了馬尼拉——阿卡普爾科（歐洲）航線，從墨西哥運來大量的白銀，換回中國的生絲、絲織品、棉布等大宗商品。然而，目前西班牙處於戰略收縮階段，國王陛下實行限制貿易政策，導致此條航線的價值有所下降。
更關鍵的是，墨西哥的白銀產量大幅度下降，致使馬尼拉的商船數量日漸減少。
科奎拉當然對這些情況了如指掌，他認為，只要投入精力剿滅棉蘭老島及蘇祿群島上的摩洛海盜，就可以保證呂宋島的安全。總督一職，可謂輕鬆愜意。
不過，上天和他開了一個玩笑。
上任不到一月，他就聽聞，大明帝國廣東總兵林純鴻咄咄逼人地宣布：「南洋乃大明之南洋，絕不允許大明以外的任何人染指。」
科奎拉當時還有點幸災樂禍，畢竟，當今南洋的第一勢力乃荷蘭，他巴不得荷蘭與大明打得難解難分，然後西班牙漁翁得利。然而，他得意還不到一天，林純鴻又宣布，兩年內將攻擊呂宋島！
「噢，我的上帝，難道大明人都是這麼狂妄自大嗎？」
聽到林純鴻的狂妄之言後，科奎拉對林純鴻的第一觀感就是「狂妄無知」。科奎拉對林純鴻艦隊的實力非常了解，知道其麾下兩層甲板戰艦有七艘，其中福甲號十八磅加農炮四十門。如此的艦隊規模和實力，科奎拉直接下了判語：不堪一擊！
不過，更讓科奎拉嘀笑皆非的是，福建的另一個副總兵鄭芝龍也宣布，要進攻呂宋島。
「哎，我的上帝，原諒這幫野蠻人的狂妄無知吧！」
科奎拉劃著十字，用憐憫的語氣念叨著，「我的上帝，他們的船能開到馬尼拉么？」
於是，科奎拉對大明的動態不管不顧，將目光投向了盤踞在菲律賓南部的摩洛海盜，派出八百人的部隊進攻巴西蘭島，大獲全勝，受到了英雄般的凱旋儀式歡迎。
同時，他為了降低軍費，還招募了三個團的當地士兵，為總督府服務。
做完了這兩件事的科奎拉志得意滿，滿以為可以安穩坐等下次升職。哪想到，林純鴻存心不讓他舒心，造出了三層甲板大戰艦，火炮總數達到九十六門，還在安南紅河口大展神威，一個時辰內摧毀了巴喇炮台！
科奎拉坐不住了！
他立即派人了解林純鴻的造船、鑄炮實力。一個月後，從廣州傳回的消息差點讓他崩潰，長洲造船工坊的船塢上，同時開建的三層甲板戰艦有三艘！
而且，科奎拉的探子還了解到，自瓊州府運至廣州的鐵礦石源源不斷，按照運送的鐵礦石量來估計，月產二十門重型火炮應該不是問題！
四艘三層甲板戰艦！三百八十八門重型火炮！科奎拉感到害怕了，以前他引以為傲的菲律賓艦隊，現在在他看來是如此地孱弱，僅靠這些戰艦，如何抵擋林純鴻？
科奎拉不愧為西班牙傑出的軍事領袖，稍作思考，各種對策應運而生，如行雲流水一般開始運作。首先，他給西班牙國王陛下寫了一封信，將自己了解的情況作了詳細彙報，並極言大明之威脅，請求西班牙本土對菲律賓進行支援。
另外，他又給葡萄牙果阿總督、荷蘭東印度公司總督各寫了一封信，極言「南洋乃大明之南洋」的危害，希望三國在南洋拋棄前嫌，共同應對林純鴻的威脅。
最後，他對下屬下達了一條命令：「立即令馬尼拉造船廠造大量的小型火船，發揮近海作戰的優勢！」
下屬非常疑惑，忍不住提醒道：「尊敬的總督閣下，造火船不是問題，問題在於，造出來後，何人去操縱？」下屬說的乃是實情，除了菲律賓艦隊外，岸上的西班牙人不超過四千人，哪有那麼多人手操縱火船？
科奎拉一愣，隨即氣急敗壞地咆哮道：「招募當地士兵！馬上給我開始招募，馬上訓練！」
下屬聳了聳肩，非常不情願地稱了一聲「是」。退下時，心裡還在不停地嘀咕：火船有用么？那幫猴子要是學會了操縱船隻，恐怕母豬也上樹了！
……
科奎拉焦頭爛額時，林純鴻正在聽取南洋局勢的彙報。
海軍軍情處處長凌雲華的彙報顯得冗長無比，直說得他口乾舌燥，接連喝光了三杯茶，還是覺得口渴無比。
最後，凌雲華將攤開的報告合上，道：「總之，南洋就是亂局紛呈，各方捉對廝殺，唯一的一條線就是利益！」
林純鴻讚許道：「非常詳實，說得也很好，對，背後的操縱者無不是利益！」
林純鴻喝了一口茶，繼續說道：「說來說去，南洋亂是亂點，但不是沒有頭緒！照我看來，這裡面只要抓住兩個焦點，就可以把南洋的局勢理清！」
「第一個焦點就是貨物來源，說穿了，就是生絲或者絲織品來源！無論對倭國商路，還是歐羅巴商路，生絲和絲織品的利潤最高。這些年來，葡萄牙、西班牙和荷蘭為何前赴後繼地攻打大明？除了這些西洋人對大明花花江山的覬覦之心外，擴大生絲來源就是最重要的原因！」
「可以這麼說，誰能獲得大明的獨家貿易權，誰就能在南洋獨大！葡萄牙勢力衰弱無比，卻能在南洋謀得一席之位，與澳門獨特的地位密不可分！葡萄牙明知打不過咱們，還面臨著荷蘭人的威脅，卻厲兵秣馬，試圖奪回澳門，原因就在這裡！」
凌雲華的反應相當快，略作思索，道：「軍門的意思就是說，如果我們介入南洋，前景非常廣闊，因為我們可以毫不費力地控制生絲來源！」
林純鴻道：「對！不過，目前還有一個競爭者，就是鄭芝龍，而且鄭芝龍的條件比我們還好，他與江南官紳的關係頗為密切，更是得到了他們的暗中支持！」
凌雲華默默地點了點頭，作為軍情處長，他對鄭芝龍與江南官紳的關係心知肚明。
林純鴻繼續說道：「第二個焦點就在於馬六甲海峽！如果我們不介入南洋，我估計，葡萄牙和荷蘭當有慘烈一戰，戰爭的目的就在於爭奪馬六甲海峽！荷蘭目前被譽為『海上馬車夫』，實力非常強大，絕不會放過馬六甲這個戰略要地；葡萄牙雖然日薄西山，但絕不會就此放棄馬六甲，臨死之前當有一番拚死掙扎！」
「現在，我們介入南洋，葡萄牙和荷蘭能不能打起來，就難說了，我最擔心的就是，西班牙、葡萄牙和荷蘭，乃至英吉利人聯合起來在南洋對付我們！」
凌雲華眉頭微皺，提醒道：「我們應該小心鄭芝龍狗急跳牆，與西洋人聯合對付我們！」
林純鴻目露讚許之色，道：「對，所以我們目前不能逼鄭芝龍過急，否則後果不堪設想！暫時，我們只能與鄭芝龍分潤海洋之利，待控制馬六甲海峽之後，再回頭解決鄭芝龍！」
說完，林純鴻滿臉憧憬之色：「控制了馬六甲，天高海闊任鳥飛，廣闊的西洋、西大洋任邦泰肆意潑墨！」