鄭芝龍嘴上不願意誇讚林純鴻，實際上心裡佩服得五體投地。林純鴻的政略看似簡單，實質上巧妙無比，逼得鄭芝龍不得不隨著林純鴻的指揮棒跳舞。
但鄭芝龍何等人物，豈能被林純鴻所左右？這讓縱橫海上幾十年、消滅海上群雄無數的鄭芝龍無論如何也無法接受。
林純鴻的政略看似無懈可擊，實質上還是有不少漏洞，比如：對於海上擴張戰略而言，林純鴻聲稱兩年內組織艦隊征討呂宋島，如果這兩年內有大明人提前驅逐了西班牙人呢？林純鴻豈不是擺了一個大大的烏龍？
鄭芝龍察覺到這點，並準備從此入手反擊林純鴻。
至於令旗費一事，鄭芝龍充分考慮了鄭彩的建議，而且還做了一部分改進。於是，在安平城內，出現了大明境內的第二家保險公司，其制度、方略一律學習三一社，就如三一社的複製品一般。同時，鄭芝龍宣布對投保的海商實施保護，並在安平、廈門設立定點貿易處，收取二成管理費。
在海面上，鄭芝龍取消了東海的令旗費，但對進出日本的船隻依然收取令旗費。日本乃鄭芝龍的禁臠，決不允許他人染指，這也是當然之事。
除此之外，鄭芝龍揚言攻打呂宋島，並加緊建造三桅大炮艦，增強遠海作戰能力。不過，火炮乃瓶頸，鄭芝龍四處求購火炮而不得，只能令鄭彩加緊從林純鴻處謀取鑄炮之法。
待林純鴻聽聞鄭芝龍的應對之策後，大喜道：「從此東海變通途，廣東和荊州算是連為了一體！」
「邯鄲學步！著實可惡！」楊一仁甚為不甘，他曾為林純鴻的海洋構想拍案叫絕，也為完善構想付出了大量心血，而鄭芝龍不費一絲腦力，直接將奇思妙想納為己用，他實在有點接受不了。
林純鴻嘿嘿地笑了幾聲，道：「楊公認為鄭芝龍此舉如何？」
楊一仁坦陳道：「鄭芝龍勢大，長此以往，恐難制！」
林純鴻搖了搖頭，道：「鄭芝龍最多算作照貓畫虎而已！定點貿易說起來簡單，若是沒有大量的儲備人才，何以運轉？再說，定點貿易需要強大的海上緝私隊配合，方能發揮作用，如今看來，鄭芝龍似乎沒有海上緝私的打算……」
頓了頓，林純鴻又道：「不過，鄭芝龍乃海上梟雄，這些問題遲早要被他發現，最終也會被解決。楊公也別擔心鄭芝龍，現在海上規矩由我們來制定，還怕他會翹上天去？」
楊一仁道：「鄭芝龍準備攻打呂宋島，豈不是讓軍門失信于海商，這可有點不妙。」
林純鴻哈哈大笑：「鄭芝龍並未昏頭，短期內絕無進攻呂宋的能力！他也就是說說而已，噁心咱們一把。我看，明日三層甲板戰艦就要下水了，等形成戰鬥力，到馬尼拉與西班牙人先干一仗，讓海商們明白，到底誰在說空話！」
楊一仁方才轉憂作喜，接著與林純鴻商議在安南挖煤煉焦之事。
林純鴻召開海商大會，擅自製定廣東沿海海上政略後，廣大官紳正準備卯足勁與林純鴻糾纏一番之際，李自成、張獻忠等賊寇突然進兵鳳陽，打出了「古元真龍皇帝」的旗號，將皇陵享殿和朱元璋出家的龍興寺焚燒一空，還將皇帝的祖墳也給挖了。
天下震動！
兵部尚書張鳳翼「驚怖欲撲」，自洪承疇以下，眾將人心惶惶，惟恐被朱由檢遷怒，據說，左良玉連遺書都已經寫好。
朱由檢放聲大哭，素服哭告太廟，下罪己詔，將鳳陽巡撫楊一鵬處死，鳳陽按察吳振纓遣戍。同時，「諭中外刷國恥，盡心殺賊」，調集重兵圍剿賊寇。朱由檢下了罪己詔後，眾將方才放心，繆力向前，與賊寇不死不休。
然而，戰爭起色依然不大，曹文詔於甘肅寧州兵敗自刎，鄧玘手下兵變，登牆墜地而亡。
朱由檢無法，令盧象升總理直隸、山東、河南、湖廣、四川軍務，並調來三千關遼鐵騎，由祖寬、祖大樂率領，協助盧象升剿匪。
朱由檢憂心如焚，林純鴻當然不會在這個時候礙他的眼。他令周望暫時聽從盧象升的命令，前往河南作戰，並調虎嘯軍前往襄陽鎮守。與此同時，他還上了份摺子，請求朱由檢將其調回北方，與諸將協同，共同剿匪。
不管林純鴻想不想離開廣東，但一定要表現得比皇帝還急，這就是忠誠！
當林純鴻的摺子被朱由檢見到後，朱由檢心裡一動，忍不住就想把林純鴻調到北方剿匪，國難思良將啊，現在曹文詔已經捐軀，能打的將領又少了一人，哪能不讓朱由檢著急上火？
不過，調林純鴻算不算飲鴆止渴？朱由檢有點猶豫不決，將溫體仁叫來商議。
溫體仁一聽，不由得大急，趕忙勸諫道：「皇上，林純鴻剿滅劉香之後，驕橫無比，擅殺參將陸睿山，現在又在廣州興起了多少事端？這樣的人，絕不能調到北方腹心之地！」
「天下紛擾，諸將無能，致使賊寇越鬧越大，再不用非常手段，朕如何向列祖列宗交待？」溫體仁堅決反對調回林純鴻，朱由檢頗為不滿，反問道。
這話說得相當重，溫體仁無法安其位，從落座的椅子上滾爬而下，伏在地上請罪：「臣無能，請皇上責罰！」
朱由檢沒好氣地說道：「起來說話吧！」
溫體仁從地上顫巍巍地爬起來，趁機整理混亂的思路：看來皇上對林純鴻的忠誠有著盲目的自信，今日萬不能逆著皇上的心思。但是，又不能調林純鴻回北方，這可是關係到大明國祚的大事，萬不能隨意而為。
如果能順利說服皇上放棄調回林純鴻的打算，又趁機陰林純鴻一把，方為上上之策！
短短的幾秒鐘內，溫體仁就拿定了主意，他重新坐在椅子上，小心地說道：「皇上，前線並不缺精兵良將，洪承疇坐鎮陝西，專剿西北之賊，麾下有曹變蛟、賀人龍、左光先等猛將；盧象升坐鎮湖廣，專剿東南之賊，麾下有祖寬、祖大樂率領的三千關遼鐵騎，賊寇無能為也！」
東南、西北分區剿匪，本來就是朱由檢的安排，溫體仁小小地拍了朱由檢一個馬屁，朱由檢心裡稍微好受了點，順口說道：「奈何花錢似流水！」
溫體仁一聽，心裡狂喜，暗思道：這皇上還真上道，我還沒引導，就想到錢糧上去了。
不過，朱由檢說得乃是實情，鳳陽祖墳被挖了後，朱由檢不僅拿出四十多萬兩的內帑，還嚴令戶部擠出五十多萬兩銀子，以積極供應前線將士作戰。朱由檢之所以能一口氣拿出四十多萬兩，主要還在於張彝憲每月提交的十幾萬兩的利潤。
溫體仁竭力避開「林純鴻」三個字眼，居心叵測地說道：「臣聞，自盧巡撫坐鎮武昌之後，湖廣至今無一賊寇入境，以至於今夏湖廣大熟。據聞，湖廣的糧食源源不斷運往江南。而河南、陝西赤地千里，不如讓湖廣多拿點糧食出來，周濟下北方，也算湖廣子民對聖上的一份孝心！」
朱由檢好像完全不在乎溫體仁的用意，說道：「湖廣夏稅已繳，僅僅荊州、夷陵兩地，夏稅將近六十萬兩銀子。再向湖廣徵集糧草，恐怕會失去民心。」
溫體仁神色頗為激動，道：「正所謂主憂臣辱、主辱臣死，湖廣的大財主應該很樂意為皇上分憂！」
朱由檢很自然將「湖廣的大財主」聯想到林純鴻身上，皺著眉頭思索，看找林純鴻徵集糧食是否可行。他從奏章里早就知道，林純鴻儲存糧食將近千萬石，還為此建立了大量的常平倉，用於平抑湖廣糧價。
朱由檢想來想去，想出了一個自以為絕妙的主意：讓陳奎暗示林純鴻主動納糧，這樣朝廷不會落下巧取豪奪的名聲，又可以避免林純鴻對朝廷產生怨恨，從而拒不執行，給朝廷造成不可估量的損失。
朱由檢還想著，通過此事試探林純鴻到底對朝廷有幾分忠心，如果林純鴻爽快納糧，那麼證明林純鴻值得信任；如果林純鴻拒絕納糧，那麼朝廷將加快對荊州的處理步伐，儘早將荊州軍納入朝廷兵馬體系。
朱由檢思索良久，方對溫體仁說道：「此事切勿再提，朕自有計較！」
老奸巨猾的溫體仁豈能不明白朱由檢的意思，心中暗喜，趁熱打鐵道：「副將周望率荊州軍主力進入河南剿匪，荊州、夷陵、襄陽等地防守空虛，恐為賊寇所乘，不若令秦良玉率白桿兵進入荊州，就此遮護江漢膏腴之地。」
溫體仁的話雖說得隱晦，朱由檢哪能聽不出「趁荊州軍不在，一舉解決林純鴻老巢」的意思？
朱由檢猶豫良久，方說道：「此事不急，待林純鴻納糧之後再說！」
溫體仁暗嘆了口氣，心裡直納悶，性急的朱由檢為何對林純鴻如此包容，失去了這次機會，下次還要等到什麼時候？
溫體仁無法，只得口稱「皇上聖明」，然後退出了乾清宮。