張雷意識到，要想靠著崇禎和他的這群臣子來將整個混亂的大明王朝重新建立秩序是根本就不可能的事情，只有按照自己的想法來才能夠穩定自己的局勢。
崇禎從馬士英那裡聽到了張雷說的那些話，頓時就被嚇住了，同時聽說了張雷控制了湖廣、河南、鳳陽、廬州以及大半個四川之後，更是嚇得呆立當場，但是他什麼都不敢做，日日提心弔膽地讓人關注著張雷的動向。他不敢再說派監軍的事情，如果張雷正的造反了，那整個大明王朝就真的沒的救了，他甚至連聽也不敢再聽到張雷的消息了。
張雷在掌控了這些地方之後的第一件事情那就是徵兵，如果沒有足夠的兵力的話是不可能管理得了這麼大的一片地方的，特別是在如此戰亂的年代，若是光憑藉自己的那十萬兵馬那是遠遠不夠的。
因此成功控制這些地方的第三天，張雷就下了一道命令，在這幾個地方徵兵五十萬，每個士兵每一個月可以領取一兩銀子的糧餉，唯一的要求是不得低於十八歲不能夠高於五十歲，並且要絕對的服從命令。
徵兵令一出，所有的人都轟動了，原因自然是那一個月一兩銀子的薪酬，並且張雷還承諾提供精良的裝備，這條件之優厚就算是身為皇帝的崇禎也開不出來。
隨後，更加讓人震驚的消息再一次由張雷發出，徹查自己控制的這些地方的所有的士兵之中混吃等死的兵痞，將他們列入黑名單，剔出軍隊，若是有意見的張雷將親自將他槍斃，每過一年進行一次兵力檢閱，不合格的士兵將開除出軍隊，合格的士兵在第二年的軍餉將會提升一兩銀子，也就是每個月可以領取二兩銀子。以此類推，只要符合張雷的要求的士兵，隨著當兵年限的增長，每一個月拿到的錢總會比上一年多一兩銀子，即使再沒有軍功，當兵時間一長能夠得到的糧餉也會更加多。不過為了防止有人在打戰的時候為了保命賺錢而畏縮不前，這種人將會被同伴舉報記錄在案。年檢之前就會被開除掉。
一系列的重拳舉措在整個全國的軍界都引起了轟動，特別是在張雷親自槍斃了十幾個依靠家裡面的聲望地位掛在軍隊裡面白領糧餉並且不接受勸退還飛揚跋扈的兵痞之後，張雷的知名度達到了一個新的高峰，幾乎所有的統帥都想要效仿他的制度進行改革，最終卻有大部分人因為拿不出錢來而作罷，少數能夠有雄心想要壯大的軍隊推出了相似的福利。卻也比張雷有大幅度的縮水，如果有人想要參軍的話，自然會有自己的選擇，這都賴於張雷的船隊在海外攝取巨額的財富，才能夠支撐得起來。
在殺雞儆猴一般地殺死了一批有著深厚背景的兵痞之後，大家也都終於知道這張雷是一個說一不二的人，於是便再也沒有人敢違抗他的命令了。徵兵工作進行得很順利，只不過兩個多月的時間，五十萬士兵的記錄就全部送到了張雷的面前。這麼多的士兵他當然不可能自己一個人去管理，管不過來的，於是那些在巢縣的時候就已經跟隨著張雷已經建立了絕對的忠誠的那些士兵突然之間驚喜地發現自己得到了張雷的授權，成了百夫長千夫長，也算是一個小頭目了。並且張雷還給了他們很大的自由權，只要不觸及張雷的底線。他們基本上就會有擁有對自己級別以下的人的生殺大權，並且張雷還告訴他們，不管如何，只聽從他張雷的命令，連朝廷也可以不用管，出了事情由他張雷擔著。
這個行為不僅僅讓那些跟隨著張雷的老士兵喜出望外，而且也給那些新兵樹立了榜樣。只要跟隨著張雷混，不僅僅能夠拿到當今世界上最高的軍餉，還能夠當上官，多好的事情啊。
張雷雖然把所有的老兵都給指派了出去。但是卻沒有人敢來招惹他，各地都在大練兵，他也不能夠閑著，在親兵的陪同之下，他花了半年的時間考察了湖廣、河南、鳳陽、廬州等地的土地情況，按照後世的經驗規划出了一套開墾耕地興修水利的方案，發放下去號召所有的百姓來實施，說是土地免費提供給農民使用，種植出來的莊稼全部歸自己所有，不用繳稅。這可是大大地刺激了百姓們的積極性，但凡是農民，魂牽夢縈的也就是那一片土地了，可惜的是大部分的農民都沒有自己的土地，如今張雷每家每戶都給他們分配了一塊土地，這還不讓他們感恩戴德？更重要的是，種出來的東西連稅也不收了，這可是數千年以來破天荒頭一遭。
張雷這裡進行得如火如荼，其他的地方也不會平靜，其他的人自然也不會閑著，比如說崇禎。
四月十二日，崇禎帝告諭科道官：朝廷設立言官以為耳目，樂為讜論，俾助政機。若緘默不言與言而無當，皆非所望。甚有以言為名，挾私逞臆，循聲附和，爭勝把持，其失職更甚於不言。近時事多艱，亟資忠益，兼收並納朕意甚殷，乃言官不能仰體，或薦舉太濫；或糾謫過苛；或已經處分，追論紛紜；或事宜慎重，哆口騰播，掣任事之肘，啟僥倖之端，抗威福之權，失獻替之義。於此朕求言圖治之本懷甚為不符。昨面傳諭，並著頒示憲綱。今特再諭，如乖違職守，定加處治。
清皇太極出於內外形勢需要，屢次遣使與明廷議和。兵部尚書陳新甲奏報崇禎帝，崇禎帝便令新甲密圖。崇禎十五年四月，馬紹愉受命前往。六月，馬紹愉回京，清致書崇禎帝約以平等相交及歲幣、疆界事，將議和條款密件送新甲。新甲赴朝，未收藏密件。家僮誤以為塘報，付之抄傳。於是科道交攻，道路嘩然。崇禎帝為推卸責任，下新甲於獄。新甲不認罪，反自詡其功，崇禎帝遂斬新甲。議和事亦自此作罷。
四月二十九日，清兵攻克塔山。其時。兵部郎中馬紹愉駐塔山等候朝廷議和之命，遣人諭清兵勿攻，清兵不聽，遂攻克塔山城。城中兵民自焚，無一人降清。
六月初三日夜半平陸地大震。震壞城垣民居，山崖崩裂。初四日，山西安邑地震。從西北起，聲如雷，官民廬舍俱倒。人有壓死者。蒲州、榮河人多壓死。山西省臨晉、垣曲、解州、沁源、陽城、壺關、夏縣、垣曲；陝西省潼關衛；河南省河內、武陟、繩池、陝州、閿鄉等州縣，均受到波及。這次地震地跨三省數十州縣，連震不已，初九日又震。十三日又震，以至數十日方止。震級為六級。
隨後，監察御史吳履中疏論崇禎帝朱由檢之失有二：一為大奸之罪狀未彰而身為受過。二為圖治之綱領未挈而用志多分。何以言之？臨御之初，天下猶未大壞，特用溫體仁，托嚴正之義，行媢嫉之私。使進行不得任人以治事。釀成禍源。此為體仁之罪；專任楊嗣昌，恃款撫，加練餉，致民怨天怒，旱蝗盜賊，結成大亂之勢。此楊嗣昌之罪。皇上信任二人，二人恃其信任，售其奸欺。不知如何鍾愛如何匪躬以自結於皇上，迨深信不疑，然後得為所欲為，無不如意。有執之罪彼，彼不任受。有人說皇上自為之，皇上亦說彼實未曾專擅。乃益深信不疑。是皇上為二奸所誤，未嘗自有缺失。亦是收人心之機。至於圖治自綱領，聖人撫世酬物，歷時制宜，如今日內治缺而後戎馬生。民生促而後寇盜起，向者虜逞於外而政治癒棼，寇生於內而賦斂愈急，是以生亂。今急宜反其所為，省躬勵翼，蠲租解網。亂源已塞，急宜求治兵之人，真能御虜者任邊陲，直能剿寇者辦內地，先了此兩大事，而治功可次第而舉。
七月初一日，開封告急，崇禎令左良玉赴援。左良玉及楊文岳、虎大威、楊德政、方國安四鎮兵駐朱仙鎮。左良玉見敵勢盛，乃拔營而逃，襄陽諸軍皆潰。左良玉軍逃至半路又遇李自成伏軍，左良玉軍大亂，棄馬騾萬匹，監軍僉事任棟死於陣，左良玉則逃至襄陽。尋以朱仙鎮之敗總督楊文岳免職，總督丁啟睿逮下獄。
七月十三日，戶部尚書傅永淳奏陳屯田八事，一為軍屯。軍買官屯，民占軍地，奕葉相傳，不必究問。但就冊報征解，即以折色改徵本色。二為民屯。凡荒閑可耕之地，出示召募軍民商賈，願捐資開墾，即給帖為永業。三為兵屯。有事用兵以戰，無事用兵以耕，仍以七分守城，三分屯種。四為商屯，依墾田多寡頒給職銜。五為水屯，召習水利之南人，度其原，使地無曠土，水無遺利，三年後起科。六為陸屯，擇不毛之地，樹以桑棗，隨其所便，永不起科。七為罪廢開屯。八為設官，特遣大臣專理屯務，設屯官分理，寬以吏議，遲以歲月，使其便宜行事，崇禎帝從其議。
七月十七日，崇禎帝告諭吏部：近來有司不修守備，賊至輒陷，原與衝鋒陣亡及持久力詘之士不同。若概贈蔭，保以獎勵忠勞。今後宜詳加分別。除異常義烈，恤典取自上裁。其失事損身，有司六七品贈監司五品，其五品贈臨司四品，方簡官贈京秩。著為令。
八月十三日安慶兵變。其初，副總兵廖應登領三千人，汪正國、李自春各領千人，到處騷擾，黎民重怨。巡撫徐世蔭新到任；又值刑科給事中光時亨疏倫廖應登宜正軍法，邸報先到；於是兵遂發難，殺都指揮徐良寇。世蔭急從南京趕到安慶，徙應登兵太湖，正國兵桐城，亂乃定。
十一月初六日，清兵入薊州，連破濟南、山東州縣。當時關內外並建二督，又設二督於昌平