「下克上」一時蔚為風氣。
本來軍人當以服從命令為天職，擅自行動和越權作戰為軍紀所不容，但是「下克上」已經像一種愈演愈烈的流行病，使得日本軍隊像脫韁野馬不受約束自行其是。寺內總司令向東京拍發電報進行控告，同時派人向海軍提出抗議，更有年輕氣盛的師團長派出坦克部隊開往連雲港向海軍示威，但是一向傲慢無禮的海軍哪裡把陸軍放在眼裡。艦隊司令一聲令下，軍艦上的遠程大炮昂起黑洞洞的炮口，艦載飛機排出密集隊形從天空呼嘯而過，海軍陸戰隊築起工事嚴陣以待，一時間雙方劍拔弩張互不相讓，一場流血內訌眼看難以避免。
東京大本營緊急派出特使前往調解，調解結果是華北派遣軍退回徐州，海軍維持佔領，「連雲港危機」暫時得以化解。事實上東京的袒護立場最終成為妨礙日本帝國走向勝利的絆腳石，1942年美軍進攻瓜達爾卡納爾群島，時任南方軍總司令的寺內壽一請求海軍運兵船支援，海軍則以各種理由予以拒絕，加速瓜島守軍覆滅。
寺內總司令對大本營的偏袒態度深感憤慨，既然大本營無力約束海軍，那麼陸軍為什麼一定要成為「下克上」的受害者和犧牲品呢？歷史表明，這個看似同中國戰局無關的「連雲港事件」卻將對1938年的抗戰進程產生深遠影響，它的直接後果是刺激華北派遣軍自行其是越權行動。儘管大本營命令「保持各自態勢，暫不擴大戰面」，但是野心勃勃的寺內總司令根本不打算服從命令，他的理由很簡單，那就是東京絕不會懲罰打勝仗的將軍。幕僚支持總司令的決心，他們說；佔領支那（中國）是陸軍的責任，所以怎麼做都不過分吧。
徐州會戰接近尾聲，兩大日本派遣軍實現勝利會師，前來增援作戰的華中派遣軍陸續撤回南方戰區，北方戰場開始呈現短暫的平靜局面，一道蓄謀已久的秘密命令被下達了。下達命令的是總司令本人，他對參謀長口授電文道：致電土肥原賢二將軍，華北派遣軍命令如下……
對多數經歷過東北淪陷的老百姓來說，日本奴役下的淪陷區如同一座人間地獄，中國人稍有不從即被抓進特務機關，輕則嚴刑拷打，重則砍頭喂狼狗。而指揮東北特務機關的「奉天特務長」就是臭名昭著的日本甲級戰犯土肥原賢二。
土肥原賢二，職業間諜頭子，畢業於日本陸軍大學，1913年以陸軍上尉身分來到北京「坂西公館」（特務機關），自此開始其長達數十年的特務生涯。在西方人撰寫的《世界間諜史》里，土肥原被列為二十世紀最重要的國際間諜之一，因為他的間諜活動已經「影響和改變了亞洲的某些歷史過程」，有的西方學者則乾脆將其喻為「日本的勞倫斯」（勞倫斯為英國著名間諜）。從照片上看，這個兇殘的特務頭子外表卻更像一個躊躇滿志的日本商人，他身穿條紋和服，蓄著那個年代流行的日式仁丹胡，五官肥大面孔鬆弛，神情和藹笑容可親。當然這些都是偽善的表面現象，史料記載，僅「九·一八事變」之後短短几年，土肥原指揮東北特務機關就逮捕和殺害中國抗日軍民達數萬人之多。
土肥原是日本關東軍里有名的「中國通」，他不僅能說一口道地的東北土話，熟讀中國史書，熟悉中國歷史風情，而且長期活躍於動蕩不寧的中國北方，出入於北京、天津、瀋陽的官邸豪宅，收買漢奸，培植親日勢力，攪亂政局，惟恐天下不亂。當年聲名狼藉的女間諜川島芳子就是土肥原一手培植的親信。從辛亥革命到抗戰爆發前的二十多年歲月里，大特務土肥原無孔不入地插手中國發生的幾乎所有重大事件，比如挑動直皖戰爭，渾水摸魚坐收漁利；插手直奉戰爭，扶持奉系軍閥張作霖，以突然中止銀行兌換來致使北洋政府紙幣作廢，顛覆北洋政權；但是僅僅四年之後他又親手策划了炸死張作霖的「皇姑屯事件」。土肥原還參與震驚中外的 「九·一八事變」，扶持成立偽「滿洲國」，一手導演末代皇帝溥儀出逃的政治醜劇；陰謀策劃華北自治獨立，試圖把華北諸省從中國版圖上分裂出去；挑起種種事端，為侵華戰爭製造借口等等，真是劣跡昭彰罪惡滔天。
昭和十一年（1936年）抗戰前夕，土肥原的特務生涯走到盡頭，他忽然奉調回國並且改任軍職。西方觀察家對此大惑不解，在他們看來，土肥原指揮的滿洲特務機關日趨活躍，其特殊作用無可替代，日本軍部何以將其調離擔任並不擅長的軍職呢？多年後內幕曝光，正是土肥原權力太大為所欲為令東京大本營深感惱火，於是奏請天皇將他調任回國。改任軍職的特務頭子失去用武之地，他先被任命擔任東京近衛師團指揮官，後任第十四師團中將師團長。土肥原的意外調職使得他的死對頭，國民黨軍統特務頭子戴笠大大地鬆了一口氣，據說蔣介石聞知此事臉上露出難得的笑容，竟一連聲說了三個「好」字。
第十四師團在日本中部的宇都宮市編成，亦稱「宇都宮」師團，是「七·七事變」後最早登陸華北的主力部隊。當時華北守軍多是些戰鬥力不強的雜牌隊伍，比如原西北軍、東北軍等等，特工出身的土肥原指揮第十四師團一路攻城略地勢如破竹，把一份份勝利捷報源源不斷地發往華北派遣軍和東京大本營。按照命令，隸屬於第一軍的土肥原師團作戰範圍當止於黃河北岸的豫北，其任務是屏護徐州作戰的側翼安全。所以直到徐州會戰臨近尾聲，這支三萬人的大軍才慢吞吞地抵達豫、魯交界的濮陽縣城，此時他們距離硝煙瀰漫的徐州城尚有數百里地之遙。
濮陽古渡口為豫北往來魯西的咽喉要道，也是中國軍隊防守的薄弱區域，黃河對岸為山東重鎮菏澤。土肥原舉起望遠鏡觀察，他看見枯水季節的黃河袒露出大片乾涸的河床，正是渡河作戰的大好時機。但是山東地面屬於第二軍作戰範圍，第十四師團沒有得到第一軍司令官香月清司的渡河指令，無權越界作戰，於是土肥原遺憾地放下望遠鏡，下令返回濮陽城休整。
但是一份急電改變隊伍的前進方向。
發報人不是軍司令官香月清司中將，而是遠在徐州的華北派遣軍總司令寺內壽一大將。總司令的命令只有短短一行字：渡過黃河，堅決佔領菏澤。