申時行等人進宮來的時候，穩定下來的萬曆剛好醒轉過來，以目環視眾人；申時行、王錫爵等人早在太醫口中知道這是皇上的返照之相，一時間俱感心頭髮酸，見萬曆對著自已一頷首，申時行連忙前行幾步跪下：「陛下，有什麼事吩咐老臣？」
目光在他臉上流連片刻，萬曆聲音微弱幾近不聞：「世事變化無常，當年父皇龍馭殯天之時，老師也是託孤之臣之一，如今匆匆幾十年，輪到朕即將大行，朕眼前卻無孤可托……」
這話說的著實不象，申時行的臉色瞬間變黃，心驚膽顫之下勉強勸道：「陛下春秋正盛，雖有微恙但不可做不祥之語；再說當今太子五德具備，儀錶非凡，天下臣民莫不歸心；陛下後繼有人，正是天意屬我大明賜下的中興之君。」
「天意？天意？」萬曆搖頭笑了笑，語氣淡淡中全是惆悵：「老師這句話當年勸朕立國本的時候早就說過，如今再說，聽著卻沒有什麼趣味了。」想起當年舊事，申時行除了感概之外只能默然不語。
忽然聽萬曆緩緩開口：「傳旨，賜永和宮廢妃鄭氏鳩酒，死後不準葬妃陵，於宮外選薄地一塊葬身，毋須立碑，以彰其惡。」知道這是皇帝開始準備後事，申時行等人不敢怠慢，旁邊黃錦早就準備好筆墨，葉向高親自執筆記下。
萬曆默然半晌，聲音平靜而清析，接著說道：「……速召皇三子朱常洵來見朕。」
申時行忽然哆嗦了一下，一陣極其不妙的感覺迅速佔據身心，情不自禁的回頭望向跪在自已身側的王錫爵，發現對方也正一臉驚駭地看著自已，彼此都是久歷宦海的老臣，萬曆此時此刻的異常行止讓他二人不約而同的想到一個典故……昔年漢武帝欲立少子，但恐主弱母強，以至朝政顛亂，遂殺母立子，難道當今皇上所行，是在效仿漢武舊事不成？
一旁黃錦伏在地上的身子抖得厲害，與平明麻利精明相比判若兩人。
申時行抬起頭來，眼底驚疑不定，試探著問道：「敢問陛下，可有旨意留給太子殿下？」
太子二字一出口，殿中一片靜寂，內閣六人十二道眼光，或明或暗，或驚或疑，一齊彙集在萬曆的臉上。
萬曆恍若未聞，突然間撕心裂肺的一陣咳嗽，臉色越加的難看，忽然低低嘆了口氣，以目視黃錦：「取筆墨來，朕要親書遺詔。」
黃錦驚了一跳，臉孔灰白一片，低聲勸道：「陛下不可耗費精神，再說您手上力氣不足，您說老奴寫也就是了。」
萬曆散亂的目光盯了他一眼，雖然已是油盡燈枯之境，可是一身的皇者之氣未減分毫，無庸置疑的搖了搖頭：「這一次，朕不想假手任何人。」黃錦無奈，只得上前將萬曆扶了起來，搬過一張矮几，鋪設好筆墨紙硯。
萬曆提起筆來，想了一想提筆就寫：「朕荷天地之洪禧，承祖宗之丕祚，仰尊天地，庶格和平，適星芒之垂象，豈天意之儆予……」只寫了這十幾個字後，執筆的手已經抖的如同風中之燭，而臉上神色更見黯淡，額頭冷汗滾滾，黃錦看著不忍心，剛準備再勸一句，一眼瞥見萬曆嘴角那絲笑容，想要說的話瞬間吞進了肚裡……這位帝王剛愎自用了一生，何曾聽進過任何人的一句話。
臉色越來越暗的萬曆哆嗦著勉強接著寫道：「太子朱常洛，綏靖邊疆，實國家有用之才，奈何專擅威權、好大喜功，不象中興守成之君，今廢其太子之位，改封睿王。」立在他的身後，清清楚楚的見到萬曆寫到這裡的黃錦，已經得駭得魂飛魄散，一張圓白胖臉上全是虛汗。
下邊跪著的申時行等人雖然不知道皇帝寫了什麼，可是看黃錦的臉色，一種極其不祥的感受使申時行的一顆心如墮冰窖之中。
在寫到將朱常洛廢為睿王時，萬曆明顯猶豫了那麼一刻，眼底神色全是糾結，以至於手中的筆都長久沒能落了下去，一刻後卻終究寫了下去：「皇三子朱常洵，人品貴重，深肖朕躬，必能克承大統，著其繼朕登基，即皇帝位。」似乎將凝聚起來精氣神隨著這封遺詔的完成已全部用盡，遺詔最後幾行字跡潦草，筆致虛弱。
虛弱已極的萬曆往下就倒，黃錦手疾眼快，一把扶住，觸手覺得皇上骨頭如刺般咯得手生痛，心下一陣難過，低著聲勸道：「陛下，您這是何苦？可還記得當初殿下對您說過的一句話么？」
口中呼呼喘著粗氣，無神的眼睛閃過一絲亮光，萬曆有些茫然道：「……他說過什麼？」
「為人父母者不患不慈，患於知愛而不知教也，老奴還記得陛下回宮來後，皇上您還將殿下這句話抄了下來，一連瞅了好幾天呢。」
朦朧中似乎又現出那一張倔強之極的臉，梗著脖子向自已歷歷質問……緊接著念頭一轉，慈慶宮中除夕之夜，自已將手放到他的頭上時，明明他是醒的，卻僵著故著裝睡……萬曆心中一陣黯然，目光移到自已親手寫的遺旨上，手中握著的筆瞬間重有千鈞，再也拿不住重重的跌到地上，喉頭一甜，一口血狂噴而出。
申時行等人與黃錦一齊大驚，一齊了圍了上來，黃錦急得大叫：「太醫，快傳太醫。」
而此時的萬曆卻重重的瞪大眼睛，用不可思議的眼神死死盯著自已親手寫就的遺詔……忽然伸手指天，詭異之極的笑了幾聲：「天意……真的是天意。」笑聲戛然而止，指天的手軟軟的垂了下去，惟有一雙眼睜著大大的，全是茫然空洞無助。
守在宮門外的一眾醫官蜂湧了上來，一陣忙亂後卻發現萬曆呼吸已斷。吳院首大著膽子試過脈，又翻起眼皮看了一看，直挺挺的跪了下來，長嚎一聲：「陛下……駕崩了。」
是夜，紫禁城天降大雪，闔宮縞素，哭聲震天。
得到消息後的慈寧宮李太后一直是處在昏厥中，幸萬有坤寧宮王皇后強忍悲痛，悉心照料。
萬曆皇帝的身後事，自有禮部按制操辦；依帝制以六槨三棺收殮，停梓宮於乾清宮。
舉朝上下一片震山倒海的哭聲中，文淵閣中一片陰雲密布。
皇帝駕崩於內閣五人面前，並且留有遺旨，當時五人中誰也沒有看到過遺旨中的內容是什麼，而此刻五人正對著這道遺旨面面相覷，看過之後全都是一臉的茫然。
遺旨上寫得很明白：「朕荷天地之洪禧，承祖宗之丕祚，仰尊成憲，庶格和平，適星芒之垂象，豈天意之儆予。宜規一視之仁，誕布更替之政，太子朱常洛，綏靖邊疆，實國家有用之才，奈何專擅威權、好大喜功、不象中興守成之君，今廢其太子之位，改封睿王。皇三子朱常洵，人品貴重，深肖朕躬，必能克承大統，著其繼位登基，即皇帝位。」這是黃錦在一旁看得真切之極的原文，可是此刻在五位內閣大臣眼裡的遺旨，中間有一處鮮血淋漓，正是萬曆崩前噴出的那一口鮮血。
時間已久，血跡由當初的鮮紅變得棕褐暗黑，卻不改分毫的觸目驚心。
五臣大眼瞪小眼，因為有了這灘血，原本完整的遺旨就變成現在這個樣子：「朕荷天地之洪禧，承祖宗之丕祚，仰尊成憲，庶格和平，適星芒之垂象，豈天意之儆予。宜規一視之仁，誕布更替之政，太子朱常洛，綏靖邊疆，實國家有用之才……人品貴重，深肖朕躬，必能克承大統，著其繼……」
天意如此，夫復何言，這是唯一知道真相的黃錦看到密旨後第一個想法。此刻的他的心裡嘴裡說不出苦澀……他終於明白了皇帝到死時那一句天意是什麼意思，這位任性一輩子的皇帝，到生命的最後一刻，老天爺還是沒有讓他按照自已的心意辦回一件事。
申時行、王錫爵對視一眼，二人心中俱是大喜，二話不說，撩袍跪倒：「臣等必定一心一德，戮心儘力，不負先皇所託，扶保新皇繼位，使大明國祚昌盛，江山永固。」
他二人這樣一帶頭，葉向高自然第一個響應。五人中只有于慎行的一雙眼盯著那張遺詔，臉上神色變換古怪，一幅若有所思的樣子，就在他還在猶豫不決時，就見身邊李廷機愣了幾瞬，忽然跪在地上，于慎行忍不住驚訝道：「李大人，遺詔被血浸染，事情尚有蹊蹺，你怎麼……」
你怎麼還沒說完，就聽申時行冷冰冰的聲音在耳邊響起：「於大人身為內閣輔臣，怎麼不見皇上生前是何等的信任寵愛太子？如今遺詔雖然被血染，但是字字句句都是遺命太子繼位，你可是還有什麼別的想法不成？」
申時行扣下的帽子實在太重，壓力山大的于慎行臉紅過耳，心裡發虛，伸手指著遺詔，強辯道：「雖然如此……可是這血跡之下的字，卻是還要仔細推敲。」
黃錦踏上一步，沉聲道：「陛下書寫遺詔之時，老奴在一旁親眼所見！陛下之意，確實如同遺詔之意一般無二，於大人若是不信，只能親赴泉下向先皇詢問一二了。」人證物證俱全，至此于慎行縱然心有懷疑也沒有別的話好講，只得恨恨的退到一邊以沉默表示不忿。
申時行與黃錦默默對了個眼光各自別開了心，但眼底都是一片慶幸之色。
翌日內閣將萬曆遺旨昭告天下，太子朱常洛雖然尚沒回京，已經是眾望