有評論說，在中國，哪裡有鍾南山，哪裡就被破除了說假話的氛圍。鍾南山說，他這樣做，有的時候的確會讓領導為難，「但是，得講真話啊」！
2009年5月，北京的李女士正準備查看她的股票行情，關於流感病毒H1N1的報道卻搶先躍入眼帘：北京消息，衛生部通報，5月29日，廣東省廣州市報告的1例輸入性甲型H1N1流感疑似病例被診斷為確診病例，該病例的1名密切接觸者目前被診斷為甲型H1N1流感疑似病例。
發端於墨西哥的甲型流感H1N1，波及美國，又由美國輸入到了中國。
中國疾病預防控制中心於2009年5月29日當天，對上述第一例甲流患者進行咽拭子標本實驗室檢測，顯示為甲型H1N1流感病毒核酸陽性。廣東省衛生廳組織專家組進行會診，按照甲型H1N1流感診療方案，對患者的臨床表現、流行病學資料及實驗室檢測結果進行綜合分析後，判定該病例為甲型H1N1流感確診病例。
5月29日上午，衛生部召開視頻會議，與廣東省衛生部門研究疫情形勢，指導開展防控工作；5月29日下午，衛生部又召開全國衛生系統視頻會議，進一步部署全國甲型H1N1流感的防控工作。
北京及全國一些地區均發現輸入性甲型H1N1流感疑似病例。
衛生部要求廣東省衛生部門加強患者臨床救治，進一步開展流行病學調查和對密切接觸者的追蹤，並將患者標本送往中國疾病預防控制中心進行實驗室複核檢測。
鍾南山被中共廣東省委授命，擔綱廣東省防治甲型H1N1流…感專家組。
結合患者的流行病學史、臨床表現和複核檢測結果，專家們需儘快明確診斷。衛生部繼續密切關注患者的救治進展、進一步的流行病學調查情況、防控情況和實驗室複核檢測結果。中國將有關情況及時通報給世界衛生組織及有關國家和地區。
圓睜雙眼的中國，誕生了一個豪邁的辭彙：「地毯式拉網」，對任何一個甲型H1N1流感密切接觸者展開搜索。
廣州沿江西路老城區的街邊，是鱗次櫛比的小店鋪。小老闆王先生是地道的廣東人，他一邊沖著街邊熙來攘往的人流，吆喝著賣他的廉價服裝，一邊笑著搖頭：「這流感還不知要鬧多大呢，來旅遊的人怎麼不見少哦？難道都像我們廣東人一樣不怕？」
隔壁賣煙的老張，吃過晚飯過來聊天。他問：「北京到底有多少人戴口罩了？」看他的意思，戴口罩這事兒好像非常可笑。
「非典那會兒，我們都沒人戴口罩。沒有那麼害怕。」
「那要是被傳染了也不怕嗎？」
「你又沒被傳染，怎麼就知道會被傳染呢？」
坦然也罷，漠視也罷，這就是廣州。
小老闆王先生批評老張，也不能說得那麼絕對。廣州鬧非典的時候都買不著醋了，誰不知道啊？但老張還是橫橫地：「我家可沒去搶醋哦！」
廣州長堤路上與人民共和國同齡的老字號勝記酒樓，以豬肉為原料做出粵式名菜紅燒肉，大骨湯照舊火熱上桌。
在廣州，豬肉菜肴雖不比燒鵝名貴，但這裡的人們一日三餐不可或缺。
「我們這裡的豬肉是不會降價的啦。全國都在降，聽說你們北京降得多哦。」肌膚潤澤的女老闆，實際上是在誇她托盤裡的紅燒肉。
圍著最大那張餐桌的食客，是一圈廣州本地人，一邊吞咽著各種美味佳肴，一邊在討論著哪裡有蛇肉、老鼠肉，哪裡的河豚菜最正宗……當然，在他們對肉食富於獵奇的嗜好里，不可能再出現果子狸了。
廣州一例「出口轉內銷」的甲流病人，回國以後有兩三天咳嗽，但沒有發燒，坐火車到廣州後馬上出現了發燒。他自己很主動地和衛生部門聯繫，之後很快被送到廣州市第八人民醫院，很少接觸別人。緊隨其後，北京的一例甲流病人也是同樣。「這充分說明我們的民族和國家已經提高了對疾病的抵抗度，有了民族的責任感。」鍾南山如此地評價，「全國都有了一個責任感。這個責任感不但體現在政府、衛生部門，同時也體現在老百姓。」
在他看來，誠實就是責任感。他舉例說，2004年再度出現非典病人時，首先是由三個基層醫生髮現了病人。之後，他們馬上上報。這就說明基層醫生也有很強的警惕意識和民族責任感，「說明我們能體現一個很重要的原則，那就是誠實」。
這一次，中國很誠實。而且，誠實的中國有了一條法律：「隱瞞不報就是犯罪。」
相比其他一些國家，鍾南山讚賞我們國家面對甲型H1N1流感時，所體現的實事求是的態度：「實事求是具體體現在不管是專業人員還是老百姓，都會根據實際情況來考慮他們自己應該怎麼做。」
說到實事求是，他對比了非典期間那段崢嶸往事。當時，上面剛剛說：發現抗衣原體的藥物即抗生素非常有用，大家都在用，而且還做了對照實驗。凡是這樣的事，不妨想像一下，如果一些領導一看學術權威這個陣勢，以為學術界真的是這樣認為的，所以出面來支持，那豈不真的要鑄成錯誤的結果？
公開、透明、科學換得的，是整個社會面對瘟疫災難時空前的理性。
「現在我覺得，人們能相當理智地對待病毒傳染的問題。」2009年6月間，中國社會和民眾理智的程度，令鍾南山欣慰。他甚至說：他覺得比美國還稍微超前。
無論美國怎樣覺得中國小題大作，無所謂。在中國，因為尚不知甲流的傳染程度如何，所以，假如說甲流的傳染性比較強，一傳十、十傳百，社會經濟的各方面就要受到很大影響。中國此次如此的迅速出擊，可能因為有了非典的前車之鑒。
由於對這種「進口」的傳染病採取了「外堵輸入，內防擴散」的政策，我國對甲流傳播的第一峰控制得很理想：將高峰壓低了，將時間拉長了，不但穩定了社會，也贏得了疫苗製備的時間。
自甲流在中國登陸，它將持續多久，這樣一個令人茫然的問題，像一片烏雲，一直困擾著社會，困擾著普通百姓。人們期待著權威的聲音。
當2009年6月甲流第一波正在肆虐時，鍾南山就對追蹤不已的媒體說出了自己的真實看法，應該有三個走向：第一個是明顯惡化，第二個是銷聲匿跡，第三個是比較溫和。他說，根據以往的狀況，如此惡性的流感不會只是一個波。什麼叫一個波？就是說，夏季結束之後，入冬又來，來年春天還可能會再次出現。
1957年、1968年、1978年的流感，都不只發生了一個波，而是有兩個波、三個波，所以還是要非常警惕，這一條必須注意。他苦口婆心地一再重申。整個社會的少數，猶似諱疾忌醫。2009年年末，已處於低谷的甲流疫情，陡然之間又開始來勢洶洶。
客觀、理智、公正地對待人，對待病毒，對待一切，是最重要的。一次又一次的實話實說，無論結果是贏得讚揚、被人指責，還是受到攻擊，都不能影響他以後對事實的脫口而出。
2009年11月，防控甲流的形勢越發嚴峻起來。讓人稍感欣慰的是，官方通報的內地甲流患者為69160例，死亡53例。這組數據被媒體和網路廣泛引用。有專家稱，我國甲流死亡率僅為世界平均水平的1/20。
對於這個數字，鍾南山堅稱：「我根本不相信！」
針對媒體報道鍾南山院士質疑個別地區瞞報甲流死亡病例的情況，衛生部新聞發言人鄧海華於2009年11月19日重申，各級衛生行政部門要切實做好防控信息報告和發布工作，嚴禁瞞報、漏報、緩報甲型H1N1流感死亡病例。
鍾南山的「不相信」，是基於「我國某些地區，存在甲流相關死亡病例隱瞞不報的情況」；另一方面，是他的學生遍布全國醫院的重症監護室，在與他們的聯絡、交流中，得知不少患者因感染甲流而死亡，但基於各種原因，沒有上報。
我國當時一度甲流患者和死亡病例都比較少，是緣於一段時間對甲流的整體防控。但是，由於人口數量龐大、易感人群廣泛，加上當時甲流檢測已取消免費，都會影響統計數據。衛生機構繼2003年的非典之後，再次出現以政績出發，掩蓋事實，虛報、瞞報甲流患者人數。
瞞報反而產生恐慌的後患，這是在2003年已經有前車之鑒的。為什麼再次出現捂著蓋著的現象呢？行政部門天生有趨利避害的本性。
當時，很多專家都在私底下質疑統計數據。鍾南山公開亮劍，他的質疑，為職能部門再度敲響了警鐘……
對於國家，對於民族，鍾南山是積極樂觀、充滿希望的：「很多東西、很多事，是不可能一下子到位的，都要慢慢來。我自己也在進步。2003年以後，我慢慢地懂得了怎樣更好地做人，我自己也在學。」比如說，怎樣更好地講真話。
2008年召開全國「兩會」時，鍾南山第一次參加全國人大會議