2003年，鍾南山受到國務院副總理吳儀接見。他那蒼茫的心上，有如雲開日出。
他沒有辜負吳儀。
鍾南山說：「中央從來沒有正面批評過我。」
凡是了解鍾南山秉性的人，都認為他天不怕，地不怕，就怕昧著良心說假話。自從非典一開始，他就在心裡不由得犯合計：老是有那麼一種感覺，好像自己專門喜歡跟誰較勁似的；老是覺得不管走到哪兒，自己都不是一個太受歡迎的人。
他暗自思忖：自己從「私自」讓香港專家化驗非典病毒，到病原體之爭，再到當著世界衛生組織官員的面說出真相，讓相關領導尷尬的新聞發布會……我鍾南山給政府添了多少「亂」啊，讓中共廣東省委為了多少難啊！同時，他一直都能理解那些膽小不願惹事的人。他們會離他遠一點兒，他表示寬容，覺得自己大不了被冷落就是了。
但是，鍾南山也暗想，對於像他這樣一個人、在第一線搶救病人的大夫，領導幹嗎要批評他？
「也可能因為我是一個院士，他們考慮到要給院士留點面子，所以不作當面批評。反正我說的都是實話，反正我就是一個給人看病的大夫。」
實話是要說的，病是要看的。鬱悶、委屈對他來說是相對有限的。鍾南山說，他不求官，也不求利，只要能給病人看病，病人歡迎就行了。
2003年4月底，本來覺得「雷聲」離自己很遠的北京市民，突然被噩夢驚醒，北京的非典病人終於「光臨」了。
早在3月31日，北京有一家膽大的媒體報道：北京的紗布口罩連日脫銷。其實，北京市民的動作比這篇報道快得多。
對於非典，北京人普遍的心態是既覺得可怕，早就心有提防，又覺得「雷聲」還遠，唯獨沒有想到會措手不及！
就在4月3日，世界衛生組織官員對廣州豎指讚歎的同一天，在北京，媒體又在告訴市民「不用慌」。北京市衛生局有關負責人說：「市衛生行政部門及疾病預防控制機構，已在全市範圍內建立完善的監測系統和有效的應急機制。」
僅僅事隔兩天，4月5日，一名非典病人出現在北京大學人民醫院。之後，很快就感染了93名醫護人員。4月23日，這家醫院被整體隔離，一直到5月17日才解除隔離。
時任北京大學人民醫院院長的呂厚山很無奈地說，出現這樣的結果，是因為醫院沒有傳染科，病人轉不走，又不能拒收。呂厚山說的是心裡話，真是沒給北京市護一下面子：「我事先如果知道非典是怎麼一回事，吸取廣州的經驗教訓，我想我會準備得很好。」
他還說：「知道有非典要來，但到底非典怎樣傳染、厲害到什麼程度，我們對這種烈性的上呼吸道傳染病真的是沒有認識。」
從2003年2月8日、農曆正月初八北京市衛生局官員不顧危險，南下廣州火線「取經」，已為時兩個月之久，北京市民不會忘記之前看過的電視新聞，那段新聞讓北京人心裡很踏實：政府給咱撐腰做主哪。這麼大的北京——祖國的心臟啊，一個非典還能鬧塌了天不成？那些一早一晚出門遛彎兒的市民，雖說心裡都害怕，可一貫都是比較相信北京市政府的。
近兩個月的時間過去了，當初北京市衛生局取來的「經書」呢？更何況，廣州抗擊非典的戰役，不但有用生命和鮮血換來的寶貴經驗，僅僅是倒下的醫護人員的數字，還不足以讓北京觸目驚心嗎？這高昂的代價，對於北京，價值幾許？
後來，北京市民從電視節目上發現：廣州鍾南山的調調怎麼老是和北京的聲音不一樣啊？北京老是說非典不那麼可怕，容易讓人踏實，可這個鐘南山……
2003年4月，因瞞報非典疫情，黨中央決定免去時任衛生部黨組書記的職務；4月26日，十屆全國人大常委會第二次會議經過表決，決定免去時任衛生部部長的職務。
其實，北京市第一例非典病人早在2003年3月7日就已經出現了。可惜，不知情的北京市民那時還高枕無憂。
姜素椿生於1929年2月，湖南寧鄉人，解放軍第302醫院原副院長，曾任解放軍第302醫院傳染科主任，是著名傳染病專家。他曾參加了對北京市第一位非典患者的搶救；曾組織了對北京市第一例非典死亡患者的屍體解剖；還是全球首位用自己的身體，進行血清注射試驗並獲得成功的非典患者。
2003年3月7日晚8時許，已退休在家的姜素椿接到302醫院領導打來的電話，請他立即趕到醫院病區，指導對一名非典患者的搶救。醫院領導已經考慮到姜素椿年事已高，且患過鼻咽癌，呼吸系統是他免疫屏障中最脆弱的部分。然而，姜素椿一到治療現場，立即感到了問題的嚴重性，他毅然走進了病房。
當時，他只知道非典是一種傳染性極強的病，而那位病人也是北京市第一例輸入性非典患者。姜素椿聽302醫院院長介紹，這個由山西來的病人呈肺炎癥狀，是從廣東回來後發病的。姜素椿的心裡「咯噔」一下。此前，他只聽說廣東出現了非典，但在北京還是第一次聽到。
那天，一生從事傳染病醫學工作的姜素椿多留了個心眼兒，特意在口罩里多夾了兩層紗布。那位病人最終沒能搶救成功。姜素椿當時就想：「我看了一輩子的傳染病，這麼厲害的真是少見。半小時前，病人還吃東西，一轉眼兒就死了？這種病到底是由什麼引起的？」姜素椿建議馬上進行屍體解剖。病人屍體內殘存著大量病毒，打開胸腔後，病毒四處蔓延，其危險性比以往任何時候都大！姜素椿不顧年邁和自己患過鼻咽癌，在解剖室用最快速度對北京市第一例非典死亡患者進行了屍解，為開展非典研究積累了寶貴的一手資料。
3月14日晚，姜素椿突然感到發冷，他意識到自己可能被非典感染了。
處在高燒中的姜素椿，腦子裡一直在琢磨一個問題：是否用自己的身體做試驗！姜素椿這一設想在當時還尚無先例。3月2日，姜素椿的體內注射進從廣州採集來的非典患者恢複期的血清。奇蹟出現了！在注射血清並配合其他藥物治療後，74歲高齡的姜素椿住院23天，經檢查，所有體征指標合格，最後康復出院。
到2003年4月6日，北京的老百姓已經開始不太相信媒體了。
4月12日，世界衛生組織宣布將北京列為非典疫區。
在國際上，媒體的輿論對中國已經是極為不利。
2003年4月下旬，在中國、在北京，影響安定、使人心惶惶的非典瘟疫，像無形的毒蛇，開始在空氣中、在人們的意念中隨處遊走。
4月16日，位於北京海淀區的中央財經大學出現了非典病人！學校宣布停課。這所大學周圍密集的居民區一下子像炸了鍋。
北京市民真的慌了——「狼到了家門口！」
「不是說非典沒那麼厲害嗎？」有太多的人感到不解。
中央財經大學校園裡，大學生們驚惶失措地拖著行李湧向校門，他們恨不得一步跨出學校。校園大道上，放眼望去，一片白花花，戴著口罩的學生在落荒而逃。
一個小時之後，原本喧鬧的校園，死一般地沉寂了，退場一般的空空蕩蕩。
早在4月3日，北京的解放軍第309醫院一天就收治了60例非典病人；而媒體當天公布的數字是：非典患者12例，死亡3例。2歲的蔣彥永退休前，是解放軍總醫院的外科主任，熟悉北京各家醫院的情況。氣憤的蔣彥永第二天即寫了一封署名信，從互聯網上發往北京的兩家媒體。
4月8日，美國《時代》周刊刊登文章《北京遭到非典襲擊》，裡面引用了蔣彥永的信。
4月20日，黨中央撤換了衛生部和北京市政府的主要領導。中國抗擊非典的戰役終於打開了新局面！
4月20日下午，國務院新聞辦公室舉行記者招待會。衛生部常務副部長高強通報了全國非典型肺炎防治工作情況，並回答了中外記者提出的問題。他坦言，衛生部的工作存在缺陷，疫情報告制度亟待完善。
高強說：「衛生部應對突發公共衛生事件準備不足，防疫體系比較薄弱，地方報告要求不明確，指導不得力。北京市有關部門信息統計、檢測報告、追蹤調查等方面的工作機制不健全，疫情統計存在較大疏漏，沒有做到準確地上報病例數字。」
北京市民，不僅是北京市民，全國的廣大老百姓，在同一時間雙目凝視著電視屏幕，清晰可見高強額頭上的熱汗。
不容易呀，終於撥開雲霧見太陽！
4月23日，國務院總理溫家寶主持召開國務院常務會議，決定成立國務院防治非典型肺炎指揮部，由副總理吳儀任總指揮；並決定由中央財政設立20億元的非典型肺炎防治基金。
這時，吳儀為北京的非典防治措施，專門與鍾南山面談過兩次。
「我覺得那個時候，她主要不是鼓勵，而是請教。她給我的感覺是虛心向我請教。」鍾南