鍾南山自20世紀70年代起，在醫學研究領域，就逐步取得了一系列具有代表性的成果。
其中最具影響力的，是在80年代末，他通過創製的氣道反應測定法和流行病學調查，首次在國際上證實並完善了隱匿性哮喘概念。再比如，他闡明了肺內一氧化氮和內皮素平衡失調，以及多種原癌基因表達異常，在缺氧性肺動脈高壓形成中的作用；在他的指導下，他的研究生創製了運動膈肌功能測定法；首次證實即使是早、中期的慢性阻塞性肺病病人，有60%存在蛋白能量營養不良，並制定了補充其基礎耗能的校正公式，研製出適合國人的營養素「優特力生」；在醫療上將各類型呼吸衰竭的搶救成功率，提高到85%以上。
正是由於這些成果，鍾南山被聘為撰寫聯合國《全球哮喘防治戰略》的中國代表、聯合國世界衛生組織醫學顧問，並於1996年當選為中國工程院院士。也正因為如此，才有了後來在防治特別是抗擊非典時，胸有成竹的鐘南山。
還有，鍾南山在1993年當選為第八屆全國政協委員。
儘管有上述的驕人之處，但是當初對於當選中國工程院院士，鍾南山壓根兒沒有做過什麼考慮，因為他始終覺得：自己還不夠格。雖然也申報了，他卻沒有抱什麼希望。他更沒有想到，最終的結果，竟然是高票當選。
能夠當選中國工程院院士，是要經過極其嚴格的考量和篩選的，更何況是高票當選。
80年代末，鍾南山在國際上首次提出了隱匿性哮喘觀點。這基於他的一個非常重要的發現。
鍾南山能夠發現隱匿性哮喘，主要是因為解決了一個技術上的問題。在此前，醫生為病人做哮喘氣道高反應表現的癥狀檢查，要用支氣管激發試驗來進行。支氣管激發試驗需要很複雜的技術，一套儀器要五六千美元。在當時的中國，如此高的費用，無論醫院還是患者，都還是難以承受的，也使很多患者難以得到及時診斷。
鍾南山在1984年，就把這個技術簡化成一個簡單的支氣管激發試驗測定儀器、一個體積很小的裝置：用幾個自製的玻璃瓶進行霧化，裡面裝了不同濃度的激發劑。當為病人做檢查時，只需讓病人使用峰流速儀進行最大峰流速測定，以此來檢測他有沒有氣道高反應性，從而說明這個病人是否患哮喘，因為氣道高反應是哮喘的重要標誌。
價格高達五六千美元的診療儀器，被簡化為一個診病的峰流速儀。這個小儀器，發達國家不需要，但是在中國，它體現了鍾南山一貫堅持的傳統醫學思想：簡單、方便、廉價、實用。尋求低廉的用材、簡單的手段，治好病人的病痛。
這個簡單而有效的儀器於1986年製作完成，是首創的TAR一型檢疫組織胺支氣管激發試驗儀器。它使得鍾南山能夠在廣大的基層來進行支氣管激發實驗。正因為在基層大面積做了支氣管激發實驗，所以可以早期發現一些沒有哮喘癥狀，但是有氣道高反應性的病人。這對於鍾南山的醫學研究來說，是莫大的鼓舞。
於是，鍾南山於1992年在美國著名的胸腔醫學雜誌上，發表了一篇文章。文章的主題是：沒有癥狀的氣道高反應性是否為隱匿性哮喘的指標？副題是他對有氣道高反應性的年輕學生，在兩年之內的追蹤結果。鍾南山研究發現：其中有20%的患者，兩年以後發展為哮喘。而這些病人最初沒有哮喘癥狀，只是有氣道高反應性。
儘管1992年鍾南山就在國際胸科專業的權威醫學雜誌，發表了這樣的論文闡明隱匿性哮喘的概念，但並沒有很多人重視和響應。直到5年以後，有一個加拿大的學者，將這一概念進行了研究，並在1997年將其理論和隨訪的結果，發表在英國《胸腔》雜誌上，認為：無癥狀的氣道高反應患者更容易發展為有癥狀的哮喘。這就證實了鍾南山的看法。
終於，16年後的2008年，世界醫學權威雜誌《柳葉刀》發表的一篇論文，引用了鍾南山關於「存在隱匿性哮喘人群」的結論。該文並且綜合了那位加拿大學者很多的研究發現，得出的結論為：14%—58%的無癥狀氣道高反應性，可以發展為哮喘。所以，隱匿性哮喘成為被《柳葉刀》雜誌認定的概念，成為世界公認。
1992年發表論文，5年後被別人證實，2008年才被公認。一個造福於人類的醫學結論，等待了16年！這一經過了漫長時日才被世界公認的醫學結論，從此可以在許多國家應用。患者出現氣道高反應性時，儘管尚沒有哮喘癥狀，也可以得到醫生及時的治療，避免發生意外。提出隱匿性哮喘這個概念，在鍾南山早期的醫學工作中，是最重要的一個貢獻。
這個貢獻難能可貴，就在於對人類疾病的早期發現和早期預防。它類似於如何能夠發現早期的糖尿病，病人沒有癥狀，但是可以通過監測血糖，得知血糖高了就容易得糖尿病。再比如，如何發現早期的高血壓？病人沒有癥狀，但是通過測量，可以得知血壓升高。又比如，如何得知病人在沒有癥狀的情況下，是否有哮喘？通過檢疫的方法便可以檢查出來。隱匿性哮喘與上述疾病，具有同等的可預防性，只是沒有得到應有的重視。鍾南山這一重大的貢獻，直到現在，都被應用於中國乃至世界的呼吸醫學研究和呼吸系統疾病診療。隱匿性哮喘，或者叫作無癥狀哮喘，它的定義就是哮喘在沒有發作的情況下，也可以認定癥狀。這對呼吸醫學來說，是非常重要的革命性看法。而此前，國際通行的醫學結論是，哮喘患者一定是有癥狀的。而鍾南山發現，沒有癥狀的患者，也可能發展為有癥狀的哮喘。一個醫學結論從此被刷新。
中國的慢阻肺病人跟國外的不一樣，存在著比較多的營養不良問題，醫學上稱作蛋白質的營養不良，這個概念與國外有很大的區別。中國大概有60%的慢阻肺病人蛋白能量營養不良，所以鍾南山認為，早期對這些病人的治療應該跟國外的不一樣，應該多補充蛋白和脂肪。
中國的慢阻肺病人一般偏瘦；國外的患者都很胖，體重比較重。鍾南山通過做一些測試，最早發現確實存在這個問題。這類病人因為消耗的問題，引起蛋白質不足。這一問題的發現，使得在慢陰肺治療上採用更有針對性的營養療法，這是從學術上提出的問題。鍾南山的這個發現，發展了當時慢阻肺病人的營養食譜，從而為慢阻肺病人的營養治療，提供了新的方向和措施。
1990年，鍾南山突然接到一個通知：中共廣東省委常委會議決定對兩個人進行表彰，一個是紅線女，另一個就是他。事先，並沒有任何人對他講過。
紅線女曾任廣東粵劇院副院長、廣州粵劇團藝術總指導，並曾當選為中國戲劇家協會廣東分會副主席，是第二屆全國政協委員，第三、四、七、八、九屆全國人大代表。紅線女於1938年開始學習戲劇，從藝幾十年來，演過近百個粵劇，拍過90多部電影；她在藝術上勇於創新，創造的許多「紅腔」名曲，膾炙人口，廣為傳唱。
1994年，組織上安排鍾南山申報過一次中國工程院院士，沒有通過。當時，他本來就沒抱什麼希望，所以也覺得自然而然。
1995年，廣州市人事局盛南方處長又動員了鍾南山三次，希望他能夠申報中國工程院院士。鍾南山真誠地對盛南方說，自己距離得太遠了，根本不夠格。
但是，申報表還是要填的，這是組織安排。
鍾南山認為，選上中國工程院院士的人都是年事很高的，有很多成就的。而他自己連獲得的國家科技進步獎都不多，只有一個三等獎，對他本人來說，當選院士根本就是不可能的事。但當時正好碰上一個好政策：新增中國工程院院士必須有1/3是60歲以下的人。後來，鍾南山開自己的玩笑說：「我就佔了這個便宜，是59歲，年齡正好在60歲以下。」
有一位中國工程院院士叫侯雲德，一直在中國預防醫學科學院的病毒所任職。當時，他是中國工程院醫學衛生工程學部主任、評選院士的組長。有一天，他打電話到廣州醫學院問：「鍾南山這個人怎麼樣？他的學術水平還有人品怎麼樣？」侯雲德分別找了兩位老教授，他們兩個平時在廣州醫學院講話都是不留情、很厲害的。
對中國工程院院士的評選是很注重人品的。其中一位教授梁先生回答說：「你問我這個鐘南山，我覺得他不錯啊，工作不錯，對我們這些老教授也是不錯的。」結果，侯雲德就更認定鍾南山這個「年輕人」了。
鍾南山雖然得獎不多，但是他在國外發表的幾篇文章，所闡述的觀點和論點具有創新性的發現，得到國際同行認可。
比如隱匿型哮喘的學說，是說有些哮喘是病人自己感覺不到的，可以是無癥狀的。鍾南山不但提出這麼一個概念，同時附有一個調查，就是發現這些病人患病幾年之後，有些會發展為癥狀性哮喘。並且，他還提出了一個對隱匿性哮喘患者進行發現和檢查的方法。
1989年和1990年，鍾南山已經在國際上的一些知名