因為家庭出身問題，鍾南山在政治運動中備受煎熬……
1964年年底到1966年年初，鍾南山積極投身於「四清」運動。他從北醫被派往山東膠東半島乳山縣下鄉體驗生活，與農民同吃、同住、同勞動。
鍾南山臨行之前，向黨組織遞交了入黨申請書，決心要在「四清」期間經受考驗，並且加入黨組織。正如他自己所說，對任何事情，他總是首先看到積極、樂觀的一面，即使是那些曾使他痛徹肺腑的往事。
他和那些被下放的幹部一起，每天和農民們甘苦與共。鍾南山回憶說：「我覺得，他們的熱情給我很深刻的教育。那個時候，農民把我看成是毛主席派來的，他們總是把自己認為最好的東西拿出來。可他們那時的生活，一年大概有兩次吃白面，能吃上餃子已經是太難得、太奢侈的事了，他們吃肉一年也就是一次。在過大年的時候，農民家裡一次性做出一大鍋，那是一年一頓最幸福的飽飯。」
到了鄉下，鍾南山住在老百姓家。北方農村老百姓家裡的情況，是鍾南山始料未及的，很是艱難。他和老百姓睡的不是同一個炕，他睡的是那種不燒火的涼炕，而且在冰冷的屋子裡，臭蟲、虱子照樣到處亂爬。
寒冷的冬天，鍾南山睡到半夜，實在頂不住了，把所有的棉衣都穿上還是不行。睡覺的時候不是躺在炕上了，而是跪在炕上，整個身子蜷縮在一起，所有可以擋風禦寒的東西一件件壓在身上，每天這樣一直熬到天亮。
沒有東西吃，一年的口糧到了3月份就吃得差不多了，只得開始吃槐樹葉，地瓜干已經算是不錯的食物了。他每天乾的活兒和農民完全一樣，耙地、種地瓜、除草……晚上還要開會。集中開大會的時候，大家就一起睡在地上，往地上鋪一層麥稈。
那次下鄉對鍾南山觸動很大，讓他經常不由地會想一想，中國還有這樣的人在活著，活得很苦，但他們對待客人像親人一樣熱情、質樸。
鍾南山和山東膠東半島乳山縣的農民共同生活，產生了很深的感情。直到他40多歲以後，乳山縣的農民還寫信給他，希望他「回去看看」。
虱子咬壞了鍾南山的腳踝，瘙癢難以忍受。被撓破的創面開始化膿，然後是浮腫，眼看著浮腫一天比一天腫大。冬天冰天雪地，腳踝上的大包已經腫得像一個球，後來腫到直徑有6寸那麼大，穿棉鞋根本系不上鞋帶。「大球」連褲腿也遮不住，只能露在外面，但是他每天照舊一瘸一拐地出工。
到了春節過大年，公社放假10天。村幹部告訴鍾南山，他可以回去幾天。這樣，他終於有了可以回城治療的機會。他非常擔心，腳踝膿腫到這樣的程度，一旦出現骨髓炎就得截肢，就要終生殘疾。
運動員不能繼續做，醫生不能做，萬一再落個殘疾……他這樣一想，就好像有一塊巨石壓在了頭頂。他怕時間再長腳真的保不住了，就和朋友借了錢，馬上經鄭州乘飛機回廣州就醫。
還好，經過醫生的精心治療，腳保住了。
另一件讓鍾南山揪心的事情，是他的入黨問題。那時對家庭成分的審查極嚴格，他的父親鍾世藩曾經加入過國民黨。鍾南山知道，入黨這事不能急，需要好好表現、耐心等待。
一年之後，即1966年3月，鍾南山由於帶病堅持勞動，表現突出，受到農民的一致好評，他如願以償地加入了中國共產黨。
但是，對於從乳山縣「得勝還巢」的鐘南山，組織上仍需要他繼續勞動。
那個時候鍾南山的表現是最好的，但再好，他也不能當模範，為什麼呢？因為他的家庭出身，決定了他的命運。當時，他想不通，但是他不服輸，還是想通過自己的努力證明給大家看，告訴大家：家庭成分不好的後代也是好人，也同樣是積極上進的人！
那個時候，他因為自己當過運動員，身體素質好，既然暫時回不了教研室，既然還得繼續接受勞動改造，那他就表現得更突出些給組織上看，所以務農時，人家幹活兒一次背一筐，他就背兩筐。
當他興高采烈地上任為北京醫學院的毛澤東思想輔導員不多日，席捲全國、史無前例的「文化大革命」，一夜之間，在北醫成為滔天的洪流。
「文化大革命」期間，鍾南山又重新用勤勤懇懇的勞動，證明著自己的積極上進。但是在強調「抓革命、促生產」之後，大多數老師都回到教研組了，而他，仍然不被信任，組織上讓他去繼續勞動，教學沒有他的份兒。
他徹底失望了。
鍾南山這個「階級敵人的後代」、「反動學術權威的狗崽子」儘管人緣比較好，但是政治運動的殘酷無情，讓知心人都能背叛知己人。那是一個靈魂深處鬧革命的荒謬年代。
1966年春夏之交，學校已無課可上，昨天還溫文爾雅的好學生，今天竟成為高呼革命口號的怪異青年。他們高喊著「打倒」，讓自己一向尊敬的老師坐「噴氣式」、挨批鬥。
校園裡到處張貼著各種顏色且隨時更新的大字報，其內容不是揭發，就是批判。