一馬當先的是大學士管部的祁雋藻，他的行輩甚高，在當時已列入耆宿之列，山西壽陽人，所以多稱他為「壽陽相國」。此人還存著清初貳臣的觀念，當曾國藩辦團練，出師有功時，他居然以為漢人一呼而集萬千眾，非朝廷之福。此時上疏救何桂清，首先就引用嘉慶的諭旨：刑部議獄，不得有加重字樣。認為餘光倬所擬，不合祖制。此外如工部尚書萬青藜、御史高延祜，都是聲名不佳的人物，而薛煥感恩知遇，又以重金替何桂清在京里走門路，所以初夏被逮，到深秋還拖在那裡。
慈禧太后為了籠絡大臣，倒不一定想殺何桂清，但正人君子饒不過他。首先是最早參劾何桂清的御史卞寶第，抗章駁祁雋藻。原疏抬出仁宗睿皇帝的聖諭，這頂帽子太大，本難指駁，而卞寶第駁得十分痛快，他說仁宗上諭，只就承平時期尋常罪名而言。輕輕一語，就把他那頂大帽子卸掉，然後又說：道光年間浙江提督餘步雲失定海，咸豐年間湖北巡撫青拕失武昌，皆以失陷封疆伏法，其時祁雋藻當軍機大臣，沒有聽見他說什麼話，「何獨於何桂清護惜若此？」這個奏摺一發抄，時論大快。
不過，何桂清生死之機，最後決於一個人，就是曾國藩。
當時京卿中有個李棠階，河南人，跟倭仁、曾國藩都是當年做京官時講理學的朋友，慈安太后聽文宗生前提到過這個人，所以特旨內召，任用為太常寺正卿，當浮議囂張時，李棠階上一個密折，說是：「刑賞大政，不可為謬悠之議所撓，今欲平賊，而先庇逃帥，何以作中興將士之氣？」這是撇開刑律及何桂清個人的禍福，以大局軍務為著眼點，東南軍事在著著進展之時，自然不能做出打擊士氣的事情來，所以，連慈禧太后看了這個奏摺以後，態度也迅速地轉變了。
何桂清這一案的關鍵，本在他為何由常州脫逃？如果這一點能有所辯解，則可以不死，所以刑部審問時，他提出一份薛煥等人所具的公稟，請他退到蘇州，以保餉源重地，證明他本心並不打算棄地。事過境遷，當時是否有必要退至蘇州？是非無從判斷，同時這張公稟，究竟真的出於當時，還是事後補具，以為卸責的餘地，亦無從查究，因而朝廷特意降旨，命現任兩江總督曾國藩查核具奏。
曾國藩身在兩江，瘡痍遍地，目擊心傷，而且他帶著兵負破敵的全責，亦不能不為士氣著想，因此，一向不大肯說題外之話的他，覆奏措詞，如老吏斷獄，犀利無比。
曾國藩的覆奏是這樣說：「督撫權尊，由來已久，司道以下，承迎風旨，不敢違拒，若此類者，無庸深究，疆吏以城守為大節，不當以僚屬一言為進止；大臣以心跡罪狀，不必以公稟有無為權衡。」
這幾句話精警絕倫，無人可駁。而在曾國藩覆奏未到以前，救何桂清的祁雋藻等人，費盡九牛二虎之力，已搞出一絲生機，至此又復斷送。
祁雋藻他們所想的辦法，就是將何桂清的罪名，弄成斬監候。為達成此一目的，分兩方面迂迴進行，一方面在廷議中格於公論，仍照刑部所擬「從重擬以斬立決」；一方面由祁雋藻領銜上奏，說「遍察刑律如臨陣而退、棄城先逃等條，罪至斬監候而止」。加重罪名至斬決，「是為擬加非律」，也就是說超乎律法以外，非臣下所得擅請。然後由軍機面奏，擬發上諭：此案既疊經廷臣等會同刑部定擬罪名，自應按律科斷，即不必於法外施刑，以昭公允，何桂清著仍照本律，定為斬監候，歸入「朝審」「情實」，秋後處決。此後為定照定律，詳慎用刑之意起見，非為何桂清情有可原，將來可從末減，致蹈輕縱也。
這道上諭，看起來合法、合理，一秉大公，毫無可議，其實是軍機上欺兩宮太后問政未幾，不諳制度，用的是瞞天過海的手法，因為這年是同治元年，凡遇改元，太后皇帝整生日等等慶典，照例「停勾」，所謂「歸入『朝審』『情實』，秋後處決」，根本是空話。
所謂「朝審」，起於明朝英宗復辟以後的天順三年，將待決之囚，在霜降以後處決以前，作一次最後的審判。對各省的死囚而言，此一程序稱為「秋審」，而刑部獄中的死囚，則稱為「朝審」，由刑部特選精幹的司官人員，組織秋審處，主辦其事。朝審或秋審的結果，分為五類：情實、緩決、矜疑、留養、承祀，最後兩類多為獨子以承宗祧，奉養父母，可以不死，緩決、矜疑則尚待進一步審訊，惟有情實一類，則在勾決之列，須另繕黃冊呈覽。不過，這年雖然停勾、招審冊，仍應照呈，何桂清的罪名，已指明為「情實」，卻由於打通了秋審處的關節，而餘光倬勢孤不能力爭，所以未將上諭中「非為何桂清情有可原，將來可從末減，致蹈輕縱」的「緊要之語」敘入，企圖矇混過關，不想又遇到了一個硬錚錚的對頭。
這個對頭就是李棠階。軍機大臣中除了恭親王以外，本以恭親王的老丈人桂良為首，桂良在咸豐八年與英法公使在上海議和時，深得何桂清的助力，所以何桂清被逮到京，他亦很出力相救。哪知這年夏天一病而亡，軍機大臣空出來一個缺，秋天補了李棠階，此時便根據曾國藩的覆奏力爭，因而降旨切責刑部，嚴加申飭。
於是刑部補具手續，特降諭旨：已革兩江總督何桂清一犯，因廷臣會議，互有異同，酌中定議，將該犯比照帶兵大員失陷城寨本律，予以新監候，秋後處決，已屬法外之仁。
今已秋後屆期，若因停勾之年，再行停緩，致情罪重大之犯，久稽顯戮，何以肅刑章而示炯戒？何桂清著即行處決！
於是何桂清被綁赴菜市口，一刀斬訖。而餘光倬則跟何桂清的私黨結了怨，而本來已考上了御史，而且「京察」一等，照例立即可以升補，為人借故彈劾，京察一等及御史記名，一律撤銷，竟致閑廢。
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現在再回頭來談王有齡。
他是咸豐十年閏三月初到杭州的，一到先辦善後，李秀成初次攻佔杭州，雖只逗留了七天功夫，但杭州府屬的百姓，死了二十幾萬。城是空城，大小衙門統通燒光，無錢無糧，而要撫輯流亡，確是大不易之事，好在他跟浙江的關係特深，又有朱大器幫忙，勉強修葺城牆，製造器械，將張國梁所部以及他自己從江蘇帶來的親兵，總共三千人不到，分駐各處，算是防務粗定。
但不過一個月的功夫，江蘇的局勢急劇惡化，太平軍勢如破竹地一路打過來，佔領松江，並已迫近浙江邊境，果然，四月二十四日嘉興失守。此時如果長驅南下，杭州可能早已不守，但太平軍的基本戰略，是要鞏固「天京」外圍，如果進攻杭州，則一線深入，自蹈危地，為兵家所忌。
太平軍當時的第一目標是上海，如能攻佔上海，則不但海關的洋稅，大堪潤澤，而且有了通外洋的海口，購舊船二十艘，水陸並進攻湖北的計畫可以實現，同時軍械糧食，亦可猶得源源接濟。因此，嘉興的一支兵，為攻上海的後備，自然不肯用於無用之地的杭州。
但是，東北面的壓力雖不重，西北面卻又吃緊，廣德失守，總兵米興朝退至孝豐。接著，陳玉成佯攻揚州，牽制官軍的任務，由於李秀成席捲吳中而完成，回金陵休養數日，於六月初五日由宜興入浙江，連佔長興、於潛、臨安，１３天攻到餘杭，離杭州只有幾十里的路了。
其時浙江的兵力，以不受徐有壬歡迎的張玉良一軍為主，正在嘉興一帶防守，浙江除了湖州附近以外，就數嘉興到杭州這一段最富庶，為保餉源，這一路不能不著力防守，所以張玉良一軍不能撤回相救。此外，福建的援兵未到，江西有援兵三千人，卻遠在玉山，只有守門的三千餘人，可以調遣，帶兵官叫劉季三，是個總兵，受命攔截，在杭州城北的拱宸橋遭遇，王有齡亦帶隊上城牆助戰，劉季三總算打得不錯，身先士卒，親以洋槍斃敵。太平軍暫時退走，但大隊有十幾萬人之多，而官軍總數只得一萬三千，就在這眾寡懸殊，形勢危殆之際，陳玉成忽然得了重病，不能指揮。
於是陳玉成全軍撤退，餘杭、臨安、於潛、富陽、新城等地，相繼克複，杭州暫時轉危為安。但是，軍餉卻成了大問題。
浙江全省軍餉，每月需四十幾萬。當時籌餉的方法，各地大同小異，大同者，取之於商民的厘捐，小異者，稅源因地因時而有差別。浙江的厘捐，以絲茶為大宗，皖南一途，兵連禍結，茶商裹足，此外行銷江西徽州的所謂「餉鹽」，亦由於烽煙處處，道路艱難而無法運銷，厘捐收入，大不如前。
除本省自籌以外，又有所謂「協餉」，靠比較平靖而富庶的省分協助，浙江每月的協餉是：江西６萬、湖南３萬、四川５萬。此時都自顧不暇，根本不解，只偶爾福建有所接濟。
這樣通扯計算，每月要差半數，王有齡雖以善於籌餉著名，但差額過大，亦有難於彌補之苦。
幸好，李秀成對上海發動的攻勢，受到了有力的打擊，所以整個東南大局，猶有可為。
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江蘇膏腴之地，其時只剩下馮子材一軍苦守鎮江，以及上海與浦東三縣而已。但上海由於租界的關係，造成了畸