於是據實奏陳，指責戶部雲南司司官「難保無知情故縱情弊」，除查取職名飭令聽候查辦以外，周瑞清既曾與崔尊彝通信，則洪良品所參，並非無因。只是周瑞清為三品大員，未經解任，不便傳訊，奏請飭令周瑞清將崔尊彝的原信呈案，以便查核。
此奏一上，不但照準，而且因為周瑞清既有接受崔尊彝信函情事，特命「解任聽候傳質」。這一下顯得案子又擴大了，不過周瑞清倒還沉著，看到上諭，首先就派聽差當「抱告」，拿了崔尊彝的兩封信呈上刑部。
信里不過泛泛通候之語，於案情無關。剛毅看完了，往桌上一丟，冷笑著說：「這又何足為憑？崔尊彝給他的信，當然很多，隨意找兩封不關痛癢的送來，以為可以搪塞得過去，這不太拿人當傻小子了嗎？」
因為有此反感，他「一朝權在手，便把令來行」，派一官兩役去傳周瑞清。
「這就不對了，上諭是『聽候傳質』，質者對質，是跟崔潘二人對質，此刻怎麼可以傳我？」
「是跟王敬臣對質。」派去的「七品小京官」說話也很厲害，「上諭並未明指跟崔、潘對質。請吧，『是福不是禍，是禍逃不過。』」
周瑞清無奈，只得乖乖地跟著走。
不過，周瑞清到底只是解任，並非革職，所以刑部司官亦不敢過分難為他，邀到部里，以禮相見，圍著一張圓桌相談，就算是「傳質」了。
問話的三個人，預先作過一番商議，不必問崔、潘賄托之事，就問了他也決不肯說，不如側面探詢他跟崔、潘的交情，或者蛛絲馬跡，有助於案情的了解。
這樣，問話的語氣恰如閑談交遊。周瑞清字鑒湖，便稱他「鑒翁」，鑒翁長，鑒翁短，相當客氣，周瑞清亦就不能不據實相告。他說他與潘英章一向熟識，跟崔尊彝在以前沒有見過面。只因他有個捐班知縣的侄子，分發雲南，跟崔尊彝一起在軍營里當差，交情很好。他的侄子在雲南因為水土不服而得病，全虧崔尊彝盡心照料，所以他亦很感激其人。
光緒元年開恩科，周瑞清放了江南的主考，取中的舉人中，有一個崔應科，是崔尊彝的堂弟，加上了這一層淵源，才通信認為世交，崔尊彝的信中，稱他為「世丈」的由來在此。他亦承認，崔尊彝對這位「世丈」，常有接濟，但小軍機無不如此，逢年過節都有外官的饋贈，無足為奇。
「鑒翁，」沈家本問道，「有件事，不知有所聞否？聽說潘道由昆明進京的時候，就不打算再回雲南了，在雲南的產業都已處置凈盡，一家十三口靈柩，亦都盤迴安徽。」
「這倒不甚清楚。」
「據安徽奏報，潘道至今未歸，他是六月底出京的，現在九月初，計算途程，早該回家。不知道他逗留在那裡？」沈家本緊接著說：「鑒翁跟他至好，自然有書信往來，可能見告？」
周瑞清想了一下答道：「我沒有接到過他的信。不過他一家十三口靈柩，都寄停在荊州，或者因為迂道湖北，耽誤了歸程，亦未可知。」
這話就頗為可疑，話鋒中聽得出來，崔尊彝的行蹤，他是知道的。不過，既然他不肯承認，亦就無可究詰，很禮貌地將他送了回去。
案子擱淺了。整個關鍵在崔尊彝和潘英章身上，這兩個人不到案，就是將在逃的書辦抓到了，依然無用，因為沒有對證，便可抵賴。
就在這個時候，剛毅升了官，外放為廣東的一個好缺，潮嘉惠道。潘祖蔭指派趙舒翹接手，主辦本案。他手裡原有件王樹汶的案子，因為塗宗瀛調職，接任河南巡撫的李鶴年，聽信任愷的話，力主維持原讞，河南京官大嘩，言官紛紛上奏指摘，彈劾李鶴年包庇任愷，因而又指派河道總督梅啟照複審。而梅啟照居然又跟當年楊乃武一案中的胡瑞瀾一樣，站在巡撫這一面。所以趙舒翹建議堂官，由刑部提審，估計全案人犯解到，總在年底。有此一段空閑的工夫，正好接辦本案。
閱過全卷以後，他提出一個看法，認為正本清源，先要就事論事，查核雲南報銷案中，那一項可以報銷，那一項不可以報銷？
潘祖蔭認為這話很有道理，並且引伸他的看法，確定了辦理此案的宗旨，將案內所有涉嫌人犯匯齊。審訊對質，要問枉法不枉法，當以應銷不應銷為斷。
於是傳訊戶部及工部的承辦雲南報銷案的司官，各遞「親供」。有的說：「軍需用款，均按照同治十二年前成案辦理」；有的說：「查照咸豐年間例案核辦」；有的說：「遵照同治九年奏定章程核銷」，各人一個說法，各人一個根據，紛歧疊出而語焉不詳，刑部只知道其中必有毛病，卻不知毛病何在？
這就只有一個辦法了，奏請飭下戶部、工部堂官，指派幹練的司官秉公核算，一時帳簿紛繁，算盤滴答，刑部大堂，熱鬧非凡。
這一來，王文韶裝聾作啞就有裝不下去之勢了，因為說他受賄巨萬，他可以表示清者自清，濁者自濁，總有水落石出的一天，所以越泰然便越顯得問心無愧。但在他署理戶部尚書任內，已經核銷結束的案子，奉旨重新核算，便無異朝廷明白宣告：王文韶不可信任。
不但他自己如此想法，清流也在等候這樣一個時機。自然又是張佩綸動手，等慈禧太后萬壽一過，便上了一個「請飭樞臣引嫌乞養，以肅政體而安聖心」的摺子，將王文韶貶得一文不值，說他「即無穢跡，本亦常才，就令伴食中書，束身寡過，殆未能斡旋時局，宏濟艱難；今屢受彈章，望實虧損，度其志氣消沮，憤懣不平，內發嘆吒之音，外為可憐之意，久居要地，竊恐非宜。」
接著引用乾隆朝的一個大臣，也是杭州人的梁詩正的故事。梁詩正物望不孚，高宗暗示他辭官，而梁詩正戀棧不去，於是高宗趁南巡經過杭州之便，命梁詩正在家侍養八十歲的老父，以為保全之計。張佩綸認為這個故事，正適用於王文韶：「例載：親年八十以上，即有次丁終養者。王文韶母年八十有三，終鮮兄弟，養親乃人生至樂，當此崦嵫漸迫，喜懼交縈，實亦報國日長，報親日短之際。若聽其去官終養，該侍郎家在杭州，有湖山以滌塵氛，有田園以供甘旨。」如其不然，就算王文韶「持祿保身，其子慶鈞，及其交遊僕從，狂恣輕揚，非王文韶所能約束，必令白首偏親，目見子孫不肖之事，憂危惶懼，損其餘年，殆非文韶所忍出也。」
最後是在「以安聖心」這句話上做文章，說「皇太后聖躬雖臻康復，猶宜頤養舒勤，乃九月初一日因鄧承修劾王文韶，召見樞臣，二十二日因雲南報銷案，又召見樞臣，此兩日並無內外簡放員缺，亦無各省急遞章奏，當霜風漸厲之時，正幾暇養和之日，乃以文韶奉職無狀，至增宵旰憂勞。該侍郎夙夜捫心，能無悚愧？」因而要求：將他的這個奏摺，交下軍機處，「令王文韶善於自處。」
慈禧太后便真的不作任何表示，將原折發了下去。王文韶一看汗流浹背，識得張佩綸的嚴重警告，如果再不「善於自處」，他還有更厲害的手段，要參劾他的兒子王慶鈞以及門客僕從，仗勢恃強，所作的許多不法之事。
在他看，最惡毒的是，以為慈禧太后因為他的「奉職無狀」而「宵旰憂勞」，當此秋風多厲之際，亦不得安然怡養。這一挑撥，如果忽視，則慈眷一衰，真的可能有不測之禍。
於是，當天他就上了個奏請開缺的摺子。慈禧太后胸有成竹，降旨慰留，預期著張佩綸必不罷休，要看他第二個摺子，說些什麼？
張佩綸的第二個摺子，對王文韶展開正面的攻擊，措詞運用，卻另有巧妙。共是一折一片，摺子上說他才具不勝，如果慈禧太后據以罷斥，則發抄原折，可以不提雲南報銷案的弊端，對王文韶還算是顧面子。但要說服慈禧太后，則又非提雲南報銷案的弊端不可，因而加一個附片，指出雲南報銷案三可疑：
第一疑：「王文韶曾在雲南司派辦處行走，報銷之弊，當所稔知。此案既致人言，必有書吏在內，若於奉旨之日，即密飭司員將承辦書吏，羈管候傳，抑或押送刑部，豈不光明磊落，群疑盡釋？乃讞傳函牘屢傳，機事不密，任令遠揚，歸過司員，全無作色。人或曰：文韶機警，何獨於書吏則不機警？」
第二疑：「雲南此案報銷，將歲支雜款，全行納入軍需，本非常科，即疆吏聲敘在先，亦宜奏駁，既已含混復准，經言者論劾，若戶部即請簡派大臣複核，則過出無心，猶可共諒。乃至戶部堂官奏請複核，始與景廉面懇迴避。風聞銀數出入，散總不甚相符，且事先迅催兵工兩部，不及候復，率先奏結，尤為情弊顯然。人或曰：文韶精密，何獨於報銷則不精密？」
第三疑：「崔尊彝、潘英章為此案罪魁禍首，既據商人供稱：匯款係為報銷。狀證確鑿，該兩員即屬有玷官箴。周瑞清已經解任，該兩員不先革職，亦當暫行開缺，乃迭降明諭，但曰：『嚴催解送』。他樞臣即未見及，王文韶若欲自明，何以默不一語？人或曰：文韶明白，何獨於該兩員處分則不明白？」
字裡行間的指責，慈禧太后當然看得出來，第二疑暫且不