廣告登出的同一天綁匪的電話就來了。康頓博士覺得對方聽上去口音很重，像是德國人或斯堪的那維亞人。他還在背景中聽到了義大利語。第二天晚上，一位計程車司機約塞夫·庇隆，給康頓博士送來一張字條。庇隆說有人攔下他的車給了他1美元讓他送這張條，他記不清那人什麼模樣。條子要康頓到一個地址去取另一張條。
按照第二張字條的指示，康頓博士於3月12日夜晚來到林坪公墓正門，但他並沒有帶錢來。在大蕭條時期，即便如查爾斯·林勃這樣的大款，要籌到7萬美元也不是一天兩天能辦到的，他得賣掉他將近五分之一的股票。而且康頓博士認為，首先要拿到孩子還活著或孩子確實在這伙綁匪手裡的證據才能付錢。康頓的朋友奧爾·瑞奇開車送他到林坪公墓時打趣他說：「他們今晚要是斃了你，埋起來倒省事。」康頓謝絕讓瑞奇留下等他，自己一個人在大門口踱了好半天，才遠遠地瞧見有人朝他揮動著一條白手帕示意。來者自稱「約翰」，說他只是綁匪中的一員。他同意寄一件孩子的衣服給康頓博士，以證明小林迪平安無事。為與自己的名字「約翰」相區別，康頓後來管那人叫「墓地約翰」。
3月16日，康頓博士收到小林迪的連衣褲。林勃上校喬裝打扮親自到康頓家鑒認，那確實是3月1日晚上查理睡覺時穿的。小衣服里還夾了一張紙條，指示珈夫瑟——康頓博士在贖金準備好後再登一條廣告：「貨收到，錢已備齊。」當時沒有任何人想到要綁匪摁了小林迪的指紋寄來，與他在玩具上留下的指紋比較。後來的專家們認為這實在是一個嚴重的疏忽。
準備贖金花去了兩個多星期。最初，林勃上校拒絕警方提出的記錄鈔票號碼的建議，但財政部官員堅持要求必須這樣做。贖金中的絕大部分使用了金圓券，這是一種可以兌換黃金的貨幣，它和相同面值的一般貨幣看上去幾乎完全一樣，只多一個黃色的圓形印記。當時聯邦政府正逐步從民間回收金圓券，收銀員收到金圓券後都交到銀行，不會再作為零錢找補給顧客，所以這種貨幣在市面上越來越稀少。贖金中所有鈔票的號碼都互不相連。幾位財政部工作人員和銀行職員用了整整8小時記錄全部紙幣的號碼，用小號字體列印成冊後共57頁。之後，25萬份這樣的號碼冊被秘密發送至全美各地每一家銀行。
按「墓地約翰」所言，贖金分成兩包，一包5萬美元，其鈔票的面值及數量與留在窗台上的第一封贖金信要求完全一樣。另一包2萬美元，因為綁匪沒有提出具體的要求，所以警方在裡面放進了更容易追蹤的面值50美元的金圓券。
這期間，不時有一些行跡可疑的「推銷員」找到康頓家，他們只敲康頓的門，而不去其他鄰居家，顯然是綁匪成員在監視珈夫瑟——康頓博士。林勃上校堅持不許警方調查這些「推銷員」以免打草驚蛇。
又經過若干廣告和郵件的交流，終於，在4月2日這天傍晚，林勃上校和亨利·布勒京里其開著奧爾·瑞奇的車從銀行取出兩包贖金來到康頓家裡。7點45分，一位計程車司機給康頓博士送來一張紙條。康頓的女兒剛好回娘家串門，走到門口接了條子，她並不知道內情，所以沒有記下計程車的牌照等線索。康頓和林勃立即帶著贖金出發，由林勃開車，按條子上的地址找到一家花店，從一張桌子底下抽出另一張紙條，再根據上面的指示來到韋特摩街。
韋特摩街是一條僻靜的泥濘小路，緊靠雷蒙德公墓南端。林勃把車停靠在街角處，康頓博士按綁匪字條的吩咐，下車穿過馬路到街對面，然後順著燈光昏暗的小路往前走。他一直走到公墓的盡頭也沒見一個人影，於是他又返身回到林勃停車的地方，隔著馬路大聲說：「這兒好像沒有人。」就在此時，從康頓身後的墓地里傳出一個聲音：「嗨，博士，這兒，在這兒。」
康頓博士循聲走進夜色朦朧的雷蒙德公墓，恍惚看見一個身影在墓碑間穿行。他跟著那個影子走了大約5分鐘，忽聽得灌木叢中傳來一聲「哈羅」，又是那位「墓地約翰」。康頓說他沒有帶錢，他需要一張字條說明孩子一切都好，而且在見到小林迪之前，他只能先付5萬美元。這些話似乎並未引起「墓地約翰」的不快。15分鐘以後，他拿著一張條子回來。康頓博士帶著字條回到車裡取了錢交給他。「墓地約翰」臨走時告訴康頓，小林迪在一條叫做「尼利」的船上。他還交給康頓博士一個信封，說信里詳細地說明了如何找到「尼利」。但他警告康頓要過了6小時才能看信。
康頓把「墓地約翰」的信交給了林勃上校。迫不及待的林勃等車剛開出一英里左右就把信拆開了。信上說「尼利」是一條28英尺長的小船，停泊在馬薩諸塞州伊麗莎白島海岸的馬頸海灘和蓋赫德之間。船上和小林迪在一起的兩個人是無辜的，請不要為難她們。
第二天凌晨，在美國海軍和海岸警衛部隊的鼎力協助下，林勃駕駛海軍的水上飛機——一種可以停靠水面的飛機——從康涅狄格州橋港市的海軍基地出發，與水面上數艘海岸警衛部隊的艦艇一起，開始了整整兩天的搜尋，但最終也沒有找到那條或許根本不存在的小船「尼利」。
與此同時，聯邦調查局第一次介入林勃幼童綁架案。他們一邊找約翰·康頓博士談話，一邊派出大隊人馬搜查雷蒙德公墓，結果只在一塊墓石上發現了一隻腳印。雖然當時將這隻腳印拍了照並印了膠泥模，但後來卻沒有作為物證提交法庭。
憤怒和失望並沒有使查爾斯·林勃死心，他繼續通過各種渠道企圖再次與綁匪接觸。更多的人自願要求擔當牽線搭橋的中間人，其中不乏德高望重的名人，也有乘人之危的騙子。
5月12日，綁架案後的第73天，林勃正在一條搜尋船上休息，他的助手們接到新澤西州警署署長諾曼·西瓦可普上校發來的加急電報。沒有人拆開電報，但大家已經從收音機里聽到了那條令人心碎的消息。助手們猶豫著誰也不願意將電報送進林勃上校的艙房裡。
那天下午3點15分，兩名卡車司機，威廉·艾倫和奧維爾·華生，開車到霍普威爾送貨。他們把車停在離林勃莊園約兩英里處的普林斯頓-霍普威爾公路旁，威廉需要方便一下。天上下著細雨。威廉走進路邊的樹林，當彎腰鑽過一枝低垂的樹枝時，他看見地上有一個像骷髏一樣的東西。威廉順手撿起一根棍撥開覆蓋其上的樹葉，只見一具已經腐爛的嬰兒屍體臉朝下躺在一個淺淺的墳坑裡，屍體用一塊布毯包裹著，屍身上爬滿了小蟲子。威廉嚇得趕緊跑回車裡，和奧維爾一起趕到霍普威爾鎮。他們在一個理髮店找到了警員喬斯·威廉遜。
保姆蓓蒂和查爾斯·林勃先後確認了小林迪的遺骸。辨認的特徵包括牙齒的數目、亞麻色的頭髮、兩個疊在一起的腳趾、還有法蘭絨內衣和尿布等。第二天，林勃上校在警方的陪同下，將小屍體送到新澤西州臨頓火葬場火化。此時距兩名卡車司機發現屍體不到24小時。
因為警方指定的驗屍官關節炎發作，那具小屍體只在火化前由一位殯儀館主任草草地作了一下檢查。
他發現孩子的顱骨上有四處裂痕和已經變質的血痂，由此推測查理死亡的原因應是頭部受到重擊而造成顱骨骨裂。根據屍體的腐爛程度判斷，死亡時間很可能就是綁架案發生的當晚。估計當綁匪抱著小林迪從窗台上爬下來時，因木梯斷裂孩子掉到了地上。警方認為作案人並非有意要加害於小林迪，這只是他們行動中的一個意外事故。
但不管怎麼說，對林勃夫婦而言，結果都是一樣。他們的希望徹底破滅了。警方也不再有任何顧忌，他們終於可以大張旗鼓地搜查綁匪，但可能為時已晚。
5月23日，新澤西州州長哈里·摩爾宣布，懸賞25萬美元緝拿本案兇犯。贖金索取信的拷貝也發往各地警署和監獄，以與在押犯人的筆跡對照。警方還請來心理學專家達德利·肖菲爾德醫生分析罪犯特徵。肖菲爾德醫生認為，綁匪系德國人，40歲左右，已婚，個子與身材和林勃上校相近，曾有犯罪前科，患精神分裂症，性多疑。他甚至推測在「墓地約翰」交給康頓博士的最後一封信中，執筆者曾下意識地寫下了「崗赫路」的頭幾個字母，後來又改為「蓋赫德」。「崗赫路」是當時紐約布郎克斯的一條主要街道。
在其後的兩個月里，新澤西州警署首席偵探凱頓中尉率領警員們集中盤查林勃和莫洛莊園里的工作人員，重點懷疑對象一是查理的保姆蓓蒂，一是莫洛莊園的女傭微俄莉特。蓓蒂是最後一位看見小林迪活著的人。那天傍晚在孩子失蹤之前，她的男朋友曾往林勃莊園給她打過電話。警方經反覆查證，最後確定他倆是清白的。
微俄莉特的疑點在於她的說辭前後不一。1932年6月10日，警方打電話到莫洛府通知她去警署談話。微俄莉特聽說後立刻歇斯底里地大喊大叫：「我不去！我不去！」然後衝出屋外。等人們再看見她時，她已服氰化鉀自盡。後來警方終於查明，微俄莉特驚恐的原因是她和她的男朋友涉足黑酒生意，與綁