小男孩鼓起微弱的勇氣，帶著強烈的渴望，在地下行走。
總是等著迎接小男孩的少女，雙唇雖然隱蔽在昏暗的燈光下，卻看得出來在微笑。
少女綠色的雙眸閃爍著微弱光芒，在幽暗的地下道上下起伏。相同顏色的頭髮，訴說著這雙眼睛的主人不是普通人。少女是由機械電路組成的，擁有人形。
少女與小男孩正在天花板燈影稀疏的狹窄地下道里行走。在機械少女身旁低頭緩步的，是一名年幼的男孩。他是活生生的人類，一頭柔亮的金髮，足見他家境良好。相對於少女從未從前方挪開視線，小男孩就顯得局促不安許多。
離開地下到達開闊的地方之前，總是這樣。
這裡是位於東京地底、連接點與點之間的線——地下道。為了從避難的防空洞逃離令人窒息的地底生活，小男孩他們偶爾會在地下道散步。小男孩與機械少女以前經常待在一起，但現在大人已經不允許他們這麼做。
一同避難的男孩雙親，不准他做出這種輕率的行為。無人整備的地下道危機四伏，或許哪天地上的人會帶著武器闖入。
地上應該還在打仗。國家這種組織已泰半失去功能，所以人們來地下設施避難。小男孩他們是離開原本居住的土地、搬到這裡沒多久後，才開始避難。搬家理由是有人通知他們近期將有大規模的人禍發生，所以他知道會打仗，但這場人禍的規模超乎他的想像。
烽火連天，戰火連避難處都吞噬了。小男孩的家人失去了家。一方面因為他們才剛搬過來不久，但更大的問題是與小男孩在一起的機械少女。
以某一天為分水嶺，不可思議的異象席捲全球。一股力量對所有機械超乎尋常的干擾，將人們的生活搞得烏煙瘴氣，點燃戰爭的導火線。連市售的人型機器人也沒能逃過這波對機械的干擾。人們害怕不再正常運作的人型機器，不斷破壞，連機械少女也不例外。
但這些機械的叛亂，現在已經弭平。若機械不靜下來，恐怕連地下防空洞的生活都難以長久。關於機械靜下來的原因，各式謠言滿天飛，全都是無法追根究底、無憑無據的傳言。在這些謠言里，有這麼一則說法——
不知是誰寄出的簡訊，讓末日稍稍延後了。
意思是，在電話無法打通的情況下，有人實際收到了簡訊。
自稱星命教的宗教團體，大肆宣揚是他們獻身守護星球的行為阻止了毀滅，成功吸引到不少人的關註，但也有許多人認為那並非真相。
就這樣，將大街小巷鬧得人仰馬翻的失常與混亂，唐突地開始、錯愕地結束了。
但在機械失控的混亂平息的現在，人們對人型機器人的懷疑仍根深蒂固。
因此，在做為避難所的防空洞內，人型機器人要與人一同居住是很困難的。
所以，機械少女每天都在地下道散步，與小男孩分開生活。
小男孩跑出防空洞，很大一部分的原因是要來見這名少女。
「你平常都在做什麼呢？」小男孩問機械少女。
少女回答：「在散步。」但對年幼的男孩而言，這個字還太難。少女見到小男孩的反應後，目光閃爍，換一個完全不一樣的說法：「在探險。」
「我在搜集地下道的資訊。」
萬一發生什麼事，機械少女自然要保護主人，也就是這名小男孩的人身安全。在防空洞及地下設施遭遇危險時確保避難路徑，也是它巡邏地下道的理由之一。機械少女推測的危險，不只是來自外部的入侵，還包含在地底生活的人們爆發的衝突及意外。
在機械少女的紀錄中，機械失控後，暴民也隨之而生。
兩人在地下道的邊緣，遇到一群沿著牆壁飛奔的老鼠。小男孩不由得停下腳步，縮了縮身子。機械少女站在老鼠與小男孩中間，等待小動物們通過。
為了生存而放棄地表的，不只有人類。
鼠群通過後，機械少女將手抵在小男孩的背上，催促他前進。男孩的腳步很沉重，他邊走邊想起自己被父母罵的回憶。
小男孩問少女：
「躲在防空洞里，真的就安全了嗎？」
少女聽小男孩這麼問，露出迷惘的表情。
「……不曉得。」
機械少女說出與機器不相稱的含糊回答。防空洞是以抵禦來自外部的攻擊為目的而建造的，至於內部被入侵時的防衛，則需要人手。這裡有足夠的人嗎？在機械少女合理的思考中，答案是否定的。因為能戰鬥的人都被派去打仗了，沒有留下。
少女無法判斷。假設這裡絕對安全，它應該會讓小男孩繼續待在這裡。但它不知道答案。既然如此，機械少女唯一能依循的便是小男孩的想法。
只要小男孩希望，少女就會陪他一起行動，前往任何地方。
不論離得多遠，機械少女都會飛奔到小男孩身旁。
就程式而言是這樣沒錯，但是……
機械少女望著男孩的眼中，有著不僅僅是人工打磨出來的美。
小男孩與少女來到一座過去曾使用的地鐵月台。為了方便人們等待，這裡還擺了一些長椅。儘管地道的距離並不長，小男孩還是因為封閉感而疲勞，他坐在長椅上大口嘆氣。少女也拍了拍長椅，坐在小男孩身邊望著他。它的表情沒變，但視線中混雜一絲守護小男孩的決心。
與防空洞內相比，這裡的空氣聞起來並沒有特別不同之處，但離開了人群的氣息、吸入大量冷空氣，讓小男孩多少放鬆一點。他那坐在長椅上時勉強構得到地板的腳尖，一直不厭倦地踢著地面。微弱的足音傳遍連昏暗光芒都照不到的幽暗處。機械少女坐在椅子上，望著半空中，回想那一串如雜訊般飛過的訊息。
『來一首愛的旋律吧。』
那一天，這則無法解讀的訊息，也傳到了機械少女這兒。
這些文字組合不但用途不明，還無法刪除。
一名女孩的容貌浮現，與這份記憶，或者說記憶檔案重疊在一起。
夕陽侵蝕著檔案深處。
機械少女的瞳孔中，搖曳著遙遠地上的黃昏。
突然，少女感受到異狀，立刻站起身，從長椅直直往前走，移動到月台另一端窺探軌道。少女如人類般眯起雙眼，望向隧道深處。
「怎麼了？」
聽小男孩詢問，機械少女恭敬地轉身回答：
「我聽到腳步聲，是人類的。」
因為距離尚遠，回聲還很小，但在綿延的幽暗的另一頭，有足音正往這裡靠近。小男孩聽了報告，板起面孔。地下設施與附近的連繫很少，應該不會有人從別的防空洞過來。小男孩原本黏在椅子上，一會兒後還是飛也似地跑到機械少女身旁。機械少女扶著小男孩的背，作勢保護他。
過一會兒，小小的腳步聲靠近。
黑暗中，取代火車探頭的是——
「咦？」
一名背著大大後背包的女孩。她頭上垂掛著五顏六色的髮飾，充滿異國風情；身上穿著類似中東地區顏色深而寬鬆的裝束，就像人們在沙漠旅行時，用來將皮膚遮得密不透風的那種服裝。
旅人的身影，與無人的地鐵月台不可思議地融合在一起。
「你們在這裡做什麼？火車不會來唷。」
空氣裡布滿塵埃，異國女孩用與之不相稱的開朗語氣提醒小男孩。男孩聽見活潑的嗓音嚇了一跳，含糊地說自己知道。
對方用日語說話，令小男孩稍稍鬆一口氣。
「那個，不好意思，你能不能拉我一把？」
小女孩向小男孩伸出手。原本想躲在機械少女身後的小男孩，對那毫不客氣伸出的手感到困惑。機械少女並沒有拉住女孩的手，也沒有拍掉，只是沉默等待小男孩的判斷。過一會兒，小男孩從機械少女身後走出來，戰戰兢兢地伸出手。
小女孩握緊那隻手，用離開人群後久違的溫柔笑容回應小男孩。
小女孩在小男孩的幫助下踏上月台。機械少女望著他們，稍微放下對突然出現的女孩的戒心。這是從女孩並無武裝，以及因為體格差異，在危急時刻能立刻壓制她所做出的判斷。而且，小女孩身後並沒有腳步聲跟來。
年幼的女孩是孤身一人穿過這條黑暗的隧道。
小女孩的個子與小男孩一樣高，兩人的年齡應該相仿。
小女孩一笑，小男孩也跟著曖昧地笑了起來。
彼此的笑容，令人感到安心。
「現在應該要說『午安』還是『早安』？一直待在地底，連時鐘都用不到了。」
小女孩環顧月台，像