退一步講，就算那些斷肢是派克曼博士的遺骸，警方和公訴方也沒有作出真正的死因鑒定。本案中的受害者到底是因顱骨碎裂而死，如一些人根據那些在冶煉爐里發現的骨頭碎片所推測的，還是因左胸受傷而死，如那副胸腔所顯示的？普利尼·梅里克說，公訴方甚至沒有在他們的法庭辯論中提到這一點。「死因尚且不明，那又如何談得上『因暴力或犯罪致死』？」
再退一步講，就算派克曼博士確實為韋斯特教授所殺，也沒有證據證明是「有預謀的」。普利尼·梅里克詳細地分析了派克曼博士和韋斯特教授在性格上的反差，經濟地位上的反差，特別是羅伯特·肖證詞中關於礦石抵押的那段話。普利尼說，從這宗公案的前因後果來看，我們可以「安全地」假定，派克曼博士在乎的倒不一定是錢，雖然錢永遠是債權人和債務人關係之所在。真正令博士氣惱的，是他認為自己被韋斯特教授糊弄了、欺騙了，所以他才會說出「這是一種徹頭徹尾的詐騙行為，理應受到懲罰」，「他要去找韋斯特教授，給他一點教訓」之類的話，所以他才會多次闖入韋斯特教授的住宅和實驗室，併當眾對他進行羞辱。
如果派克曼博士確實是在1849年11月23日下午1點半以後的某一刻，死在了韋斯特教授的實驗室，可能的情形只能是，兩個人之間發生了爭執，而且非常可能是激烈的爭執。爭執過程中派克曼博士意外死亡。普利尼·梅里克說，原因很簡單，派克曼博士的咄咄逼人是有目共睹的，而韋斯特教授，據我們許多德高望重的證人們的證詞，其性格特徵中幾乎完全沒有衝動的成分，暴力的因素，或犯罪的傾向。「而且請注意，在這些證人作證的過程中，公訴方甚至沒有交叉取證，一次也沒有！這不能不被看做是一種默認。」
普利尼·梅里克繼續構築他的所謂「案情經過」，他說或者是韋斯特教授失手誤傷了派克曼博士，或者是派克曼博士急火攻心，失去了身體的平衡或自制能力。但無論是哪種情況，其後果對韋斯特教授來講都是一樣的——他覺得自己就是「跳進喬爾斯江也洗不清」，所以才出此下策，毀屍滅跡。
之後，普利尼·梅里克花了很長的篇幅向陪審員們解釋「預謀殺人」和「過失殺人」之間的區別，這在當時和後來都被法學界人士認為是被告方的一個重大失誤。因為，第一，被告方在本案中作的是「無罪抗辯」，即如韋斯特教授自始至終所堅持的，他沒有殺害派克曼博士；第二，在整個庭審過程中，法庭辯論的焦點也是圍繞著韋斯特教授「是否殺人」，而從未引入過「為何殺人」的討論。然而現在，被告方卻在最後的總結性發言里毫無前因地大談「預謀殺人」和「過失殺人」，不僅沖淡了陪審員們對「是否殺人」的印象，更引導他們去作「為何殺人」的考慮。往嚴重一點講，可以說是使被告方前面所有的努力都功虧一簣，其後果是不言而喻的。
在長達7小時的發言接近尾聲時，普利尼·梅里克終於如韋斯特教授的朋友們一直期望的那樣，開始對伊弗任·利托菲爾德發起攻擊。他說伊弗任口口聲聲講，他那麼勞命費力地爬過60英尺隧洞，在令人窒息的地下室里一錘一釺地鑽開五層磚牆不是為了賞金，只是為了弄清楚事情的真相，試問，既然伊弗任懷疑韋斯特教授，為什麼不向警方報告？既然他知道「樓里所有的地方都已經翻遍了」，唯有化學實驗室的排污管道例外，為什麼不請求警方進行搜查？星期三下午，當他因為牆壁燙手而翻窗進入韋斯特教授的實驗室時，為什麼沒有查看衛生間？他認為教授在冶煉爐里生火很可疑，為什麼當時沒有檢查爐膛？星期五那天，既然他在見到崔諾蒙警官之前「已經在牆上鑿了一個大洞」，馬上就可以見分曉了，為什麼告訴該警官「過20分鐘或半小時再來」？難道他不希望在磚牆挖開時有其他人在場？還有，排污管道在地下室里蜿蜒了「八九英尺」，為什麼那些殘肢剛好就擺在磚牆洞開處？
「聽上去倒像是他自己放在那裡的。」普利尼·梅里克說，「而且我認為，就是他放在那裡的。」
但在最後的幾分鐘里，普利尼再次偏離航道。他說還有一種可能，就是韋斯特教授和伊弗任以外的另一個目前尚不為人所知的「神秘的第三者」殺害了派克曼博士，而後將他的屍體或部分屍體藏在哈佛醫學院內。可以想像，在派克曼博士放貸的過程中，和他生出齟齬，結下私仇的肯定不會只是韋斯特教授一人。普利尼引用韋斯特教授被捕當晚對警方說過的一句話：「我不相信那些就是派克曼博士的遺骸，但我確信，我根本就不知道它們是如何跑到醫學院里來的。」普利尼·梅里克對陪審員們說，這便是約翰·韋斯特教授無辜的寫照。「他不能告訴你們那些斷肢是怎樣被藏進醫學院的，他無法解開這些使他自己身陷囹圄的謎團。正因為他清清楚楚地知道自己不是作案人，他向你們指示了那位『神秘的第三者』的存在——那是一個公訴方提交法庭的所有證據都無法排除的極其合理的可能性。」
公訴方的總結性發言從庭審第11天，3月30日，星期六的上午9時開始。
州檢察長喬恩·克立夫首先將矛頭指向被告方最強有力的辯護點——不止一位證人發誓，他們在1849年11月23日下午1點半以後看見派克曼博士活著——但不是直指。檢察長說，如果陪審團有充分的理由相信，警方在哈佛醫學院找到了派克曼博士的遺骸，而且有足夠的證據將「囚犯」和那些遺骸聯繫起來，那麼，有人在那天或任何一天，看見或沒看見派克曼博士，又有什麼關係呢？