齊藤愛麗絲是有害者，是人類第一例受到有害指定的危險人物。
國會決議通過的《有害者特別處置措施法》中條文確定，她不享有基本人權，對引發的一切不幸不需負賠償責任，正是按照天災、事故的標準對待。
同樣，這位不遇的少女的活動範圍限定在了國家規定區域，限制向鎮外移動。
少女是公認的，向周圍散播不幸的存在，不問何者，牟然地為其帶來不幸。少女在這樣的認識下，度過了幼年時光。
少女是個燙手的孩子，被情斷義絕的父母賣給了一個怪異的美國『研究所』。
研究所表面上冠冕堂皇地號稱是公立機關，實質上是個非法組織，也正是背地插手日本政府，建立令愛麗絲被世界孤立的《有害者特別處置措施法》的罪魁禍首。
拜其所賜，愛麗絲在鎮民與國民好似看待瘟神的避忌與厭惡中長大成人。
今天，愛麗絲依舊在明媚的陽光中撐著凱夫拉縴維的大傘，穿著拖拖踏踏的長靴，展露出唯有異樣方可形容的走路姿勢。
然而她委屈的出身，卻被某位男高中生打破了。
「今天的天氣也不錯呢」
這個男人，就是山野上秀明。
少年在通知有害者接近的愛麗絲警報拉響的清晨的商店街中等待著少女，高高的個子和瘦瘦的體型，一副書獃氣十足的樣子，擺弄著平光眼鏡。是一個否定超常現象與超能力，毫無成熟感卻又故作成熟的小鬼頭。
秀明從五月上旬的高中入學之時起，抱著揭穿齊藤愛麗絲可疑的超能力者外皮的想法，對愛麗絲明裡暗裡形影相隨地觀察，然而觀察之中，卻得知了愛麗絲的悲慘境遇，將其化解，並成為了愛麗絲的朋友。
「小秀，早、早傷嚎！」
「別咬舌頭啊」
秀明溫柔地一記手刀。
手起刀落之際，愛麗絲「嗚呀」一聲大眼微瞑，看上去似乎挺開心。
這也許是只屬於他們的互動吧。
兩人沒有合撐一把傘，也沒有牽起手，若即若離地並肩偕行。現在這幅情景，忠實地表現出兩人的距離感。
「啊啦、這不是齊藤和山野上么。辛苦了」
此時，從車站的方向傳來聲音，是同班同學波多野彩夏來了。
「才不該說『辛苦了』吧。健全的高中生接下來還要上學哦？」
「吵死了啊。我可是睡了整個通宵，說句辛苦怎麼不行啊」
如果有《當代女高中生圖鑑》的話，波多野顯然可以刊載在首頁。這位波多野，在小學時代是曾和愛麗絲做過朋友。
然而，在周圍的偏見與恐懼的作用下，她也加入了疏遠愛麗絲的行列。
這樣的波多野和愛麗絲在成為高中生之後，在波多野養的小貓牽線搭橋之下，成功重歸於好。
同時，她也是讓觀察者的秀明與觀察對象的愛麗絲，兩人關係急速接近的大功臣。
「彩夏，你要是曠課留級的話，我會寂寞的」
「真笨啊。出席天數我還是有好好計算的，多餘的事情用不著你操心」
秀明目送著波多野向驚慌失措的愛麗絲「拜～♪」地揮揮手回家走去，這時有人拍了拍他的肩膀。
「嘿、山野上，早呀」
不僅同班，還是秀明為數不多的朋友，森元武流登場。
「齊藤也早呀」
「早、早呀」
愛麗絲難為情地模仿森元，而與率真的愛麗絲不同，秀明則只冷淡地回了去「早上好」。
「搞什麼啊，山野上，你還是老樣子情緒低迷啊」
「但願你說話有點常識」
雖然森元平時看似弔兒郎當，骨子裡也很弔兒郎當，但是個將促成愛麗絲與波多野和好的『鋼筋事件』的罪一把扛下的好男兒。
他當時只手鋼管傍身，擺平了準備勒索愛麗絲的不良高中三人組，中途還破壞了工地現場的鋼筋導致鋼筋墜落，由此在附近的高中里得到了『狂犬武流』的綽號，其實也是個苦命的一般學生。
「你們是那個吧。雖然準備在愛麗絲警報亂響的時候大搖大擺的去上學，其實很不妙吧？會遲到的吧？這一周在風紀強化月期間，所以門限可是很嚴的哦？」
這可是個新情報。秀明當即拿出手機確認時刻，而後哼了一聲
「真是失策！我豈能遲到！」
「哇、哇哇，小秀等等我！森元君也別丟下我啊！」
薄情的男生們留下少女，颯爽飛奔。然而，一個人影意圖追上他們。
「你們這樣也算是高中生么？無論速度，抑或人生，還能活得更猛烈些吧！」
唱著帥氣的台詞追趕上來的，是位美國國籍，擁有魔鬼身材的女性。亞歷克斯·拉布，身披白衣，豐滿的胸部波濤起伏，稟賦凜然之美的二十齣頭。
「拉布老師。為什麼一大早就有股酒臭」
「叫我小愛！接風酒來醉兩宿，魂淡♪」
「……話說，拉布老師鐵定要遲到的吧？」
「職工會議我棄了。不過！只要不暴露就妥妥的！」
這樣的女人竟然是秀明他們的副班主任，還是聽力老師兼保健老師，這個世界也算是完蛋了。
「小愛神速！可惡，追不上……可惜了千載難逢的黃金視角！」
拉布拋下發自心底感到懊悔的森元，展現出即便每日不乏肌肉鍛煉的秀明都難以抗衡的腳力，並非退役軍人這類等閑之輩。
她受雇於研究所擔當愛麗絲護衛一職，假扮老師，被派遣到丸山町，但真實身份其實是FBI聯邦調查局潛入研究所的搜查官，是個雙料間諜。
為搗毀覬覦愛麗絲的特異體質並將其作為兵器用于軍事的研究所提供過幫助，是秀明他們的同伴……大概吧。
「森元，雖然不甘心，但那人的腳程快到愚蠢的程度，實際上也很蠢。常人是不可能追的上的。剩下的就交給長谷川同學吧」
秀明向等待在校門口的，擔任風紀委員代理的女生長谷川清深送了個「關上校門」的信號。
如此做後，想必是明察秋毫的少女立刻領會了意圖，準備挺身阻攔以滑壘的要領上前撞線的老師——
「只要是違紀行為，哪怕老師我也不會放過！」
「太嫩了小丫頭，你就安穩的睡吧！」
「誒？等、等等——呀！？」
但是長谷川被老師豪邁的一擊掄臂鎖喉OK掉，讓拉布沖向了保健室。
「長、長谷川同學。你沒事……是不可能的吧」
氣喘吁吁到達校門的秀明，守望著華麗地擺成大字的長谷川，在胸前劃著十字。
身為秀明他們班班長的長谷川，被同班同學們安著一個鐵女之鋼鐵長谷的不雅外號。
長谷川在當今時代依然恪守校規，穿過膝的裙子，削齊留海並配發箍。雖然演繹著與那銳利的眼鏡同樣一板一眼的耿直角色，然而這個性格來代打風紀委員，著實是災難性的搭調。
「長谷川同學，你就安穩的睡吧」
「說真的，長谷明明能把身體弄得那麼性感，就是性格那個了點呢」
森元還不知道。長谷川有著利用女人的武器來脅迫秀明的過去。
「小秀，森元君，不叫長谷川同學起來么！？」
三人陸續穿過校門。下一刻，傳來了預備鈴的旋律。可憐的長谷川，遲到已然命中注定。
另一邊，在平安穿過校門的秀明等人面前，學校的院地內並沒有校舍。
究其原因，因為研究所作出判斷，認為對愛麗絲的特異體質完全沒有掌控的方法，疏通美國海軍第七艦隊使用巡航導彈意圖將她抹殺，於是便將學生們的校舍燒得片瓦無存。現在只有操場面積的活動板房作為臨時校舍列成一排。
在新校舍落成之前，只能忍一時之不便了。
話雖如此，但由於在校生自魔王假日（Alice Holiday）以來數量銳減，學生總數也減少到先前的三分之一。其中，與愛麗絲同學年的學生們紛紛搬出小鎮，之前有6個班的一年級現在只剩下了2個班。
「給我趕上點名啊！」
秀明等人一邊祈禱一邊衝刺進入臨時校舍之時，恰巧與早一步結束掉早會的班主任老師木堂純擦身而過。
「哦哦。三位來學校了啊～」
眾人眼裡看著木堂當場拿出點名簿在上面打上勾，心裡嘀咕著這位廢柴教師也是在風紀強化月間做出貢獻的一份子。