八年前，一個巨大的建設計畫無視於景氣狀況、國庫預算的窘迫，以及環保分子女的反對運動等等，硬是在風光明媚的觀光區相武灣近海進行了造陸工程。這個俗稱新五區的新相武市，是為了削弱本地龍頭御堂財閥的勢力，所以藉由從全國各地網羅而來的精英之睿智，使政府高層無理、無謀、無道地強迫通過的建設工程，所以這都市同時也代表著權力與利益的結晶。
以全國寥寥無幾的大海水浴場之名廣為人知的高濱海岸，在近海地帶進行造陸所誕生的三日月島、上弦島、望月島、十六夜島和下弦島這五個人工島嶼，以新月灣為中心圍成環狀。島上蓋了擁有高度競爭力的高科技產業公司，還有以素材研究為主，保存了基礎建設知識資產的研究所，甚至還有專屬顧問團及國際會議等設施。這裡不僅是觀光區，也是地方經濟的核心。因此，原本只是首都圈腹地的相武市，搖身一變成為擁有國際競爭力的學術研究都市新相武市。這個建設計畫的核心，就是正在進行創新、以數位化管理的免稅商業地帶三日月島，以及身為產業界學界合作計畫主角、保有各種設施與知識財富的學園都市十六夜島。
當初建設這些人工島嶼的概念是為實現產業界學界合作計畫而誕生的尖端科技研究聖地。如果加以檢視，其實這個計畫已經出現了意想不到的發展舉例來說，就像在三日月島的鬧區中，因為近似非法佔據而誕生的最新御宅族聖地新秋葉原之類雖然這樣的意外不在少數，但是就現況來看，大致上應該還是依照著計畫在發展。然後，位於建設計畫中心地帶的就是十六夜學院，以及管理、營運著學院的十六夜財團。
以十六夜島為中心，總共有一所綜合大學，三所專科大學，七所附屬高中，三所附屬中小學，一所附屬幼稚園，以及眾多的附屬研究所。這個十六夜學院還擁有專屬顧問團，是為了保存具有國競爭力的知識資產而設立的綜合教育機關。雖然十六夜學院設立僅僅八年，卻已經誕生了三位獲得諾貝爾獎的學者，特別是科學技術系與經濟學系的研究活動，根本令其他學院難以望其項背，因此這裡也是日本屈指可數的知名教育機關。在七所附屬高中里，光是位於十六夜島的就有四所。其中唯一擁有綜合多元教育課程的，就是十六夜學院附屬高中中央校。跟十六夜學院的其他附屬高中相比，是誇稱教育水準最高的一所。在全國也是名列前茅的名門高中。這裡的學生不光是成績優秀，就連在運動或其他術科，都有良好的表現，而且多半是豪族世家的子女。
但是，這樣的一所學院，有兩個人足以稱為名人代表雖然其中一個是好的代表，另一人是不好的代表不是來自精英家庭。其中一位是擁有掌握史上最強學生會的實力與領導魅力，連任了兩屆的學生會長中瀨古舞。她有個與威風凜凜的外表以及高傲的性格截然不同的出身土地爆發戶的獨生女。
另外一個就是與她互為對照組，以恐怖的瘋狂科學家惡名而轟動學院的麻煩製造者久我原桂一。他來自一般家庭，父母都是普通的地方公務員，卻像突變一樣生出這個奇特的少年。原本十六夜學院的學費就昂貴得嚇人，絕對不是一個普遍地方公務員的兒子(而且還是從小到大不斷製造麻煩，所以被斷絕親子關係而獨自生活的少年)支付得起的。但是因為他有不少發明取得專利認證，這些收入除了支付生活費和學費，還有大量的剩餘資金可以讓他閑閑沒事就成立一些機構。還不只是這樣，對管理桂一發明認證的十六夜財團來說，他的存在就像一棵搖錢村。然而他在學院內所進行的各種詭譎活動，還有因此所引發各種可怕的麻煩，卻每每讓學院里的人不禁瞠目結舌。
學院當局總是擺出與我無關的姿態，所以校內唯一有權力阻止桂一暴行的，就只有學生會這個組織。而且，對中瀨古舞這個衝動魯莽的女孩所信奉的正義與良心來說，要放任桂一，讓他繼續給背負著財團野心與權力的學院，以及無辜學生帶來無邊混亂與困擾的話，這是絕對不能容許的事。
那麼，面對這個為了自己的研究與征服世界，就算把靈魂賣給惡魔也不會有絲毫猶豫的瘋狂科學家，擁有強大實行能力的學生會所進行的鎮壓到底達成了何種成效?或許就跟大部分人的想像一樣，不管是對學生會，還是對一般學生來說，都不是個可以令人滿意的結果。
舉例來說，一年兩個月前，因為要迎接一年級新生，學院內十分熱鬧。久我原桂一很快地就放棄了所有的既有社團（這也是理所當然的，不管大家怎麼賣力邀請他，根本就不能有足以滿足他特殊嗜好的社團)。讓我來喚醒大家的回憶，說說他注意到茶道社時所發生的事吧!茶道社只有一位社員，這個社員就是在高中時代已經擔任茶道教室的代理教師，茶道技術也獲得高段認可的漣戀歌，依照規定，只要她還沒退社，茶道社就會一直存續下去。但是桂一為了建立征服世界研究社，竟然要求茶道社讓出活動室(而且他的理由還是鋪了榻榻米的研究室是很好的嶄新嘗試)。結果戀歌不只是乾脆地讓出社團活動室，還更進一步加入征服世界研究社這件事情過後，學生之間就出現了有兩個怪人成立了奇怪社團的傳聞，學生會甚至把這件事視為征服世界研究社侵佔茶道社，讓這場鬧劇瞬間變成悲劇。學生會的強制執行部隊也曾經想要行使權力奪回茶道教室，但是到了現場，卻發現茶道教室不知何時已經被桂一改造成基地。後來不知道是這個瘋狂科學家驅使特異科技製造出的扭曲力場造成自毀，還是因為學生會副會長亂菊硬是拉開茶道教室的木格子門，使出長刀必殺技巽流長刀術奧義?青花魚押壽司斬所產生的強大非科學高周波能量激射，因此讓周遭的七間社團話動室陷人半毀或全毀的慘狀
中瀨古、藤堂二人帶領的學生會才開始運作半個月，就訂立了整合全校社團及同好會的規則，她們還接收了校內非法設立的餐飲店，並且重新劃分營業組織。就是有這麼強勢的政策，才會產生完美無瑕的最強學生會的傳說。然而，自從徹底顛覆了學生會威信的征服世界研究社侵佔茶道社事件以來，僅有兩名社員的征服世界研究社，就成為學生會唯一且最大的敵人。之後的一年多，以校園為舞台所發生的多次抗爭中，學生會總是拿征服世界研究社莫可奈何，在學生之間也因此傳出學生會沒有認真對抗，導致災害大幅增加之類的冷嘲熱諷。基於以上事件，深受不負責任等批評的學生會會長舞。還有擔任她左右手的副會長亂菊，雖然非常不能接受，但是客觀地就事實來研判，也不得不承認這樣的批評確實有道理。
征服世界?隨便讓他們去玩就好了，反正也沒有人會覺得他們真的可以征服世界吧，這沒什麼大不了的。
一般學生對這個社團的想法，多半也是八九不離十。如果要說她們不負責任，確實是有點不負責任，但還是得先對久我原桂一這個少年有些認識才能理解。就好比說，颱風並不是為了給人帶來災害才到處肆虐的。若要說狂風暴雨有何目的，應該只是要釋放出自身強大的能量吧，只不過是釋放得過了頭。想要征服世界的少年，其實也跟這種天災很類似。因為他只會暫時熱中於眼前的事，沒過多久就會因為厭膩而放棄。所以只要等他的興頭過去就好了。如果奮勇挺身與暴風雨對抗，也只會擴大災情。這是所有人都明白的道理，聰明如學生會會長也應該能夠理解。沒錯，舞也明白但是她就是責任感太重了，自尊也高了些，抓狂的速度比其他人快了些，同時也頑固了了些，又比普通人來得難以通融。
舞與亂菊拉著戀歌一起飛奔到廣播室卻找不到桂一，無辜的廣播委員拚命嘗試從外部侵入者的手中奪回校內廣播的控制權，卻只能重複著無意義的努力。
久我原到底在哪裡?
舞咬牙切齒地質同，戀歌再次搞不清楚地對她燦爛笑著。
咦，你說小桂嗎?他應該就在社團話動室吧!
什麼!既然知道幹嘛不立刻告訴我們!
咦?可是你們又沒有問我?
這傢伙難道你是自發教育的人型化身[註：自發教育是一種以迂迴手段促進學生自動學習的教育方式。此為對戀歌知情不報的譏諷]嗎?
會長，我們快去吧!
咦啊啊，對喔!
在亂菊的催促下，幾個人匆忙往征服世界研究社(附帶說明，戀歌幾次送往學生會的社團成立申請書都被舞當場撕碎，所以正式記錄上還沒有警察同好會這個社團)的社團活動室跑去，途中舞就瞪著戀歌問道：
我說啊，所謂的守護學院內外的法律及秩序第一件工作就是入侵廣播嗎?
這個才不是工作呢!只不過是宣傳罷了。
戀歌柔和地笑著回答。
這種事我會不知道嗎?
放學後人煙稀少的校園內，桂一的聲音依舊以巨大的音量放送出來。
從我們勇敢地挺身而出，與萬惡的學生會奮戰的第一天開始、就不