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考試結束了，大學開始放考試假，也就是通常說的秋假。
犀川精力充沛地投入工作，開始處理堆積已久的事務。他完成了關於古代城市和近代城市構築與解體的系統論的文章，又寫了兩篇關於保護文化遺產的調查報告書。就村落形成的數值模擬寫的新論文，也完成了一大半了。他指導的本科和碩士論文也進入實質階段了。他總是抱著幹完了這些就輕鬆了的念頭工作，不過從來也沒有輕鬆起來過。
市之瀨里佳已於數日前恢複了意識，醫院也許可了警察的問訊。她詳細供述了作案動機。這些雖然不會對外公布，但西之園本部長直接聯絡了犀川。
兩年前的十二月，在極地研的年終聯歡會的那個夜晚，丹羽健二郎送喝醉了的市之瀨里佳回家。丹羽強行進入市之瀨的房間，強暴了市之瀨。這段糾葛，別人誰也不知道。當時，市之瀨正和增田潤談戀愛，她當然不會對增田說這件事。市之瀨和增田的關係可以說是柏拉圖式的，他們互相尊敬，肯定對方的研究能力。兩人都感覺這種關係是不可替代的。但是，丹羽健二郎對同年級的增田說出了聯歡會那晚的事情。增田在最後給市之瀨的郵件，是發送到「shika」那兒的。市之瀨從這封郵件才知道增田已經知道了這件事。
增田在那之後就失蹤了。恐怕他失蹤後就悄悄地自殺了。「shika」本來就是專為接收增田的郵件而設的。增田失蹤後，市之瀨曾數次在自己家以「shika」的名字進入電腦，想看看有沒有增田的郵件。她總抱著微弱的希望，增田可能還在某個地方活著。
增田失蹤的時候，給了「shika」root的許可權。他擔心作為root的自己失蹤後，因為沒有管理人，會給極地研造成麻煩，就設定市之瀨的登錄名「shika」有管理權。
由於自己的疏忽和丹羽的暴行，讓增田變得神經衰弱，繼而失蹤，整個事件極度折磨著市之瀨的神經。一天天過去了，她越來越確信增田已經自殺，對丹羽也越來越憎恨了。她很恨丹羽，但丹羽卻一直像沒事人一樣。市之瀨的自尊讓她維持了表面的平靜。這種狀況持續了一年以上。市之瀨從那以後，就再也不喝酒了。
丹羽健二郎和服部珠子的婚約，最早是告訴木熊教授的。那是事件發生前一個月。市之瀨無論如何也無法原諒丹羽，而且，當她從教授那裡聽到他們的婚約時，她確信服部珠子也知道了這件事。按丹羽的性格，不說是不可能的。對市之瀨的自尊來說，兩年前與丹羽的那段糾葛，是絕不想讓別人知道的。她希望那件事情就一直凍結著。
然而，事件在第二年時解凍了。
丹羽健二郎接收了增田留下的文件和磁碟。一個偶然的機會，他發現增田的磁碟里有一個叫「shika」的文件，看起來像是情書。這時，丹羽才漸漸明白了市之瀨和增田的關係，也知道了增田失蹤是因為自己與市之瀨在聯歡會那晚的事情。但是，丹羽並沒有反省自己的責任，反而想利用這件事情來威脅市之瀨。一方面，市之瀨肯定不會對別人說那件事，另一方面，失蹤的增田和市之瀨的戀愛關係，也是一個爆炸性新聞。丹羽想敲詐點錢，而且他的博士論文必須在一年內完成，他想讓市之瀨幫他的忙。
丹羽的提議，或者說是脅迫，讓市之瀨很震驚。她當即就下了殺丹羽的決心。既然服部珠子知道真相，那也得一起殺了。就這樣，市之瀨開始思考如何殺死兩個研究生。
另一方面，正如犀川所指出的，木熊教授是市之瀨的生父。雖然戶籍上並非如此，但市之瀨里佳從母親那裡聽到過許多父親的事情。里佳的母親，是不可能說木熊壞話的。在少女里佳的心目中，還未見過面的父親是理想中的男性形象。這也引導著她在貧困的生活中努力學習。她長大後，和父親一樣立志於鑽研學問，進入了父親所在的N大學工學部。她進入大學的時候，木熊就知道了。父女在十八年後重逢，他們悄悄地度過了許多屬於父女兩人的時光。這之後的十年，是非常幸福的十年。
市之瀨作為木熊的繼承者，發揮了無可挑剔的才華。他們兩個有共同的語言，是最默契的搭檔。市之瀨年紀輕輕就獲得了好幾個論文獎，木熊也在這十年取得了驚人的研究成果。但和增田的戀愛，市之瀨沒有對父親說。市之瀨和木熊的父女關係，純粹是學術領域的互相尊敬，父女間的感情，是非常純粹的。
但是，市之瀨兩年前的不幸遭遇，讓他們陷入了瘋狂。一直痛苦著的市之瀨，決心把自己無處發泄的憤怒和所面對的狀況，全部都告訴木熊。這也是出於對丹羽健二郎和服部珠子若無其事地拜託木熊當主婚人的憤恨。丹羽健二郎對木熊的討好，是市之瀨怎麼也無法忍受的。這超越了她理性的界限。她把所有的事情都告訴了自己的生父。
從女兒那裡聽到這些，木熊被激怒了。對女兒的感情，馬上就升華為對丹羽的殺意。從那以後，木熊和市之瀨每天晚上都演習著殺死丹羽健二郎和服部珠子的計畫。兩位學者，為了殺死自己的學生，充分運轉著那優秀的大腦。如果卷門沒有故障的話，可能他們的計畫就完全成功了。
市之瀨里佳對自己殺人的事實供認不諱，但關於木熊教授的自殺，她什麼也沒說。如果市之瀨是出於自己的意願移動了木熊教授的屍體的話，在量刑上會嚴厲得多。但是關於這一點，她一直不置可否。
「想像得出來嗎？在這種狀況下……木熊教授和市之瀨的配合……」犀川在電話里對西之園本部長說，「不知道該說些什麼了……太悲壯了……看上去好像是冷靜的判斷，但當時兩個人一定都已經瘋狂了。真是讓人毛骨悚然的情境啊！」
「是啊。我們這些常人都有點理解不了啊。」西之園本部長也同意道，「木熊京介和市之瀨里佳都是自尊心極強的人。大學老師可能都是如此吧！」
「嗯，差不多吧……」犀川邊說邊想著，自己可能也是這樣吧。
「自尊心是最重要的東西啊！」本部長說道。
「的確如此。人惟一擁有的就是自尊了。」犀川也同樣道。
「什麼？是嗎？……這不是普通的愛情、親情，分明感覺到還有別的力量在裡面……」本部長沉痛地說,「這種力量是對傷害了作為學者的純粹性的憤怒吧……」
「大概吧。」犀川含糊地答道。他並非不明白西之園本部長的話，但那是一種他自己從未體驗過的感情。「但學問本來就是靠不住的。」
確實，本來這就不是來自外部的傷害。
「是嗎？你也這麼想嗎？」西之園本部長問道，「年紀輕輕的……」
「不是。」犀川否定道，「知道學問是不可靠的，這才是學問的開始。在考試中取得滿分的時候，才知道學問是靠不住的……這正是學問的開始。」
「你是想說給正在為考試拚命學習的學生聽嗎？」電話里傳來本部長的笑聲。
「不不，不是這個意思……」犀川覺得本部長有點誤解，也就就此打住了。
「木熊先生和市之瀨，都是出色的學者。尤其是市之瀨，雖然過早地結束了她的研究生涯，但他們的成果，是永遠都不會消失的，這樣不就夠了嗎？」犀川想。
2
犀川把CD插到電腦里，帶上耳機開始聽音樂。正在這時，助教國枝桃子帶著一個比他稍矮些，看起來文文弱弱的男子進來。犀川沒聽到聲音，倒被嚇了一大跳。
國枝介紹了那男子的姓名，不過犀川轉眼就忘了。只記得那人看起來倒像是個好人，只是顯得太懦弱了。他遞上名片，說自己是高中的數學老師。那人戴著眼鏡，有點女性化，仔細打量下，還算是個美男子呢。國枝還像平時那樣沉默寡言。
「我上高中的時候，總問數學老師問題呢！」犀川對國枝的未婚夫說道，「老師，這個公式，這個定理到底有什麼用啊之類的。」
「現在的孩子們，都不問這樣的問題了。」高中老師答道，「他們的目的很明確，就是為了考上大學而學習數學。」
「成年後步入社會，數學又有什麼用呢？」犀川接著問道，「哎，失禮了……我並沒有否定數學的意思……但日常生活，只要會加減乘除就足夠了。像那些微分方程式，行列式變換，一輩子也用不上一次。像無理數什麼的，到底有什麼意義呢？生活中都不存在的……」
「是啊……要是這麼說，高中數學都不用教了……」他迅速地瞟了國枝一眼。國枝一直都是默默地聽著，這時可能覺得自己的未婚夫被人問倒了吧，還是面無表情地張口說道：「要是犀川老師的話，會怎麼回答呢？被學生問數學有什麼用的時候……」
「我會反問為什麼一定要有用呢？」犀川立刻答道，「一般都是沒什麼用的東西才有樂趣，不是嗎？音樂啦，藝