國民黨政府逃踞台灣，雖然只剩下彈丸小島，卻仍維持著舊日在南京的門面，五院各部俱全。也有一個「中央研究院」，算是最高學術機關，直屬「總統府」。
1957年秋天，中研院原來的院長朱家驊辭職。11月3日，評議會選舉胡適為院長候選人。4日，蔣介石便圈定胡適為中央研究院院長。胡氏正因台灣圍剿《自由中國》事件，決心回去；加上那時台灣局勢暫趨穩定，他已年老多病，想回台灣過幾年安定日子，了完學術上的舊債，便欣然應命。不久，胡適給陳之藩寫信，即說到他已決定回台北去。信中寫道：
我的打算回去，是因為我今年66歲了，應該安定下來，利用南港史語所的藏書，把幾部未完的書寫出來。①
這年4月6日，胡適便飛離美國，結束了在美國整整九年的流亡生活，於8日下午飛抵台北機場。
那天到機場歡迎胡適的，有台灣國民黨政府的「副總統」陳誠及各機關官員、友好和青年學生，據說有五六百人。連八十高齡的于右任老先生，也拄著拐杖，坐在機場進口處等候。胡氏被圍堵在飛機的舷梯旁，與官員友好一一握手，又在一些學生社團的旗下照相，又對記者談話，鬧騰騰的。第二天，又是賓客盈門，應接不暇。生性好熱鬧的胡適，自然很高興。
4月10日，胡適就任中研院長，並主持第三次院士會議。這天，蔣介石以「總統」
之尊，親臨致詞，對胡氏恭維頗多。胡適則忙著握手，致答詞，接著又選舉新院士，熱熱鬧鬧，忙得他滿心歡喜，滿臉微笑。
從此以後，胡適在台灣生活的近四年時間裡，當局和朋友都要借重他來點綴「民主自由」，他也誠心希望台灣當局多搞一點「民主自由」，因此，令他高興的熱鬧事也便接連不斷。例如：這年11月，胡適搬進了當局給他專門撥款在南港建造的院長住宅。1959年初，胡適所擬定的「國家長期發展科學計畫綱領」正式通過，並成立了以他為主席的長期發展科學委員會。這年7月，胡適接受夏威夷大學贈送的人文學榮譽博士學位，這是他一生獲得的35個榮譽學位的最後一個。1960年6月，他所崇敬的原哥倫比亞大學校長、現任美國總統艾森豪威爾訪問台灣，胡適參加了歡迎宴會，並與艾氏同到圓山飯店晤談。1961年10月，夫人江冬秀終於告別了紐約的牌友，回到台灣，家人團聚。四年間，他主持的三次院士選舉，選出了楊振寧、李政道、吳健雄、袁家騮、楊聯升、任之恭、梅貽琦等30名新院士；
他的許多舊著在台灣重印，還影印了他心愛的寶書甲戌本《脂硯齋重評石頭記》。此外，更有經常的演講、宴會、拜訪應酬，以及獻花祝壽等許多熱鬧事，報紙上也不斷有關於他的「花邊新聞」。1960年12月17日，是胡適的70大壽，祝壽的更是「你方唱罷我登台」，熱鬧了好些天；蔣介石也贈以親書的「壽」字鏡框，還特意在官邸設宴為胡適祝壽。②凡此種種，似乎可以說是知遇特隆，應該滿意的了。
然而，胡適在台灣這最後幾年的生活路程，是並不平坦的；在知遇和熱鬧的背後，許多不愉快的事竟彼此牽連，接連發生。
首先是他的健康狀況越來越不好。他本是有心臟病的人；在台灣的幾年間，先後四次住進台灣大學附屬醫院，每次都是心臟病複發，而且一次比一次嚴重。這自然是老年人所難免的；但若干不快意的事件和環境，往往是他舊病一次接一次複發的直接根由，又往往引起病情的惡化。
其次是他的經濟狀況，也使他不能不憂慮。當年在胡適身邊工作的楊樹人先生寫了一篇回憶文章，其中有這樣一段記述：
他在四十九年最後一次赴美以前的某一個晚上，我親記得他對我說：「我不在美國，我的太太一人要計畫自己出資，借南港一塊小地，建一所小屋，身後即送與研究院。我想，在那一晚對我說話時，那一筆錢是沒有了。聽說，他曾退而求其次，打算籌集一點小款，在台北市內頂一所小房子，備胡夫人回國居住。據王志維先生(他受託處理胡先生私人收支)告訴我，少數版稅(胡先生在台印書，多半不收版稅)的收入，經他盡量設法積存，付一所15疊席房屋的押租都不夠。我想，其餘就不必深問了。
後來胡夫人是回國了，我想胡先生的經濟情形並沒有什麼改善。連一次一次進醫院的醫藥費都感覺困難。醫師每次都說他需要在醫院多住幾天，他的朋友也勸他，而他自己總是堅持提早幾天出院。③
「人怕老來窮」，人們由此大約也不難想見胡適晚境的凄涼罷。
而最讓胡適感到困擾和難堪的，是社會上牽涉到他的許多風風雨雨的事件。
最先的一件，是《胡適與國運》。④據楊樹人先生的文章說，胡適回到台灣的第二天，即有人送給他一本《胡適與國運》的小冊子。這是一本濫用「學術研究」
之名，對胡適進行謾罵和人身攻擊的書，共收四篇文章。有的說胡適自己想當領袖，他的公式是：
理想的胡說的領袖=無智+無能+無為+外國大學生=胡適。
有的攻擊胡適當年打孔家店，「是攻破民族精神堡壘」；而今提出「三無」總統，「何嘗不是要撤銷今日台灣的國防呢?」很明顯，這些是對胡適那篇為蔣介石祝壽文的反攻。有的則說胡適當年反孔，反文言文，把大陸的人心搞亂，為共產黨鋪路，因而使國民黨丟了大陸。而作者認為——
不料有人說胡博士要到台灣講學，我想大陸已經給他講掉了。倘使他不肯饒在台灣避難同胞的命，還要把復興基地台灣講掉，那我們黃帝的子孫就真正萬劫不復了。
這就把國民黨在大陸的失敗也歸罪於胡適了。書末還附載「壽聯」幾副，說是「轉載社會公論」，實在都是肆口謾罵的無聊文字，筆者不屑於引錄，以免污了讀者的視聽。
《胡適與國運》的文章，顯然沒有什麼學理可言，胡適本來也不必理會。但這本小冊子的出版發行卻十分詭秘，成了台灣現實政治風雨中一本神秘的怪書，又難免引起胡適的煩憂。這書的出現，恰恰是在胡適返回台灣的前夕，顯然是要給他一個警告；而書剛一出現，台灣的行政院秘書處，便立刻函請治安機關予以查禁，台灣各報也一致譴責，算是給胡適一點面子。但後來事情愈演愈迷糊，台北市政府甚至也避免對這書的作者執行罰款的措施，而把案子送到法院去，便沒有下文了。到「五四」這一天，台北各處的書報攤上忽然又出現了《胡適與國運》這本「禁書」!第二天，《聯合報》第一版又登出大幅廣告，由「學生書局」出名，聲明「印行本書，俾免以誤傳誤，影響胡適博士的聲譽」。居然大量公開發售，每冊定價五元。⑤這還不是對胡適的一個打擊嗎?
1959至1960年間，胡適又被卷進了總統連任問題的政治漩渦之中。蔣介石自1954年當選第二任「總統」以後，年事漸高，任期即將屆滿。根據憲法，不能連任三任。而蔣的長子經國頗有才幹，在國民黨政界也頗有影響，於是便有推經國繼任總統候選人的輿論。1959年1月中旬，胡適與陳誠、王世傑、蔣夢麟等一道，去台中台南旅行遊覽了六天，便有人說他們是「商山四皓」，是蔣經國的羽翼。這所謂「商山四皓」的話，後來在台灣引起了幾個月的政治風潮。⑥胡適也確乎不贊成蔣介石連任，曾請當時總統府秘書張群向蔣轉達他的意見，主要是希望蔣「明白表示尊重憲法，不做第三任總統」；這同樣的意見，胡適多次向黃季陸、王雲五等友人和政府要人說過。⑦又多次對記者發表「反對修憲」，「反對三度連任」的話，都在報上刊載出來。⑧但是，由於蔣介石還不想退位，1959年年底，便有人提出「修改臨時條款」案，為蔣連任三任造輿論。胡適對此很不以為然，曾說，當領袖的人應該培養繼任人，到了適當的時候，便推選這個人出來，還應全力支持他。這才是大政治家的風度。他認為美國的羅斯福，沒有培養繼任的人，只有他個人一再的當選下去，這是羅斯福的錯誤。可見胡適是明顯地不贊成蔣介石連任。⑨到了1960年年初，「國民大會」臨近，「總統」連任或繼任的問題更為突出，台灣報紙上甚至報導說胡適「可能以不出席會議來作消極的抗議」。⑩
2月20日，「國民大會」第三次會議在台北召開，胡適還是出席了，並且又當了大會主席團主席。在蔣介石宴請國大主席團的宴會上，胡適又特別大講「無記名投票」的歷史和優越性，說它可以避免投票人受威脅，保障投票的自由，微露一點不願受人操縱選舉的意向。但他的話當場便遭到國民黨人士的反駁，他們說民主政治是政黨政治，政黨政治要維持黨的紀律，無記名投票自然要不得；黃季陸甚至竟說美國憲法也是記名投票的。受到這種無知而又蠻橫的圍攻，胡適很生氣，曾對人說：「我現在倒希望他們用記名投票。記名投票，我一定去投一票」。但是，他又擔心「他們可能用舉手，不用記名投票」。後來，修改臨時條款案三讀通過，在