胡適逃離大陸的時候，眼看著中國共產黨和人民解放軍的勝利勢不可擋，他無可奈何，滿腔怨憤。在上海登上海輪，便想起與雷震等一些朋友籌創出版社和刊物的事。他覺得，今後「與共產黨作思想鬥爭必須以『自由』或『自由主義』為惟一的出發之點，亦必須以『自由』或『自由主義』為惟一的歸宿處」。①因此，他給將要創辦的刊物命名為《自由中國》。他於是擰亮檯燈，抽出鋼筆，在船上寫下了《自由中國社的宗旨》一文，作為《自由中國》半月刊的發刊詞。文字不算長，全錄於下：
我們在今天，眼看見共產黨的武力踏到的地方，立刻就罩下了一層十分嚴密的鐵幕。在那鐵幕底下，報紙完全沒有新聞，言論完全失去自由，其他的人民基本自由更無法存在。這是古代專制帝王不敢行的最徹底的愚民政制，這正是國際共產主義有計畫的鐵幕恐怖。我們實在不忍坐視這種可怕的鐵幕普遍到全中國。因此，我們發起這個結合，作為「自由中國」運動的一個起點。
我們的宗旨，就是我們想要做的工作，有這些：
第一，我們要向全國國民宣傳自由與民主的真實價值，並要督促政府(各級的政府)(按，指蔣政府)切實改革政治、經濟，努力建立自由民主的社會。
第二，我們要支持並督促政府用種種力量抵抗共產黨鐵幕之下剝奪一切自由的極權政治，不讓他擴張他的勢力範圍。
第三，我們要盡我們的努力，援助淪陷區域(按，指解放了的地區)的同胞，幫助他們早日恢複自由。
第四，我們的最後目標是要使整個中華民國成為自由的中國。②
這就是胡適為《自由中國》雜誌定下的調子：反共、鼓吹民主自由。1949年11月20日《自由中國》這個政論性半月刊，便在台北創刊了。刊物封面上印著「發行人胡適」赫赫五個字。他所起草的上述「宗旨」印在創刊號上，作為這個刊物鼓吹反共和民主自由的宣言；而且以後每期刊物上都不厭其煩地重複刊登這四條「宗旨」，作為他們堅持反共與民主自由的旗幟。
《自由中國》創刊的時候，胡適遠在美國，「發行人」其實只是掛個名；實際負責的是雷震(儆寰)。那時，逃踞台灣的國民黨政府驚魂未定，人心惶惶，胡適的名字在混亂的逃台人員心目中，仍不失為「民主與自由」的象徵，有他掛名的雜誌刊行，似乎也可以起到一點安慰的作用，因而《自由中國》辦得倒也順利。但胡適向來信奉孔夫子的話：「唯名與器，不可以假人!」既然掛了名，怎能不實際干呢?他從紐約郵寄了幾篇文章給編輯委員會，都是反共宣傳文字。③到1951年6月，刊物第4卷11期上發表一篇《政府不可誘民入罪》的社論，雖然也持反共立場，卻對台灣的國民黨當局亦有所非議，於是遇到麻煩，遭到政府干涉，台灣軍政當局竟下達逮捕《自由中國》編輯人員的公文，後雖因故未執行，卻給刊物同人以極大壓力。4卷12期上，便又在各方的壓力與勸說下，被迫發表《再論經濟管制的必要》一篇屈服於政府，為政府講好話的軟弱文字。這使胡適很生氣，便寫了一封信給雷震，要辭去「發行人」名義，也向台灣政府表示抗議。信中說：
《自由中國》不能有言論自由，不能有用負責態度批評實際政治，這是台灣政治的最大恥辱。……我正式辭去「發行人」的銜名，一來表示我一百分贊成《不可誘民入罪》的社評，二來是表示我對於這種「軍事機關」干涉言論自由的抗議。
④
《自由中國》編輯委員會沒有接受胡適的辭職，「決議請求胡先生繼續領導」。
胡適致雷震這封信在《自由中國》剛刊出，刊物又遭禁忌。9月1日台灣當局議決：1.全部收購(該刊)；2.令港停止出版；3.令停寄美國西部。至4日才又開放。⑤
此後一年多，胡適竟沒有給《自由中國》寫什麼文章。
1952年11月19日，胡適應台灣大學和台灣師範學院的邀請，自美國經日本飛抵台北講學。那天上午，到台北松山機場來歡迎胡氏的有文化教育界人士數百人，《自由中國》雜誌社的雷震、台灣省主席吳國楨也到機場歡迎，場面頗為熱烈。因為胡適從美國來，台灣局勢雖然漸趨穩定，但政府當局及各界人士都特別關心美國的對台政策，特別關心國際局勢及台灣的前途，都想聽聽「美國通」胡博士的意見。所以各方人士對胡適的台灣之行都寄予極大希望，都想請他演講，或請座談，或拜會。除了在學校講學之外，公開演講也不少，幾乎沒有間斷的講演，有時一天連講幾場。素來聲音爽亮的胡適，嗓子也沙啞了，不得不去請教喉科大夫。他的這些講演，內容雖各有不同，但概括起來，不外三個方面：(一)鼓吹反共反俄；(二)鼓吹民主自由；(三)提倡治學方法。胡適在台灣一個半月講演講學的紀錄，後來由自由中國社彙編為《胡適言論集》，交台北的華國出版社印行，⑥版稅收入便全部捐贈給了《自由中國》雜誌社。
胡適這次台灣之行，還有一個重要任務，即主持《自由中國》創刊三周年的紀念。又是講演，又是題辭，又是合影、座談。胡適乘機再次請求辭去「發行人」名義，因為他遠在美國，不能負起言論的責任。編委會這時才接受胡適的意見，從第8卷3期起改由編委會任發行人，後來又改為雷震。
1953年1月，胡適晉謁了逃踞台灣復任「總統」的蔣介石，便取道日本去美國。這次台灣之行以後，他對《自由中國》雜誌的支持更積極了。不僅自己不斷航寄文稿，還鼓動當年留美的文法科學生「替雷儆寰寫寫文章」。《自由中國》從此又頗為興旺活躍，在台灣香港及海外都頗有影響。
但三四年之後，《自由中國》又遇到麻煩了，而且是由胡適惹起的，比前次的麻煩更大。1956年10月31日，為蔣介石先生的70壽辰。事前蔣曾表示謝拒祝壽，希望大家提示問題，他願虛懷納言。於是《自由中國》出了一期祝壽專號，刊登胡適、雷震、徐道鄰、徐復觀、毛子水、陶百川、蔣勻田等所作獻議祝壽的十多篇文章。胡適文章的題目是「述艾森豪總統的兩個故事給蔣總統祝壽」，敘說艾氏任哥倫比亞大學校長時，自知無專門知識，而大膽信任各部門負責人；當總統以後，遇自己一時無法決斷的事，不輕易下斷語，而將自己簽名「可」「否」兩個批件，請副總統尼克松挑一個。最後結論說：
我們憲法里的總統制本是一種沒有行政實權的總統制，蔣先生還有近四年的任期，何不從現在起試試古代哲人說的「無智、無能、無為」的六字訣，努力做一個無智而能御眾智，無能無為而能御眾勢的元首呢?⑦
這一期《自由中國》，因為發表了這些研究、討論、建議和批評的文字，言人所不敢言，在台灣異常轟動，連印七次以上。但也引起了「軍方」、「黨方」和「團方」的圍剿。⑧他們給《自由中國》加上種種罪名，如「思想走私」，「分化國人團結」啦，為共產黨「統戰工作鋪路」啦，「企圖打擊國軍士氣，破壞國民團結」啦，等等。還說《自由中國》宣傳民主自由，是共產黨「進行思想統戰的手法，把共產主義掩蔽起來，而以偽裝民主自由的面貌出現」。又說胡適的祝壽文章，叫蔣做「無智無能無為的總統」，是企圖削減「領袖對於反共抗俄的領導力量」，說他造出所謂「三無」的謬論，即是「不反共，不革命，不負責；無領袖，無國家，無政府」。總之，認為《自由中國》的祝壽專集裡面，包含了共產黨的「最大陰謀」，是「企圖製造顛覆政府的條件，摧毀反共抗俄的根基」!蔣經國控制的國防部總政治部還發出「極機密特字第九九號」《特種指示》，指責《自由中國》是「假借民主自由的招牌，發出反對主義，反對政府，反對本黨的歪論調」，是「毒素思想」。1957年1月，該部又印發《向毒素思想總攻擊》的小冊子，謂胡適「三無」總統是「荒謬絕倫的言論」，「名為自由主義，實際卻是共匪的幫凶」。由此可見，反共的胡適和反共的《自由中國》，為了講一點自由民主，爭一點言論自由，也被台灣當局當成了共產黨一樣的洪水猛獸!這就是台灣著名的圍剿《自由中國》事件。
這時，中國大陸批判胡適思想的運動剛剛過去，而在台灣又圍剿胡適，持續了大半年。1957年，胡適曾給趙元任寫信說：
這大半年來所謂圍剿《自由中國半月刊》事件。其中受圍剿的一個人就是我。所以我當初決定要回去，實在是為此。(至少這是我不能不回去的一個理由。)
我的看法是，我有一個責任，可能留在國內比留在國外更重要，——可能留在國內或者可以使人「take me more seriously」。
我underscored the world 「more」，因為那邊有一些人實在怕我說的話，實在have take me seriously，甚至於我在1952—53年說的話，他們至今還記在賬上，沒有忘記。