1946年6月26日，國民黨蔣介石以30萬大軍圍攻中原解放區為起點，發動了對解放區的全面進攻。於是國共兩黨和平破裂，全面內戰爆發了。
戰爭初起的時候，國民黨在軍事上、經濟上都占著顯著的優勢，又仗著美國援助的大量飛機、大炮、坦克等現代化裝備和作戰物資，所以氣勢洶洶，不可一世，叫嚷3個月至6個月即可消滅共產黨。中國人民解放軍為了避開優勢敵人的鋒芒，曾主動放棄一些地方和城市，以求得在運動中殲滅敵人的有生力量。10月11日，國民黨軍進佔張家口市，達到了他們向解放區全面進攻的高潮。蔣介石興高采烈，於當天下午下令召開「國民大會」，制定憲法，想借民主憲政來做面子，掩蓋發動內戰的罪責。
胡適當了這個「制憲國大」的代表。參不參加?他原也有些躊躇，曾對當時的《中央日報》記者又是績溪同鄉的葉由說過，一是因為「國內這個局面，鬧不清」，想再等一等，看一看；二則是北大也離不開身，「到北大才幾個月，複員以來，北大還是個亂攤子，非常複雜，要花大力氣整頓。」①胡適心情又很矛盾，他覺得這是實現美國式民主憲政的一個機會，不可錯過，準備去參加。但是，中國共產黨及各民主黨派，都堅決抵制，並聲明它違背政協決議，是非法的；只有青年黨、民社黨幾個小黨派追隨國民黨搖旗吶喊。北京大學的同事周炳琳也勸胡適不要出席，說「此時赴會，是否為賢智之舉動，琳以為尚值得考慮一番。」②而蔣介石卻切盼胡適這位「社會賢達」出席，給他做做面子，故親自電邀，電文云：
國民大會准於文(十二)日開會，先生為當選代表，德望允孚，舉國景仰，務希即日命駕，蒞京出席，藉慰眾望，並盼電復。中正，蒸(十日)，府交。③
胡適便只好於11月11日飛南京，出席於15日開場的國民大會，還當上了大會主席團主席。大會的任務是「制憲」，胡適知道憲法草案早就有了，這種堂而皇之的文件，有各國的藍本，不會有大問題。他便抱著厚本厚本的《水經注》出入於國民大會；又趁機去國學圖書館和中研院史語所看各種版本的《水經注》。12月25日，大會通過「中華民國憲法」。中共和各民主黨派都發表聲明，不予承認。只有美國的馬歇爾、司徒雷登大加捧場。胡適也對記者說：「余對此次中國實驗民主政治認為一大成功」；④又著文稱讚大會通過的憲法「包含最高最美理想及35年來若干人的夢」。⑤
在南京開會期間，胡適與聞人名士、闊佬政客往來頻繁，應酬頗多；還有些人請他題字。在為人寫單條立幅時，他揮筆重題舊作「做了過河卒子」一詩。這首舊作原來沒有發表過，當時被記者傳抄出去，在報紙上刊登了。時過境遷，當日為國家民族拚命向前的卒子，現今卻是為國民黨蔣政權賣力了，舊作新題，也正好表達胡適為國民黨政府賣力的心愿。
果然，國大開過不久，蔣介石準備「改組」政府，要倚重這可貴的「卒子」了。
1947年初，蔣氏多次約請傅斯年談話，提出請胡適擔任國府委員兼考試院長；⑥又在南京兩次接見胡適，多次親致函電，說「中正對於延請先生參加國府，固出於平生向慕之忱，亦實以國家與政府殷切之需要為前提。」⑦實際上卻正如傅斯年所說，乃是出於「美國之壓力」，想借胡適這塊「社會賢達」的牌子，為獨裁政權塗飾一點民主的油彩。所以蔣介石曾坦白地說，是「撐面子，要如此」。胡適經過反覆思慮斟酌，力陳衷曲，說：
我因為很願意幫國家政府的忙，所以不願意加入政府。蔣先生的厚意，我十分感謝，故此信所說都是赤心的話。
我在野，——我們在野，——是國家的、政府的一種力量，對外國，對國內，都可以幫政府的忙，支持他，替他說公平話，給他做面子。若做了國府委員，或做了一院院長，或做了一部部長，……結果是毀了我30年養成的獨立地位，而完全不能有所作為。結果是連我們說公平話的地位也取消了。⑧
多麼絕妙的自白!既感蔣介石的知遇之恩，願意幫政府的忙，給他做面子，又要保留著「獨立」的面具。這便是過河卒子特別聰明的地方!胡適終生未參加國民黨，大約也與此有關罷。
胡適不入政府作官，仍留北京大學當校長，但北大已不是當年的中國公學，更不是蔡元培主持的北京大學了，時世的變化，使北大真成了一副亂攤子。
當時，蔣介石政府政治黑暗腐敗，貪污賄賂公行，加上內戰軍費開支浩大，便濫發紙幣，引起通貨膨脹，物價暴漲，把老百姓推到了飢餓與死亡線上。教育界人士的生活也是朝不保夕，諸多困難與憂慮。大學裡正是「教授教授，越教越瘦」
的年月。胡適出長北大，本來也想學習蔡元培的作風，把北京大學建設成為現代學術的重要中心。1947年，他曾提出一個《爭取學術獨立的十年計畫》，即發展高等教育的十年計畫，建議政府集中國家的最大力量，在第一個五年之內，辦好北大、清華、浙大、武大和中央大學等五所重點大學，使它們成為學術研究的大本營；第二個五年再辦五所，以求「建立起中國學術獨立的基礎」。⑨應該說確是一個雄心勃勃的宏偉設想，也反映了胡適作為一位教育家執著教育學術事業的見解與態度。但是，當他在北大召開教授會，討論這個十年計畫的時候，他的夢想卻在現實面前碰碎了。到會百餘位教授，大家想的，談的，「都是吃飯」!一位教授說，「我們今天愁的是明天的生活，哪有工夫去想十年二十年的計畫?」這是實際情況。胡適當校長，為師生的糧食，教員薪水，以致冬天取暖用煤等奔走，竟花去不少精力。素以樂觀著稱的胡適也難免悲觀起來，說：「這樣的校長真不值得做!」⑩這年5月，國民黨統治區爆發了轟轟烈烈的學生愛國民主運動，展開「反飢餓，反內戰，反迫害」的鬥爭。北平的學潮，以北京大學為重要中心，更是來勢不凡；
也弄得胡適校長應付不暇，處在既不敢得罪政府又不能對不起學生的兩難境地。
他雖然擁蔣反共，其實面對時局，內心也很矛盾，而對學生運動也大致還抱同情態度。1947年5月，他在答《經世日報》記者問時，仍說：
二十年來我發現一個通則，古今中外均可應用。即凡一個國家政治沒有走上軌道，既不滿人意，又無合法代表民意機關監督政府改善政治，干預政治，提倡改革政治的責任，一定落在青年學生的身上。
胡適主張「疏導」的方針，反對武力鎮壓。他曾利用自己的地位和聲望，奔走於行轅市府之間，希望避免慘案的發生，並極力阻止「軍警入校捕人」。談到南京學潮時，胡適還公然說「學生與政府雙方均動了感情」，且批評蔣介石告全國同學文內「顯受反動共產黨直接間接之策動」的說法，「立言不太公道」。以胡適之聰明與閱歷，豈不知道當年反內戰反飢餓的大規模學生運動，與中共的領導和影響分不開，但他仍揚言「不相信學潮為中共煽動」，而強調是「由於客觀環境所造成」。由此可見他心境的矛盾。
當年還有一樁美國水兵皮爾遜強姦北大女學生沈崇案，轟動全國。對於此案，胡適也非常憤慨，曾對記者說：「此次美軍強姦女生事，學生、教授及我自己，都非常憤慨。同學們開會遊行，都無不可，但罷課要耽誤求學的光陰，卻不妥當。
」他以北大校長作為學生監護人的資格，聘請著名法學教授燕樹棠、費青、蔡樞三位為沈崇的法律顧問；並親自赴美駐華海軍陸戰隊第一師軍事法庭旁聽審理。
法庭判皮爾遜強姦已遂罪，胡適對記者談話時，肯定「此案判決極為公正」。後皮爾遜上訴，美海軍部軍法檢察官長，取消其罪狀，胡適曾對英文版《時事新報》記者發表談話，說「余對此新發展，表示不滿」，並「希望美海軍部長不會批准」。然而後來竟經批准，將皮爾遜無罪釋放，胡適也便無可奈何了。
蔣介石鑒於政治局面不可收拾，後來又想請胡適出來當行政院長。胡適為此甚為焦慮，且數度失眠，仍堅辭，抱定不入政府的主意，以在野的獨立身份，為政府說「公平話」。他作為學者和校長，曾邀集京津各大學的一些教授及名流，組織「獨立時論社」，對「重要的時事問題」，各人發表所謂「獨立與公正」的意見，將文稿寄發國內外各地報館同時發表，在輿論上給蔣介石政府以幫助。
對學生運動，胡適所主張的「疏導」方針，反對軍警入校捕人等，固有同情愛護學生的一面，但也是為國民黨政府當局著想。他和清華大學校長梅貽琦聯合致朱家驊電，說得最明白：
若以軍警入校，則適、琦以為不可行，行之必致學校陷入長期混亂，無法收拾，政府威信掃地，國內則平日支持政府者必轉而反對政府，國外輿論一致攻擊政府。論者或以為美國亦有清共法案，必能諒解。殊不知美國清共全用法律手續，決不能諒解軍警入校捕人等等現狀。試設想最近雲南大學的怪象若重演於北大、清華等校，