五四運動後不久，胡適曾經介紹和讚揚過《孫文學說》，稱讚中山先生的《實業計畫》是一個「遠大的計畫」；中山先生也很關心和讚許胡適。僅僅過了三四年，胡適對中山先生的態度卻發生了很大的變化。
1922年6月16日，廣東軍閥陳炯明發動武裝叛亂，用大炮轟擊總統府，欲制孫中山於死命。中山先生倉皇脫險，午夜登楚豫艦，翌日轉登永豐艦避難，後被迫逃往上海。這是孫中山一生所遭受的最慘重的一次失敗。他曾心情沉重地這樣訴說：
文率同志為民國而奮鬥，垂30年，中間出生入死，失敗之數，不可縷指，顧失敗之慘酷，未有甚於此役者。①
他完全沒有想到，自己培植十餘年的部屬陳炯明，竟會這般「陰毒兇狠」，要置他於死地，叛黨禍國，縱兵殃民。孫先生從不重責於人，而對陳炯明，他卻難以抑制憤怒。真是「罪惡貫盈，難稽顯戮」啊!
然而，九天之後，胡適在《努力》周報上發表短評，竟讚揚陳炯明的叛變是「革命」，他說：
本周最大的政治變化是廣東的革命與浙江的獨立。孫文與陳炯明的衝突是一種主張上的衝突。陳氏主張廣東自治，造成一個模範的新廣東；孫氏主張用廣東作根據，做到統一的中華民國。這兩個主張都是可以成立的。但孫氏使他的主張，迷了他的眼光，不惜倒行逆施以求達他的目的，……遠處失了全國的人心，近處失了廣東的人心，孫氏還要依靠海軍，用炮擊廣州城的話來威嚇廣州的人民，遂不能免這一次的失敗。②
在胡適筆下，孫中山是「倒行逆施」，失了民心；被大炮轟擊，倉皇逃命的孫中山，倒成了要炮擊廣州城的兇犯!而陳炯明呢，卻是「革命」，是要造一個「模範的新廣東」的功臣!立足點不同，視角不同，對事情的評價可以達到這樣截然相反的境地。人們到底相信胡適，還是相信當事人孫中山呢?歷史自有公斷!
陳炯明的叛變行徑，很快受到其他報刊的譴責。《民國日報》的著名副刊《覺悟》，接連發表了S．S的《不贊成努力周刊記者的談話》，惡石的《荒謬絕倫的胡適》，力子的《叛逆與革命》，子通的《胡適的倫理》等文章，批評胡適的言論。③
胡適卻又拉來道德倫理做旗幟，指責國民黨人士和孫中山，說：
近來最可注意的是舊道德的死屍的復活。……陳炯明一派這一次推翻孫文在廣東的勢力，這本是一種革命；然而有許多孫派的人，極力攻擊陳炯明，說他「悖主」，說他「叛逆」，說他「犯上」。我們試問，在一個共和的國家裡，什麼叫做悖主?什麼叫做犯上?至於叛逆，究竟怎樣的行為是革命?怎樣的行為是叛逆?蔡鍔推倒袁世凱，是不是叛逆?吳佩孚推倒段祺瑞，是不是叛逆?吳佩孚趕走徐世昌，是不是叛逆?若依孫派的人的倫理見解，不但陳炯明不應該推翻孫文，吳佩孚也不應該推翻段祺瑞與徐世昌了，……我們並不是替陳炯明辯護；陳派的軍人這一次趕走孫文的行為，也許有可以攻擊的地方；但我們反對那些人抬出「悖主」、「犯上」、「叛逆」等等舊道德的死屍來做攻擊陳炯明的武器。④
這就不僅把陳炯明的叛變行徑吹噓成了「一種革命」，而且把他背叛孫中山，同蔡鍔推倒袁世凱相提並論，把締造中華民國的中山先生，同竊國大盜袁世凱擺在同等的位置上了。因此，國民黨主辦的《民國日報》便載文指斥胡適，說他是「喪心病狂」。可是胡適卻還瞪著眼睛否認，說他「並不是替陳炯明辯護」哩!
胡適的朋友，共產黨人李大釗，看了《努力》上的文字，也很不滿，曾寫信規勸胡適，說：「《努力》對中山的態度，似宜贊助之」。⑤但胡適對此也置若罔聞。後來，《努力》周報上還刊登了滌襟的《述孫陳之爭》，林生的《再述孫陳之爭》，及胡適的幾則短評。調子也稍有變化，有時各打五十大板，說是「一個實力派與另一個實力派決裂，故認作一種革命的行動」。似乎孫陳都成了「實力派」，似乎雙方也都是「革命行動」。胡適又說，「此次廣州之變，曲直不全歸於一方，而是非應俟之公論」。實則還是偏袒陳炯明。後因8月15日，孫中山在上海發表聲明，其中有「對陳炯明所率叛軍，當掃滅之，毋使禍粵者禍國」的話，胡適便又指責孫中山：
對於孫氏，我們還有一個忠告：他對於陳炯明的復仇念頭，未免太小器了。孫氏是愛國愛廣東的人，不應該為了舊怨而再圖廣東的糜爛。⑥
直至一年之後，胡適仍在說：「因為孫氏要報仇，竟至糜爛了廣東，至於今日」
，把陳炯明叛亂戰爭所造成的廣東「糜爛」，竟全歸罪於孫中山。⑦
孫中山對胡適的袒陳抑孫，自然極為不滿。1924年，中國國民黨在廣州召開第一次全國代表大會，實行國共合作。孫中山系統演講《三民主義》，這年8月1日，廣州的《民國日報》刊載其《民權主義》第一講，編者卻在同版刊出短文《少談主義》，並引有胡適「多研究問題，少談主義」文字。孫中山看了十分氣憤，在原報上親批云：
編者與記者之無常識，一至於此!殊屬可嘆!……且引胡適之之言，豈不知胡即為辯護陳炯明之人耶?胡謂陳之變亂為革命。
批文還「著中央執行委員會將此記者革出，以為改良本報之一事」。⑧可見孫中山對胡適兩年前的舊事，猶耿耿於懷。
陳炯明的叛變，使他在政治上道義上都徹底破產，他雖乞救於北洋直系軍閥，又有胡適的《努力》支持，還是逃不脫失敗的命運。1923年1月，孫中山通電討陳，滇桂聯軍向粵境發動進攻，叛軍便迅速土崩瓦解；陳炯明逃出廣州。2月，孫中山重返廣州，重建大元帥府。對這樣的大事，胡適的《努力》周報卻又隻字不提，諱莫如深了。
1924年北京政變時，馮玉祥傾向革命，電請孫中山北上，商討國是並主持解決時局問題。孫中山於11月離開廣州，經上海赴北京，並發表了《北上宣言》，提出召開「國民會議」，以解決中國的統一和建設問題。但這時竊踞了北京政權的段祺瑞，卻提出召集「善後會議」的主張，與孫中山主張的國民會議相對抗。
1925年1月1日，段祺瑞發表召集「善後會議」的通電，許世英也於1月4日致電胡適，邀請他參加。胡適其實也知道，所謂「善後會議」明明是軍閥官僚政客們的一個分贓會，遭到全國工農學生及各界進步人士的強烈反對，也引起孫中山先生的極大憤慨。孫先生扶病抵達北京後，病勢加重，仍堅持鬥爭，決定國民黨不參加「善後會議」，並積極籌備召開國民會議。許多朋友都勸胡適慎重考慮，不要參與。湯爾和致信說：
善後會議……現在到京代表，誰不是牛頭馬面?會議如果開成，必系一批護兵馬弁，左攜鴉片煙具，右挾姘頭而上會場。以兄之翩翩，如何能與此輩並坐?乃欲於此中發抒政見，所謂萬說不到者是也。浮說詆毀固不值一哂，但吾輩舉止似應審量。⑨
胡適自己對「善後會議」本來也「有許多懷疑之點」，但是他「躊躇了幾天」之後，覺得自己素來主張與此稍接近，又不願學時髦人談國民會議，也看不慣一般人的輕薄論調，故還是決定參加，復許世英一函，云：
執政段先生的東電，先生的豪電，都接到了。我是兩年來主張開和平會議的一個人，至今還相信，會議式的研究時局解決法總比武裝對打好一點；所以我這回對於善後會議雖然有許多懷疑之點，卻也願意試他一試。⑩
胡適要試一試善後會議的消息，在報上披露後，馬上引起學術文化界眾多人士的不滿和批評。董秋芳投書《京報》，指出：
……我們認為喪心病狂的軍閥政客們底分贓的行徑，先生(按，指胡適)竟也興高采烈地預備大踏步前往參加了!……萬不料如梭的時光，竟會使先生落伍到如此地步!蔽護不倫不類的清室的語調，不出之於鄉村遺老之口，而倡之於「自古成功在嘗試」的先生!已經「從百尺竿頭掉下來」的胡先生呵，如果你再願意犧牲「新文化運動的權威」的榮銜，去參加這少數人宰割全體民眾的善後會議，恐怕一試之後，便不容你再試了。
可是，胡適不聽別人勸告，2月1日，居然出席在北京開場的「善後會議」，為段祺瑞政府捧場。會上真是烏煙瘴氣，據胡適的學生陳彬和記述：選了復辟黨健將做會長；國家財政窮乏如此，會員尚領六百元酬金；等於零的議案，提出來湊熱鬧；還有一輩犬馬遺老黨運動恢複清室優待條件。陳氏甚至因此而勸胡適「消極的退出，不必再試了!」胡適迫於清議，不得不宣布退出「善後會議」。
3月12日，孫中山先生也終於懷著對「善後會議」的極大憤慨，在北京逝世了。
①孫中山《致國民黨員書》，載《孫中山選集》，人民出版社1956年版，上冊，第441～448頁。
②見《努力》周報第8期「這一周」短評，後收入《胡適文存二集》，上海亞東圖書館1929年3月6版，卷三，