從前從前，在世界的某一個角落裡，住著一個蛇髮女妖。這個女妖的身體是由三個姐妹所組成的，其中兩個姐姐都具有金剛不壞以及長生不死的魔力，只有最小的妹妹墨杜莎沒有。
女妖的模樣長得相當恐怖，她的頭髮是一條條的毒蛇；嘴裡長著野豬般的獠牙；一雙青銅色的手，一對金黃色的翅膀；渾身上下長滿鱗片。更可怕的是，這名女妖還有副惡毒的心腸，任何人只要看見她們的容貌，都無一倖免地會被變成石頭。由於所有看到她們的人全都變成了石頭，因此有關她們的事，永遠只能像個傳說似地傳著，沒有人知道她們住在哪裡，而她們也得以永遠安心地存活著。
直到一天，一個名叫帕爾修斯的英雄出現了。他立志要剁下墨杜莎的頭顱為民除害。
帕爾修斯是人類黛娜兒被暴君父親關在高塔時，和前來慰借她的眾神之父宙斯所生下的孩子。可憐的黛娜兒在生下帕爾修斯後，即被父親驅逐出境，一路流浪到一個島國，島國的國王見黛娜兒美麗動人，想娶她為妻卻被拒絕。心有不甘之餘，於是便為難黛娜兒的兒子帕爾修斯，要他砍下蛇髮女妖的頭顱才肯放過他的母親。
就這樣，帕爾修斯便立下志願，非除掉蛇髮女妖不可。
這天，帕爾修斯來到了女妖經常出沒的山區，苦苦找尋，卻不知女妖究竟藏身何處。由於他的身分特殊，再加上勇氣可嘉，智慧女神雅典娜於是要赫米斯等諸神，助帕爾修斯一臂之力。
神靈赫米斯借給帕爾修斯的是一頂隱形帽、一付青銅盾牌，以及一雙能隨意飛翔在天空的鞋子；女神寧芙則是借給帕爾修斯一個袋子，預備讓他裝下女妖的頭顱。
就這樣，帕爾修斯準備前往和女妖一決死戰了。不過在這之前，他還得先去找另一個女妖格賴埃。因為在這世上只有格賴埃才知道蛇髮女妖住在哪裡。
話說格賴埃是蛇髮女妖同父異母的姐妹。因此，格賴埃的身體事實上也是由三個女妖所組成的。所不同的是她們三人只有一顆眼珠、一副牙齒，所以，每次要看什麼東西或吃什麼東西時，三人總是搶著要拿眼珠和牙齒，把它嵌入自己的眼眶及嘴巴，再拿出來輪給下一個人用。
格賴埃在得知帕爾修斯的來意後，原本不肯透露蛇髮女妖的住處，畢竟蛇髮女妖算起來還是自己的姐妹，再有什麼不對，總是不好胳臂往外彎。帕爾修斯見屢屢曉以大義，仍不能從格賴埃的口中得到期望的答案，最後只得使出殺手鐧，威嚇三人若再不說出蛇髮女妖的住所，他將取走三姐妹共同的眼珠，讓三人永遠看不見東西。不得已之下，格賴埃這才透露蛇髮女妖的藏身處所。
來到蛇髮女妖的棲身之處，帕爾修斯格外地小心翼翼，準備隨時和女妖一決死戰。然而偌大的洞口，卻不見裡頭有任何聲響。帕爾修斯探了又探，才發現原來蛇髮女妖此時正窩成一團在睡覺呢！
帕爾修斯想來個出奇不意的襲擊，卻發現怎麼也看不清女妖們的臉，如此一來，根本沒法準確地描准她們的頭部。正感困擾時，突然手邊拿著的向赫米斯借來的盾牌說話了。
「你是無法直接看到蛇髮女妖面孔的，用這個盾牌去照她，她的面孔會清楚地映在盾牌上，看準後再接近，趁機會砍掉她的頭顱。」
拜盾牌的提示所賜，帕爾修斯果然很輕易地就剁下墨杜莎的頭顱。非金剛不壞之身的墨杜莎慘叫一聲，血紅的血液隨之噴洒出來，把整個天空染得通紅。妹妹凄厲的尖叫聲驚醒了睡夢中的兩個姐姐。看見妹妹的頭不見了，同時頸部血流如注，兩個姐姐頓時像發了瘋似的衝出血雨，一邊歇斯底里地大叫，一邊揚長飛去，完全沒有發現在一旁戴著隱形帽子的帕爾修斯。
待蛇髮女妖盤旋離去後，帕爾修斯於是從容地將墨杜莎的頭顱裝進女神寧芙送給他的袋子內，再套上飛行鞋，輕鬆愉快地漫步在空中。
就這麼走著跑著，還沉醉在方才除妖喜悅中的帕爾修斯，在行經衣索比亞上空時，不經意發現在衣索比亞沿海的一塊岩石上，有個少女被綁在那兒。少女的模樣非常美麗，引起帕爾修斯一陣心動，顧不得趕路回家，便衝到岩石去問個究竟。
一陣詢問過後，帕爾修斯才明白，原來這位少女是衣索比亞國王的女兒，名叫安德洛美達。由於近來衣索比亞境內飽受海怪的侵襲，為了終止禍害，國王於是打算拱手把安德洛美達獻給海怪，希望海怪能就此放他們一馬。
「豈有此理，他們怎麼可以這樣對待你！」憤憤不平下，帕爾修斯心底「英雄救美」的念頭亦冉冉升起，他決心要為安德洛美達解圍，同時娶她為妻。
看著自己手上提著的墨杜莎的頭顱，帕爾修斯心想，應該沒有怪物不怕墨杜莎的，況且凡是看到墨杜莎面容的人都要遭到變成石頭的命運，不如就拿這顆頭顱來擊退海怪吧！
於是，帕爾修斯決定要留下來陪安德洛美達，並等待海怪的出現。
等了好些日子，終於，海怪出現了，它張大嘴巴沖著就要向安德洛美達撲來。這時，站在一旁的帕爾修斯連忙自袋中取出墨杜莎的頭顱，往海怪面前一伸，看見墨杜莎的海怪果然立刻就變成了石頭。
看見有人要救走安德洛美達，衣索比亞國內的部分民眾因害怕海怪再次找上門來，危害到自己的安全，說什麼也不讓帕爾修斯帶走安德洛美達。僵持之中，帕爾修斯只得再拿出墨杜莎的頭顱，往這群人的面前一擺，這群人果然也立刻變成了石頭，一動也不動。這時帕爾修斯趕忙迅速救出公主，帶著公主往回家的路上奔去。
回到家鄉，帕爾修斯原想馬上帶公主去見自己的母親，卻發現怎麼也找不到母親的蹤影。四處打聽後這才得知，原來在他離開這段期間，母親因無法忍受島國國王波羅達格特斯的百般騷擾企圖逃走，卻被波羅達格特斯遣兵捉拿，如今已命喪黃泉。
傷心的帕爾修斯氣憤之餘，於是前往波羅達格特斯的宮殿，當場拿出袋中的墨杜莎的頭顱，一瞬間，整座宮殿及國王的大軍即刻都變成了一堆石頭。
「哼！報應！這算是我送給你們的禮物！」帕爾修斯狠狠地扔下這麼一句話後，懷著忿忿不平的心情偕同妻子離去。
擁有墨杜莎的頭顱做武器，帕爾修斯及妻子從此本應該過著不懼危險、無憂無慮的生活，然而，事情卻完全不是那麼一回事。自從「帕爾修斯具有把人變成石頭的魔力」的傳聞傳開後，所到之處，人人皆視帕爾修斯為瘟神，不敢和他說話、接近，甚至他想吃東西時也沒人敢賣東西給他。想向人解釋蘇，還沒等他開口，所有人都已跑得不知去向，這使得帕爾修斯感到相當困擾。見到丈夫如此不悅，安德洛美達於是向丈夫建言，何不把墨杜莎的頭顱拿去獻給雅典娜。反正妖怪已除，母親的仇也報了，當初出發時又多虧雅典娜的幫忙，這時將墨杜莎的頭顱獻給她，是再好不過的處理方式了。
妻子的一番建議，帕爾修斯亦深表贊同。兩人於是立即前往求見雅典娜。接過墨杜莎頭顱的雅典娜，內心也感到歡欣無比，她迫不及待地將墨杜莎的頭顱嵌進自己的盾牌中央，有了這個「裝置」，今後她的女神盾牌威力可就大大增加了。
「哈！哈！哈！」雅典娜樂得不可開支。
這下子輪到神靈們慌張了。
雅典娜的盾牌嵌上墨杜莎頭顱的消息在神靈間傳開，引起眾神靈一陣嘩然。
「那女人究竟想幹什麼？嵌了一個可怕的東西在盾牌里。」不等眾神之王宙斯發言，天后赫拉馬上沒好氣地批判著，一副相當不以為然的表情。
「更重要的是，盾牌中央嵌入的墨杜莎頭顱，雖已沒有了生命，但它能把人變成石頭的魔力依舊存在呀！聽說那頭顱上的蛇發至今仍蠢蠢欲動地鑽動著，這就是最好的證明啊！」赫米斯代表眾多神靈，向宙斯報告。
「那頭蛇發還在動？誰看見了？」愛芙羅黛蒂一臉好奇，向赫米斯詢問著。
「那不過是傳聞。只是，就算是傳聞，讓雅典娜擁有如此強大的神力也不是件好事呀！萬一哪天她發起脾氣來，胡做非為，不就世界大亂了嗎？」
「雅典娜是個聰明人，她應該不會這麼做的。」
「要怎麼做隨她高興。屆時，她若將所作所為冠冕堂皇地冠上正義啦、理性等字眼，不要說是人類，就算是我們神靈對她也無可奈何呀！弄不好連自己也被變成石頭了。」
「說來說去不就是你自己膽小嘛！我們是神，難不成神靈見了墨杜莎的頭顱也會變成石頭？那顆頭沒這等魔力吧？」
「不，蛇髮女妖的魔法相當厲害，就連神靈，恐怕也難抵抗她的魔力。」
「哦？真有這事？這樣吧！我派太陽神阿波羅先去試探看看，確定一下情況。」
「阿波羅知道自己一定會受指派，今天一早便推說頭痛，