滂沱暴雨沖刷著地表，彷彿激起了煙霧。數以千億計的雨滴，落在灼熱都市的土地上又彈起，散發出令人作嘔的氣味。遭遇一場暴雨，就像是在人群中與人擦身而過，還來不及辨識對方的相貌或性別、年齡，只對那瞬間的氣味留下印象。暴雨的喧囂聲可說是舊東京的最佳寫照。
雨聲甚至蓋過暴雨警報的警示音，讓聽覺麻痹。當人們發覺周圍被雨的迴響聲完全籠罩時，才了解雨已經支配了世界。
聖堂廣場累積的雨量已超過警戒水位。一樓地面開始積水，建築物之間的通路被阻斷。排水系統無法消化三百毫米的豪雨量。位於地底，兼具雨水調整池機能的職安通地區，現在已經達到了調節極限，為了排水只能無奈地大開門戶。從未對軍方隊屈服而放下的大橋，遇上了暴雨也只能俯首稱臣。居民們眼見聖堂突然和外界相通，不禁開始緊張起來。
長年居住聖堂的老人們開始交頭接耳。
「像這種下大雨的日子，就會有孩子失蹤。」
「上次的神隱事件①也發生在傾盆大雨的時候。」
「我記得那一天大橋也放下來了啊。」
不知從何時開始，大橋用於通行以外的目的，居然成了聖堂的禁忌。老人們深信排出雨水的代價就是引來邪氣。這是人們開始生活在危機重重的森林邊境後才誕生的傳說。
隨著年紀增長，老人迷信的程度越來越無法自拔。其實，他們年輕時都是了不起的工程師。當時他們身邊的老人也十分迷信，當年的他們認為那種欠缺科學根據的言論遲早會消滅，沒想到，在他們邁入老年之後，自己也同樣變成了當年那些膽小如鼠、說話欠缺科學根據的老人。人類想在有生之年目睹事物的始末全貌是不可能的，我們只能接收漫長時間中的片斷資訊。於是，人類為了彌補看不清未來的恐懼感，開始編造起故事。老人們對那些迷信如此熱衷，原因就在於他們年事已高，很清楚自己看不到事情的最後結局。
從迴廊往廣場眺望，可見濁流的漩渦。排水系統的排水量和大雨雨量的對抗陷入白熱化，漩渦還在猛烈旋轉當中。雨水的氣味喚醒了人類在遠古時代不懂治水的恐懼。
雨水像是要刻蝕大橋一般從橋上奔流而出。
「國子大人有替大橋更換新的符咒嗎？」
「應該沒換吧。國子大人年紀還很輕，不會聽從老人的迷信。如果有換，那也是為了安撫我們。」
「前途無量的人真好，他們相信自己什麼都做得到。不過以前我們也一樣。」
幾個孩童在老人背後奔跑。原本清楚的腳步聲被雨聲掩蓋，直到孩童們撞上老人的後背為止，沒人發現他們的存在。豪雨逐一吞噬所有事物。
「小朋友，下雨天不要離開父母身旁。」
老人的忠告也被無數的雨滴沖走。每次碰上大橋必須開啟的豪雨日，老人們就會巡視聖堂，一邊敲打梆子驅離邪氣。聖堂不斷增建，導致建築物之間的視野很差，到處都是禁止通行的路段或死巷。老人們在真正危險的地方貼上大量符咒，然後欺騙看到符咒的孩童那裡有鬼，藉此讓孩童不要踏入危險地區。
「惡靈退散！惡靈退散！」
敲打梆子的年邁男子，回想起二十五年前的往事。
當時聖堂接二連三建造煙囪以作為抗爭的象徵，這讓越來越沒有空間可以接收難民的聖堂產生了死角。聖堂本身也沒有預定的建築設計圖，所以人們必須每天更新腦子裡的地圖，否則沒辦法生活下去。
就這樣，暴雨在某天再次侵襲聖堂，有三位孩童失蹤了。最初大家以為孩子們是被濁流捲走，可是數年後遭遇豪雨時，又有孩子消失不見。這裡每隔數年就會有孩子失蹤，即使全力搜索也找不到遺體。從那時開始，舊時代「神隱」的迷信就在聖堂復活。
「奈美惠……」
男子停止敲梆子。他的女兒也遭遇了神隱事件，如果她還活著，今年應該三十六歲了。當初他認為女兒還活著，所以最初的幾年他每天都在森林裡搜索。過了幾年之後，他選擇相信女兒應該在某個地方過著幸福快樂的日子。當失去的孩子容貌不再隨著長大改變，他也開始相信起神隱之說。在聖堂以外的地區，也有很多地方發生神隱事件，綜合幾個狀況之後，他們發現一個不可思議的共通點。那就是遭遇神隱事件失蹤的孩童必定有十二位，而且一定都是生肖不一樣的孩子。
「小孩快回到聖堂裡面。」
梆子清脆的敲擊聲在豪雨中響起。
「老爺爺，辛苦你了。」
「請轉告國子大人，要注意神隱事件。」
年邁男子向桃子深深點頭行禮，然後再次敲響梆子。桃子感嘆地凝視男子繞過轉角的背影。
「說要注意神隱事件，可是該怎麼做呢？難道讓國子加持禱告就算數嗎？」
桃子抱著針織布料在走廊賓士，她打算用這塊好不容易拿到的新布料重做窗帘。桃子因為新布料的氣味沾染到雨水的味道感到很不滿。她索性把臉埋進布料里，接著感覺到雨水的氣味撲鼻而來，讓她頓時有種身體遭到侵蝕的感覺。她甚至覺得自己要是有鰓就好了。
「濕氣一重，縫紉機的狀況也跟著變差。」
那天秋葉原遭到襲擊，桃子在一片混亂的人群中獨自保持冷靜。她逆著人潮的方向而行，到了一間空無一人的店家逛街。她心想，既然店家會被瓦礫淹沒，不如掠奪一些衣服和布料給自己用，然後從地下道逃走。趁亂偷襲是桃子的看家本領，她打算讓國子見識一下自己的戰果。
「反正那孩子被通緝成那樣，我最好也教她耍耍小詐的本領。如果只知道一味逃命，那就和平常人沒兩樣了啊。」
桃子其實不擔心國子，因為國子具有察覺危機的直覺。起先桃子以為那是她的特殊能力，但事實並非如此。國子的直覺近似於原始哺乳類的本能，就像老鼠會知道要從即將沉沒的船逃出去一樣，是一種屬於動物的直覺。人類因為太過理性，導致這類無意識的本能無法順利發揮出來。不過國子與眾不同，她可以自由地處於無意識和有意識狀態，同時依舊可以維持理性。桃子能體會國子的境界。桃子自己在鑽研武藝的時候，也曾經超越理性的界限，當時她覺得身體的感覺變得異常敏銳。人在分別使用五感的時候，能達到的強度有其限度。而所謂的心眼，並非不使用雙眼，而是擴大雙眼的功能，那是在統合觸覺、嗅覺、聽覺等其他感覺時才使得出來的絕技。桃子在統合五感之後，直覺也隨之強化。
「可是，那孩子卻完全沒變強。我真搞不懂為什麼，難道是我的教法有問題？」
國子統合五感的本領早就超越了桃子。從理論上來說，國子應該比她更強才對，然而她卻把這種直覺用在賺錢上面。其實國子還想繼續依賴桃子，這也是她青春期的最後反抗。當國子真的變強時，就是她獨立自主的時刻。另一方面，桃子雖然希望國子一直留在自己身邊，卻又有種動物的母性本能，想讓她獨立自主。
桃子轉身望向化為瓦礫堆的秋葉原，內心一陣微妙的感慨。
「城鎮其實也是一種生物啊……」
秋葉原在遭遇災害時，以及災後都沒有喪失活力。在攻擊結束之後，原本聚集在路上的人群，沒過多久又覆蓋住地面，好奇地打探起是否有詭異的的東西從天而降。這座城市雖然出現了瓦礫殘骸，卻反而更顯現出它的本質。現在雜亂無章的街道和留下彈痕的低級招牌，比起以前更具魄力。秋葉原在遭到破壞之後，反而更像秋葉原。所謂的重建，也只不過是將右邊的廢鐵搬到左邊來重新擺好。桃子當時看到眼前的光景，堅信這座城市很快就會恢複活力。她自己也覺得很不可思議，竟然可以在遍體鱗傷的城市感受到生命力。
「結果我什麼都沒看清楚呢。」
桃子一邊回想自己的事，一邊凝視著佇立在豪雨深處的亞特拉斯形影。桃子一直堅信那裡是世外桃源。那座尚未建構完成的空中都市，應該蘊藏著幾百萬人的耀眼幸福。即使桃子明白自己只能在地面上生活都是命運使然，不過還是忍不住要去凝視亞特拉斯的身影。只要每天都能眺望它莊嚴威武的模樣，就覺得幸福。或許亞特拉斯是桃子心中的聖像也說不定。
尤其是這種下豪雨的日子，更讓她感到擔憂，所以刻意尋找亞特拉斯的形影。因為後方的森林每逢下雨就會變得十分可怕。政府栽種的森林異常強韌，即使碰上暴雨也屹立不搖，甚至像是把暴雨當成養分一樣。平時翠綠一片的森林，到了雨天，就會讓樹葉化為獠牙，放聲咆哮。這時人們才會重新體認到自己其實過著被肉食動物包圍的生活。豪雨正是讓森林顯露真正的本性。
桃子突然感受到背後有股被刀刃抵住的緊張感，聖堂出現某種奇妙的氣氛