學院都市新學期的第一天。
這一天，上條當麻所在的學校出現了「迷之轉學生」，茵蒂克絲第一次交到「朋友」，御坂美琴與茵蒂克絲初次會面，夾在兩人中間、左右為難的上條當麻，與往常一樣不幸，還有由始至終旁觀的白井黑子對於上條的嫉妒……然後，魔法師向學院都市襲來！
「迷之轉學生」，「朋友」，魔法師。
在《特別警戒宣言》之下的學院都市，科學與魔法交叉之時，上條當麻的故事開始了——！
序章舞台內的表面
學院都市中有座沒有窗戶的大樓。
門、窗戶、走廊、樓梯都沒有，作為建築物來講，不具備任何機能性的大樓。要是不使用大能力（Level4）中的一種「空間移動」（teleport），連出入都做不到的這間密室的中心，放置著一個巨大的圓柱玻璃容器。直徑4公尺，全長10公尺的超強化玻璃製成的圓柱體中裝滿了紅色液體，寬闊的房間四周的牆壁，全部被儀器填滿，從那裡延伸出來的數十萬纜線與軟管爬過地板，連接著中央的圓柱。
沒有窗戶的這個房間一直都被黑暗籠罩。只是，遠遠環繞著圓柱的儀器的指示燈與熒幕的光，簡直如同夜空的星星一般閃爍著。
裝滿紅色液體的圓柱中，倒浮著一個身穿綠色手術衣的人類。
學院都市統括理事長，「人類」亞雷斯塔。
看起來既像男性又像女性，既像大人又像小孩，既像聖人又像囚犯。這個「人類」自身的生命活動全部託付給機械，估算得到的壽命超過1700年，包含大腦在內全身大致接近於假死狀態，大半的思考也是靠機械來輔助。
（……，那麼，差不多該到了吧。）
亞雷斯塔如此思考的瞬間。彷彿在配合著這個時機，圓柱的正面出現了兩道人影。其中一人是身材嬌小，具備「空間移動」能力的少女。然後另一個是就像陪同女友那樣牽著她手的高大男子。
空間移動能力者依舊一言不發，點了點頭，便再度消失在虛空中。
黑暗之中只剩下高大的男子。
這是名留著桀驁不馴的尖短金髮，視線隱藏在藍色墨鏡下的少年。夏威夷襯衫搭配著短褲，做著與這個場合不相稱的打扮。
土御門元春，是泄露英國清教情報的學院都市一方的手下。
「警備過於天真了。是在做遊戲嗎？」
身為間諜的土御門，用急噪的語氣向著他的僱主亞雷斯塔說道。雖然是間諜，可土御門並不是從屬亞雷斯塔的部下。
土御門像甩開了聲調，知道他平時樣子的人，或許會吃驚的蜷起身子吧。對毫不掩飾自己不滿的土御門，亞雷斯塔淡淡一笑。
「沒關係。侵入者的位置這邊也能追蹤。這個不需要用手操作，只要改變若干根式，將方案二零八二到二三七七縮短就能——」
「事先聲明。」
土御門像要阻止他一般的說道。「磅」的一聲，將手中的報告按到了圓柱體的玻璃上。用夾子固定住的偷拍的相片上面，描繪著女性入侵者的樣子。
年齡在二十歲後半段，金髮，混合了別國血統的褐色皮膚，具備上述特徵的女性。不過，頭髮不知是不是懶得梳理，就像劣質的演戲用的假髮，毛髮雜亂的四處翹著。背影看上去像獅子一樣。服裝是邊緣點綴著白色蕾絲的漆黑禮服，歌德式蘿莉風格。但可以看出禮服的衣料已經磨損，並且綻線的蕾絲色彩暗淡。沒有裝飾，是平時穿著奢華服裝的證據。「雪莉·庫洛姆威爾」，這傢伙不是流浪的魔法師，是英國清教『必要之惡教會』的人，和奧雷歐斯（第２卷的鍊金術師）那時一樣是內部糾紛。」（不確定，原文是「アウレオルスの時のようにはいかないそ」）
土御門焦躁的樣子，簡直就像勉強的去戒煙一般。
「英國清教也是由人設立的組織，並不是團結的像磐石一般。不，在構成的特性方面，即使在十字教之中，那樣分歧複雜的國教也是絕無僅有的，這些你不是也清楚嗎？」
「愛戴鄰居的人，同伴之間卻彼此不和，相當絕妙的工作單位呀。」（原文「隣人を愛する者」，感覺「對鄰居有愛的人」這種惡搞的翻法也不錯。）
「真受不了。」土御門嘆了口氣。「不過，因為英國清教也存在各式各樣的派系和想法。並不只限於所謂的學院都市協力派。其中還有想把全世界作為英國殖民地、將所有國旗的圖案統一的傢伙存在的情形。即使你和我們這邊的公主已經締結了『協定』，也不知道能管用到什麼程度。」
甚至連英國清教與學院都市的最高層們定下的『協定』，也有人對其抱持疑問的態度。作為知識寶庫的茵蒂克絲在學院都市內部的事情，已經孕育著泄露情報的危險，這一點不會有錯。
當然，所謂的『必要惡之協會』編外的『騎士團』，實際上對茵蒂克絲安全脫離的事，仍認為是沒有抓到而已。
話雖如此，現階段就連『騎士團』之中也有將十字軍時代的侵略精神原封不動的繼承下來的派系之類，把學院都市視作危險。假如沒有土御門擅長的情報操作，也許不久會興起學院都市的討伐運動。