一切均由此地揭開序幕。
香川縣高松市佛生山……過去曾是一個閑靜的地方都市，到了二○一五年的現在，則已沉沒於巨大湖泊的湖底。
這座宛如用圓規刻畫而成的正圓形湖泊，直徑長達五公里，中央水深則超過一公里以上。大小及形狀幾乎都與日本最深的湖泊……位於秋田縣的田澤湖一模一樣，不過水深則超過一倍……而這座極不自然的湖泊，是在二○一二年的「大破壞」之後，才出現於日本國土之上的。
大破壞……在那一天，無人知道究竟從何而來，事後被稱為「敵對少女」、擁有壓倒性破壞力的十二名機甲少女們，同時對日本全國各地發動激烈的攻擊。不對，嚴格說來應該不算是「同時發動」，因為在首都東京遭受襲擊之前，這座小小的地方都市就已率先遭到攻擊，且比國內其他任何地方都還要早。
如今，這裡被稱為GROUND．ZERO(爆心地)……以生鏽的鐵條及瓦礫所堆疊而成的無名墓碑，綿延不絕地散佈於湖畔四周。一名揮動著藍色羽翼、任由藍色長發隨風飛舞，身材高佻的敵對少女．伊=恩朵拉，曲天際降落於泛著琉璃色的水邊。將一把巨大長劍如同十字架般背於背上的恩朵拉壓低纖長的睫毛，目不轉睛地注視著平靜的水面。
湖水呈現出深邃的藍色，偶爾還會有小魚活力十足地跳出水面，在水深較深一點的地帶，則依稀可見身長數公尺的巨大魚影緩緩來回遊動。杳無人煙的GROUND﹒ZERO如今充滿大自然氣息，極端平穩安詳。
「毫無異常狀況……跟九年前一樣，沒有任何改變。絲瓦蒂的擔憂果然只是杞人憂天罷了。」
恩朵拉轉動身子，背對著巨大湖泊。就在這個時候……原本平靜的水面突然緩緩掀起陣陣波浪，湖泊里的湖水竟開始旋轉了起來。
「這……這是怎麼一回事？」
面對轉速逐漸增快的漩渦，恩朵拉只能不知所措地佇立於湖畔。同一時間……百餘名少年少女呆坐在東京灣沿岸。
聳立於地平線另一端的巨大要塞，如今正不停冒出赤黑色的濃煙。那是之前被稱為「BEGATOPIA」的要塞……而在過去和平的時代，那裡原本是綜合IT企業「BEGATE」所創設的體驗型主題樂園。在日本政府組織徹底垮台之後﹒此地召集了一萬多名「獲選」的少年少女，並利用主題樂園裡面的設備設立了「BEGATE學院」，對這些少年少女進行教育。據說其目的……乃是為了復興日本，以及防衛其他國家的侵略。
BEGATOPIA因為受到多國聯軍的攻擊而崩潰。可是多國聯軍也遭到BEGATOPIA事先暗藏於位在東京地底的巨大空間……首都圈外圍水道當中的量產型機甲巨兵所發動的反擊，而全軍覆沒。
而今，一股宛如宣告昨晚那場激烈戰鬥從未發生過的寂靜氣氛，正籠罩著東京灣周邊。那裡聚集著一群身穿BEGATE學院制服的百名少年少女，他們原是BEGATOPIA的「學徒兵」。少年少女們每個人身上都或多或少受了傷，而且相當地疲憊不堪。
十六歲的吳羽靜矢此時背靠著一塊碎裂的水泥石塊，坐在灣岸旁小睡一番，手中還緊握著一把槍身早已布滿凹痕的手槍。這把槍名為狼牙，乃是BEGATOPIA利用玩家們在線上遊戲平台所留下的改裝資料，將原本只在BEGATE所營運的線上遊戲(也就是BEGAME)當中登場的槍枝，開發製造而成的實體槍械。
蜷縮在他身旁睡覺的老吉娃娃﹒恰克，則是他最忠實的朋友，這一路上都與靜矢生死與共。它戴著眼罩，耳朵留有一道傷口，身上毛髮蓬鬆零亂，蘊涵著一股老練戰士特有的威嚴氣度，令人絲毫無法聯想到吉娃娃這種狗原有的可愛形象。呼啊~~恰克大大地打了個呵欠，並動了動自己的嘴巴。
「喂，我說你們這群小鬼頭……」
別在恰克項圈上的翻譯機傳出一陣低沉的聲音，這是BEGATE視為玩具所發售的狗語翻譯機。BEGATE透過公司所推出的眾多玩具及遊戲搜集玩家們實際使用及遊玩的數據情報，再利用這些情報建造出巨大要塞﹒BEGATOPIA。BEGATE的創造者﹒大門軍造自稱為日本國王，其最終目的乃是企圖建立一個全新的國家。就連這項玩具，也是為了測試是否能將貓狗之類的小動物訓練成間諜而開發出來的實驗道具。
聽到恰克的聲音，學徒兵們紛紛抬起無精打採的雙眼。恰克用四隻腳站起來，並搖了搖自己的尾巴。
「就算你們在這裡想東想西，結果還是無濟於事嘛！俗話說『睡飽的孩子才長得大』，不是嗎？如果沒辦法像靜矢一樣，該睡的時候好好睡上一覺，到時候遇到什麼突髮狀況的話，你們可是會撐不下去喔。」
「就……就是因為擔心遇到突髮狀況，我們才會無法入睡啊！區區一隻小狗，哪能理解我們的擔憂！」
有一名學徒兵因為聽見一隻小狗用上對下的規勸語氣說出這番話，而感到十分生氣，便語帶哽咽地加以反駁。他是一名才差不多十歲大的少年，有著微胖身材加上一張可愛的臉蛋，不過看起來似乎很膽小，整個人一直抖個不停。恰克隨即用鼻子哼了一聲。
「你是誰啊？」
「我……我才不會將我的名字說給一隻小狗知道！」
「這樣啊，那我就當你是沒有名字的權兵衛，以後就叫你權兵衛啰。」
恰克這番話，使少年頓感慌張失措。
「等……等一下！我有名有姓，我叫海江田航……！」
「了解，權兵衛。」
「不是啦！等……等等，現在不是爭論這種小事的時候！我們可不能繼續悠閑地待在這裡，因為侵略軍的進攻，已使BEGATOPIA全軍覆沒了啊！」
「用不著這麼悲觀啦，權兵衛。」
「我不是權兵衛啦！」
「我當然也知道在BEGATOPIA崩潰之後，我們也跟著變得一無所有。所以現在心奈才會外出尋找還能使用的機甲巨兵嘛！等心奈回來之後，再讓傷患搭乘旁邊那輛沒油的吉普車，由心奈護送至附近的地下鐵車站避難……靜矢剛剛不是已詳細說明過計畫了嗎？你就不能稍微等一下啊？」
「可是多國聯軍的航空母艦還停靠在東京灣的出海口耶，他們會馬上發動全面進攻啊！我們這些原本身為BEGATOPIA的居民會遭到殺害，而理當保護我們生命安全雖BEGATOPIA也已經消失了啊！」
「你所謂的馬上，是幾分鐘後的事？」
一過去在波灣戰爭之時，美國的將領們直接跳過冗長的作戰會議，只拿出一張A4大小的白紙，快速在紙上擬定出進攻戰略大綱，難道你沒聽說過嗎？當我們還在這裡拖拖拉拉之際，他們馬上就會攻過來了啊！再不快點逃命的話，大家都會被多國聯軍殺死啦！」
航的喊叫聲，引發了周遭學徒兵們內心的不安情緒。恰克瞄了他們一眼，並伸出舌頭舔了舔自己的鼻頭。
「明明只是個小鬼頭，沒想到你還滿了解歷史的呢，權兵衛。」
「我……我可是『大海戰』的世界紀錄排行榜前十名的高手！」
「哦……你是指BEGAME裡面的海洋戰略模擬遊戲嗎？心奈覺得那款遊戲很無聊，才玩不到五秒鐘便登出不玩了。」
「我想說的是，我具有世界頂尖水準的作戰能力！在BEGATOPIA裡面，我也是被分派在AAA級的學徒兵喔！」
「很抱歉，BEGATOPIA的身分在這裡一點都派不上用場，這裡可是只能依靠自己
求生的荒野啊。」
「不過是一隻小狗而已，少在那邊給我說大話！繼續待在這裡浪費時間，最後只會死於非命……這樣你還聽不懂是不是？各位，拜託你們相信我好不好！」
「既然如此，那你大可獨自一人逃離此地嘛。反正也沒人對你說『請你務必留在此地』之類的話……你說是不是？」
「你說什麼，可惡的臭狗！」
因為內心過度不安，導致航的情緒失控，一把抓住恰克的脖子。然而恰克卻不驚不慌，露出一副泰然自若的神情，朝著航身上撒了泡尿。航大聲尖叫，順手將恰克丟開。
「哇……哇……哇！你太過分了！居然對著我撒尿！」
「哼，看見電線杆就會想撒泡尿，這可是公狗的天性喔。」
「我……我又不是電線杆！」
「光靠自己，根本不曉得該逃往何方、該如何是好，又因不知怎麼保護自己的生命安全，所以只懂得依賴他人的力量……你喔，就跟電線杆沒啥兩樣啦！你這種沒出息的表現，就是BEGATE學院所實施的服從教