雲海上，狂風呼嘯。
「把哥哥還給我！」
少女那悲痛萬分且殺氣騰騰的聲音，迴響在雲海當中。
張開黑色羽翼，身穿漆黑機甲衣的敵對少女——雅=修拉一邊穿透雲朵一邊逃竄。她那對鮮紅上吊的眼晴當中充滿著恐懼神色，雪白的臉龐也變得十分僵硬。很整齊地修剪成香菇頭的黑色長髮，則像是表露出她心中的煩躁感一般，呈現出極為散亂的狀態。
「不……不要過來啊，怪物！」
修拉的視線下方，也就是雪白色的雲朵當中，隱約可見機甲巨兵的影子。這是一架身高將近十二公尺的人型戰鬥兵器……而坐在胸部駕駛艙當中進行操縱的南野心奈，不過是個年僅十四歲的少女而已。
修拉邊飛邊將護手甲指向下方，迫不得已地發射短針。然而躲藏於雲朵之中的機甲巨兵，卻靠著優越的減速性能躲過這一波攻擊。不僅如此，機甲巨兵還亂無章法地發射雷射光線，展開強烈反擊。
修拉沒能完全避開由雲朵當中發射出來的數道光束，機甲衣的其中一側羽翼遭到光線擊穿。
「嗚……！」
「我要替哥哥報仇！」
在駕駛艙裡面的心奈，任由復仇怒火在她那仍舊保有稚氣的臉龐蔓延開來，市以目不暇給的速度敲打著控制儀錶板上的鍵盤，隨庀所欲地操縱著機甲巨兵。
在修拉視線下方的雲層，宛如遭到分開的海面般突然凹陷下去。這是因為機甲巨兵以迅雷不及掩耳的速度在空中推進，導致機身周遭的牢氣都被機甲巨兵的機體給吸了過去。機甲巨兵如同羽化後破繭而出的蝴蝶一般，自雲朵當中現身，倏地沖至修拉面前。
「乖乖墜落吧！」
心奈發出尖銳怒吼的同時，機甲巨兵也祭出一記鐵拳，迎面擊中修拉。
「嗚哇！」
這一擊使修拉口吐鮮血﹒
鮮血因高空中的寒冷而瞬間凍結，發出有如紅寶石般的光輝，同時往下方的雲層掉落，
浮雲流動，荒野承受著陣陣強風的吹拂。
心奈將剛剛被她擊墜的修拉關進鋼鐵貨櫃當中，並在地面等待接應的到來。
「我一時失去理智，搞錯燃料的分配量了……」
此時的機甲巨兵，已經耗盡所有燃料，連使用輪胎在大地之上賓士這麼點小事都辦不到。
在這片放眼望去毫無任何東西存在的荒野當中，心奈讓機甲巨兵坐在貨櫃旁邊，並打開防風罩，讓外界的風得以吹進駕駛艙裡面。
座位旁邊放著一個不鏽鋼制的水壺。心奈一邊吹著還算清涼的風，一邊將裝在水壺裡的熱可可倒入防鏽鋁製成的馬克杯當中。喝了一口之後，汗水及疲勞同時得到舒緩。
「為什麼……事情會變成這樣呢……」
在座位上將全身縮成三角形的心奈，一邊眺望著眼前的荒蕪大地，邊用力抱住自己的雙腿。此時，心奈再次回想起自從西元一○○六年至二○一五年之間，發生在日本的劇烈變化。
原本是她與大她兩歲的青梅竹馬少年﹒吳羽靜矢感情融洽地嬉戲玩耍的幼年時期，但是三年前突然出現的十二名敵對少女，卻使日本全國瞬間化為一片焦土。人們對她們執掬不休的攻擊感到害怕﹒藉著四處逃竄而苟延殘喘於斷垣殘壁之間平今。
曾經名列網路機器人格鬥遊戲排行榜前十名的心奈，被帶至由該電玩遊戲公司所建設而成的主題樂園「BEGATOPIA」，並被任命為機甲巨兵的駕駛員。任務為捕捉敵對少女，或是取得這群堪稱無敵的少女身上所穿之「機甲衣」，即便只是碎片也可以。目的是為了針對機叩衣進行分析﹒再將所得情報運用於機甲巨兵之上，藉以創造出更強而有力的機甲巨兵。
來到BEGATOPIA，經過了兩年多的時間之後，心奈總算得以與靜矢重逢。不過他卻因接下裝設通訊天線的任務，而隨即動身離開原本應該要在當天就回來覆命才對﹒不過他卻就此一去不同。當時，東京上空出現了兩名敵對少女……分別是碧=露夏娜及雅=修拉。或許靜矢遭到她們兩人痛下毒手，也可能能遇上了野盜的襲擊。
只是……她不得不找個目標來發泄滿腔怒氣。此時，她也只能藉著復仇來填滿她寂寞的心靈。
「回BEGATOPIA補充燃料之後……接下來我會再解決掉碧=露夏娜。哥哥，願你在天之靈繼續保佑我……」
心奈在熱可可所胃出的雪白煙氣另一端，看見了靜矢那令人懷念的面容。那是一張雖然有點粗魯且靦腆，不過卻跟挺身保護年幼的心奈不受他人欺負的時候一樣，充滿著溫柔笑容的臉。
……突然，她看見荒野的遠方捲起漫天龐沙。
心奈頓時感到十分緊張。因為迎面而來的，竟是數量相當驚人的戰中部隊。
「又有戰爭了嗎？……怎麼可能，自衛隊及美軍基地不是早在三年前，就全都遭到敵對少女們摧毀殆盡了嗎……」
心奈急忙關起駕駛艙的防風罩，咔噠咔噠地敲起鍵盤。
由駕駛艙內部觀看，防風罩乃是一面全方位的幣視螢幕，可透過鏡頭映照出外界的風景。心奈擴人塵沙區的景象，並為了消除塵沙所造成的雜訊，而開啟紅外線模式解析影像……首先浮現於畫面當中的，乃是劇烈飄動的鮮艷星條旗，緊接著又有肅穆嚴謹地步行前進的五星紅旗，後方則有勇壯又華麗的二色旗跟上，最後則是由嚴肅的聯合國軍旗壓陣。
這些都是心奈在過去的和平時代當中，在學校上社會課時曾經看過的國旗。美國、中國、法國、英國﹒後面又有許多國家的國旗跟著出現……而掛著這些國旗的戰車，為何行駛於日本大地之上，心奈根本無從得知。
在戰車隊列的前方，有一輛扮演著舉旗手角色的古普中，緩緩駛向機甲巨兵。坐在吉普車後列座位上的男子在心奈面前下了車。他的身高很高，雙腳也相當細長，具有一副宛如模特兒般均衡完美的身材。
其他人都是身穿卡其色戰鬥服，頭戴迷彩色頭盔。唯有這名男子不同於其他人，他身上所穿的是禮服。西裝的胸口部位別著附有金色緞帶的耀眼勳章，肩膀上巴別著肩章。就連頭上那頂幾乎蓋住雙眼的帽子上面，也附有光芒奪目的黃金徽章。
這跟非戰鬥時所穿的下作服等一般服裝截然不同……明明與戰車部隊同行，他卻堅持身穿禮裝。此人究竟是何方神聖呢……來到只能日瞪口呆地注視著他的心奈面前，此人脫下頭上的帽子。
閃閃發亮的金黃色捲髮，從帽子底下流瀉而出。心奈相當驚訝，一雙眼晴張得圓滾滾的。一股宛如直接揪住其心靈的衝擊，使她一時無法自己一身整麗的服裝﹒更加襯托出他那俊美的容貌。
「我們是多國聯軍，並不是什麼可疑人物。」
男子相當謙恭有禮地﹒以流暢的日語開口對心奈說。此人年齡約二十五、六歲左右﹒輪廓分明﹒那映著金黃色睫毛陰影的水藍雙眼，如同湖水一般秉麗。他就像是小女孩最喜歡的童話故事當中登場的王子一樣，是一名與卡其色軍服十分不搭的俊美青年。
「多……多國聯軍……？那是什麼啊？」
心奈滿臉通紅，顯得有點不知所措。身高將近一二公尺的機甲巨兵，一旦坐下，其高度就會變成相當於兩層樓高的房屋。而坐在胸部駕駛艙當中的心奈，差不多就等同於從一樓的窗戶俯視著此人一樣。
「我們是前來幫助日本人……也就是你們的。」
青年而帶優雅的微笑說出此話。心奈不禁將他跟小時候曾經看過的童話故事當中，為了拯救公主而出現的白馬王子聯想在一起。
「我是阿爾馮索?利貝洛少校。我很希望有機會能夠一見現今統治著日本的王者。」
「王、王者？日本哪有國王啊……？」
「就是掌管那座巨大要塞的國下啊那座被你們稱為BEGATOPIA的巨大要塞……」
「BEGATOPIA之王？」
「要是我們隨意接近，會有遭到玫擊的危險，所以希望你能居中為我們引薦一下。」
「對……對不起。心奈並不知道誰是BEGATOPIA裡面最偉大的人。因為我向來都只有接觸過機器人而己……」
心奈感到有點困擾，並像是晃動波浪鼓一樣搖了搖自己的頭。利貝洛……則以其美麗的雙眼，目不轉睛地仰望著坐在駕駛艙裡面的心奈。就如同羅密歐仰望著站在陽台上的茱莉葉一樣。
「這怎麼可能呢？你不是BEGATOPIA裡面的居民嗎？」
「是……是沒錯啦……」
「那就應該有辦法，能夠參見BEGATOPIA之王……大門軍造