跟在先頭部隊後邊的是４個黨衛軍特別行動隊，每隊由３０００人組成。他們的任務是確保戰區的安全，就是說，阻止平民反抗。這些人是很特別的警察，承擔著他們的首領萊因哈德·海德里希布置的額外任務。即兜捕和消滅布爾什維克領導人，所有猶太人、吉卜賽人、「亞洲劣種人」，以及像神經錯亂和患有不治之症的「飯桶」。
為了監督這種集體屠殺，海德里希和希姆萊特地挑選了具有專門知識的人去當軍官，內中包括一名新教牧師，一名內科醫生，一名職業歌唱演員和許多律師。他們中大部分是年紀在２０開外的知識分子。人們或許會認為這些人不能勝任這項工作。恰恰相反，他們將他們的技巧和訓練用於這項殘酷的任務，並成了效率很高的劊子手——雖然不心甘情願。
受害者大部分是猶太人。由於蘇聯報刊報道德國的反猶暴行不多，許多人並不知道希特勒有「種族清洗」的計畫。這樣一來，許多人便把德國人當作解放歡迎，輕易地上了特別行動隊的當。「國社黨人認為，猶太人的組織很嚴密。情況恰恰相反，」黨衛軍高級軍官、俄羅斯中部警察指揮官馮·德姆·巴希·澤萊斯基證實。「令人吃驚的事實是，他們毫無準備，完全被打了個措手不及。先前製造的說法是，猶太人正陰謀獨霸世界，有高度的組織。此事證明這全是謊言。「沒有一個民族對自己的災難竟如此不加防範。什麼準備也沒有，絕對沒有。」
滅絕的行動是按計畫從容地進行的，是個乾脆利落、例行公事式的行動。報告所用的是枯燥無味的官方語言，似乎這些劊子手所斬的是白菜，而不是人。殺人隊的工作，由於經過周密的安排，很少因遭反抗而受阻。「奇怪的是，犯人被槍決時非常鎮靜」，有個指揮官報告說，「猶太人是這樣，非猶太人也是這樣。他們對死亡的恐懼好像已被在蘇維埃統治的２０年間產生的某種冷漠所沖淡。」
海德里希最棘手的問題是如何對付在行刑隊員身上產生的心理效應。有些士兵的精神崩潰了，有的學會了酗酒。不少軍官患有嚴重的腸胃病。有些人在執行任務時過於熱情，違反希姆萊盡量用人道的方法處決的命令，毒打犯人取樂。
他自己也目擊了天天殺人所造成的道德敗壞的後果。那年夏天，在明斯克巡視時，由於想親眼看看是怎樣進行消滅的，便叫特別行動隊部隊的指揮官槍殺１００名犯人給他看。行刑隊舉槍後，他發現犯人中有個青年，金髮碧眼，有著真正條頓人的特徵，在犯人群里顯得很不調和。希姆萊問他是不是猶太人。是的。雙親呢？也是的。祖宗里有沒有不是猶太人的？沒有。希姆萊一跺腳。「那我就無力幫你了。」
行刑隊開槍了。一心前來觀看的希姆萊卻雙眼瞪著地面，緊張得不住地挪動雙腳。第二陣槍聲響了。他再次立刻將視線挪開。他抬頭一看，見有兩名婦女在蠕動掙扎。「別折磨這些婦女！」他喊道。「快開槍！」這正是巴希·澤萊斯基所要等待的時機。他要希姆萊記住行刑隊所受到的震動有多大，「他們此後的餘生完了！」這個黨衛軍軍官說。「我們用這些方法造就的是些什麼追隨者啊？不是神經病患者就是暴徒！」
希姆萊心血來潮，命令大家集合，聽他演講。他說，他們的工作是件令人討厭的工作，作為德國良民，他們也不要以此取樂。然而，他們的良心不應受到任何影響，因為他們是軍人，而軍人是要不折不扣地執行每一道命令的。在上帝和元首面前起誓，他一人將承擔由此產生的一切可怕的責任。
他們一定注意到了這項工作也令他憎惡，也觸動了他的靈魂深處。但是，他也是在服從最高法律，履行職責。
有關這些暴行的傳聞令羅森堡發愁。希特勒令他為被征服的東方土地制訂佔領藍圖。他的計畫有很大的不同，允許一定程度的自治。因為元首早些時候曾同意在已征服的俄羅斯土地上建立「微弱的社會主義邦」，羅森堡便樂觀地認為，希特勒已在原則上批准了他的計畫，並將在７月１６日在「狼穴」為這項計畫舉行的特別會議上獲得通過。「重要的是」，希特勒說（據鮑曼參加此次會議所作的記錄），「我們不要在世界面前公布我們的觀點。沒有必要這樣做。主要的是，要什麼我們自己要心中有數。」如果說希特勒的這番話還不足以讓羅森堡醒悟到，希特勒已改變了關於建立「微弱的社會主義邦」主意的話，那末，他接著講的卻足夠了。「這並不防礙我們採取一切必要的措施——槍殺，重新安頓，等等——我們將會採取這些措施……原則上，我們面臨著這樣一個任務：根據我們的需要分割這塊大餅，目的是為了，第一，統治它；第二，治理它；第三，利用它。俄國人已下令在我們的後方開展游擊戰。這個游擊行動對我們也有一個好處，使我們能消滅每一個反對我們的人。」
羅森堡離開會場時，雖然戴上了帝國東方部長的頭銜。但這是個空銜，而他也明白，自己關於東方的夢想，已無多少實現的希望了。多大的一個悲劇呀，他暗想，希特勒依然對斯拉夫人抱著錯誤的觀念，這種觀念產生在他年青時在維也納的那些日子裡。那時，他讀了許多煽動性的小冊子，它們把斯拉夫人描述成懶惰成性的原始人，是不可救藥的二等民族。希特勒對蘇聯的體制的完全誤解，也同樣招來災禍。在大俄羅斯人桎梏下的烏克蘭人和其他民族，原是第三帝國的潛在的盟友，如果待他們得當，給他們一點自治權，本可以成為反對布爾什維主義的堡壘的。但元首聽了鮑曼和戈林的話，說這些人應該用鞭子才控制得住。要把希特勒從這條道路上勸說回來，看來已屬無望，但羅森堡仍決心試一試。這個決心也是虛弱的，因為誰也沒有他自己清楚，只要元首雙眼向他一瞪，與通常一樣，他也會嚇得不敢作聲的。