罪終罰始達哉、莉莎、榮吉和舞耶等人，利用召喚PERSONA的力量，在一個可以把傳言變為事實的地方「珠閑留市」，調查傳言中JOKER的事件時，發現與JOKER有關的神秘組織「田面黨」的陰謀，可是最終仍未能破壞他們的計畫。最後在菲利文（フィレモン）的「意識與無意識之間」，舞耶更被「神聖之槍」貫穿了心臟，廷續前世仍未流完之血。雖然莉莎等人用盡所有方法，也不能令舞耶的傷口回覆過來，只能眼看她流血不止死去。這時敵人的力量強大得無法消滅，於是菲利文利用了最後的方法。他送達哉等人回到過去未曾相識的時候，除了能把舞耶救活之外，還可以把敵人回到之前的狀態，可是大家的記憶會因此被封閉。當眾在車站前相遇時，互相也認不到對方。不過當舞耶和達哉因相撞而對望時，都有著似曾相識的感覺。「罪」的部份便這樣完結了。
第一章七姊妹學園殺人事件
周防達哉自從在車站和舞耶相遇後，他被封閉了的記憶，忽然好像電影般在重現在他的腦子裡。他走到曾經被火燒過的寺廟前，為了之前的記憶而事感到煩惱，他最後決定要償還以前作過的罪。在另一邊的某所會議室中，一班人正在進行一些宗教儀式。其中一位好像首領的謎之老人站在祭壇之前開始進行所謂「言靈之儀」。在這些人當中，有些人的衣服很像警察的制服，不知是否和警察有關。「天野舞耶」是「罰」的主角，她剛完成採訪的工作後，回到Crystal雜誌社的辦公室。她在自己的桌面上收到一張字條，上面字著「下次便輪到你，JOKER」。舞耶還未有時間去想字條的內容，己經被水野總編輯叫了入房。不知水野總編輯是否針對舞耶，除了把她的請假申請取消外，還把她的拍擋雪野薰調派到其他工作，並且要她單獨負責「JOKER獵奇殺人事件」的採訪工作。舞耶和水野總編輯對話完後，便會自動和雪野薰對話。跟著只要和所有職員對一次話後，再找薰對話一次，舞耶便可以乘電梯到大堂找她的好友──麗。麗知道舞耶需要工作而不能付約後十分失望。她立即陪同舞耶到七姊妹學園做採訪工作，希望能儘早完成，然後再一起去相親派對。
到了七姊妹學園後，在教員室遇上兩位調查的警察，他們懷疑一位學生和JOKER殺人事件有關。其中的一位警察就是周防達哉的兄長──周防克哉，牙子老師便問他有關達哉的事情，原來最近達哉沒有回家也沒有返學。兩位警察離開教員室後，舞耶他們便和牙子老師相談，原來牙子老師曾經是薰在「聖艾露美學園」的班主任。牙子老師希望舞耶等人在採訪期間，不要太過刺激學生的情緒，免得校園產生混亂。當舞耶和麗兩人走進校園1F的中庭時，遇上這所「七姊妹學園」的反谷校長。他正在欺負被警方懷的學生吉村杏奈，由於她以前經常和問題學生周防達哉一起，校長便向她說一些難聽的說話後便離開。舞耶和麗問杏奈為什麼不反抗，可是當她知道舞耶是雜誌記者後，留下一句「殺了他」便離開中庭。因為舞耶他們有事需要問清楚反谷校長，所以便和麗一起到了校長室。當她們進入校長室時，S被恐怖情景嚇倒。她們發現反谷校長染滿鮮血的屍體倒在校長室之內，同一時間克哉也到達現場，他觀察了屍體後便判斷和JOKER有關。這時在門口出現了杏奈的身影，麗立即懷疑校長是她所殺，不過她說和她沒有關係便急忙逃走。克哉見狀立即出去追她，舞耶和麗也跟著出去。三人追到走廊的時候，忽然有一隻魔獸出現阻截她們，接著背後有個用紙袋蒙面的男人走出，並來聲稱自己是JOKER。那男人召喚惡魔向三人攻擊，目的是要迫使舞耶發動PERSONA，並叫她記起以前的事。克哉立即以嫌疑犯501號的名義拘捕它，可是S被JOKER召喚的惡魔攻擊。這時三人內心的PERSONA忽然發動起來，並且把那惡魔消滅。JOKER為了要舞耶記憶起過去的事情，於是便親自攻擊她們，三人便立即暈倒。
當三人回醒來後，發現自己身處一個奇怪的地方，眼前有位自稱菲利文的人，就是他把三人送來這個「意識和無意識之間」。菲利文向三人解釋有關PERSONA的事情之後，說有一件事情要拜託她們。可是看來氣弱遊絲的菲利文，還未解釋清楚事件後已經消失了。三人回覆意識後已經返回了七姊妹學園，克哉立即致電回警署要求派人前來協助。克哉向牙子老師說明校長被殺之事後，並要求她協助把學園封鎖後，跟著三人便繼續去找JOKER。
三人走到3F的中間時，克哉感應到JOKER在4F。但由於4F的鐘樓被鎖著的關係，舞耶等人要回到教員室取鐘樓的鎖匙。從草加老師那裡取到鎖匙的三人，走到4F進入了鐘樓之後，看到剛才的JOKER正在向杏奈追迫。克哉見狀便喝令JOKER停手，JOKER召喚了三隻惡魔對付舞耶她們，一隻艾普莎（エンプ`サ）和二隻亞比普（アペプ）。要留意艾普莎會使用回覆魔法，要集中力量收拾它後，再消滅二隻亞比普，只要用舞耶的PERSONA作回覆，其餘二人作集中攻擊便可。
舞耶她們打倒那些惡魔後，再次被JOKER的魔法攻擊打暈。舞耶在朦朧中聽到一些打鬥的聲音，醒來眼前出現了一個月前在車站遇上的de"ja"vu少年。那少年把七姊妹學園的校章交給舞耶，叫她拿著校章到青葉區的葛葉偵探事務所，把「拿著這個校章的話，被JOKER襲擊也會安全無事」的傳言散播開去。他在克哉和麗醒來之前離開，不過在離開之前，他叫舞耶把所有的事也忘記。當警察到了現場後，島津管理官便向克哉查詢有關的事情，克哉講述所有事情後，島津他們非但不相信克哉，還懷疑他的辦事能力，叫他到溫泉休息一下。克哉當然不理會他們，並且與舞耶和麗一起繼續行動。
第二章神秘的協力者
舞耶等人按照著那少年的說話，帶著校章去到青葉區的葛葉偵察探事務所，要求把那傳言散播開去。可是轟社長說沒有這樣的服務，不過記得曾經有人客問過有沒有把JOKER的傳言散播開去。舞耶等人把所有事情告訴轟所長後，為了正實傳言是否會變成事實，他便接受了這項服務。舞耶只要和轟所長對話，便可以選擇散播不同內容的傳言。偵探社門口的招財貓會叫舞耶捐錢，如果不損的話它會說你小氣。偵探社的小環想起了之前問有關傳言的客人，曾經用過I去尋找JOKER的傳言。舞耶等人便嘗試到那客人到過的「報夏」網頁搜查，看到網頁的主人PAOFU（パオフゥ）留言給拉比度（ラビット），如果要JOKER的消息便去W．SLASH找那店員。舞耶等人便聽從指示去W．SLASH，那個店員叫她們使用紅色的那部電腦。舞耶等人想再聯絡PAOFU時，忽然感應到PERSONA的反應。原來坐在她們對面的男人便是PAOFU，他叫舞耶等人跟他到PARABELLUM相談。
PAOFU是位盜聽獵人，他把傳言收集回來後放在自己經營的網頁上。舞耶把之前發生過的事告訴PAOFU之後，克哉便要求PAOFU也講出真相。JOKER的傳言之所以會在整個珠閑留市散播著，主要是因為那傳言在某電視台公布後才會這樣，而且JOKER好像和現任的外相「須藤龍藏」有關，因此PAOFU便對JOKER產生興趣。克哉對他的盜聽行為感到反感，但PAOFUS說須藤並不是好人。好像須藤的兒子原是十年前，一宗連續放火事件的疑兇，在須藤龍藏的包庇下，事件至今仍未能得到解決。PAOFU說如果留在舞耶的身邊，相信會遇上向她攻擊的JOKER。但是麗和克哉仍未相信傳言會成為事實，於是PAOFU做了一個實驗，他致電到轟社長那裡，叫他把「PARABELLUM會有武器出售」的傳言散播出去。不久，PARABELLUM的MASTER便拿了些武器出來，這樣PARABELLUM也成為了武器屋。雖然克哉叫舞耶考慮自身的安危才決定，但PAOFUS以可能會再遇de"ja"vu而說服她。最後舞耶親自燒掉了七姊妹的校章，來表示自己的決定，令到JOKER可以再次接近她。PAOFU知道了須藤龍藏的兒子──龍也在蝸牛山的森本病院里，不過在前往蝸牛山之前，他先要帶舞耶等人去VELVETROOM（ベルべッとル`ム），她們可以在那裡召喚不同的PERSONA幫忙，但是必須要有足夠數量的塔羅牌（タロットカ`ド）和LEVEL，和伊高魯(イゴ`ル)對話便可以進行召喚。召喚出來的PERSONA會變成PERSONACARD（ペルソナカ`ド），舞耶等人要降魔（裝備）後才可以在戰鬥中使用PERSONA。另外在任何時候也可以轉換PERSONACARD，不過最多可以擁有24張不同的PERSONACARD。如果想把低LEVEL的PERSONACARD換走的話，可以來到VELVETROOM歸還不想要的PERSONA。
舞耶等人離開VELVE