1
二十四點零分，Viy，南極，回憶小鎮
回憶小鎮位於南極大陸的深處。
南緯八十二度，東經六十度。那裡是各國的調查隊都無法接近的、終年吹著暴風雪的山丘。
一個巨大的半球形建築藏在積雪之中。半球的內部，是一座小鎮。
小鎮不大，模仿上世紀六十年代的東京近郊建成。
鎮上有學校，有商業街，住宅區里儘是小小的平房，兒童公園裡有鞦韆，附近還有一座大商場和時髦的餐廳。這裡具備人們生活所需的一切要素。
然而，鎮上卻見不到任何人影。
出門購物的母親，上班工作的父親，上學念書的孩子——他們都不在。
回憶小鎮上，只住著一個人。
少女坐在學校的鐘錶台上，無言地眺望著眼前的景色。她就是這座孤寂小鎮的唯一居民「小小魔法使薩妮」。
這是她曾經的名字。
她是只有魔法使生活的「魔法王國」的王位第一順序繼承人，也是在上世紀六十年代出道的第一代魔法少女，也是在日本首次被確認存在的魔法少女。
然而，那已經是四十年前的事情了。
現在的她，只是一直在眺望著景色，日復一日。
在無人居住的小鎮上，靜靜地看著風景，連眼睛都未曾眨一下。
有一天，一位客人造訪了這座孤寂的小鎮。
「薩妮，是我……」
來客是花之騎士蜂蜜歌爾德。
是扮成Viy和黃島俊次進行潛入搜查的V號機。
「蜂蜜歌爾德……好久不見。沒想到還有活著的孩子呢」
「我是最後一台了。還有一台沒有遭到破壞的機體，但她已經在十幾年前就『隱退』了。……先不說這個。薩妮，我需要你的幫助」
小小魔法使薩妮是第一代魔法少女的領隊。
她使用著最為強大的魔法，身後還有異世界的列強國家撐腰，第一代的魔法少女們都把她視為姐姐。
當然，那也只是六七十年代的事情。
「我？別開玩笑了……你看我現在的樣子，像是能幫到別人的人嗎？」
「你還在為朋友感到悲傷嗎？還是說因為王位被弟弟篡奪而憂愁嗎？我能理解你的心情。但……我還是希望你能幫我。打開電視，哪個頻道都行，反正都一樣。……我犯下了無可彌補的過錯。只憑我一個人，實在是沒有辦法了」
機械體的人造魔法少女留下了眼淚，像是在說「事情本不該如此」。
回憶小鎮的女王薩妮依言打開了電視。
看到播出的新聞後，她決心復出。
二十一點零九分，御堂椎名，第七頻道(el 7)
御堂椎名曾經是魔法少女。在九十年代，她以第三代魔法少女「幻想劍士准明星女孩(starlet girls)」成員之一的身份活躍，如今則是廣受歡迎的新聞評論員。
現在，她位於電視台的大樓里。因核爆炸產生的電磁脈衝，這兒的電子用品有三分之一陷入了癱瘓。
尚在工作的熒屏上顯示的畫面宛如地獄的光景。
摩天樓早已消失不見，取而代之的是堆積如山的瓦礫。曾如繁星般璀璨絢爛的燈光已盡數陷入黑暗，直到深夜仍充斥著街頭的人們……都死了。人群化作死屍，「充斥」著街頭。
電視台是一個相當特殊的地方，在這裡能夠更加切身地體會到社會的氣氛和流向。在演播室里，她——
（……太好了，幸虧我沒有賣掉）
悄悄伸手摸了摸掛在胸前的掛墜上鑲嵌的寶石。
椎名感受到了——從在場的嘉賓們說出的話語，以及工作人員的視線中，她切實地體會到了。
這件事，絕不是「結束」。
而是「開始」——更為激烈殘酷的戰鬥的開戰信號。
深夜派與閃亮可愛之間的戰鬥只不過是孩子們的小打小鬧而已。而即將開始的，則是真正的「戰爭」。
她再次輕觸掛墜。
這個寶石名為「魔神之鑰」，用於啟動以魔法鋼製造的火焰巨人——在第三代中戰力排名靠前的紅色幻想劍士(magic sword)御堂椎名的王牌。
不只是御堂椎名。
同一時刻，第一、二、三代魔法少女中，有不少人預感到事態的不詳，而拿出了各自的裝備。
魔法少女渴望著「敵人」。
魔法少女如此，人類也是如此。——前一代的魔法少女們，從歷史中學到了這個教訓。
二十一點三十六分，真白正幸，周六清晨機關
恢複意識之後過了三分鐘，真白正幸便嘔吐了。
當然是因為在電視上看到了新宿區的慘狀。他兩腿發軟，跪倒在地，似是要儘可能體驗死者的感受。嘔吐物灑在腳邊，他的鬍子也沾染了一些，顯得花白。
失去的生命。倖存者的罪惡。無力之人的憎恨。
今晚，魔法少女們會迎來怎樣的命運呢？迫害，抵抗，鮮血，鬥爭——就算不使用魔法道具，他也能輕易想像到這樣的未來。
正幸明白。這一切，都是他們的過錯。
是他們——周六清晨機關的大人們，引發了這個慘劇，——以及即將發生的更多的慘劇。
那是不可推卸的責任，是不能無視的罪行，是連接到地獄的鎖鏈。
——而現在，他又有了一件擔心事。
（里子……！里子為什麼不接電話！）
他無法聯繫上家中的妻子。
因為核爆炸造成的脈衝，或是線路擁擠造成負荷過重，眼下在城市內無法使用手機。然而魔法手機「瀟洒*撥號盤」則另當別論，不論在任何情況下都能使用——
（難道被爆炸波及了嗎……？怎麼會……背負著這個罪惡，如果連里子也失去了，我就——）
正幸發出無聲的大叫，把頭猛地撞在滿是嘔吐物的地板上。
2
二十點四十五分，真白里子，某醫院內
在新宿的慘劇發生前十分鐘。
里子正在郊外的一家醫院裡。
她來這裡探望住院的天宮書子——第一代的Sweet*裘可拉。
曾在八十年代活躍的第二代魔法少女「魔法少女Sweet*裘可拉」因不治之症入院已久。真白里子接到來自醫院的「病況突然惡化」的通知，立刻趕來。
「書子小姐……您看上去氣色還不錯呢」
這只是客套話。第一代的裘可拉雖然年僅三十七歲，其容貌卻宛如垂暮之年。包著骨頭的皮膚上滿是皺紋，頭髮也幾乎掉光了。鼻孔接著輸氧管，四肢插著針管接受輸液。為了不致輸液管脫落，她的手腳都被固定在病床上。
曾經的她擅長變身為大人的魔法。時裝模特，護士，研究員，廚師等等，——然而當她真正長大後，卻不得不成為卧床的病人。
第一代的裘可拉用顫抖的聲音向里子請求。
「帶我……去家裡的地下室……」
家指的是她的老家，是一座平房，距離醫院約兩公里。自從她入院後，那裡就由真白夫婦打理。
她懇求里子帶她去那裡。
「您這個樣子怎麼去啊……而且，那個家哪裡有地下室？」
「有的……入口藏在櫥櫃里……我用魔法得到的道具都放在那兒了……急救包，藥箱，攝影機，摩托車……」
那些分別是她變身為護士、電視台記者和賽車手時得到的物品。因都是用魔法變出來的，其性能均遠在普通的產品之上。
「還有武器……有直升機，手槍，還有秘密兵器……」
「您說武器！？您去拿那些東西，究竟是要做什麼？」
「再過一會兒就用得著了……里子……再過一會兒，我就要死了……」
「沒那回事……醫生也說了，今天您的氣色不錯……」
「不，我會死的……最近，我一直在看到幻覺……關於未來的，不祥的幻視……有火焰，有惡魔的光芒——還有城市裡人們的憎恨……這是裁決……啟示錄中的最後審判……」
「那只是幻覺而已。因為您生病了，身體虛弱，才會看到那種不吉祥的夢而已」
這時，新宿的事件還沒發生。
所以，里子並沒有相信第一代裘可拉的話。當然，她並非普通的人類，藉助魔法少女的力量看到了未來也並非沒有可能。