鍊金術的最終目的就是要創造「哲人石」，然後利用它的超能力將所有的物質轉換成黃金，然而人們深信唯有深刻理解宇宙奧妙的鍊金術士才能夠創造出哲人石。
為何金是金，而銅只是銅呢？根據鍊金術士的說法，是因為金及銅所含的元素種類和比例不同。換句話說也就是金、銀是「健康的」完全金屬，而銅、鉛是「生病的」不完全金屬。因此透過治療生病的金屬元素，可以使它轉變為健康的金屬，而治療的方式就是用哲人石……。
亞里斯多德主張世界是由「火、氣、水、土」四元素所組成的，而所謂的四大元素是由「溫、寒、濕、乾」四種基本性質的其中兩種性質組合而成。「火」是溫、乾兩種性質組合而成，而「土」是由寒、乾兩種性質所組成。「火、氣、水、土」四元素，只要其中一個元素的性質發生變化，那麼就可以變成其他的元素。例如：由溫、乾兩種性質所結合而成的火，如果失去溫度就會變成寒、乾的土。這個理論就是鍊金原理，而依照這個理論，金是由一定比例的四大元素組合而成。
十二、十三世紀時，人們認為金屬是由水銀和硫磺所組成的，也視易燃的硫磺為如火般的男性原理，而水銀則被視為水性、被動的女性原理。理想中的哲人石是由硫磺、水銀以完美的比例所結合而成的，而製造哲人石的基本方法就是將硫磺、水銀這兩種原料相結合。
但十六世紀的鍊金術士帕拉切爾蘇斯提出世界三元素之說，此三元素分別是可燃燒的硫磺、可流動的水銀及可凝固的鹽，世界的所有現象就是由這三元素所產生的。
硫磺、水銀、鹽並非指同名的化學物質，而是代表物質的某種特性。也就是說硫磺代表主動的特性（具可燃性及腐蝕金屬的特性等），水銀代表被動的特性（具備發光性、揮發性、可溶性及可鍛性），而鹽巴則是促使硫磺和水銀相結合的催化劑，如同靈魂與肉體相結合的精氣一般。
硫磺和水銀相結合是必要的，兩者相結合的話，就可以產生各種金屬或礦物，而哲人石所代表的就如同鹽巴促進各元素結合的功用一般。
關於哲人石的鍊製過程一般有兩種說法，一是鍊製哲人石必須經過七道手續，另一個說法認為需要經過十二道手續。鍊製時先從最不純淨的「鉛」開始，然後慢慢的提高純度，直到變成純金為止。
如此完成的哲人石有兩種形態，一種是鹽類的形態，一種是含有水銀性質，可溶於水的液體狀態。哲人石可用以治百病、去除心臟毒素、滋潤氣管、治癒潰瘍。一個月的病，只要一天就可治癒；一年的病，十二天即可治癒；再怎麼難治癒的疾病，最長一個月的時間也能痊癒；還能讓人返老還童。哲人石可說是「萬靈丹」，也是「長生不老藥」。
根據鍊金術士的說法，哲人石不但具有超能力，能夠讓鍊金術士的形體消失，也能和天使交流，讓鍊金術士自由自在的飛翔於空中。
只要鍊金術士手握哲人石，形體就能消失無蹤。用薄布包住哲人石，緊緊的綑綁在身上，就可以讓身體飄浮在半空中，而且不管要飛多高都可以。