一四八一年初，李奧納多受託為聖多納托的奧古斯丁修道院繪製一幅大型祭壇畫，該修道院位於佛羅倫斯城外的斯科皮托村，村子與普拉托門相距不遠。這個修道院財大氣粗，還購買過波提切利和菲利波．利比修士的作品。自一四七九年開始，修道院的日常事物開始由塞爾．皮耶羅．達文西處理，他很可能參與了這個訂單，也許參與訂製了措詞微妙的合同。現在看來，李奧納多似乎對合同並不滿意，因為合同中難以完成的地方著實令人惱火。而塞爾．皮耶羅則想找點事情讓李奧納多腳踏實地，這是他所能找到的最好的方式。
一四八一年三月雙方簽訂了最初的協議。協議規定，李奧納多完成作品必須在「兩年之內，最多不能超過三十個月，如果在規定時間內沒能完成，他已創作完成的部分就會被予以沒收，我們有權隨意處理完成的部分」。這份協議無任何特殊之處，但已能從中看出李奧納多不按時完成訂單的習慣已經是臭名遠揚了。但該合同支付酬勞的方式卻有些特殊。合同規定李奧納多不會提前拿到現金，而是獲得「德埃爾莎區一份房產的三分之一」，這是弗朗切斯科修士的父親西莫內遺贈給修道院的。這份房產不能讓與他人（「他不能與他人簽訂合同將房子轉手」），但三年之後，他可以選擇以三百弗羅林的價格將房產再賣給那些修道士（前提是他們也願買）。伴隨這幢房產還出現了另一個難題：李奧納多必須要「為薩爾維斯特羅．迪．喬瓦尼的女兒支付一百五十弗羅林的神職款」。這個對繼承人的限制條款可能屬於西莫內的最初遺囑，將一筆神職款贈與自己所認識的某一個貧苦家庭是當時遺囑中經常會出現的一種行善形式。此外，李奧納多還要自己承擔「顏料、金飾和所有其他相關開支」。
這份奇特的合同算到最後，修道院要支付李奧納多一百五十弗羅林（即協商後房產的價值與附帶的債務差值）。李奧納多不能馬上領到酬勞，因為他在三年之內不能變賣房產，而且修道院也不提供其他任何費用。李奧納多最後能拿到的收入還算過得去，但合同條件卻非常苛刻。德埃爾莎區是佛羅倫斯城南的一片鄉村之地，合同中的那份房產是他唯一能提前拿到的報酬，也許他還曾在裡面住過。
到了六月份，也就是協議簽訂三個月之後，創作遇到的困難日益明顯起來。他不得不要求修道院「預支上面提到的神職款，因為他說自己已入不敷出，而且時光飛逝，情況對我們越來越不利」。為了完成這幅畫，李奧納多欠了修道院二十八弗羅林。他的收入還因修道院為他購買了顏料又扣除了一些。還是在六月，我們得知，「畫家李奧納多大師」收到「一車柴把和一車粗大的原木」，這是為裝飾修道院的時鐘而獲得的收入。八月，他「欠我們一莫幾亞（相當於五蒲式耳）穀物，這些穀物是我們的車夫運到他的房子的」。（這個房子大概就是德埃爾莎區上那個房子。）那年九月二十八日的文件，也就是最後一份文件上寫著，他「欠我們一桶紅葡萄酒」。
他買不起顏料；他借錢買了穀物和酒；他還為修道院做一些零工，賺了一些柴火。這就是李奧納多一四八一年的真實生活狀況。隨著夜幕降臨，祭壇畫的輪廓也漸漸出現在一塊白楊木畫板上。
這份合同，以及李奧納多克服經濟困難所繪就的作品就是《博士來拜》，是李奧納多早期最後在佛羅倫斯創作的，也是最偉大的一部。《博士來拜》是他所有架上畫中最大的一幅，有八英尺長，寬度也幾乎是八英尺（二．四十六Ｘ二．四十三米）。畫的尺寸和其不多見的方形樣子大概反映了聖多納托祭壇上空間形狀。
該畫最終沒有交付（也許是因為那個修道院在十六世紀早期被毀壞的緣故）。李奧納多沒有完成此畫就於一四八二年前往米蘭。據瓦薩里記載，他將此畫存放在他的朋友、吉內弗拉的哥哥喬瓦尼．德．本奇的家裡。此畫不知什麼時候被美第奇家族收藏，它的名字出現在一六二一年的美第奇宮收藏的作品目錄中。現在它已成為烏菲茲美術館中最負盛名的畫作之一，但準確地說它只是畫過底色而已。畫板上已經出現整幅畫的複雜架構，但細節部分卻只是草草畫上，這圖尚處於草圖階段。畫的顏料是將稀釋的膠水和鉛白與燈黑放在一起攪拌而成。畫上有用褐色顏料複繪部分，但最近有人懷疑這些痕跡是否是李奧納多所畫。整幅畫的黃褐色色調是因為後塗上的幾層清漆褪色造成的。
畫的主題是文藝復興時期繪畫中最常出現的主題之一：三個國王或稱東方三博士，來到伯利恆向初生的基督表示敬意。李奧納多肯定知道貝諾佐．戈佐利在美第奇宮的《博士來拜》壁畫和波提切利在新聖母瑪利亞教堂繪製的《博士來拜》，這幅畫是波提切利一四七六年左右受「錢幣兌換商行會」的喬瓦尼．拉米委託而作。該畫現藏於烏菲茲美術館，波提切利畫過的《博士來拜圖》有四幅流傳至今，這幅是其中第二幅，第一幅也許作於一四七〇年之前，現藏於倫敦的國家美術館。李奧納多在自己的畫中表現了這個主題的所有傳統因素，但在處理人物群像上則大膽創新。畫中的人物不是在行進的路上，而是處於暴風雨般的漩渦之中，人和動物加起來總共有六十多個形象。在其尚未完成的模糊形式中，眾多的形象令人不禁產生困惑之感：懷揣敬意和好奇心的這群朝聖者似乎就是一群烏合之眾。眾人圍在聖母子周圍，聖母子雖仍是作品的中心點，但周圍人群的包圍表現了兩人的勢單力薄，彷彿有東西要將他們吞掉一般。這一帶有威脅意味的漩渦式的人群不僅表現了三個國王獻出的象徵性的禮物，還預示了孩子的未來。
畫中一些細節之處帶有幾分宗教的意味。畫中央那棵樹的根部在地上蜿蜒而下似要觸摸基督的腦袋，這裡暗指以賽亞的預言：「耶西的樹幹將會長出一根枝條，他的根會長成一個分枝。」畫中破敗的石建築外面已是灌木叢生，破房子是繪畫中常會出現的象徵，暗指毀壞的「大衛的房子」。而基督的誕生會使其復原，畫中能看到工人的形象，他們正在樓梯上忙著重建房子。石房子的形狀明顯屬於佛羅倫斯風格，其支柱和拱形結構與聖米尼亞托．德爾．蒙特的長老住宅相似，這是佛羅倫斯繼洗禮堂之後最為古老的教堂，據說它是建在該城最為著名的基督教殉道者米尼亞斯或稱米尼亞托的墳墓之上。與《聖哲羅姆》中出現新聖母瑪利亞教堂的正面類似，這種視覺上的聯繫加強了對佛羅倫斯景觀中成長的宗教信仰。
《博士來拜》中各個要素基本都出現在畫中，但一個非常基本的要素卻沒有出現。約瑟在哪裡？他是其他《博士來拜》畫中必會出現的形象，但他的形象在這幅作品中卻很模糊。他是右邊人物群像中手摸額頭、一臉驚訝的蓄鬚老者，還是畫最左邊的旁觀者中陷入沉思的那個人？答案很可能是前者，但令人不解的是，這位先祖竟會身分不明，處於作品的邊緣地帶。你也許拒絕用心理分析的方法詮釋此處，但這一主題出現的次數太多，因而我們無法迴避這樣一個事實：李奧納多總是將約瑟排除在聖家族之外。他沒有出現在《岩間聖母》中（該場景發生在逃出埃及的途中，因此應該有他），《聖母子與聖安娜》的多個版本中也不見他的身影，聖家庭的第三個成員竟然不是基督的父親，卻換成了他的祖母。但你也不必非要借用弗洛伊德學說，硬以為這裡面一定存在深層次的心理趨向。
二〇〇一年初，烏菲茲美術館向外界宣布清潔並修復這幅《博士來拜》的想法。這一舉動立即引起了人們的抗議，抗議者中為首的是紐約哥倫比亞大學的詹姆斯．貝克教授。這幅畫過於脆弱，其陰影部分和細微之處太過複雜，其光澤發自內在，無法修補。當我將這番話說與烏菲茲美術館的文藝復興藝術部主任安東尼奧．納塔利的時候，他用了支持修復的遊說者最喜歡用的一個詞——「易讀性」。他言之鑿鑿地將這幅畫比作一首「埋在地下的詩」。他說：「如果你要研究彼特拉克，你願意先在這裡看幾個字，再到別的地方看幾個字嗎？答案肯定是不。繪畫作品也是如此。你想要看到畫中所有的景象。」
當然，這幅畫的狀況確實不容樂觀。畫的表面覆蓋著不乾淨的一層「皮」，這是後來生成的光澤面，由膠水、油畫顏料和樹脂組成。在顏色較深的區域內，這些成分形成厚厚的一層褐色。畫上有的地方因氧化作用已被漂白，即畫上出現使表面光滑的細小網狀物，這是破碎的擋風玻璃效果。而修復工作的反對者們對「易讀性」這個理念表示懷疑，認為這是在將作者本人故意模糊化的地方「闡明」。據稱，現在大量的修復工作是要迎合現代人對畫作的明亮清爽的口味，希望看到畫作能像照片和電子成像一般清晰。修復工作因此成為美術館為了商業利益而作出的決定，除了保護之外，該項工作還因而帶有商業炒作的目的。貝克教授評論道：「真正的問題是形而上的。我們是否真需要硬使昔日的畫作具有現代的風格？清潔這幅作品就如同為一位七十歲的老人做整容手術。」
烏菲茲美術館的技術部門位於美術館街對面不起眼的院子裡。李奧納多的《博士來拜》就放在二樓的一間