這樣，他只和那些卑微的朋友們生活著：他的助手和他的瘋癡的朋友，還有是更微賤的伴侶——他的家畜：他的母雞與他的貓。一五五三年安焦利尼在他離家時寫信給他道：「公雞與母雞很高興；——但那些貓因為不看見你而非常憂愁，雖然它們並不缺少糧食。」
實在，他是孤獨的，而且他愈來愈孤獨了。「我永遠是孤獨的，」他於一五四八年寫信給他的侄兒說，「我不和任何人談話。」他不獨漸漸地和社會分離，且對於人類的利害、需求、快樂、思想也都淡漠了。
把他和當代的人群聯繫著的最後的熱情——共和思想——亦冷熄了。當他在一五四四與一五四六年兩次大病中受著他的朋友里喬在斯特羅齊家中看護的時候，他算是發洩了最後一道陣雨的閃光，米開朗基羅病癒時，請求亡命在里昂的羅伯托．斯特羅齊向法王要求履行他的諾言：他說假若弗朗西斯一世願恢復翡冷翠的自由，他將以自己的錢為他在翡冷翠諸府場上建造一座古銅的騎馬像。（一五四四年七月二十一日里喬致羅伯托．迪．菲利波．斯特羅齊書）一五四六年，為表示他感激斯特羅齊的東道之誼，他把兩座《奴隸》贈與了他，他又把它們轉獻給弗朗西斯一世。
但這只是一種政治熱的爆發——最後的爆發。在他一五四五年和賈諾蒂的談話中，好幾處他的表白類似托爾斯泰的鬥爭無用論與不抵抗主義的思想：「敢殺掉某一個人是一種極大的僭妄，因為我們不能確知死是否能產生若干善，而生是否能阻止若干善。因此我不能容忍那些人，說如果不是從惡——即殺戮——開始絕不能有善的效果。時代變了，新的事故在產生，慾念亦轉換了，人類疲倦了……而末了，永遠會有出乎預料的事情。」
同一個米開朗基羅，當初是激烈地攻擊專制君主的，此刻也反對那些想著以一種行為去改變世界的革命家了，他很明白他曾經是革命家之一；他悲苦地責備的即是他自己。如哈姆雷特一樣，他此刻懷疑一切，懷疑他的思想、他的怨恨、他所信的一切。他向行動告別了。他寫道：「一個人答覆人家說：『我不是一個政治家，我是一個誠實之士，一個以好意觀照一切的人。』他是說的真話。只要我在羅馬的工作能給我和政治同樣輕微的顧慮便好！」（一五四七年致他的侄兒萊昂納多書）
實際上，他不復怨恨了。他不能恨。因為已經太晚：「不幸的我，為了等待太久而疲倦了，不幸的我，達到我的願望已是太晚了！而現在，你不知道麼？一顆寬宏的、高傲的、善良的心，懂得寬恕，而向一切侮辱他的人以德報怨！」（詩集卷一百〇九第六十四首）在此，米氏假想一個詩人和一個翡冷翠的流戍者的談話——很可能是在一五三六年亞歷山大．特．梅迪契被洛倫齊諾刺死後寫的。
他住在Ｍａｃｅｌｄｅ Ｃｏｒｖｉ，在特拉揚古市場的高處。他在此有一座房子，一所小花園。他和一個男僕、一個女傭、許多家畜占據著這住宅。在他的僕役之中，有過一個法國人叫做理查的。他和他的僕役們並不感到舒服。因為據瓦薩里說：「他們老是大意的、不潔的。」他時常更調僕役，悲苦地怨嘆。一五五〇年八月十六日，他寫信給萊昂納多說：「我要一個善良的清潔的女僕但很困難：她們全是髒的，不守婦道的，我的生活很窮困，但我僱用僕役的價錢出得很貴。」他和僕人們的糾葛，與貝多芬的差不多。一五六〇年他趕走了一個女傭之後喊道：「寧願她永沒來過此地！」
他的臥室幽暗如一座墳墓。（詩集卷八十一）「蜘蛛在內做它們種種工作，盡量紡織。」（同前）——在樓梯的中段，他畫著背負著一口棺材的《死》像。棺材上寫著下面一首詩：「我告訴你們，告訴給世界以靈魂肉體與精神的你們：在這具黑暗的箱中你們可以抓握一切。」
他和窮人一般生活，吃得極少，瓦薩里記載：「他吃得極少。年輕時，他只吃一些麵包和酒，為要把全部時間都放在工作上。老年，自從他作《最後之審判》那時起，他習慣喝一些酒，但只是在晚上，在一天的工作完了的時候，而且極有節制地。雖然他富有，他如窮人一般過活。從沒有（或極少）一個朋友和他同食：他亦不願收受別人的禮物；因為這樣他自以為永遠受了贈與人的恩德要報答。他的儉約的生活使他變得極為警醒，需要極少的睡眠。」、「夜間不能成寐，他起來執著巨剪工作。他自己做了一項紙帽，中間可以插上蠟燭，使他在工作時雙手可以完全自由，不必費心光亮的問題。」瓦薩里留意到他不用蠟而用羊油蕊作燭臺，故送了他四十斤蠟。僕人拿去了，但米開朗基羅不肯收納。僕人說：「主人，我拿著手臂要斷下來了，我不願拿回去了。如果你不要，我將把它們一齊插在門前泥穴裡盡行燃起。」於是米開朗基羅說：「那麼放在這裡吧；因為我不願你在我門前做那傻事。」（瓦薩里記載）他愈老，愈變得孤獨。當羅馬一切睡著的時候，他隱避在夜晚的工作中：這於他已是一種必需。靜寂於他是一件好處，黑夜是一位朋友：「噢——夜，噢——溫和的時間，雖然是黝暗，一切努力在此都能達到平和，稱頌你的人仍能見到而且懂得；讚美你的人確有完美的判別力。你斬斷一切疲乏的思念，為潮潤的陰影與甘美的休息所深切地透入的；從塵世，你時常把我擁到天上，為我希冀去的地方。噢——死的影子，由了它，靈魂與心的敵害——災難——都被擋住了，悲傷的人的至高無上的救藥啊，你使我們病的肉體重新獲得健康，你揩乾我們的淚水，你卸掉我們的疲勞，你把好人洗掉他們的仇恨與厭惡。」（詩集卷七十八）
有一夜，瓦薩里去訪問這獨個子在荒涼的屋裡，面對著他的悲愴的《哀悼基督》的老人：瓦薩里叩門，米開朗基羅站起身來，執著燭臺去接應。瓦薩里要觀賞雕像；但米開朗基羅故意把蠟燭墮在地下熄滅了，使他無法看見。而當烏爾比諾去找另一支蠟燭時，他轉向瓦薩里說道：「我是如此衰老，死神常在拽我的褲腳，要我和它同去。一天，我的軀體會崩墜，如這支火炬一般，也像它一樣，我的生命的光明會熄滅。」
死的意念包圍著他，一天一天地更陰沉起來。他和瓦薩里說：「沒有一個思念不在我的心中引起死的感觸。」（一五五五年六月二十二日書）
死，於他似乎是生命中唯一的幸福：
「當我的過去在我眼前重現的時候——這是我時時刻刻遇到的，——喔，虛偽的世界，我才辨認出人類的謬妄與過錯。相信你的諂諛，相信你的虛幻的幸福的人，便是在替他的靈魂準備痛苦與悲哀。經驗過的人，很明白你時常許諾你所沒有、你永遠沒有的平和與福利。因此最不幸的人是在塵世羈留最久的人；生命愈短，愈容易回歸天國……」（詩集卷一百〇九第三十二首）
「由長久的歲月才引起我生命的終點，喔，世界，我認識你的歡樂很晚了。你許諾你所沒有的平和，你許諾在誕生之前早已死滅的休息……我是由經驗知道的，以經驗來說話：死緊隨著生的人才是唯一為天國所優寵的幸運者。」（詩集卷一百〇九第三十四首）
他的侄兒萊昂納多慶祝他的孩子的誕生，米開朗基羅嚴厲地責備他：「這種鋪張使我不悅。當全世界在哭泣的時候是不應當嬉笑的。為了一個人的誕生而舉行慶祝是缺乏知覺的人的行為。應當保留你的歡樂，在一個充分地生活了的人死去的時候發洩。」（一五五四年四月致瓦薩里書，上面寫道「一五五四年四月我不知何日」）
翌年，他的侄兒的第二個孩子生下不久便夭殤了，他寫信去向他道賀。
大自然，為他的熱情與靈智的天才所一向輕忽的，在他晚年成為一個安慰者了。雖然他在鄉間度過不少歲月，但他一向忽視自然。風景在他的作品中佔有極少的地位；它只有若干簡略的指示，如在西斯廷的壁畫中。在這方面，米氏和同時代的人——拉斐爾、提香、佩魯吉諾、弗朗奇亞、達文西——完全異趣。他瞧不起佛蘭芒藝人的風景畫，那時正是非常時髦的。一五五六年九月，當羅馬被西班牙阿爾貝大公的軍隊威脅時，他逃出京城，道經斯波萊泰，在那裡住了五星期。他在橡樹與橄欖樹林中，沉醉在秋日的高爽清朗的氣色中。十月杪他被召回羅馬，離開時表示非常抱撼。——他寫信給瓦薩里道：「大半的我已留在那裡；因為唯有在林中方能覓得真正的平和。」
回到羅馬，這八十二歲的老人作了一首歌詠田園，頌讚自然生活的美麗的詩，在其中他並指責城市的謊騙；這是他最後的詩，而它充滿了青春的朝氣。
但在自然中，如在藝術與愛情中一樣，他尋求的是神，他一天一天更迫近祂。他永遠是有信仰的。雖然他絲毫不受教士、僧侶、男女信徒們的欺騙，且有時還挖苦他們，一五四八年，萊昂納多想加入洛雷泰的朝山隊伍，米開朗基羅阻止他，勸他還是把這筆錢做了施捨的好。「因為，把錢送給教士們，上帝知道他們怎麼使用！」（一五四八年四月七日）皮翁博在蒙托廖的聖彼得寺中要畫一個僧侶，米開朗基羅認為這個僧侶要把一切都弄壞了：「僧侶已經失掉了那麼廣大的世界；故他