第一章
丟失的寶盒
1、旋轉命運
這是東京的第幾場大雪了呢，冬天的到來又是預示一年的結束。「啊！我的新年願望真的實現了！媽媽給我買了新裙子。」臉蛋可愛個性單純的小女孩吉田步美正興奮地向其他女孩訴說著。
剛剛結束了學年考試，小孩子們都異常興奮激動，紛紛圍聚在一起討論著假期的節目活動。柯南無奈地托著腦袋，大眼鏡掛在疲憊的臉上望著自己面前也熱情商量著寒假活動的圓谷光彥和小島元太。
「柯南!你有沒有認真在聽啊?博士也說我的提議不錯哦!」對食物有絕對好奇心的胖小子元太鼓著嘴巴，雙手叉在圓滾滾的小肚子旁不滿地質問走神的柯南。
「啊？哦，探險啊，聽起來挺不錯。」柯南隨口敷衍著，心裡卻不情願地想，難得的假期，又開始降溫下雪，小朋友們乖乖在家過新年才對，跑到伊豆群島去冒險？真是白痴！
可是，現在的自己，沒辦法理直氣壯地裝出大人的模樣來教育元太和光彥。雖然大腦和思想都是十七歲高中生，但外表看起來，自己就跟這兩個小孩子沒區別，不過是七歲的小學生。
讓自己不得不放棄作為「關東偵探」工藤新一的身份，以江戶川柯南的名字，被當作小學生看待的罪魁禍首，就是自己一直不懈追蹤著的黑暗組織。
明明是跟青梅竹馬的毛利蘭到遊樂場的浪漫約會，因為身為偵探的敏銳觸覺而目睹黑暗組織的不法交易，不幸遇上改變工藤新一人生命運的黑衣神秘人琴酒，還被迫服下黑暗組織的毒藥APT4869。能夠生存下來，也許是上帝不忍心看到一代偵探少年就此殞命吧？但是，身體卻變成小學生的樣子！
到底要什麼時候才能把這股可怕的黑暗勢力從漆黑的深淵裡揪出來，什麼時候才能恢複工藤新一的模樣和身份呢？這個謎底，是偵探柯南無法破解的。
柯南不禁長長嘆出口氣，為了繼續隱藏身份，不讓黑暗組織發現工藤新一還活著，只好來到帝丹小學就讀。
「灰原同學也會一起去的吧？博士說，這是我們少年偵探團的寒假之旅！」順著光彥的目光，柯南也望向倚靠在窗口的身影。灰原哀一臉的冷漠，沒有回答光彥的話，別過臉繼續望著窗外紛飛的白雪。
「灰原同學真是太酷了！跟那些愛哭的小女生完全不同呢。」元太一副讚歎的口吻，柯南抽動嘴角代聲嘟噥：「本來就不是什麼小女生。」
如果說自己是遭受了上帝的玩笑，被黑暗組織強行灌下毒藥才變成小學生的。那灰原哀就是自己開了自己玩笑而變成小學生的。本來是黑暗組織的一分子宮野志保，更是讓自己縮小的毒藥APT4869的研製者。因為姐姐宮野明美被黑暗組織殺害，志保被囚禁後想吞食毒藥自殺，卻只是身體發生了變化，和柯南一樣縮小為小學生的模樣。
柯南和哀的命運，從原來的人生位置軌道上脫離出來，發生了旋轉，移動到意想不到的位置。可幸的是黑暗組織並沒有發現被逼服下毒藥的新一和逃跑的志保正以小學生柯南和哀的身份生存著，但黑暗組織對被判者志保的追殺卻沒有罷休。
命運的黑暗漩渦，隨時埋伏在柯南和哀身旁，不知何時，一不小心就會被再次捲入其中，帶來新的可怕命運。
因為阿笠博士的關係，柯南和哀都加入了帝丹小學組織的少年偵探團中，跟真正的小學生成員步美、元太、光彥成為夥伴。而真正的戰鬥夥伴，也許就是經常擺冷麵孔的哀吧。因為兩人是命運緊密相連的關係，一起逃避黑暗組織的追擊，一起尋找解藥的希望。
「喂，你不會真的想去什麼鬼頭嶺探險吧？」哀用眼解瞟了瞟身旁的柯南，「博士總喜歡出奇怪的主意！」
柯南嘴角蔓延一抹笑容，突然下定決心似的說：「聽起來也滿有趣，雖然博士常常做無聊的事情。不過，偶爾大家一起去探險也不賴。」而且，哀的臉上總是缺少笑容和表情，如果鬼頭嶺真的有鬼怪出現，說不定還能看到哀害怕的表情呢。
當然，能看到蘭害怕的樣子也讓柯南很期待。「你是想讓毛利蘭害怕地依靠著你把？聽博士說，她也會一起去，幫忙照看你們。」哀敏捷犀利的話讓柯南慌忙收斂得意的表情，努力裝出鎮定的表情搖頭。
「哀和柯南回來啦？元太他們都告訴你們了吧？柯南回家跟小蘭好好準備準備，我們明天一早就啟程哦！」博士為哀打開門，哀徑直頭也不回地進了房子。博士在門口抓著柯南激動地叮囑著。
「晚飯的材料呢？」寄住在博士家的哀一副嫻熟的樣子邊走向廚房準備晚飯邊詢問著博士。
「這就是今天的題目，晚飯的材料，貓迷。」博士得意洋洋地向哀笑著提出題目。
「又來了，果然很愛做無聊的事情。」柯南不屑地歪著腦袋聳聳肩膀，望著依舊面無表情的哀開始移動腳步尋找晚飯材料。
「貓迷戀的地方或東西.不是溫暖的就是圓形的，但是，博士你把材料放在那麼高的吊燈上我怎麼拿下來啊?」哀在大廳中央的吊燈下停下腳步，翻了翻白眼不滿的抗議。博士樂呵呵地跑進實驗室，一臉神秘地推出新發明向柯南和衰炫耀起來：「這個伸展雲梯可以縮小到半米，但可以隨時伸展成十米樓梯，很實用吧?是為了去鬼頭嶺的特別發明哦!」
「真的很無聊。」柯南搖搖頭笑著，突然口袋裡手機傳出熟悉的鈴聲，是左邊?右邊口袋?啊，是左邊的！所以接電話的是柯南。一定是小蘭催自己回家吃飯了.柯南邊掏出手機邊向博士喊道，「博士，我該回家吃飯了!明天見吧!」
「柯南？今晚做了你你最喜歡的菜哦，趕快回來吃飯吧?」小蘭溫柔親切的聲音從電話那頭傳來，柯南幸福地使勁點頭應答：「好的!我快到家門口了!」
小蘭對縮小了，寄住在他們家的柯南，總是那麼溫柔和藹，當然，身為柯南的時候，也不可能像新一那樣跟小蘭拌嘴爭鬧，也不會嘲笑小蘭膽小害怕鬼怪，不會嘲笑小蘭是空手道傻瓜少女。
可是，卻不能對小蘭說出真實的心意，不能牽著小蘭的手一起去遊樂場繼續那次沒有結束的約會。如果命運的轉變，人生的位置的轉變只像摩天輪那樣短暫，馬上能夠回到原來的位置，那該多好呢。
2、溫柔的守護
「要跟那個小鬼去探險？伊豆大島的鬼頭嶺，聽起來像會發生離奇事件的地方呢。說不定會發生需要我這個名偵探破解的疑團案件哦。小蘭，不如我一起去保護你們?」毛利小五郎揚動嘴角的小鬍鬚湊近準備著晚飯的女兒。其實奇怪事件最好不要發生，去伊豆最大的樂趣，應該是天然溫泉，還有！伊豆舞女吧。毛利小五郎臉上寫滿期待和嚮往。
蘭繼續準備著著晚飯沒有理會毛利偵探。爸爸自從辭去瞥察工作後，不僅成為律師的媽媽離開了家，夫妻處於分居，而且開了這家偵探事務所後一直生意慘淡。後來寄住到毛利偵探事務所的柯南，雖然年紀很小，推理能力卻很強，自從柯南來到家裡，偵探所的生意才有些眉目。要是靠這個自戀又迷糊的老爸，估計早就喝西北風去了吧？
「不行，老爸來了只會給大家添麻煩，我要照顧著柯南他們幾個小學生，沒空再照看著老爸了。」小蘭把最後的湯放到桌面上，使勁搖頭鑒定地拒絕小五郎的提議。
小五擻撒鬍子，突然想起什麼似的詭異笑望著小蘭：「是想去找新一去當護花使者吧?所以嫌棄老爸了?不過，柯南那小鬼不是更礙手礙腳的電燈泡嗎?」
新一？誰稀罕那種笨蛋來當護花使者啊！
雖然答應了博士跟少年偵探團的孩子們一起同行去鬼頭嶺探險。但是，天不怕地不怕的毛利蘭，偏偏就是害怕妖魔鬼怪，只要可怕的氣氛和鬼怪的可疑跡象出現，那個空手道高手毛利蘭就完全使不出一招半式。到時候豈不是保護不了柯南他們？也許，能找上新一那傢伙一起去，也不錯？
蘭抓著手機望著屏幕上熟悉的號碼猶豫了半晌，還是使勁按下撥打鍵。
「啊！難道是蘭又催促自己了？都到樓下門口了，哈哈，小蘭真是心急。」柯南感受到口袋裡的手機震動著，迅速停下腳步，不對！這邊口袋裡裝的是「新一的手機」!
柯南拉起紅色領結，試著變換聲音，確定變聲器發音正常後才按下接聽鍵：「喂，蘭？」
「啊，恩，是我。新一最近還在忙碌案件嗎?偶爾，其實也需要休息下。其實是柯南他們少年偵探團要去奇怪的地方冒險，我怕自己照顧不了他們，所以想讓你一起去。」蘭鼓起勇氣向新一發出邀請。
雖然很久沒有見面，新一那傢伙也不主動聯繫自己。但是，只要知道新一正在某個地方努力破案，而那部能夠連接自己和新一聲音的手機，他也一直帶著。