高野內琴與高野內雪是同卵雙胞胎。
一般而言，即使是同卵雙胞胎，家人還是能靠痣的位置、嗓音或眼睛的微妙差異來分辨。但琴與雪的臉上一顆痣也沒有，嗓音與眼睛的形狀也完全一樣，尤其在嬰兒時期，連母親都無法立刻分辨出來。
於是她們兩人的母親，採用了一個極為單純的解決方式。她拿紅色的嬰兒用神經連結裝置給了姊姊琴，給妹妹雪的則是白色的神經連結裝置，用裝置的顏色來分辨。
神經連結裝置具有腦波認證功能，而腦波就和指紋一樣，即使是同卵雙胞胎，也不會完全一樣。事實上，她們最早佩戴的神經連結裝置，就確實分辨出兩人，問題看似得到了解決。
但在她們兩人上幼稚園時買來換上的幼兒用神經連結裝置，則不知道是因為機械方面的理由，還是兩人的腦波在成長過程中變得酷似，分辨不出琴與雪的差別。而且察覺這件事的只有她們兩人，讓問題變得更加錯綜複雜。
起初琴與雪只是基於小小的惡作劇心態，互換了彼此紅色與白色的神經連結裝置。這一換之下，母親與父親都輕而易舉地被騙過，這讓她們覺得非常有趣，開始頻繁地互換神經連結裝置，戴上紅色的就以琴的身分，戴上白色的則以雪的身分，來度過一整天。畢竟她們兩人隨時都在一起，再加上神經連結裝置有著豐富的幼兒保護功能──舉例來說，被叫到名字時，視野當中就會出現警告標語，或是頭上會跑出寫著名字的投影標籤──讓她們互換身分變得更加容易。
這個開心又危險的「遊戲」，不知不覺間成了她們的日常，直到幼稚園畢業，持續了三年之久。等她們兩人終於不再互換，已經是進國小就讀的前一天晚上。因為在國小她們分到不同班，讓她們覺得即使有神經連結裝置輔助，要再共有記憶也會有困難。
當她們準備將紅與白的兩具神經連結裝置物歸原主時，卻發現了一個極其可怕的事實。
自己本來到底是琴，還是雪？由於玩互換遊戲長達三年，兩人都已經無法斷定自己真正的名字是哪一個。對於只有五歲的琴與雪而言，這種恐懼無異於自我消失。她們滿心想哭著向雙親求助，但怎麼想都不覺得沒能發現她們互換長達三年的父親與母親，會有辦法辨別她們。
兩人只好決定閉上眼睛，各自挑選一具神經連結裝置，拿到紅色的就當琴，拿到白色的則當雪，就這麼活下去。此外她們為了加上外表上的識別成分，決定琴把頭髮綁成雙馬尾，雪則綁成單馬尾，絕不改變。
從上了國小開始，表面上並未發生任何問題，但兩人內心深處始終有著無以言喻的不安。一種覺得自己也許其實不是自己的意識與恐懼，始終沒有完全消失，不知不覺間更成了一堵又高又堅固的牆壁，讓她們不只拒絕他人，更一點一滴地壓垮自己。就在這種日子裡的一天。
與一款遊戲程式的相遇，讓她們的日常變得煥然一新。
BRAIN BURST 2039。這款會讀出玩家的「精神創傷」，塑造出異形戰士「對戰虛擬角色」的程式，給了琴與雪決定性的自我識別手段。
兩人的對戰虛擬角色也很相似，但作為頭飾的角與裝甲的色澤，以及最重要的名字都不一樣。琴的虛擬角色是Cobalt Blade，雪的虛擬角色是Mangan Blade。即使琴其實是雪，雪其實是琴，這兩個獨一無二的虛擬角色名稱都絕對不會互換。
兩人這才總算獲得了「固定」自己的方法，作為藍之王的軍團「獅子座流星雨」麾下的超頻連線者，開始逐漸嶄露頭角。
東京都港區白金台，也就是港區第三戰區的西端，有著一個名稱叫作國立科學博物館附屬自然教育園的寬廣公園，說是森林還比較貼切。
這裡在江戶時代是高松藩的別宅，之後以白金御料地的名義收為皇室財產，在一百年前的太平洋戰爭後，作為公園開放民眾參觀。名稱上雖說是附屬，但負責管轄的國立科學博館位於相距頗遠的台東區上野公園內，所以雖然不是說代為管轄，但園區用地的西南方，有著一座東京都庭園美術館。
庭園美術館原稱朝香宮邸，是日本代表性的裝飾藝術風格宅邸，建築物本身被指定為國家重要文化財產。但既然是美術館，當然任誰都能進入（當然必須支付入場費），館內還設有咖啡廳。
七月二十日，星期六，下午三點三十分。
高野內琴與雪這對雙胞胎姊妹，在庭園美術館內的咖啡廳內，靠窗的一張桌旁面對面坐著，凝視剛端上桌的戚風蛋糕盤子。
琴點的是「檸檬薄荷」，雪則點了「抹茶大理石」。兩者都顯得極為美味，但她們就是不想立刻用叉子切下去。畢竟一個蛋糕搭配飲料（琴點了綜合莓果汽水，雪點了冰奶茶）的套餐就要一千四百圓，乃是超特級的天價。再加上入館費，一人要花上一千九百五十圓。至少也要把蛋糕的外觀仔細鑒賞個夠，否則實在回不了本。
「……我說小琴，這個，可以跟黑暗星雲報公帳嗎？」
聽雪打這如意算盤，琴聳聳肩膀回答：
「應該沒辦法吧。一開始明明是說好要在公園的長椅上待命，還不是雪說太熱，要去咖啡廳。」
「可是人家就是怕熱嘛。而且，那裡根本不是公園，是森林啊，森林。一定會有像是蚊子或是蛇啦，還有熊之類的東西。」
琴聽得苦笑，視線朝外一瞥。
店內裝潢是以白色為基調的現代風格，但落地窗外是一整片綠草地，更過去則是鬱鬱蔥蔥的深邃森林。
據說這片森林自從在江戶時代中葉的十八世紀種作防火林以來，長達三百年以上都是自然生長，所以在東京都心，相信是一片歷史悠久得足以媲美禁城，不，應該說足以媲美皇居吹上御苑的森林。想來裡頭的確至少也會有個狸貓之類的動物棲息……
「……如果有熊出沒，我倒想看看。不過也多虧了這個價錢，店裡沒有其他小孩，我們從明天起就省吃儉用吧。」
「好～那，吃了一半就交換嘍。」
琴和食慾指針似乎已經擺到紅色區域的雪同時拿起叉子，朝淡黃色戚風蛋糕的邊緣輕輕插了下去，結果就在這時……
咖啡廳的自動門在視野角落打開，琴朝門口瞥了一眼。
走進來的是個年紀看似比她們稍小的男生。他穿著深藍色西服外套與象牙色長褲，略長的頭髮剪成整齊的妹妹頭，是個有著純和風感的每少年。他似乎是一路用跑的過來，只見他一邊用手帕按向額頭汗水，一邊對女服務生說了幾句話，被帶到與琴她們略遠的一張桌。
琴一邊把戚風蛋糕送進嘴裡，一邊持續頻頻窺看少年的情形。當然這並不是因為少年的外觀讓她看得順眼，而是考慮到他有可能是今天這場任務的妨礙者──也就是「敵方的超頻連線者」。
現在東京都二十三區的超頻連線者人數，約有一千人，據說其中國中生佔了七百人。相較之下，私立與公立學校合計，國中生的總數約有二十萬人。從存在比例概算，就是每兩百八十五人當中會有一人。所以，只是來到同一間咖啡廳內的客人碰巧是超頻連線者這樣的可能性，平常根本不用放在心上。
然而這名在雪的後方微微露出身影的妹妹頭少年，確實有著某種不尋常的存在感。儘管類型完全不一樣，但有種和三天前她們才在中野區家庭餐廳見過面的Ardor Maiden真身，有著某種共通的氣息──
「……還真是挺好吃的說。」
琴一邊喃喃自語，一邊迅速操作已經關掉全球網路連線的虛擬桌面，和雪的神經連結裝置進行無線連線。為了安全起見，其實她是想直連，但她非得避免會令人起疑心的舉動不可。琴一邊傳送自己神經連結裝置的攝影機拍到的畫面，一邊用思考發聲對雪說：
『雪，你不要回頭，看畫面。你身後的男生，以前有見過嗎？』
平常總是漫不經心的雪，也嶄露出有超頻連線者風格的反應，雖然嘴裡一邊咀嚼，但表情完全不變地回答：
『沒有啊，這男生挺可愛的呢。可是……嗯，的確，看來不是等閑之輩。』
『會是震蕩宇宙的人嗎？』
『很難說吧……可是，如果他是，那就表示今天的作戰全都被看穿了。』
聽雪指出這一點，琴用視線表示點頭。
今天的主角不是她們兩人，而是黑之團。二十分鐘後開始的領土戰爭時間裡，黑暗星雲就要對他們認為是震蕩宇宙大本營的港區第三戰區展開奇襲。如果黑之團得勝，白之團就會失去對戰區的支配權，從對戰名單上隱身的特權也就會遭到剝奪。
要進行到這一步，才終於輪到她們兩人出場。她們要在領土戰爭剛結束後，查看