單以局部戰場的形勢而言，南昌清軍其實還有很大把握能夠繼續堅持下去，即便註定城池難保，拖住江西吳軍一段時間，讓江西吳軍在攻城戰中付出一定代價，都是絕對沒有任何問題。
原因有二，首先南昌曾經是清軍與太平軍長期拉鋸作戰的主戰場，不但糧草頗多，駐紮得有清軍重兵，城防設施還幾經加固完善，又在城外修築了大量的堅固工事，扼制住了城外的大小道路和各處要害，就算無法守住也能逼著吳軍把這些外圍工事逐一拔除，然後才能發起攻城作戰。
第二個重要原因就是江西吳軍的準備不夠充足，倉促從東鄉一帶撤回來的吳軍劉銘傳和王國才兩部連糧草都無法保證獲得穩定的補給，不但要優先攻取撫州、豐城等地奪取糧草，還得分兵攔截從江西西南部趕來南昌增援的清軍，在一定時間內根本就無法全力攻打南昌，自然也就很難對守備完善的南昌形成致命威脅。
局部戰場上南昌清軍倒是還能堅持一段時間，然而從整體戰場上來看，南昌清軍卻已經是秋後的螞蚱，註定蹦達不了幾天了。除非奇蹟出現，否則南昌城被吳軍攻破註定就只是時間問題，沒有半點鹹魚翻身的希望。
情況也的確註定如此，江西吳軍和太平軍聯手扼守九江、湖口一線，堵住了江西清軍的北線，湖廣的吳軍主力堵住西面，太平軍主力又堵住東面，正南面的兩廣清軍不但實力不足，還同樣受到吳軍和太平軍威脅，根本沒有辦法也沒有力量向江西清軍伸出援手。南昌清軍要想自保，唯一的指望也就是江西省內的其他清軍隊伍。
江西馬秀儒做了一定的垂死掙扎，吉安、袁州和贛州等地的江西清軍也硬著頭皮趕來了南昌增援，可是卻全都是剛逼近南昌就被吳軍殺潰殺退，不得不狼狽而逃。不斷招降納叛壯大實力的江西吳軍還以降兵為先鋒，接連攻下了建昌和德安兩城，疏通了陸上糧道，為長期圍攻南昌堅城夯定了堅實基礎，也徹底粉碎了馬秀儒依靠本省清軍自救的美夢。
給南昌清軍以致命一擊的當然是吳超越和楊秀清簽訂的互不侵犯條約，吳軍和太平軍化敵為友之後，江西吳軍不僅再用不著過於擔心來自太平軍的背後捅刀子，能夠集中全力優先對付負隅頑抗的南昌清軍，吳軍運糧船隊還可以通過鄱陽湖和贛江水道源源不絕的把糧草彈藥送到南昌前線，江西吳軍甚至都用不著強行攻城，光憑圍城對耗，餓都可以把南昌清軍活生生餓死。
南昌城裡的糧食是還算充足，但是城裡的糧食再多也是吃一口少一口，而湖廣兩省早在明朝時就已經是號稱湖廣熟，天下足，這會又沒有了漕糧的負擔，南昌清軍想憑一城存糧耗過湖廣兩省的糧食，當然是螳臂當車，不自量力。這道理別說是博學多才的馬秀儒了，就是一個普通的清軍士兵都懂。
也正因為知道南昌遲早會落入吳軍魔爪，再怎麼的垂死掙扎都是註定毫無希望，對滿清朝廷忠心耿耿的馬秀儒才硬著頭皮接下了兩宮皇太后和鬼子六等人頒布的密詔，按照鬼子六等人的安排，派遣了密使潛往湖口和太平軍聯繫，違心的主動請求把南昌城獻給太平軍，也準備不玩任何花樣的把南昌城獻給太平軍。
然而即便如此，即便是奉了密詔行事，馬秀儒卻還是不敢把這件事公諸於眾，因為馬秀儒非常清楚，一旦城裡的士紳軍民知道自己準備把南昌城獻給太平軍，那城裡肯定馬上就是天翻地覆，罵聲四起不說，說不定還會有人先下手為強，搶先打開城門向吳軍投降。
因為太平軍殺富濟貧，得窮苦百姓支持，失士紳地主之心；而吳軍打出的起兵旗號不但是厚顏無恥到了極點的清君側，還從不盲目的一味殺大戶鬥地主討好窮苦百姓。兩害取其輕，紛紛從江西各地逃來省城避難的地主士紳自然會做出聰明選擇。
「兩位聖母皇太后，六王爺，你們真是把微臣架在火爐上烤啊！」
哀嘆著這句發自肺腑的話，馬秀儒也早早就對知道內幕的幾個心腹暗中囑咐，讓他們在太平軍進城之後第一時間打開沒有受敵的東門，放城中不願投降太平軍的官民士紳出城逃生。同時馬秀儒還多留了一個心眼，把鬼子六親筆那道密詔藏在了一個只有自己兒子知道的安全地方，以免將來鬼子六等人翻臉不認人，過河拆橋把所有黑鍋都扣到自己頭上，進而連累到自己的兒孫。
做完了這些安排後，馬秀儒便也不再怎麼理會城中事務，每日枯坐深思，心如縞素，煎熬著等待太平軍前來接收南昌。好在吳軍方面因為連續作戰的緣故，也暫時放緩了對南昌的進攻，耐心只是逐一拔除南昌城外的清軍工事，磨刀不誤砍柴工的逐漸掃除城外屏障，倒也便宜了馬秀儒能夠靜心等待。
度日如年的等待中，該來的終於還是來了，四月二十六的深夜三更過半時，守衛南昌水道門的馬秀儒心腹陳千突然派人送來急報，說是贛江下游突然出現了一支船隊，直接向南昌這邊駛來，同時駐守在北門外的吳軍王國才部營地也出現了異常動靜，似乎正在倉促應變。馬秀儒聞報不敢怠慢，趕緊領了親兵匆匆趕到水道門上查看情況。
那支神秘的船隊來得很快，馬秀儒才剛登上水道門，那支大部分由民間船隻組成的船隊就已經進入了水道門守軍的視野之中，還大量點燃了火把讓清軍看清楚他們的模樣，結果舉起單筒望遠鏡只看得一眼，馬秀儒也立即看到，那支船隊所懸掛的旗幟，的確是太平軍的軍旗。
事前肯定是做夢也沒想到太平軍水師會突然來到南昌，駐紮在南昌城北的吳軍王國才部當然來不及設置什麼水柵鐵索之類的障礙物阻止太平軍船隊靠近南昌水門，那支幾乎沒有什麼武裝的太平軍船隊也乘機直接開到了南昌水道門下，為首一員大將放聲大喊，「城上的人聽著，快去告訴你們的巡撫馬秀儒，我們太平天國的大軍來了！」
「告訴馬秀儒，本官乃是韋俊韋國宗的麾下大將鍾廷生，奉了韋國宗之命，應邀前來接收南昌！只要你們遵守諾言，開城投降，南昌城裡不管任何人都可以活命，也都可以自願離開，我們不殺一人，也絕對不搶你們的錢糧！快！」
「快！超越小妖的妖兵就要來了，再不開門就晚了！告訴馬秀儒，他如果言而無信，騙我們白跑一趟，我們馬上就幫著超越小妖攻城！到時候南昌城破，一切後果由你們承擔！快開城門！」
水道門所有人的目光都集中到了馬秀儒臉上，其中不少不知情的人目光中還儘是震驚和難以置信，馬秀儒瘦削了許多臉頰上也緩緩流下了兩行淚水，哽咽了許久才勉強說出了一句話，「打開……城門，讓他們進來。」
「撫台大人！」心腹參將陳千第一個向馬秀儒雙膝跪下，帶著哭腔說道：「撫台大人，不能開城，不能投降，我們還能打，我們誓死與南昌城共存亡啊！」
「沒用。」馬秀儒痛苦的搖頭，哽咽著說道：「吳賊重兵圍城，我們已經沒有援軍了，城裡的糧食也支撐不了多久，與其讓你們白白送死，倒不如開城向長毛投降，保住你們的性命。也讓……。」
哽咽著說到了這裡，馬秀儒終於還是忍不住哭出了聲音，違心的說道：「也讓南昌城為大清朝廷盡到最大的作用，為我大清朝廷將來平長毛……，剿吳賊，起到最關鍵……，最有效的作用……。」
「撫台大人，可我們還能打啊？」
許多清軍將士和陳千一樣的哭喊了起來，馬秀儒卻更加痛苦的搖頭，哭喊道：「不要再說了，開城門！打開水道門！這是本巡撫的命令！也是……，我最後的命令！」
也虧得守衛水道門的清軍全都是馬秀儒的撫標，對馬秀儒最為忠心，也受馬秀儒的恩惠最多，馬秀儒的這道命令才得到了執行。違拗不過馬秀儒的堅持，陳千只能大哭著沖掌握閘門的部下下令，讓部下轉動絞盤吊起水門的鐵柵欄，掌握絞盤的清軍士兵同樣是眼淚滾滾，嚎啕大哭著艱難轉動絞盤，一點一點的拉起了水門下的鐵柵欄……
城下水面上的太平軍明顯是一群貪生怕死的宵小之輩，即便水門已經拉起也沒有急著進城，只是派出兩條小船先進門查看情況，確認了城中並無埋伏之後，統兵的鐘廷生才大手一揮，讓滿載著太平軍士卒的船隻衝進城內。而與此同時，倉促出營的吳軍王國才部，才剛剛在營外集結完畢，向南急行而來……
太平軍士卒成功登上城中陸地的歡呼聲逐漸在城下響起，南昌城內也逐漸傳來了遭遇聚變的驚叫聲音，成功引狼入室的馬秀儒卻益發的淚流滿面。猶豫了片刻之後，馬秀儒還顫抖著拿出了一道摺子，交給了自己從巡撫衙門帶來的心腹幕僚趙守謙，又從懷裡掏出了一個小藥瓶，最後才對趙守謙說道：「克苠，那是我的遺折，拜託你了，不管想什麼辦法，一定要送到京城。」
「東翁，你要做什麼？！」
趙守謙驚叫，發現情況不妙趕緊想要阻止，時間卻已經晚了，馬秀儒已經飛快拔出了手中藥瓶的瓶塞，把瓶中的砒霜全部倒進自己口中，搶在趙守謙和陳千阻止之前把砒霜咽下口中。陳千和趙守謙等親信阻攔不及，只能是一起跪倒在馬秀